吴三桂春风得意的时候，也是他和他父亲、舅舅、亲戚及诸多同事们的挂靠单位——“明朝有限公司”日落西山的时候。
天启七年（1627年），陕西澄城县的一帮农民兄弟因为吃不饱饭和朝廷玩起了武装游戏。它虽然如同一根小烟头一样不起眼，但却很不幸地点燃了“明朝有限公司”的危险品仓库，明末农民兄弟全国大造反的序幕拉开了。其实自打崇祯初年起，各地武装起义就没断过，农民军深入到中原各地区，主要活动在山西、陕西、河北、河南、四川、湖北等地。后来成为农民起义军主要领袖的李自成、张献忠等就是在这时候开始拉队伍扯大旗的，经过多年不断的战斗，他们的部队慢慢发展壮大起来。到了崇祯九年（1636年），各地的农民起义已到了不可收拾的地步，这时候的朝廷几乎是束手无策，各地官军也是疲于奔命。
内部出大乱子，外面也不让人省心。山海关外，满族建立起的政权，由努尔哈赤开创基业，到皇太极这一代，已变得很强大。皇太极于天聪十年（崇祯九年，1636年）四月在沈阳称帝，国号为“清”，他和他的兄弟子侄、文臣武将们野心勃勃地充满了对夺取全国政权的渴望。明朝此时只能凭借宁锦防线苦苦挣扎，勉强维持着关外的局面。
曾经在关外同清军多年浴血奋战的袁崇焕、熊廷弼、王化贞、孙承宗、杨镐、杜松、袁应泰、满桂、赵率教、毛文龙等一批将领统帅，不是早已战死疆场就是官场失意而遭排斥，还有更惨的则死于党争，成为政治斗争的牺牲品。这时关外只剩下祖氏、吴氏两大家族军阀，还始终坚守着。这两大家族之所以还没倒，不是因为运气，也不是因为皇帝的恩宠，而是因为他们的实力。
崇祯十二年（1638年）吴三桂二十七岁，被任命为宁远团练总兵。崇祯五年，他还只是个游击，而六年后，经游击升到参将，再到副将，最后由副将升到总兵，这个晋升速度，可以说是创造了明朝官场的记录。
自明清战争以来，宁远已成为明朝防御清兵的一大军事重镇，与锦州并重，是宁锦防线的重要一环。袁崇焕、孙承宗曾两次在此与清军大战并给清军以重创。袁崇焕冤死后，祖大寿继任守此，后又调到锦州驻防。吴三桂则在祖大寿之后，继续驻守宁远，这足以显示出朝廷对吴三桂的倚重。关外八城，以锦州、宁远两城最为重要。监军、巡抚、道台等官都在此城设衙办公，三桂以总兵官驻守于此，这也提高了他的政治地位。
吴三桂升任总兵要职，等于跻身于封疆大吏之列，这也为他以后事业的飞黄腾达奠定了政治基础。他能有如此地位，有两个方面的原因：一是自己的才能；二是家族方面的原因。他有一个好爸爸，还有一个好舅舅，自是不断能得到提携与栽培。再加上父亲吴襄深通官场之道，广交朝廷大员，编织起一张紧密的政治关系网，从而保证了他们父子仕途上的顺利。吴三桂这次之所以能升任总兵，就是由蓟辽总督洪承畴提名，辽东巡抚方一藻推荐，再经总监关宁两镇御马监太监高起潜同意，并由他向朝廷奏请，最后经崇祯皇帝批准的。
这三个人，地位很是显赫。方一藻为辽东地区最高行政长官，洪承畴为堂堂总督更是大权在握，而高起潜虽然说起来不是太好听，是宫中掌管御马的太监，但他却是由皇帝“钦命”，位列诸将帅之上的“监军”。他们都与吴家有着千丝万缕的关系。方一藻刚刚升任辽东巡抚时，三桂“拜其门下”，与其子方光琛“缔盟为忘形交”。洪承畴以兵部尚书衔出任蓟辽总督，吴三桂“又拜其门下”。洪氏幕僚谢四新博学，深得其信用。吴三桂与之“纳交最厚”。高起潜对于三桂来说，更是一个强有力的后台人物。明朝末期，宦官头子们往往深得皇帝的信任，凡为官为将的，如果得不到他们的支持，是很难在朝廷立足的。整个明朝军队，将领们的一言一行都处于“监军”严密监视之下，吴三桂拜高起潜为“义父”不可不谓是一次高明的政治投机。自己本身能力出众，再加上这些靠山，吴三桂的晋升自是板上钉钉的事。
吴三桂年纪轻轻就登上如此高位，这应该很让现代人感叹甚至是嫉妒，但其实吴三桂的好运也来源于明朝确实需要他这么一个人。
鉴于当时关外局势的严峻，曾任陕西三边总督，同李自成等农民军苦战十余年的洪承畴此时被派到这里。洪承畴虽日后降了清，当了铁杆汉奸，但这个人确实是有能力的，可以说是一员干吏。他一上任便明察暗访了解各将领的作战能力，更深入基层调查研究士卒的训练及备战情况。这一查让他惊出了一身冷汗，当时的这支边防军虽然个别部队还是有一定战斗力的，但总的来说情况不容乐观。而此时的清军是虎视眈眈，随时有可能发起进攻，留给明军的时间并不多，必须在极短的时间内加紧、加强训练及备战，弥补原来的种种不足，消除各种存在的隐患。
洪承畴是老江湖，深知练兵先选将的道理，而吴三桂正是此时被他看中并委以重任的。训练的重点被放在提高士卒的单兵作战能力，如劈杀格斗训练及熟练使用各种武器等，同时还有布阵及战术协同等合成科目的训练。担任练兵将领的人不仅需要通晓兵法，同时还要有实战经验。而吴三桂正是这样的人。
当时经朝廷批准，关外各部队分期抽出一部分人马在中后所及前屯卫两处进行轮训，训练事宜由吴三桂全权负责。吴三桂的部下董永显因胆勇超众，屡次建功而被提拔为参将以协助吴三桂。经过吴三桂的训练，士卒的战斗力明显提高，用了仅两年时间就训练出精兵三万余人。
在吴三桂升任总兵的第二年五月，明军与清军在今辽宁锦县杏山附近的夹马山打了一场遭遇战。当时在夹马山附近五里台居住的蒙古多罗特部民约有三十余家，六十余口人。他们因害怕明军的堵击而与清军秘密联系，请求清军前来接应保护。说来也巧，当时皇太极正在锦州一带视察，他命令郑亲王济尔哈朗、多罗贝勒多铎、多罗郡王阿达礼率他的近卫军约两千余人前去接应这些多罗特部民。这批清军为躲过明军的阻击，于十七日悄悄溜过锦州城，次日天还没亮便顺利到达五里台地区，后护送多罗特部民急速回返。不过他们运气不太好，黎明时分，被明军哨探发现，附近明朝驻军在辽东分练总兵刘肇基率领下出城截击。
当时准备截击的明军兵力约三千五百人左右，吴三桂在距此处十余里的松山附近驻防，一得到消息便出动三千人马赶来增援。同时锦州总兵祖大寿派游击戴明率步兵及骑兵七百余人也赶来会战。此时的明军在兵力上已占绝对优势。
清郑亲王济尔哈朗见己方兵力不占优势，为避免被动挨打而避开城下明军步兵，引诱其骑兵出战，将所部撤退到离城九里的夹马山，摆好阵形等明军杀来。明骑兵很快便赶到，明军百余骑兵首先杀出阵来，济尔哈朗指挥还击。紧接着，济尔哈朗亲自率众将冲入阵中与明军做殊死搏杀。皇太极的近卫军皆不是吃素的，骁勇异常，更有济尔哈朗、多铎、阿达礼等皇亲国戚身先士卒，其士气之高昂，战斗力之强不可让人小视。此时明军虽也是奋力冲杀，但终究未能抵挡住对方的凶猛进攻。更糟糕的是清兵以吴三桂为目标，竟将他包围起来，吴三桂率部拼命冲杀，却始终无法突围，还好在关键时刻刘肇基及时援救，才使他脱离险境。
明军且战且退，一直退到杏山城下，清军怕中埋伏，不敢恋战，遂回撤。明兵先前已吃了些亏，亦不敢追击。此战明军伤亡约千人左右，参将李得位，副将杨伦、周延州被清军俘虏，当场被砍了脑袋拿回去请功。好在此役清军伤亡不比明军少，明军这一仗算是打了个平手，值得一提的是此次与明军交手的是清军精锐中的精锐——皇帝的近卫军，参考明清多年的交战史，这次打成这样明军也算不错了。
这一年的七月间，皇太极又对锦州这座军事重镇产生了浓厚的兴趣。早在三月，他便派遣济尔哈朗与多铎为左右翼主帅，率部进驻锦州北约九十里处的义州，为夺取锦州做好准备。他们一面筑城，一面屯种，与此同时，不断派兵骚扰锦州地区。这次清军的行动引起了朝廷的高度重视，急令各督抚做好备战准备工作。辽东巡抚与吴三桂、祖大寿、刘肇基等人商议对策，蓟辽总督洪承畴提出对付清兵不能一味防守，要守攻兼顾，才能守得住。战也不能一味猛打猛杀，应采取多种作战方式，如奇袭、伏击等，才能见效。这一方针，成为此次明军作战的主导思想。
在这一方针指引下，明军一反常态地开始对清兵主动出击，展开多种形式的进攻。七月八日夜，吴三桂指挥步、骑兵约五百余人奇袭锦州附近的清镶蓝旗营地。清贝子罗托等人仓促率兵出战，双方在夜色中展开一场厮杀。吴三桂的作战意图很明确，就是对清军进行骚扰。将大批清军引出后，吴三桂便引兵撤退。清军一时摸不清明军的底细，怕中埋伏，不敢追赶。据史料考证，此次战斗明军仅阵亡八人，作战时间也很短。却迫使清军移营，吴三桂用极小的代价达到了他的目的。
八日夜袭清军之后，蓟辽总督洪承畴会同吴三桂、东协总兵曹变蛟、援剿总兵左光先、辽东总兵刘肇基商议，准备再组织一次对清军的进攻。为了此次行动另调山海关总兵马科率部助战。
十日夜，吴三桂、曹变蛟等各挑选数十员勇将，带领精锐骑兵进至离杏山城十里的山洼地埋伏，并派出哨探在周围山上潜伏瞭望。
第二天清晨，吴三桂率领副将以下将官五十余人从杏山城出发，骑兵冲锋在前，步兵持火器殿后，以备堵击。这时，担任侦察任务的大拨都司张成报告，清军两万余人从汤河子向西南奔来。吴三桂闻讯，即亲率副将于永绶、张鉴等领骑兵飞驰至五道岭，与事先埋伏在这里的明军会合。清军此时也已发现明军，他们向五道岭疾驰而来，直抵张官屯。这支清军实力非同一般，由和硕睿亲王多尔衮、和硕肃亲王豪格、多罗饶余贝勒阿巴泰等统领。他们根本没把明军放在眼里，战斗一开始清军就如蜂群般疯狂进攻，吴三桂毫不示弱，一声令下，以逸待劳的明军呐喊着发起冲锋。
开战初期，清兵暂时失利，退至夹马山，明军官兵飞驰夹击，吴三桂挥军冲杀，士气益鼓，加上炮火轰击，枪箭交加，激战数回合，清兵便伤亡惨重。明军这一仗打得那叫一个痛快，为了争得功劳，明军士卒们纷纷下马割死伤清兵的首级。吴三桂此时并没有被胜利冲昏头脑，他发现山头上还有大量清军骑兵，估计这是清军的接应部队。他担心部下忙于割首级误事，急下令：不许下马，此战评功不用敌人脑袋，只以冲锋陷阵砍杀为功。见山下明军如此英勇，自己的部队却逐渐溃败，在山头接应的清军不敢出战，狼狈地赶着收尸车向北逃去。
崇祯十四年（1641年）初，清军再次发动对锦州的围攻，逐渐形成对锦州的包围之势。锦州被围后，一旦缺粮，便无法坚守下去，这让朝廷和前线将士都万分焦急。蓟辽总督洪承畴与辽东巡抚丘民仰、吴三桂等商议，决定冒险向前方运粮。此时正逢春节，他们预想清军必料不到明军在此时会有所动作，吴三桂在正月初二、初三这两天，以牛骡驴车等共计三千四百辆，装米一万五千石向前线出发。这次行动很成功，他们躲过清兵于次日中午，安全到达锦州，至当天晚上二更时便全部卸完。次日，空车又顺利地返回宁远。直到初九，清军才发现明军动向，出动两万余骑分为四股追击，由于遭明军炮击，清军未能得手。
吴三桂在冒死运粮这件事上，显示出他的胆略远在其他将领之上。在其他将领视运粮为吃力不讨好之事而互相推诿时，他却敢于承担责任，冒死一试，且一举成功，因而受到朝廷和众将领的赞扬。由于锦州得到了给养的补充，坚定了全城将士守城的信心，此后虽长期被清军围攻，他们却坚守了下来。
大家看到这里可能会奇怪，吴三桂一向很聪明，为什么这次却揽下这苦差事？其实这也很好解释，正因为吴三桂的聪明，使他看出运粮这种吃力不讨好的事是没人肯做出头鸟的，到了最后无非就是上头硬派个人去执行。但他对自己的同僚实在太了解了，这些人既没有这个能力也没有这个胆量去干这趟事儿，可如果军队断了粮大家都得完蛋，所以权衡再三吴三桂才自告奋勇地包下了这活儿。再说这次若是成功了，他也会得到朝廷的重视与赏识，同时还能在军队这个很看重资历的地方树立起自己的威信来。
崇祯十四年，明军与清军在辽西的交战越来越频繁，双方死伤也是一次比一次惨烈，这一年爆发了关系到两支政权生死存亡的松山决战。
一如既往，这次大战是由一直处于攻势的清军发起的，自从天启初年袁崇焕构筑宁锦防线后，清军就一直无法随心所欲地长驱直入，而在大、小凌河之间徘徊不前长达十余年之久，这严重阻碍了清军意图夺下全国政权的计划。锦州与宁远这两座极具象征性的城池让无数清军梦断通往关内富庶地区之路。皇太极曾不止一次地试图打破明军的防御，但都没有成功。不过这些年来，皇太极在其他战场还是取得了不少胜利，在东边他打败了朝鲜，西边又征服了蒙古察哈尔部，使之为清政权所用，此时的清军比以往任何时候都要强大。
清政权得意的时候，也正是明朝日子最难过的时候。据史料记载，此时关内遭遇了“三百年来未有之饥荒”。虽然中国的老百姓历来以好脾气著称，但再好的脾气也有个底线，如今连饭都吃不饱了，忍了几千年的脾气也就一下子都爆发出来。明朝的老百姓这回都豁了出去，纷纷铤而走险，揭竿而起。饿急了的人是最虚弱的也是最可怕的，疲惫不堪的明朝军队被以李自成、张献忠等为领袖的农民军打得焦头烂额，狼狈不堪。关外，清军的连连进攻又使明朝政权备受煎熬。此时的明朝已经到了病危的境地，在这种形势下，清廷众臣们不禁欢呼：“今四方咸归，后患已绝，既无内顾之忧……试看南朝（指明朝）君臣将相，谁是敌手！”
老天总是眷顾做好充分准备的人，皇太极瞅准了当前这一大好时机，决心一举打破明清在辽西的长期僵持状态，突破点则选在了锦州。崇祯十三年（1640年）春，清军首先在义州筑城、屯田、积粮饷，以此作为向锦州进兵的基地，次年三月，清军再次包围了锦州城。
清军在义州筑城屯田时，就引起了明朝上层的高度重视。他们很快弄清了清军的意图，那就是清军想逐步逼锦、围锦，然后再攻取战略要地松山。生死存亡之时，腐朽的明朝廷难得地高效率运转起来。崇祯十三年五月上旬，洪承畴奉命出山海关，驻守宁远，指挥各路兵马增援锦州，吴三桂也率部参加了此次行动。
洪承畴首先召集吴三桂及前屯卫总兵王廷臣、玉田总兵曹变蛟、蓟镇总兵白广恩，商议解围锦州之事。接着洪承畴又亲自到锦州外围的军事要地松山勘察地势，窥察清军动态，他感到明军数量尚嫌不足，便向朝廷奏报需增兵至十五万。
十二月，经朝廷批准，同意增兵。于是，增调宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、密云总兵唐通、山海关总兵马科所部火速增援。不过即使加上已有兵力，此时明军也不过刚刚达到兵十万、马四万、骡一万。朝廷又做了最大努力，将总兵力增至十三万，同时令各镇总兵即刻出关，速会兵于宁远。
吴三桂对明军各部的情况非常了解，此次虽调集兵力十三万之众，但除了他，也就白广恩、马科所部还能与清军拼一拼。他此次率兵二万，从中选出精锐骑兵一千人，以五十人为一队，共分二十队，每队设一领骑官，计二十名。他把这二十名领骑官姓名分别书写在二十根竹签上，插在自己的靴筒上，遇到紧急情况，便信手从靴筒中取出一签，呼叫该领骑官，该领骑官即率本部，跟随他冲锋陷阵。吴三桂看明白的事，洪承畴自然也明白，他明白只有吴三桂与白广恩、马科所三将所部可独当一面，其余五将所部只有合力，才勉强可有一战。
崇祯十四年（1641年）四月下旬，洪承畴率军进至松山与杏山之间，除唐通外，其余七镇总兵各率部兵至松山城附近的东西石门，皆以分定营次，分别旗色，摆开阵势。在距松山南边数里的地方，自南向北布列步兵、战车及火器营，同时以骑兵组成两翼；在西石门，吴三桂部居左翼之首，按顺序，以下是王廷臣与杨国柱部；在东石门，曹变蛟部居右翼之首，以下则是白广恩、马科部；而王朴部居两翼之间，与右翼相连接。
此时围锦州的清步兵已部署在锦州与松山之间的乳峰山上，占据着极为有利的地形，而在东西石门处则埋伏了骑兵约两万人，意图伏击明军先头部队。
四月二十五日，明清两军在乳峰山上及山下、东西石门处展开了激战。明军派出精锐步兵，携带弓箭及火器，分别从山下东西两翼向山上的清兵发起进攻，山上的清军居高还击。明军因得到朝廷战后有丰厚赏赐的许诺，冒着冰雹般的箭弩与滚石冒死冲击山顶，经过浴血奋战而首先攻占近台高处。明军竖起旗帜放炮壮威，后续明军在此鼓舞下勇气倍增，喊杀声冲天，更是忘我敢死冲锋。此时被围在锦州城内的明军听到枪炮声与喊杀声，知道援军已到，祖大寿即率军出城南门，摆开阵势，与援兵遥相呼应，形成了内外夹击清兵之势。当明军攻上山与清军肉搏时，早已在山下埋伏的清骑兵自西石门杀出七八千人，居左翼的吴三桂率部迎敌厮杀，当即斩杀清骑兵十余人，一举挫败了清骑兵的攻势。在东石门，明火器营居东山险要之处实施精确轰击，极好地配合了步兵的进攻。
清军虽然历来比明军更敢玩命，但文明发展程度毕竟不如明朝，平时玩刀玩顺手了，直到被明军炸得血肉横飞才想起这玩意儿自己好像也有，不但有而且还是进口名牌货——“红衣牌”大炮。清军仿佛找到救命稻草似的连忙用黄牛把这些宝贝拉来，从东西两面向明军轰击。明军见鞑子竟然也有这些高级玩意儿很是吃了一惊，不过清军炮手的手艺实在是不敢恭维，老是打偏，能落到明军头上的并不多，明军炮手见对方是这等成色，马上又恢复了信心，继续猛烈炮轰清军。战斗就这样一直打到傍晚，双方都疲惫不堪，看不到胜利希望的清军被迫先行撤退。这场仗打完以后，洪承畴拟了个立功人员名单报给朝廷。在这张名单上，吴三桂被排在第一位，洪承畴还大肆赞扬其英略独擅，两年来，以廉勇振饬辽兵，此番斩获功多。并请求朝廷给予其升级嘉奖。
松山东西石门之战，明军虽然取得胜利，却仍未能解锦州之围。颇有战略眼光的洪承畴意识到恶战还在后头，向朝廷奏报：“大敌在前，兵凶战危，解围救锦，时刻难缓，死者方埋，伤者未起。半月之内，即再督决战，用纾锦州之急。”
洪承畴原主张且战且守，稳扎稳打，拖住清兵，使其欲战不能，粮饷不继，逼其放弃进攻计划。这个计划即使放在今日看也是非常合适的，但当时的兵部尚书陈新甲力主速战速决，同时还责备他出关用师年余，费粮饷数十万，而锦围未解，内地又困，对不住皇上与朝廷的信赖。这位愚蠢的尚书大人，还极力说服崇祯皇帝支持他的计划，令洪承畴即刻进兵。同时，他又任命马绍愉、张若麒为兵部职方主事、职方郎中，督促洪承畴尽早与清军决战。洪承畴看出这是个极度愚蠢，近乎自杀的计划，但迫于政治考虑还是无奈地放弃自己的方略。
洪承畴打心眼里看不起陈新甲，但这个计划是得到皇帝支持的，自己如果一味反对下去，以崇祯的脾气和智商，他很有可能落个袁崇焕的下场。而如果照着这个计划进行，虽然战败自己仍然难脱干系，但最起码可以保全身家性命，权衡再三，他选择了执行这个计划。崇祯十四年七月二十六日，洪承畴率部举行了援助锦州的誓师大会，并于二十八日进兵，次日抵达松山城。
自八月二日起，洪承畴乘着明军上次胜利的锐气，连连发动进攻，但战斗打响不久宣府总兵杨国柱就战死，他以山西总兵李辅明代替继续发起攻势，明军虽然损失很大，但同时也给清军造成重大压力。皇太极这段时间的心情极不好，这是他军事生涯中不多的挫折，这让他的自尊心极度难以接受，每日寝食难安。在他得到洪承畴率大军援锦的消息后，更是心急如焚，他带上所有能调动的部队，准备亲临前线，不分白昼急行六天，终于在七月十九日赶到松山附近的戚家堡。
皇太极察看地形后，当机立断，指挥部队从王宝山、寨儿山、长岭山、灰窑山、壮镇台、刘喜屯、向阴屯、南海口一线扎营，同时令士卒就地挖壕，用了一天工夫，就掘壕三重，每道壕深八尺，宽丈余，一下子便切断了明军的饷道，将所有明军围困在松山城附近。狡猾的皇太极为防明军突围逃脱，又派兵包围了杏山，让明军无法撤退入城。此时塔山南到海边，北至山岭，以及宁远北的连山，明军的一切退路都被截断。明军此时已陷入绝境。
到了这般地步，即使是见过大场面的洪承畴此时也颇感惊慌，当天晚上，他召集各镇总兵官紧急商讨解困之策。商量来商量去，谁也没个高明的主张，没办法，虽然不知道什么是好主意，但最坏的主意肯定是坐着等死，最后还是洪承畴拍板准备明天与清军决一死战，生死由命。
二十日，各镇兵马一齐出动，与清军激战整整一天，胜负未分，明军仍在清军的包围圈中。二十一日，明军再次突围，但清军拼命拦截，明军终究还是未能突围。
当时，明军只带了三天的给养，眼见着就快弹尽粮绝，军心开始不稳。在这种形势下，洪承畴痛下决心，不是生就是死，置死地而后生，就此拼了。他召集手下将官，要求他们各敕励本部力斗，予身执桴鼓以从事，解围在此一举。但诸将担心粮饷不足，主张暂回宁远补充给养，以图再战。而兵部尚书陈新甲派来的心腹张若麒支持诸将回宁远取粮饷的意见。但这实际上就是逃跑，大敌当前，岂有退师就饷之理！洪承畴明白若真是这样干，明军好不容易积聚起来的斗志很快就会消失。虽然他明白杀出包围圈谈何容易，但还是鼓励说：“虽粮尽被围，应明告吏卒：守亦死，不战亦死，如战或可死中求生，不佞决意孤注。”
凭着自己的威望，洪承畴好不容易镇住了这些人，他让众将回营安排好突围的准备。
吴三桂一向是个机灵又务实的人，他回营后与众将士商议该如何突围。有一位刚投奔他不久的蒙古人献计道：“清军一向狡猾，对明军又摸底较深，估计此次他们会将主要兵力埋伏在小路，大路上反而兵力会较少。”吴三桂结合自己多年与清军交战的心得，觉得此人说的颇有道理。虽不是百分百肯定，但也没有更好的办法，只能赌这么一把。
就在吴三桂做出拿今日之青春赌明天的重大抉择时，忽然听到一阵嘈杂声，他忙命帐外亲兵前去打探，不一会儿亲兵便回来禀报，原来这是大同总兵王朴未经上峰同意，为保全自身实力及身家性命，不顾军令，擅自率本部人马乘夜突围。而此时其他各镇总兵官一见这架势，唯恐跑晚了吃亏，谁也不愿等死，纷纷仓皇拔营，整个明军营地一片混乱。吴三桂对着夜空长叹一口气道：“哪里还像朝廷的军队，简直成了乌合之众！”感叹归感叹，他也不傻，知道在这种情形下，走晚了就死定了，连忙吩咐部下撤退。吴三桂的部队到底是训练有素，虽然撤退工作做的晚，但由于效率高，在整个撤退队伍中并不落后。他们一路朝大路奔去。
皇太极早料到明军那点出息，命清军做好了伏击准备。黑夜中，明军乱闯一气，各自为战，连最基本的协同掩护都没有，茫茫黑夜中谁也看不清谁，步兵被骑兵冲撞压死的也不在少数。当明军奔至壕沟时，遭到伏击清军的迎头砍杀，无数明军不是被当场杀死，就是因慌乱掉进壕沟成了任宰羔羊。此时大批明军无法突围，被清军逼至南海边，又恰遇涨潮，不习水性的很多明军士卒被潮水卷走，溺毙而亡。
吴三桂从大路杀出，直奔杏山城，他这一把真是赌对了，清军的大部分兵力，确如先前所料大都在小路待命伏击，大路上兵力并不多。吴三桂凭着自己的判断及好运气终于突破清军包围，顺利进入杏山城。不过这次虽然保住了命，却狼狈不堪，印信都落到清军手中。后来王朴、马科、唐通、李辅明、白广恩等人也奇迹般的逃出重围。张若麒逃至小凌河口，从海上乘船逃往宁远方向。曹变蛟、王廷臣未能突围，退回松山城，与洪承畴坚守不出。
皇太极继续部署兵力围歼明军残部。八月二十四日，他命内大臣宗室锡翰、国戚多尔济两人率济席哈、车尔布、巴兰、蒙古翁牛特、四子部落，分别埋伏于杏山明军突围必经之路的高桥（锦州西南）和桑噶尔寨堡，另派甲喇率京隋荪、格尔泰、郎球等将携三旗精锐护军协助堵截明军。当日，杏山明军自城中逃出，遭遇清军伏击，伤亡惨重。皇太极亲自赶到高桥东指挥战斗，他命令众将，如遇明军自杏山逃出，尾随追击，切不可使明军入城。同时他又派多罗贝勒多铎率贝勒罗洛宏、贝子博洛、内大臣图尔格携正白旗护军、翁牛特兵、锡翰、多尔济兵，继续设伏以等待杏山明军。
此时吴三桂、王朴感到杏山已危在旦夕，不可久留，于二十六日率部出城突围。埋伏于杏山的清军当即出击，吴三桂与王朴部且战且退，向高桥方向逃去。一路上清军伏兵不断，而身后清军又死咬不放。明军无心恋战，只图夺路逃命。清兵攻击极其猛烈，明兵四处溃逃。到傍晚时分，清军已将桑噶尔寨至海一线团团围住，吴三桂、王朴率残部乘夜逃跑，士卒死伤殆尽，吴三桂与王朴凭着手下士卒充当炮灰，侥幸冲出包围，逃到了宁远。
这次空前规模的大战，短短数日，清军便大获全胜，歼灭明军五万三千余人，俘获马匹七千余头，骆驼六十余只，各式铠甲近万副。而被海水淹死的明军“浮尸漂荡，多如雁鹜”，惨不忍睹。由于明军的惨败，松山、塔山、杏山、锦州四城连失，祖大寿举城投降，致使“九塞之精锐，中国之粮刍，尽付一掷，竟莫能续御，而庙社以墟矣”！此战的最严重后果就是直接危及了明朝的江山安危，明朝连失关外四城，使原本还算稳固的宁锦防线处于崩溃之中。
明朝廷得此消息，大为震惊。按例，朝廷要追究丧地之责，吴三桂及其他各将领都难逃责任。但出乎意料的是，八月末，崇祯皇帝却给吴三桂加升提督职衔，指示他收拾残局，把各镇残兵败卒重新组织起来加以训练整编，以尽快扭转局势。跟好运的吴三桂比起来，王朴这次是倒了大霉，他被以临阵“首逃”之罪逮捕，法司开庭审讯。
这种形成鲜明对比且极不公平的处置引起朝廷舆论哗然。众御史上奏：“六镇（指逃回来的马科、王朴、唐通、李辅明、白广恩、吴三桂）罪同，皆宜死。”他们认为，六镇总兵都应按逃罪处死，而朝廷只问罪王朴，却不追究其余五人是很不公平的。他们特别提到，“吴三桂实辽左之将，不战而逃，奈何反加提督？”兵部尚书陈新甲向崇祯提了一个建议：只斩王朴，勒令马科立军令状，再有失误必定斩不饶，吴三桂失地，也应斩首，但姑念其守宁远有功，可与唐通、李辅明、白广恩等贬秩，充为事官。这个折中的方案最后被崇祯批准，崇祯十五年（崇德七年）五月十九日王朴被斩首，吴三桂仅受到降级处分，仍守宁远。职方郎中张若麒受到朝野谴责，八月末被处斩，十一月，兵部职方主事马绍愉受到削籍的处分。
朝廷不治吴三桂的死罪，予以宽大，绝不是皇帝糊涂或是仁慈，这里面有多方的因素。首先吴氏在辽东已是地方上的一大实力派，松山大败后，祖大寿降清，在这里除了吴氏父子外确无更合适的人选来为朝廷看守这片残土。朝廷不但不敢杀吴三桂，甚至到了不敢得罪吴氏父子的地步，吴家对朝廷还是有很大的利用价值的。而且吴氏父子多年苦心经营，朝廷中的靠山也不少，有这些人为其开脱，也起了很大作用。相比之下，王朴的地位不但没有吴三桂那么重要，并且在朝廷中也没什么大的影响，更要命的是，虽然大家都跑，但出头鸟总是最招朝廷恨的，他带头逃跑，搅乱军心，起到了一个很坏的示范作用，以致各镇总兵纷纷效尤。所以朝廷说王朴的行径恶劣，罪在不赦，必按律处斩，也就没什么人帮他说话了。不过只杀王朴一人，而其他各帅只给了个降级的象征性处罚，这就足以看出吴三桂等人与王朴在朝廷心目中的悬殊地位。
按照中国的传统价值观，不管出于什么原因，战场上当逃兵都是极不光彩的，但相信吴三桂并不会这么想，在他内心一定会无比鄙视这种被他称为迂腐或是愚忠的观念，他和他的家族绝不会为任何不值得的原因献出身家性命。他是当了逃兵，并且这还不是第一次，甚至不是最后一次，他相信终有一天上苍会给他一个机遇，使他成为乱世中能够改变历史，令举世瞩目的人物！
吴三桂一败再败，败得他自己都有些不好意思。不过朝廷仍对他给予信任和重用，在他被提升提督后，又授权宁远地区的部队都由他调遣。对此吴三桂并没暗自得意，他心里很明白，要是朝廷严格依大明律办事，他早该被剁上好几回了，朝廷之所以一而再、再而三的宽恕他，甚至给予重用，原因就只有一个，因为他还有利用价值，可如果总是这样败下去，对于朝廷来说，留着他又有什么用呢？眼前最紧要的事就是集合被打散的散兵游勇，重新编制训练，早日形成战斗力，让这支部队成为他手上新的筹码。
到崇祯十五年初，吴三桂已训练出新部队万余人，加上同期其他各镇新练成的士卒，已近三万人。崇祯皇帝命钦差从遥远的北京带来他的圣旨，圣旨中训示诸将：“整练主官兵马，既有头绪，着枹冲锋破垒，有进无退，糜坚不抗，立解久困之围。”除此之外，崇祯还给了吴三桂一道专旨，命其“奇正互用，马步各驱，励必死之心，奋无前之气，誓师进剿，击惰捣虚，务期一鼓解围，庶几除凶雪耻。”崇祯把松山战败后解锦州、松山、塔山之围的重任交给吴三桂，可见吴三桂这时已成为明朝在关外的唯一依靠了。而吴三桂依靠着重新组织训练出来的军队，继续坚守宁远。
为了显示自己的价值，吴三桂很需要一场胜利。崇祯十五年（1642年）三月，也就是松山之战后的第二年，他与另一位在战场上有着不光彩逃跑记录的将领白广恩组织了一次规模不算大的进攻。他们率兵四千余人进至塔山扎营，此时塔山已在清军的包围之中，吴三桂为打探清军虚实，命一部分兵力佯装进攻高桥，清军出动后，明军不战而退。
四天后，也就是三月八日，处在绝望中的祖大寿考虑再三，决定献城投降。他向围困锦州的清廷诸王打下包票：若他归顺后，清廷既往不咎，他能保证宁远也可让清军顺利得手。诸王准其降。锦州明军经过一年的死守，终于不战而降。拿下锦州后，清廷诸王与祖大寿商议该如何拿下宁远，最终的商议结果是：吴三桂犯有逃罪，肯定要被明朝廷撤换，可乘其尚未被撤换之时，利用祖大寿与他的亲属关系，一举拿下宁远。
不过这次他们的如意算盘可打错了，他们太小看吴三桂了，以为他是和其他明朝将领一样胆怯无能之辈，而不知吴三桂是一头为了个人和家族利益可以变得极其凶狠的猛虎。此时的吴三桂根本就不想投降，这太不符合他的利益了。和硕郑亲王济尔哈朗与多罗睿郡王多尔衮曾派祖大寿的随从到宁远联络祖大寿的儿子，但守城将士已知祖大寿献城投降之事，不许来人入城。派去的人进不了城，只得在城下冲城头喊话套近乎，可没等他喊上两句，城头就放出两支箭来，不偏不倚直射入来人脚前的地面，守城将士大骂，若不是看在吴将军的面上，早就将来人射死了。
清军在夺取松山、锦州后认为，杏山、塔山破城也应该是很快的事了，皇太极就把注意力转向了宁远，此城距锦州仅两百余里，骑兵朝发夕至。宁远原本有锦州及松山诸城作屏障，明军攻守自如，而此时，宁远已直接暴露在清军面前，驻守此城的明军官兵日益感到形势的危急。明军最担心的是，清军随时可以直达城下，以围锦的同样战术来对付宁远。
清军内部确有人主张乘着大胜，迅速攻取宁远。都察院参政祖可法、张存仁、理事官雷兴、马国柱等汉官向皇太极建议说：“今锦州既下，宁远惊骇，山海溃乱，燕京震动，明总兵吴三桂以松、锦失守之故，既踏可杀之罪，今祖氏全归，吴镇自不能安，又必有脱死之术，祖氏之子妇在宁远者，已心切来归矣。况其为祖镇之遗类，与其在门墙者，岂不畏死而求生乎！因此，大军当乘机临于宁远，声言吴兵所属各官之罪，摇动其志，必能得宁远，未必不如得松山后，即得锦州之速也。”
不过虽然清廷中有此主张，明军所担心的事却并没有发生，因为皇太极还不打算乘胜攻取宁远，他过于自信地认为，被打怕了的，吓破胆的明军必然在极度惊慌失措之中，此刻宁远明军官兵已无心再与清军一战，只要他给予保障生命安全的承诺，这些人就会欢天喜地地来投降。他对手下格外交代在处理锦州明军及家属时，对于那些原属宁远等处的，一律“留养”保全，切不得伤害。从这一点来看皇太极还是有些政治头脑的，此时的他应当是看懂了一些汉人的史籍典故的。他想用招抚的政策，兵不血刃地拿下宁远，同时，他又派遣八旗兵驻扎在宁远以西的大路，保持对吴三桂的军事压力。他指示在前线的清军将领：“宁远之人，若欲归顺，令我军入城，必索城中大员为质，命我兵严守城门，然后可入，不然，恐堕其计。”
时间一天天地过去，转眼已到了四月间，仍然看不出吴三桂有投降的任何迹象，皇太极有些摸不着头脑。汉官张存仁献策，他不主张以军事上的压力促使宁远守军投降，而主张对宁远采取和平攻势，阐明政策，安抚人心，打消守城明军的顾虑，招其来归。他说：“皇上宜颁敕谕于宁远城中镇将等官，开明松、锦生杀之理，顺逆之端，诛留分别，一一详示，吴三桂并非奇才良将，有不摇动其心者乎！”他还很无耻地回忆起自己当年守大凌河城时，屡次读到皇太极感人的招降信，促使他和守城的将官们无不“动念”，最后献城投降。他认为这是一个非常成功并且经过考验的策略，他还特别提醒皇太极：“当乘今之宁远正在仓皇无措之际，应速给吴三桂等人写信劝降，仗我皇上之福，一纸赐书，胜于加兵数万，人心动摇，势如破竹，皇上乘机运策，因时速成。”
皇太极接受了张存仁的建议，当即命其以他的名义，分别给宁远吴三桂诸将及被围的塔山、杏山守将写信招降。并特派刑部启心郎额尔格图赶往前线，将他的信件交给围城的清军诸将，命他们亲自督促将招降书射上城楼。
参考史料推测，这应该是皇太极首次直接给吴三桂来信，他在信中劝吴三桂认清形势，乘时归顺。原文是这样写的：
大清国皇帝敕谕宁远吴大将军：
朕以大兵围困松锦，松山副将夏承德先行纳款，率众来归，故彼眷属，并所部之人俱加留养，洪承畴亦留养之矣，其余抗命者尽行诛戮，惟祖大乐等，因系将军之戚，姑留之。锦州祖大寿归命，其眷属部众俱获保全，此正大将军趋吉避凶建功立业之秋也。倘狐疑未决，不速来归，尔明国皇帝有不疑将军而加之罪者乎？将军果能乘机构会，决意来归，则明哲之智，诚附之功，与迫而后归之松锦诸臣，大相悬绝，将军之亲戚可以完聚，富贵可以长保矣，否则，将军之全军已为我所取，印信已为我所夺，松锦陷没，坐视而不能救，种种罪愆，尔明国皇帝宁有轻恕将军之理耶！
曩者祖大寿之在锦州也，尔明国皇帝每疑之而欲加以罪，然而终不能者，以其族党甚强，且据锦州故耳。今将军以孤立之身，负危疑之迹，岂能自保无虞！况尔明国，“流寇”转炽，土宇凋残，倾亡之象，将军已目击之，时势若此，将军虽勇，一人之力，其奈之何哉！将军不于此时幡然悔悟，决计归顺，劳我士兵，迟我时日，彼时虽降，亦不足重矣，今尔明国皇帝，虽遣使讲和，其诚伪难知，成否亦未可必，而将军亲故，俱在于斯，归我之念，诚宜早定，朕以真情反复开谕，将军其详虑而熟思之。
皇太极考虑得很周到，除了给吴三桂去信，还给同守宁远的白广恩一封信，信件虽不如给吴三桂的那么长，但意思基本上差不多，信上他希望白广恩能开导吴三桂，同心协谋，举城归顺，只要他们愿意献城，将给予优厚待遇。
发出这两封信后，皇太极还不放心，他又命目前凡在清军营中与吴三桂有亲属关系及私交深厚的人，都给他写信，力促其归降。吴三桂的舅父祖大寿、姨夫裴国珍、兄长吴三凤、表兄胡弘先等都“遵旨各遗三桂书一函”。同时吴三桂的好友，汉官邓长春、陈邦选、姜新等人也先后分别“遵旨”写出一封封“致明宁远总兵书”。
皇太极为了一个宁远竟然动员这么多人给吴三桂写信，真是煞费苦心。这些人的信在皇太极的授意下，都写得很实际，都是从个人的实际利益出发，晓之以理，动之以情，苦苦相劝，写信的人中，除皇太极外，都是他的亲朋好友，有的甚至是同他从小一起长大的，他们对他都较为了解，这些人的话不能不说是有些杀伤力的。
此时是吴三桂有生以来处境最艰难的时刻，他已陷入最危险的处境之中，是战是降必须要作出抉择。多年来提携吴家的祖氏一门，从舅父祖大寿到祖泽润等十余个表兄弟皆已降清。他的亲哥哥、姨夫一家，以及共事多年，袍泽情深的好友也都已入清廷为官。而在如此众多的亲属投降清廷的情况下，崇祯是否还能像以往那样容忍吴三桂？主疑臣危，自古而然！松山大战时，吴三桂临阵逃跑，士卒尽丧，总督文武官俱陷，唯吴三桂幸免，崇祯是不会真的宽恕他了，他只是想继续利用他罢了。目前吴三桂坚守宁远，兵力薄弱，如清军一旦真的兵临城下，刀兵相见，而明朝又无力发兵援救，那时，或是被迫降，或是极无意义地为明朝献身，除了这两个结果，别无他路。
在信中吴三桂的亲朋好友都劝他切不可冒傻气走这条绝路。皇太极也在信中说明，归降越早，功越大，而若是到了迫于形势而投降待遇则是完全不同的。所有这些，吴三桂都非常清楚，他从自己亲朋好友在清廷所受的优待看，还是能感觉到皇太极招降的诚意。皇太极此时向他发出归降的倡议，可以说是给了他一个非常恰当也非常体面的台阶，只要他同意，立刻就能让自己脱离这备受煎熬的险境。这一切，非常具有诱惑力。
但奇怪的是，在这么多人的信发出后，吴三桂始终没有任何回应，这让皇太极和吴三桂的亲朋好友都非常意外与大惑不解。原本他们都认为劝降吴三桂是很有把握的事，他们非常失望。
一直到了崇德七年十月，此时关外已是冬季，皇太极亲自指导下的吴三桂亲朋好友招降团的工作一点进展都没有，吴三桂依然沉默是金。皇太极觉得该是时候敲打敲打他了，他命自己的哥哥阿巴泰为“奉命大将军”，再次开始对关内进行征讨，对吴三桂他也没有彻底放弃，又给吴三桂发出了劝降信，信中是这样写的：
大清国皇帝敕谕宁远城吴大将军：
今者明祚衰微，将军已洞悉矣。将军与朕素无仇隙，而将军之亲属俱在朕处，惟将军相时度势，早为之计可也。
皇太极这封信写得极为简短，但意思很是果断，他要吴三桂迅速作出回复。
同时皇太极又命祖大寿致信吴三桂，希望对吴氏父子有栽培之恩的祖大寿能打动他的心。祖大寿接了这个差事，也真是卖力，他不但仔细斟酌后给吴三桂写了封感人的信，还附上他自己从不离身的短刀一把，以作为信物。让我们来看一看祖大寿的文采：
宁、锦间隔，不相通问者岁余矣。春时松山、锦州相继失陷，以为老身必死无疑。不期大清皇帝仁圣，不但不加诛戮，反蒙加恩厚养。我祖氏一门，以及亲戚属员，皆沾渥泽，而洪总督，朱粮厅辈，亦叨遇优隆。自至沈阳以来，解衣推食，仆从田庐无所不备，我已得其所矣。幸贤甥勿以为虑，但未知故乡光景如何耳。以愚度之，各镇集兵来援辽左，未一月，而四城失陷，全军覆没。人事如此，天意可知。贤甥当世豪杰，岂智不及此耶！再观大清规模形势，将来必成大事。际此延揽之会，正豪杰择主之时，若率城来归，定有分茅裂土之封，功名富贵，不待言也。念系骨肉至亲，故而披肝沥胆，非为大清之说客耳，惟贤甥熟思之。虎骨靶小刀一柄，是贤甥素常见者，故寄以取信。
皇太极与祖大寿的招降信送往宁远，仍如石沉大海，毫无回音。不过，十一月初，吴三桂还是给出了个说法，那就是继续与清军打下去。据多罗豫郡王奏报：明宁远总兵吴三桂率马步兵出战，清兵将其骑兵击败，获马七十二匹、甲三十七副、弓三十九张及其他少量军用物品。
崇祯十六年（1643年）正月，祖大寿吃人家的嘴软，拿人家的手短，深感于皇太极的厚待，他很不好意思这么继续吃闲饭混下去。他献计道：宜先取关外五城（指宁远、前屯卫、中前所、中后所、沙后所诸城）最为上策。“彼（指明）已虚弱，燕京震动，关外惊惶，况吴总兵罪重忧深，文武官属，心皆恐怖，罔知所措，应乘此时，或收抚，或征讨。”他还特别提到，先攻取中后所，收吴氏家属，吴襄必为之心动，吴三桂亦自然扰乱。其余各城，不劳而自动矣，宁远失去支持，更容易被夺下。祖大寿说了这么一大堆，中心意思还是着眼于收降吴三桂。他自己在锦州投降时，曾夸下海口，保证说服吴三桂投降，但眼下这句话连他自己都觉得甚为可笑，使他很不好意思在清廷混。
在祖大寿提出这一建议后不久，正月十九日，他很意外地接到吴三桂手下一个叫索内的蒙古人送来的一封信。信的内容史无记载，但祖大寿将吴三桂来信交给皇太极看了之后，皇太极立即给吴三桂去了一封长信。皇太极在信中说：
尔遣使遗尔舅祖总兵书，朕已洞悉，将军之心，犹豫未决，朕恐将军失此机会，殊可惜耳。我国自兴师征明以来，攻城略地，历有年所，明之将士，至今有能立功名，保身家全忠义者乎？非阵亡于我军，即受戮于尔主。军机一失，峻法随之，良将劲兵，殆将尽矣。将军知此，何为昧于从事，蹈覆车之辙哉！祖总兵初不携其妻子来归，今悔之无及，料将军亦所悉知。当祖总兵被围锦州时，明以各省镇兵倾国来援，一朝覆败，锦州、松山、杏山、塔山，俱已失守。今我军围困宁远，不知更有何处援兵，以解将军之厄耶？若不乘此时急图归顺，勉立功名，傥我国蒙天眷佑，南北两都，皆为我有，蕞尔宁远，岂能独立乎？逮至糗粮罄绝，阽危待毙之际，将军悔不可追矣！此非朕自为矜诩，实至论也。我国原以武力精强，言词谦逊者为贵，若徒为大言，又何益于胜负之数哉！将军试思之。
从皇太极的信中可以知道，吴三桂此时的心态是“犹豫未决”，意思就是说吴三桂已有降意，但尚未下定决心，还在考虑之中。
吴三桂在这个时候给祖大寿写信，确实是经过一番深思熟虑的。这时候关内以李自成、张献忠为首的农民起义军已成气候。而关外清军正向山海关、进而向北京逼近。关内外这两大军事力量虽起因不同，但他们都有着同一个坚定的梦想，那就是进北京当皇帝，他们已经不谋而合地形成了对北京的夹击之势。
“明朝有限公司”挺了这么多年，这会算是熬到头了。这时凡是有点脑子的都能看出，它的轰然倒闭只是时间问题，凭吴三桂的智商料他不可能连这点政治嗅觉都没有。一年前，他对雪片般的劝降信睬都不睬，并不是对明朝的忠，而是不投降继续跟着老东家对他更有利。而现在回信，确实是他的自信有些许动摇。不过他依然很谨慎，他仅仅是恰到好处地在信中流露出那么一点点的动摇，这种动摇是皇太极需要的，也是他吴三桂需要的，他并不想把事情做绝，他依然把选择的主动权牢牢掌握在自己手中。他的回信算是给皇太极一个交代，一个台阶，这也让他吴三桂本人以后可进可退，不至于断了自己的退路。并且他还做了一个顺水人情，让祖大寿及其他在清廷的亲朋好友日子好过一些，以后这些人或许还有相见时，看上去他的这点点动摇是所有人都需要的。他巧妙地透露出自己左右为难的想法，虽然这种想法是真实的，但他透露出来的目的却是狡猾的。他虽然是婉言谢绝劝降，但又给人一种他已接受了那些劝降信中理由的感觉。
吴氏一门从来不是酸儒之家，但即便如此，中国几千年来的儒家思想教育，到了明代其思想统治更严于历代，所受思想训练亦更严格，重名节被放在人生的第一位。汉人社会中的正统思想把忠君视为比自己的生命更重要，无论皇帝是否昏庸，臣子们也得以忠心对上，明朝士大夫及将吏都受此“教养之泽”，以丧名节为耻。吴三桂心中对这一思想还是习惯性地有所顾忌。他虽在松山战败，但仍然有宁远，有军队，在这种情况下，他绝不会轻易投降！汉族政权向来有轻“夷狄”的思想，作为“天朝”臣子，臣服于“夷人”，这是要被千夫所指，遗臭万年的。要使吴三桂屈尊于“夷人”之下，这对他来说并不容易做到。