当吴军与清军在正面战场对峙之时，左翼与右翼两个战场，双方则打得难解难分。
吴三桂曾试图打通与耿、王两部的交通线，使反清势力连成一片。但康熙帝看出了他的意图，派大军分别在江西、浙江、陕西、甘肃等地阻击吴军，使吴三桂、耿精忠、王辅臣始终未能会师。
相对于左翼，右翼的西部战场更加靠近京城。陕甘地区为西北边防重地，直接关系到北京的安全。对于这个心腹之患，康熙帝以恩威并用、剿抚结合的手段，试图尽快平息王辅臣的叛乱。除去这个卧榻旁的猛虎，清廷就可以腾出手来对付吴三桂。
康熙十四年底，宁夏兵变，提督陈福被害后，陕甘的形势更显紧迫。康熙帝认为陕西的叛乱，根子还是出在王辅臣的身上，只有攻陷他的老巢平凉，才能彻底解决这个问题。
康熙帝在招抚失败后，下决心以武力解决问题。他认为，“欲平陕西诸寇，必先取秦州。”秦州（甘肃天水）位于兰州、巩昌（甘肃陇西）、平凉、汉中等战略要地之间，靠近陕西。只要能夺取秦州，就能切断叛军之间的联系，从而使清军握有主动权。
秦州城高墙厚，要打下它，必须靠火力凶猛的红衣大炮。康熙帝命都统海尔图等，率兵护送红衣大炮至秦州。康熙十四年三月四日，“定西大将军”多罗贝勒董鄂率大军将秦州包围。城内叛军在一万人左右，围城的清军大约有两万人。围城半月，四月二十日，从四川、平凉来救援的叛军万余人，与城内被困的部队里应外合，向清军展开攻势。清军靠着火力上的优势，将叛军击溃。其后，双方又屡有激战，但叛军始终未能击溃清军。战斗呈焦灼状时，清军总兵孙思克率部奉命从巩昌前来增援。这支部队起了决定性的作用，胜利的天平，压向清军一方。城内的叛军，战斗意志崩溃，在总兵陈万策的带领下，出城投降。增援秦州的四川和平凉的叛军及城内的将领巴三纲等一并逃走。收复秦州后，董鄂即遣“振武将军”佛尼勒、内大臣坤巴图鲁、总兵孙思克乘胜追击，一举收复了秦州附近的礼县、清水（今仍名）、伏羌（甘谷）、西和等县城。
收复秦州后，康熙帝派一部分清军开赴栈道，增援汉中。另一部开赴平凉南的陇州（陕西陇县）守卫。都统海尔图等护送红衣大炮，向平凉进发。
失去秦州，王辅臣大感震惊，急忙将兵力收缩至平凉固守。除平凉外，叛军还占据庆阳、定边、固原、延安、兰州等处，但基本属于孤立无援的状态。
在清军围困秦州的同时，已向兰州、巩昌叛军发动进攻。康熙十四年五月，西宁总兵王进宝部包围了兰州。兰州为“河西五郡咽喉”，叛军拼死防守。一个月来，清军数度将冲出城的叛军击溃，清军自身也伤亡惨重。因后勤补给通道被切断，叛军造木筏百余只，企图渡黄河突围。王进宝在黄河岸边埋下伏兵，叛军未能逃出。王进宝与布政按察使伊图派人到城下，宣谕朝廷的招抚政策，承诺如投降，即赦免一切过犯。叛军走投无路，六月二十七日，在总兵赵士升及原任布政使成额带领下，共计五千余人出城投降。
张勇亲自率部队包围了巩昌，王辅臣急派副将任国治等率三千人，由巩昌东门潜入城内增援。与原城内守军合兵一处，共计万余人，分四门杀出，直奔清军大营。城上城下炮声隆隆，激战中，双方都有不少人死于对方及己方的炮火下，清军游击张大选追至城下，中炮而死。
六月二十五日，“安西将军”穆占、总兵孙思克赶到巩昌增援，将城池团团围住。清军派已投降的陈万策、谢辉等人入城，宣谕康熙帝的赦免诏。叛军总兵陈科等率部出降。
六月二十九日，“平逆将军”都统毕力克图攻占延安，及延安府下辖的肤施、保安、安塞、宜川、延长、安定等县。陕甘边界重镇定边，也于六月初被清军收复。
清廷一边不断给西北叛军在军事上给予打击，一边加紧对王辅臣的招抚。康熙帝知道王不敢降，怕被秋后算账。于是在七月，给其发去一道敕谕，为其宽心。
数日后，王辅臣回奏康熙，仍称康熙为“皇上”，表现得很是恭谨。奏疏称：“皇上念及兵民，概从赦宥，但如何安抚，天语未及。在事兵将，未免瞻顾。”
王辅臣的这份奏疏，无疑是投石问路，康熙看出他已有降意，只是对朝廷的承诺还是不放心。鉴于王辅臣以往的反复，康熙帝并不急于再给他承诺，他深知“抚”的前提是，要拿得住对方的死穴。现在给他再好的保证，都不如军事上再来一次痛击，这样以后的思想工作就好做了。
康熙帝下令张勇、董鄂诸将，速行攻取平凉。同时，尽快破固原，以便夹攻平凉。但就在此时，兴安游击王可成等复叛，总兵党塞与道臣兴永朝开赴西安，将军席卜臣率部离汉中，不知去向。不久，得到席卜臣报告：因军粮告急，被迫离开汉中，于八月六日至西安。而兴安叛军已与四川叛军会师，攻破旧县关，直逼西安。南山“群盗”又从各处杀出。形势可谓急转直下。
形势的突变，令人猝不及防。康熙帝下诏严厉责备陕西总督哈占及诸将领，随后命令“诸将当益急攻平凉，勿得稍缓”。为保证攻取平凉，他令驻守榆林的土默特、鄂尔多斯兵“速赴西安”。
在康熙帝的严厉督促下，董鄂、毕力克图、阿密达等部已于八月十五日抵达平凉。但因兵力不足，所以包围得并不严密。这时，王辅臣命人从城楼给董鄂射下一封信，信中说：他曾派官员王起凤赴西安，谈判受降，已过两月，不见回来，因此士卒都很疑惧，以致不敢降。董鄂接到信，向康熙帝请示。康熙帝斥责其迂腐，所谓兵贵神速，在如此有利的情况下，应该先打了再说。把对方打痛了，也就不会再提那么多条件，自然也降得爽快。他严令“速行围城，务期剿灭”。至于王起凤，可以遣还平凉。
从奏报康熙帝，到接到回复，这里面有个时间差。同时也许是觉得兵不血刃，降伏对方功劳更大，也许是对己方兵力没有信心，怕强行攻城，将王辅臣逼上绝路，反而有失。董鄂部在平凉城下，就这么松散地围着。比起这位董大人，王辅臣可老辣许多。他一边加强城防，一边竟然还分出部分兵力，增援固原、庆阳等城叛军。庆阳叛军本来已接受朝廷招抚，但被王辅臣派遣的周养民部包围，又重新反水。
平凉告急，惊动了吴三桂。他深知此地的意义，连忙遣云贵地区数万名少数民族士兵，赶到平凉协助王辅臣，并命令四川叛军急援平凉。王屏藩接到命令，亲率大军开赴秦州，吴之茂率部出川，进入屯单家和等处，谭弘也率所部向平凉增援。还有兴安的叛军，也进犯商州大峪口。
一着不慎，满盘皆输。清军从具有大好形势，到身陷险境，完全是因为董鄂到平凉日久，却“高坐不即攻取”，致使王辅臣敢于分兵援助其他处叛军，由于清军集结平凉，又招致四川叛军前来会战。如果能及早攻取平凉，那么叛军也就没了应援之念。
康熙帝质问董鄂：你们拥大军于平凉，所司何事？现在不攻取，更待何日？他又下了一道命令：速取平凉，剿除逆贼！
谁知知都统海尔图又汇报说：运炮的屯夫都逃跑了，请求从京师调发熟悉火炮的满汉军前来平凉。真是要把康熙帝气疯了，立刻解除海尔图参赞的军职，令董鄂仍遵前旨，速攻平凉。
九月二十三日，王辅臣突然下令部队出战，这出乎围城清军意料，清军仓促应战。双方刚一接触，清军副将贾从哲、游击张太经部便开始退缩，这样把清军的阵脚全部搅乱。清军伤亡不小，提督陈福等于二十八日退至灵州（甘肃灵武）。康熙帝阅战报后，批示将贾、张两人阵前斩首示众。并指示清军或攻取固原或会合大军取平凉，视具体情况而定。十二月，清军再攻平凉，克取第一关厢。离城三里许，在南山屯营。欲前进攻城，因沟深地险，难以下营，城未能速下。康熙帝指示，叛军长据平凉，皆因有粮有恃无恐，如断其粮道，叛军自困。城西北通固原要路，你们要速断粮道以困之。
此时四川的叛军正向平凉方向进发，若他们与王辅臣会师，将给平定陕西带来极大困难。同时还将影响到进剿湖南乃至整个战局。康熙十五年（1676年）二月，康熙帝决定派遣都统、大学士图海为“抚远大将军”，授以全权，总辖陕西满汉大军，前赴平凉，剿灭王辅臣。离京时，率每佐领护军二名，组成一支数千人的部队，增援围攻平凉的清军。在此之前，新授宁夏提督的赵良栋至京陛见，康熙帝命他兼程赴宁夏。同时，又授都统毕力克图为“平逆将军”，负责统辖现驻宁夏的满洲与蒙古兵，镇守地方。
图海，姓马佳氏，满洲正黄旗人。初任笔帖式加员外郎衔。顺治二年，改授国史院侍读。后被皇帝赏识，授秘书院学士，累升至宏文院学士、列议政大臣、加太子太保，管刑部尚书事。因犯律被革职，后又再次起用，授满洲都统。康熙二年，剿灭李自成余部郝摇旗、李来亨有功，屡屡获得升迁，被任命为户部尚书。不久，察哈尔蒙古首领布尔尼叛乱，他又被任命为“副将军”，同“抚远大将军”信郡王鄂札率师征讨。他迅速平定布尔尼叛乱，被授予一等男爵位。
有关图海的任命，康熙帝对董鄂等陕西诸将是这么说的：我国家自创业以来，克敌攻城，必主帅奋勇先登，军士效死苦战，方能建树大功。而你们凡遇敌，大都观望不前，只叫士卒前驱冲阵，其督抚也多坐失机宜，故劳师匮饷，不见成效。因此特命大学士图海为“抚远大将军”前往平凉，统率诸军。你们要痛改前非，殚心图效，若仍蹈前辙，一经图海指示参劾，必置重典！
康熙十五年（1676年）二月二十六日，康熙帝接见图海，赐他御用之物，并为他举行隆重仪式，送他率部离京出征。
就在图海离京前后，陕甘形势变得更加危急。四川叛军正向巩昌、秦州逼近。其中，吴之茂所率川军已非常靠近秦州城。他屯兵于北山，阻断临巩之路。二月二十五日，陕西提督王进宝会同“振武将军”佛尼勒等向北山川军发动进攻。吴之茂率部迎战，被清军击败，属下总兵徐大仁被俘，另有四名总兵在交战中阵亡，还有二百余名参将、游击也都死于激战中。
三月初，王辅臣命总兵陈甲率步骑一万五千余人，杀至灵州，并命总兵李国良率军八千由靖宁赶来增援秦州。四月十六日，叛军万余人直犯通渭县，该城守将弃城而逃。自宁夏提督陈福被杀后，叛军进攻宁夏，堡镇多陷。
三月十七日，图海率部抵达平凉。他首先向广大兵士宣布康熙帝奖励的旨意，颁发赏银，明军令，申约束，军威大振。此时围攻平凉之清军，已达十万人马。
王辅臣之所以仍然不降，源于内心的恐惧，他始终拿不准，清廷是否会真的赦免他。
平凉城北，有一座山冈，叫虎山墩。站在这上面，可以俯视全城。此处也是平凉通往西北饷道的咽喉，王辅臣在这里布置了万余精兵，以策应平凉。
图海决定先夺下虎山墩。他说：“此平凉咽喉，得此则饷道绝，城不攻自下矣。”他随即命大队人马进攻虎山墩。叛军前为步兵，后为骑兵，布列火器挨牌迎战，向清军冲来。叛军居高临下，占据地理优势，清军攻得相当艰苦。从上午一直激战到午时，叛军总兵有二人阵亡，图海使用人海战术，命各部交替进攻，虽伤亡惨重，但最终夺得虎山墩。
清军把夺取的大炮和自带的重炮运到冈上，向城内发射，城内大乱。图海命幕客周昌进城劝降。周昌，字培公，荆门儒生，善计谋。他曾佐助“振武将军”吴丹有功，授以七品官录用。图海至潼关，他献上平凉策，被召为幕僚。王辅臣手下参将黄九畴、布政使龚荣遇与周昌是同乡，曾屡劝王辅臣投降。他们用蜡丸传书，密送周昌，转告图海。周昌自告奋勇冒死进城劝降，只有一个要求：母亲孙氏以父死殉节，他愿以身许国，为母请旌。图海感其壮烈，当即同意。特授以参议道名义前往。王辅臣迫于形势，最终听从了周昌的建议，派手下副将随周昌出城，面见图海，表示愿意投降。图海速派人进京请示，康熙帝颁发大赦令。六月六日，图海命周昌携带赦诏，再次进城抚慰。次日，王辅臣派龚荣遇率民众代表出城，向图海献平凉军民册。其子王继贞及总兵蔡元等上缴吴三桂的扎付二纸、“平远大将军印”、“陕西东路总管将军印”各一颗及各札文件。
王辅臣虽降，但他仍对朝廷的诚意深有疑虑，不肯出面见图海。六月十三日，图海再次派周昌与他的侄儿、前锋侍卫保定一起进城，极力劝说王辅臣。王最终于十五日出平城，亲自到图海营帐，“叩头谢恩”。图海与王辅臣“钻刀设誓，保其无他”。图海命副都统吴丹入城抚定，此后云南土司总兵陆道清等先后来降。
王辅臣降后，康熙帝履行诺言，恢复王辅臣原官，加太子太保，提升为“靖寇将军”，命其“立功赎罪”，他的部下将吏一律予以赦免。吴三桂遣发来助战的苗兵也同时投降，康熙帝令其皆回原籍，给予赏钱，与家人团聚。官员各加一级，从优升赏土司总兵陆道清为左都督兼太子太保。投诚的黄九畴、临时委任的参议道周昌升为布政使，“发往湖南招抚”。周昌之母也得到旌表，遣官至祭，给银建场。
王辅臣的投降，是一个分水岭，陕甘局势急转直下，所有叛乱迎刃而解。奉命前来与王辅臣会合的吴之茂，得知平凉已破，于六月二十六日夜，率部从秦州退却。“振武将军”佛尼勒、张勇、王进宝统满汉大军随后追剿，至牡丹园大败吴部。继而追击，于西和县北山，给叛军以致命击。吴之茂带着十余名亲兵仓皇而逃。将军穆占也于六月二十七日进兵乐门，吴三桂麾下王屏藩逃跑，在红崖被清军击败，清军收复礼县。王辅臣任命的原固原巡抚陈彭、庆阳总兵周养民、嘉峪关总兵王好问、关山副将孔萌雄等，相继投降。八月三日，张勇等攻取了阶州，叛军总兵陈友功等献城投降。
关陇平定，四川叛军被逐出省，陕西只有汉中与兴安两处仍被叛军占领。康熙帝顾虑汉中、兴安转饷困难，命令暂停进攻，由图海率部赴湖南讨伐吴三桂。图海上疏，平凉等地，刚刚收复，人心未稳。若大军前往湖南，则陕西空虚，唯恐人心再变。于是康熙帝将图海与王辅臣留镇陕西，以前锋统领穆占佩带“征南将军印”，率陕西和河南满汉各军前往荆州，助剿吴三桂。
平定王辅臣陕甘之乱，屡有反复，很不容易。主要靠的还是张勇、王进宝、赵良栋等汉人将领。其所率部队，基本上也都为汉人。此战场之上，皇亲贵胄的不顶用，和这些汉人形成了鲜明对比。康熙帝不禁想起清朝开国之初，那时候的满人将领，都是勇猛无比，智勇双全，但即使在这种情况下，消灭南明还有李自成余部，主要靠的还是那些前明的降将。他感慨汉人并不比满人差，只是缺乏英明的领袖。“自古汉人逆乱，亦唯以汉兵剿平，彼时岂有满兵助战哉？”以汉治汉，是一剂良方。
清军在西北战场的胜利，不仅仅是解除了清廷卧榻旁的威胁，同时具有更深远的战略意义，让清廷从西北战场脱身，抽调兵力开赴湖南战场，加重了清廷胜利的筹码。