古代通信不发达，那边吴三桂反了好些时日，这边朝廷才得到消息。康熙十二年十二月二十一日，被派往贵州备办吴三桂搬迁所需夫役粮草、船只的兵部郎中党务礼、户部员外萨穆哈，骑着马一路向京城狂奔，裤裆都被马鞍磨破。下了马，连滚带爬，进了兵部衙门，趴在地上，只说了句：“吴三桂反了！千真万确！”便昏了过去。这话实在太震撼了！兵部值班官员连忙用水泼醒他们。见了兵部尚书，他们赶紧将整个事情的经过进行了汇报。
这两人能捡回条命，回京城报信，也实属侥幸。当时党务礼、萨穆哈、户部郎中席兰泰、兵部主事辛珠、笔帖式萨尔图，奉命前往贵州，为吴三桂搬迁置办船只、粮草。他们一到贵州，云贵总督甘文焜便告诉他们吴三桂在云南已反。甘文焜之所以能得到这个消息，是因为贵州提督李本琛参与了吴三桂的叛乱，而此人又给贵州巡抚曹申吉写密信，相约起兵响应，不料此信被甘文焜意外截获。正好此时，党务礼一行到达，甘文焜连忙安排他们撤回北京，向朝廷报急。
在甘文焜的安排掩护下，这几人换了便服，偷偷溜出贵阳，直奔北京。但此时，吴三桂的密令已到，各处相继开始戒严。党务礼等行至镇远，被当地守军识破，遭到追杀。这几人一路狂奔，兵部主事辛珠、笔帖式萨尔图因所骑马匹脚力不济，以致被追兵抓住，随即被杀。而党务礼、萨穆哈两人则幸运地逃到沅州，出了吴三桂的势力范围，这才捡回条命。他们进入湖南境内后，才得到补充的驿马。日夜兼程，总算回到了北京。至于户部郎中席兰泰，则是因为当时他们一行在镇远只弄到四匹马，而席兰泰在五人中，骑术稍逊一些，所以才改乘船。满人以骑术见长，吴三桂的命令虽然是要求各处关口都严加盘查，但当地守军想当然地认为，满人骑马才是常理，所以对码头船只检查得十分松懈，从而使席兰泰乘船逃至常德，继而换乘驿马，于十二月二十七日回到北京。
在这五人工作组到达贵州之前，总督甘文焜得知吴三桂谋反的消息时，刚办完母亲的丧事，才返回贵阳不久。这个消息一时让他有些发懵，但他很快就恢复过来，派了族弟甘文烱进京报告。同时又写信给四川湖广总督蔡毓荣，向他通报云南的事变。接着紧急命令贵州提督李本琛，率部扼守盘江，但李本琛是吴三桂的人，他先以书信试探总督的态度。甘文焜不明就里，表示要誓死守住贵阳，此后李本琛便不再听候他调遣。而总督府的直属兵力，绝大多数已为李本琛收买，其余见大势已去，也纷纷开了小差。甘文烱倒是个死心眼，他先令自己的妻妾同府中七名妇女上吊自杀。又带着第四子甘国城，率十余名骑兵，赴镇远，打算招湖北兵士扼守险隘，阻击吴三桂的部队，不让其杀出贵州。
十二月八日，他们父子到达镇远，该地守城副将江义已投了吴三桂。他们无法进城，只好渡河。行至吉祥寺，江义所部把他们包围在寺内。甘文焜父子见无法逃出，遂朝北京方向，向康熙帝拜别，拔刀自刎。随从笔帖式和善、雅图也一同自尽。
康熙帝得知西南事变，震惊不已。刚开始他几乎不相信这是真的，后经多方核实，才终于接受了这一事实。
御前会议上，许多先前反对撤藩的大臣们，把矛头指向了主撤派。他们提出，惩处主撤派，也许可以平息这场事变。康熙帝倒也有魄力，既然事情已经出了，再惩处主撤派，已毫无意义。吴三桂既然已反，自然是不会回头。他对众臣说：“此出自朕意，他人何罪？”
康熙帝很清楚，对于吴三桂，朝廷只能是钢刀对钢刀，这是唯一，也是最管用的方法。
清廷迅速做出战略部署：
荆州（湖北江陵）系长江南北咽喉要地，战略地位显著。吴三桂军必犯湖南，而荆州必先设防。康熙帝派前锋统领硕岱率大军，星夜前往，据守荆州。然后，由荆州再进至常德（湖南常德），以遏贼势。
为争取时间，由户部负责，预先在沿途出征将士停留处备下粮饷，保证硕岱兵到，粮饷亦到。康熙帝同时责成议政王大臣，安排大军及后续部队进发等问题。
此后康熙帝又不断制定作战方略：
一、调兵遣将，分守战略要地。在广西与贵州相邻地带，预先设防。立授驻防广西的已故定南王孔有德的女婿孙延龄为“抚蛮将军”，线国安为都统，责成他们“统兵固守”。
二、命西安将军瓦尔喀进军四川，并指示：四川与滇省接壤，今吴三桂已反，你可率副都统一员、全部骑兵，星夜赴四川。凡自云南入川的险隘之地，都必须坚守。大兵不日即进剿云南，等我师临境，贼势渐分，如有可乘之机，你即与提督相机进讨。至于西安等处，朕当刻期遣发禁旅，前去驻防。在征调瓦尔喀进川后，又命都统赫叶为“安西将军”，率兵同瓦尔喀等由汉中入川，以护军统领胡礼布为副将军，率署前锋统领穆占、副都统颜布随同出征。
三、考虑到荆州地位极其重要，绝不能有任何闪失，康熙帝决定再派多罗顺承郡王勒尔锦为“宁南靖寇大将军”，总统大量满洲八旗及部分汉军开赴荆州。为了激励这批出征将士，在出征兵士每人白银十两的额定标准外，再增加十两。委署章京的护军校、骁骑校以下，护军、拨什库、甲兵、弓匠以上，各赏银二十两，铁匠等夫役人员也各给银十两。
四、以山东兖州地近江南（江苏、安徽）、江西、湖广，山西太原地近陕西、四川，均属东西孔道，为适中之地，分别集结部队，秣马以待，随时调遣或应援各邻近地区。此举既节省大军从北京南下的时间，又可避免将士长途劳累之苦。副都统马哈达领兵驻兖州、扩尔坤领兵驻太原。
五、为应对战场形势，命直隶各省巡抚仍管兵务，各设左右两营，归巡抚直接统辖。
军事上，双方旗鼓相当，但政治上，清廷似乎更玩得转。
一、下令停撤平南王、靖南王两藩。康熙帝给这两王亲笔诏书，意思是说：朕闻云南作乱，靖南王相应固守地方，不必搬家，平南王亦如之。命前往广东、福建办理撤藩的钦差大臣梁清标、陈一炳回京。
二、原吴三桂部属文武官员，以及现仍在直隶各省，无论是在职的、闲住的，虽有父子兄弟现在云南的，概不株连治罪，自今以后，各宜安心守职，无怀疑虑。
三、将吴三桂之子吴应熊暂行拘禁，待“事平”再作处置。
四、向各重要军镇通报吴三桂反叛之事，并指导其作战方略，安抚和鼓励他们守御地方。其中陕西省，因距京师甚近，又控驭西北边疆，直接关系到北京的安危，康熙帝特给陕西总督哈占、提督张勇、王辅臣发去紧急谕旨：要他们注意发现吴三桂散布的“伪札、伪书”，晓谕官兵、百姓，检举揭发，向上报告。并称赞他们是朝廷攫任的“股肱之臣”，捍御边疆，绥辑军民，惟他们是赖。
从以上可以看出，康熙帝虽年轻，但思想工作上还是很有一手的。
吴三桂的反叛，对清廷的冲击实在太大，以至于清廷差点忘了礼制上最重要的一件事（也许是里子比面子重要，所以清廷先只顾忙着部署军事了）。
好在十二月二十六日，清廷终于回过神，下诏削除吴三桂的王爵，向云贵文武官员、军民人等发布通告，宣布平叛。并承诺：所有人只要能各宜安分自保，无听诱胁，即或误从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治。至尔等父子兄弟亲族人等，见在直隶各省，出仕居住者，已有谕旨，俱令各安职业，并不株连。尔等毋怀疑虑，其有能擒斩吴三桂头，献军前者，即以其爵爵之。有能诛缚其下渠魁，及兵马城池，归命自效者，论功从优叙录。
清廷的讨吴谕旨，与吴三桂的讨清檄文，自然内容是完全对立的，但他们都有一个共同点，就是往自己脸上贴金，而往对方身上泼脏水。摆出一副自己把心都掏出的可怜样，而对方则完全是狼子野心，极其不堪！
讨吴谕旨中，吴三桂为清朝开国立下的汗马功劳，肯定是看不到的，倒是清朝给予吴三桂的隆礼厚恩，被不厌其烦地一再提起。清廷撤藩，根本原因在于不放心吴三桂手中的军权，及其在藩地的实力，但谕旨却称吴三桂是自请撤藩，朝廷为照顾他年迈齿衰，不忍心让他久驻遐荒，故允其所请。一番肉麻之话，在今天读来，都直掉鸡皮疙瘩。
值得注意的是，吴三桂在讨清的檄文中，大谈他当年委曲求全借兵复仇的壮举，反复申明当时跟多尔衮订有立明太子的协议，谴责清朝违背诺言，阴谋夺取了全国政权。对于这个问题，清廷的讨吴谕旨没有做任何回应，可见吴三桂所说应该是事实。所以笔者再次提醒大家，对于历史事物，我们断不可站在道德制高点上，随意给古人贴标签。历史中的人和事，往往并不是非黑即白。
道义上，双方分不出高低黑白。当然那只是旁枝末节，生死存亡，说到底，还在于军事上的较量。
清廷的战略思路：是以荆州为固守要冲，以此死守，抵挡吴军北进正面之锋。以四川、陕西为侧翼，派八旗大军进入四川，防止叛军经四川进入陕西，从而威胁北京。以兖州、太原为南北东西的中继点，在此集结预备队，见机行事。广西方面，授孙延龄以兵权固守，以牵制吴军北进。清军此时，还是处在战略防守地位。
受到此次吴三桂反叛的教训，康熙帝紧急叫停了撤平南王尚可喜、靖南王耿精忠这两藩的计划。为的是孤立吴三桂，同时也是一种无奈。若真撤了这两藩，等于是把广东、福建拱手让给吴三桂。不过效果如何，决定权此时已不在清廷手中。这得看尚藩与耿藩的智商与勇气了。清廷对于他们那是锦上添花，而他们对于清廷，则是雪中送炭，意义完全不同。
除了对两藩，在处理广西将军孙延龄的问题上，朝廷也体现了孤立吴三桂的意图。孙延龄原是定南王孔有德的属下，级别并不高，后被孔有德赏识，不断提拔，还把自己的独生女儿孔四贞嫁给了他，让他做了乘龙快婿。在孔有德死后，清廷为了笼络人心，特命孙延龄为“广西将军”，“掌管王旗”，驻桂林。不过这人肚中似乎没什么“大货”，平日里常有出格之举，都统王永年就揭发过他杀人等恶劣行径。撤三藩时，朝里不少人主张连同他一并撤了。广东道御史鞠珣，参劾孙延龄。奏文中，直截了当地称其原是一个“标员”，“年齿素轻，位权未重”，只因他配定南王之女，才执掌该王所属军队。接着说他“终属外姓”，论名分他无承袭勋爵之理，论军心，“多有未肯帖服之情”。鞠珣又引述两广总督金光祖的奏疏中揭发孙的许多不法事，他要求将孔四贞跟孙延龄“撤回京师”，孔有德所部官兵，或归并正黄旗，或分隶八旗，另派将军统辖。不过正因为孙延龄无才无能，朝廷觉得此人不成气候，所以当时忙着三藩的事，也就没动他。吴三桂一反，孙延龄一下子便成了“香饽饽”，康熙帝授他“抚蛮将军”之职，令其固守广西。
清廷似乎只将这次吴三桂的叛乱视为一个独立事件，这未免太低估吴三桂的能力了。对当时整个社会的态势，也太疏于了解。