黄巢一度向往和留恋的长安城再次成为纷争和杀戮的主要战场。等一切都安定下来的时候，长安的建筑已经荡然无存，只有残垣断壁还保留有昔日雄伟的影子。这个曾经包容万千的城市，已经被肢解得支离破碎，不知道秩序和道德为何物了。以致宋朝开国皇帝赵匡胤在选择京师的时候，西望长安，也不得不深深叹息：这个盛名超过了历史上任何其他政治中心的城市，在历经了千万杀戮后，再也没有成为京都的可能。
黄巢建立大齐政权后，与之前一度战无不胜、攻无不取的威风形象判若两人，既没有出台什么改革措施，以稳定人心，也没有及时出兵，乘胜追击望风而逃的唐僖宗，也没有消灭关中附近的禁军，以致给了唐朝廷以难得的喘息机会。
而黄巢本人当了皇帝后，开始了花天酒地的享乐生活，一头扎进了后宫的温柔乡中，为争相献宠的宫女和宦官所包围，与宫门外的世界完全隔绝。上行下效。农民军将领们在得到高官厚禄后，也沉湎于纸醉金迷的生活，不思进取。尤其令人难以置信的是，黄巢也很快学会了唐朝皇帝的那一套，开始派宦官去当监军。这是相当令农民军将领寒心的一项新举措。这些农民军将领在外驻防，辛苦地拱卫长安，非但不能享受京城花天酒地的生活，还要遭到曾经称兄道弟、亲密相依的大齐皇帝的猜忌，背后始终跟着双监视的眼睛，这是怎样的感受，又是怎样的难受！从某种程度上说，后来不少农民军将领投降唐朝廷，多多少少跟宦官监军有关。
不过，黄巢进长安后立即传檄诸道，收服藩镇。在农民军声势的威慑下，唐藩镇中有十分之三四都投降大齐政权。黄巢一时更加志得意满。他没有意识到，这些藩镇不过是各怀私心，不愿意替唐朝廷出头，暂时持观望态度，降跟叛一样，对他们来说不过是家常便饭，这些藩镇实力雄厚，对农民军的潜在威胁却丝毫没有减少。首先发难的是已经投降黄巢的河中留后王重荣。
王重荣三兄弟皆入军籍，父亲是禁军将领。乾符年间，王重荣任河中都虞候。广明元年（880年）十一月，正值黄巢跨过长江，进兵中原之际，唐朝廷忙得焦头烂额，疲于应付。王重荣趁机煽动军士作乱，四乱抢劫，河中坊市被抢夺一空。并率军包围了节度使府，要求河中节度使李都交出大印。唐朝廷对此无能为力，只好顺乎“民意”，任王重荣为河中留后，将河中节度使李都召回京师。自此，王重荣完全控制了河中兵权。黄巢率军攻克潼关后，王重荣主动派人向黄巢请降，于是被黄巢任命为河中节度使。
黄巢虽然攻进了长安，但农民军所控制的地盘只限于长安四周。黄巢进长安后，粮草供应是农民军最紧迫的问题。农民军四处流动作战，还不能控制漕运，河中（今山西永济）的地位在这个时候就凸显出来。为了调发兵粮，黄巢不断派遣使者到河中督促粮运，使者前后竟然有数百人之多。河中吏民不堪忍受，苦不堪言。王重荣忍无可忍，对部众说：“起初我屈节事贼，是想缓解军府的急患，如今黄巢来调财不已，又要征调士兵，我们早晚要死于他手，不如发兵抗拒黄巢。”“众皆以为然”。于是将黄巢派来的使者全部处死，重新归附唐朝。此时，距离王重荣主动投降黄巢不过十四天。
王重荣料到黄巢必然来大举来攻，一面积极备战，一面主动与义武节度使王处存联络，要求连兵抗齐。
王处存祖上数代均为神策军军官。他父亲一面当官，一面经商，这是当时神策军官流行的做法。但王父却善于经营，很快成为长安巨富。王处存成年后也能继家声，当上了节度使，成为家族中官职最高者。王处存听说长安失守后，痛哭了好几天。这其中自然有心痛王家在长安的巨额财富的因素在里面。之后，王处存决定与农民军不共戴天，所以，他在出师对抗黄巢的行动中特别积极，与其他藩镇要么投降黄巢、要么坐山观望的态度截然不同。当时僖宗还在逃难当中，王处存不等收到诏令，就主动派军队入援，调遣军队二千人走小道赶到兴元，以护卫僖宗的车驾。
黄巢听到王重荣杀掉己方使者的消息后，勃然大怒，派弟弟黄思邺从华州发兵，得力部将朱温从同州发兵，两军会合后，一齐进攻河中。然而，王重荣早有防备，出兵拒战，大破黄思邺和朱温军。刚好此时大齐的吏部尚书兼水陆转运使张言押运四十多船粮食兵仗，停在风陵渡，也被王重荣趁势截获。张言无法向黄巢交差，只好只身驾小舟往下游逃去。
之后，长安农民军的军需供应就更加困难了。黄巢的得力谋士费传古出了个主意，让黄巢派朱温开辟一条山南交通线。朱温率数千精兵，奔驰千里，一举拿下邓州。有了邓州作屏障，商、洛至兰田关的运路便畅通了。如果再给朱温增兵，或者由朱温自行发展，逐步打通襄、荆大道，形势可能会再生变化，但此时黄巢还无此远虑，朱温本人也未必有此雄心。
王重荣一战得胜后，声势大振。义武节度使王处存亲自率部赶来支援。而惊魂未定的唐朝廷也开始了调度，以进行反击。僖宗任命凤翔节度使郑畋为京城四面诸军行营都统，相当于进攻长安的总指挥。郑畋走马上任后，立即任命泾原节度使程宗楚为副都统，前朔方节度使唐弘夫为行军司马。大批唐军开始调动，向长安结集。
长安城中的黄巢这才开始担心。中和元年（881年）三月，黄巢派尚让率众五万进攻凤翔，打算打败在凤翔指挥唐军的郑畋以壮声威。尚让自恃农民军一直战无不胜，而对手郑畋不过是一介书生，定然不谙军事。然而，麻痹大意下，尚让军在龙尾陂中了埋伏，被唐军大败，农民军损折过半。
郑畋乘胜传檄天下藩镇合兵推翻大齐黄巢政权。当时僖宗李儇逃入成都，诏令不通，诸镇以为唐朝廷就此完了，因此大多坐山观望局势发展，收到郑畋檄文后，诸镇各怀目的，争相发兵关中。夏绥节度使拓跋思恭也纠合夷、夏之兵，会合鄜延节度使李孝昌，结盟讨伐义军。代北监军陈景思率沙陀酋长李友金及萨葛、安庆、吐谷浑诸部入关助阵。奉天镇使齐克俭主动派人与郑畋联系，要求效力。前夏绥节度使诸葛爽本已投降大齐，此时又自河阳奉表降唐。
中和元年（881年）四月，唐军向长安推进。郑畋坐镇盩厔，命唐弘夫进军渭北，王重荣驻守沙苑，王处存进居渭桥，拓跋思恭扎营武功，形成围攻长安之态势。
尚让兵败回长安后不久，便发生了尚书省大门题诗事件。尚让怒不可遏，在长安大肆屠杀。整个长安笼罩在一片恐怖的气氛中。加上城外唐军大兵压境，就连农民军自己也感到气氛紧张，压抑得令人难受。
在这样的情况下，黄巢非常担心长安城内发生变故，农民军受到里应外合的夹攻。他现在才知道，皇帝的宝座并不是那么好坐，长安的天子也不是那么好当。他曾经向往的华丽的宫殿，在目前看来只是空落落的成片的屋子，令人恐惧而没有安全感。
显然，在各种各样莫名的压力下，黄巢的日子十分不好过。中和元年（881年）四月初五黄昏时分，黄巢正一肚子惆怅，烦恼不堪。北苑突然有唐军大声叫喊，黄巢误以为唐朝大军赶到，惊惶失措，匆忙率军从春明门出城，往东退走。城内其他农民军得知皇帝逃跑后，纷纷就近从各门一拥而出。数十万农民军就此退出了长安，散布在灞上和南郊山野。长安顿时成了一座空城。
值得一提的是，农民军完全是在不明唐军的情况下因恐惧撤出长安城的，并非是黄巢事先胸有成竹，安排了“诱官军入城，伺机反攻”的妙计。只不过，黄巢出城后不久，天便黑了下来，如果点火继续赶路很容易被唐军发现目标，于是黄巢就地安营扎寨，打算第二天天亮再走。想不到，这一停，局势就完全起了变化，令人不得不感慨偶然性在历史棋局中的神妙。
黄巢匆忙撤退后，城外的唐军也搞不清城中的情况。唐京城四面诸军行营副都统程宗楚率部先自延秋门进入，行军司马唐弘夫唯恐落后，也紧跟着贸然进入。随后，义武节度使王处存率五千锐卒入城。
长安城内的百姓听说唐军打回来了，争相赶来欢迎庆贺，为唐官军献食敬酒，欢呼声响成一片。有百姓还用瓦砾投击尚在城中的黄巢散军，也有百姓主动收拾箭头供给唐官军。由此可见黄巢在长安始终不得人心。
这时候，天已经黑了，先入城的程宗楚、唐弘夫、王处存三路人马争功图利心切，贸然进城后，谁都没有想到要派兵去守城，而是生怕后面诸将都赶到后抢了功劳，既不派人向总指挥郑畋报告，也不跟长安外围其他各道人马联络以结援兵，更不打算派兵追击农民军，而是连夜疯狂地去抢战利品。这一抢就乱了套，不光是抢官署的，连百姓家也遭了抢。
因为已经是晚上，夜黑难辨，为了便于识别，王处存下令唐官军通通用白布裹头。许多长安坊市无赖之徒却趁机浑水摸鱼，也以白巾为号，混同唐军，一起趁火打劫。长安城里无比混乱，长安百姓再一次承受了巨大的苦难。这苦难，是难以名状的，他们本来是欢天喜地地盼回了唐军，却想不到官军无恶不作，跟农民军没有任何区别。当夜，唐军大肆掳掠财帛，奸淫妇女，乱不成军。
此时，黄巢正露营长安城东灞上，得知唐军正在城中大肆劫掠。他断定进入长安的几路人马没有统一指挥，且各自为战，当机决定引兵反攻。第二天天明时，黄巢主力军分头从诸门回返长安，展开巷战。唐军事先没有任何防备，而且经过一夜抢劫，每个官军都收获极丰，身上背满了抢来的财物，重负难行，毫无还手之力，以致被杀者十之八九，几乎是全军覆没。唐主帅程宗楚、唐弘夫也先后被农民军杀死。只有王处存反应快，加上熟悉长安地形，收集少数残兵败将，狼狈逃出长安。
围攻长安的各路唐军，遭此挫败，只得撤围。黄巢军声势更盛。之后，黄巢恼恨长安百姓曾经帮助唐官军，纵兵进行报复性地屠杀，称之为“洗城”，长安城血流成河。
唐军收复长安不到一天，便遭受了重大挫折。但这“光复长安”消息却传了开去，由于时间的滞后性，引发出一连串的事来。
农民军同州刺史王溥、华州刺史乔钤、商州刺史宋岩听说黄巢已经退出长安，均慌忙弃城而走，率部众投奔邓州朱温。朱温此时尚忠实于黄巢，对三人弃城而逃极为恼怒，将王溥、乔钤斩首示众，收编了他们的部队，而将宋岩释放，让他率军回商州。
稍有风吹草动，从上到下，从黄巢到农民军部将，便弃城逃走。这只能说明，所谓的大齐政权还只是一个名号，从体系上而言，是相当不稳固的。
受到“光复长安”消息影响的，还有忠武军节度使周岌。周岌原为唐朝廷任命，刚到许州上任，就遇到黄巢攻克长安。不几天，黄巢传檄到许州，周岌不敢强出头，只好投降了黄巢。听到唐官军光复长安的消息后，周岌立即派人去请老监军杨复光（曾经劝说王仙芝归降、直接导致尚君长之死的那位监军）。杨复光心向唐朝，一直不满周岌投降。左右都劝他不要去：“周岌已投降黄巢，恐怕将不利于你，不可轻易前往。”杨复光回答说：“事已如此，义不图全。”（《资治通鉴·卷二百五十四》）于是前往赴宴。去了才知道，原来周岌是想重新归附唐朝。当晚，杨复光派其养子在驿馆将黄巢使者杀死。
后来周岌得知黄巢重新占领了长安，还是决定要力保唐朝。他与杨复光商议，决定先下手为强，铲除对许州威胁最大的邓州朱温。于是，由周岌镇守许州，杨复光率领忠武军三千人到蔡州，劝说雄踞蔡州的秦宗权（后于蔡州称帝）一同举兵讨伐黄巢。秦宗权于是派遣其部将王淑率军三千人随从杨复光进击邓州。
王淑颇为私心，故意逗留不进，结果被杨复光斩首，军队也被兼并。杨复光又将忠武军八千人分为八都，派遣牙将鹿宴弘、晋晖、王建、韩建、张造、李师泰、庞从等八人分别统率。这些人中后来有几位声名鹊起，成为五代史中的重要人物，王建就是后来称帝的前蜀高祖。杨复光率领八都军与朱温作战，朱温败走，经商州逃回关中。此时同州和华州已经被唐官军所夺，黄巢便命朱温不必进京，前去夺回同州，再任同州刺史。
朱温没有退路，经过激烈厮杀后，终于夺回了同州。但州境之内的沙苑却是唐两大节度使王处存、王重荣的大本营，有重兵驻守，朱温时刻处于威胁之中。
黄巢再次夺取长安后，痛定思痛，也极力想打开局面。中和元年（881年）六月，黄巢派王播围攻兴平（今属陕西），击败了唐邠宁节度使朱玫。八月，黄巢再派李详击败唐昭义节度使高浔，乘胜收复华州。十一月，农民军将领孟楷、朱温进军富平（今陕西富平东北），唐邠、夏二军大败，各自退兵回归本道。
然而，摧毁旧势力容易，要建立新秩序困难。黄巢军虽然四处作战，或胜或败，但始终未能打开局面。他不知道建立根据地，因此农民军的队伍虽壮大发展，但给养困难。给养一困难，农民军只能去劫掠，纪律很难维持。如此，他始终得不到民心，新秩序就无法建立起来。黄巢虽然称帝，但“号令所行，不出同（今陕西大荔）、华（陕西华县）”，基本上仍然局限于长安一隅之地。实际上，他这个大齐皇帝，充其量不过长安城的城主而已。
这已经不仅仅是黄巢的理想问题，而是有农民军的特质决定的。农民军长期习惯于流动作战，这是唐末农民起义中独特的战略战术，利于保存实力。黄巢起义军正是在大规模的运动战中，牵着唐军疲于奔命，顾此失彼，使唐朝对洛阳、淮南、江南不能兼顾，才取得了攻占长安的胜利。但是，流动作战容易产生流寇主义思想，没有建立稳固的根据地。即使在其声势十分强大时，也往往是攻下一城，不久又丢弃，像东都洛阳这样的经济、军事重地也不留一兵一卒驻守。这就使唐军得以重新占领被农民军波及的地区，并逐渐收缩包围圈。而农民军到长安后，仍然未能巩固。这样，农民军得不到充足的供给，后勤没有保障。一些乡绅富豪多入深山，“筑栅自保，农事俱废，长安城中斗米直三十缗”。到了后来，农民军将士不得不以树皮来充饥，甚至发生了吃人事件。在这样的情况下，自然谈不上有什么战斗力。因此，当唐诸路大军云集长安，向农民军发起总攻时，形势便急转直下，历时三年的大齐政权也就很快崩溃了。
黄巢起义给了唐朝廷的统治最后一击。而这个王朝真正的掘墓人，却是跟随黄巢起义的叛将朱温。朱温近于无赖，是中国历史上颇为传奇的人物。毛泽东曾经评价他说：“朱温处四战之地，与曹操略同，而狡猾过之。”朱温跟曹操一样，生逢乱世，成长为一代枭雄。他一生改过三次名字，从父母取的朱温，到唐朝廷赐予的朱全忠，再到自取的朱晃（取如日之光之意），每一次改名都代表着他在政治生涯中的一次变色，他也因此被人称为变色龙。张飞骂吕布是三姓家奴，朱温其实也差不多。
与朱温有关的重大历史事件，在相关的篇章中都会提到，这里要讲的，是朱温令人费解的情爱之谜。这个在历史上以残酷暴虐出名的枭雄人物，偏偏既宠爱又惧怕妻子张氏，成为当时的一大奇事。
朱温，宋州砀山（安徽砀山县）人。兄弟三人，老大朱全昱，老二朱存，朱温排行老三。朱父朱诚是乡下的穷教书先生，朱温还未成年时，父亲便去世了。朱母只好带着三个孩子到萧县地主刘崇家当佣工，朱母给刘家织布洗衣服，老大老二放牛种田，朱温放猪。这时候，谁也不会想到，一个放猪的孩子以后会成为后梁的开国之君。
朱温从小爱使枪弄棒，蛮勇凶悍，时常在乡里惹事生非，不好好干活儿，所以乡亲们很讨厌他，刘崇也常常用棍子打他。奇怪的是，刘崇的母亲很喜欢朱温，经常亲自给他梳头，还告诉其他人说：“朱三（朱温小名）不是一般人，你们要好好待他。”别人问为什么，她说曾经有一次看到朱温熟睡时变成了一条赤蛇。大家都笑，谁也不相信。
朱温的性格应当归因于他的生长环境。他是家中最小的孩子，朱母当然要宠爱一些。但是寄人篱下，在低人一等的环境中，他却不安分守己，朱母又少不了经常斥责，恨他不争气。在母亲面前，既被宠爱又被斥责；在主人刘崇面前，既受人白眼又被责打，自然而然，养成了朱温狡猾奸诈的品性。
历史上总有这样一类人，如果他们生在太平盛世，只是一帮一无是处的无赖，为世人所轻贱。可是这些人如果生逢乱世，一切都没了秩序，礼法被抛在了一边，道德被践踏在脚下，弱肉强食，一切都要靠手中的刀来说话。这时，往往是他们大显身手的时候。朱温正是如此，当他投身到混战争霸的洪流中，狡诈立即变成了智谋，使得他在险恶的环境中屡屡获胜，直至最后成全了他的帝业。
朱温从小不喜耕田，专喜打猎，常常带着弓箭到深山里猎取一些山鸡野兔。有一次，朱温和二哥朱存在宋州郊外打猎，遇到了到龙元寺进香还愿的富家少女张氏。张氏是宋州刺史张蕤的女儿，温柔美丽。朱温对张氏一见倾心，慨然对二哥说：“过去，汉光武帝曾经说过，‘仕宦当作执金吾，娶妻当如阴丽华’。当日阴丽华也不过如此，而我未尝不可以成为汉光武帝呢！总有一天，非把张女娶为妻子不可。”朱存讥笑弟弟癞蛤蟆想吃天鹅肉，自不量力，对朱温的这番大话也没有太当回事。朱温遇张氏的故事见《北梦琐言》。
僖宗乾符二年（875年），黄巢起义爆发，农民军路过宋州，朱温与二哥朱存都参加了农民起义军。这时朱温已经二十六岁了，不过是农民军中一个普通的战士。谁也不会想到他日后竟然会成为风头不亚于黄巢的风云人物。不久，朱温凭着身强体壮，敢于冲锋陷阵，以力战屡捷，得补为队长。但他的二哥朱存却在跟随黄巢攻广州时战死。
参加黄巢起义军后，朱温念念不忘张氏，而不像其他农民军将领一样，任意将掳来的良家女子作为妻房。甚至朱温为了再见到自己梦中情人，还怂恿黄巢出兵攻打宋州。不料宋州刺史张蕤早已离任，后任刺史坚守城池，再加上唐官兵援军四至，农民军无功而返。
朱温以自己的勇猛善战深得黄巢的信任，遂倚为亲信。黄巢攻下长安建立大齐政权后，派朱温领兵屯于东渭桥。后任朱温为东南面行营先锋使。不久，朱温攻下了南阳，回师长安时，黄巢亲往灞上迎接。之后，黄巢再派他到各地去打仗，朱温“所至皆立功”。此时，朱温参加黄巢的起义还不足五年，已经成为黄巢手下数一数二的战将。
僖宗广明二年（881年）二月，黄巢为了减轻东南方面唐军的压力，派朱温率兵攻打邓州（今河南邓县），朱温一举攻克了邓州并俘获了刺史赵戎，从而加强了从东南方面进入关中的荆、襄要道。后来，因为投降了黄巢的唐忠武节度使周岌的归唐，当忠武监军杨复光进攻邓州东北的南阳时，朱温战败，被迫北撤，率余部退回关中。此时唐朝各藩镇的勤王部队与黄巢展开了西安争夺，朱温在长安周围，又参加了一些反对唐军围攻长安的斗争。他曾与黄巢的另一员得力干将尚让一起，在东渭桥击退唐将李孝昌和拓跋思恭的进攻，接着又与黄巢的另一个大将孟楷一起，在富平击败了李孝昌和拓跋思恭的军队。
由于朱温在战场上英勇善战、屡立战功，中和二年（882年）正月，黄巢任命朱温为同州防御史，让他带兵去从唐军手中夺回同州。唐朝的同州刺史米诚弃城逃奔河中，朱温顺利地占领了同州。这是农民起义军的势力第一次跨过渭水，在渭水北岸建立了一个重要的军事据点。
就在朱温为同州防御史的时候，他与自己的心上人张氏意外相逢。此时张氏因父母双亡，孤女无法生存于乱世，早已经沦落为难民，流落到同州，为朱温部下所掠取，见她美貌出众，便进献给朱温。朱温认出了张氏，欣喜若狂。张氏却根本不认识朱温。当她得知朱温是自己同乡，且在数年前就对自己倾心不已，一直念念不忘，以致至今未娶，不禁十分感动。朱温趁机嘘寒问暖，提出要娶张氏为妻。张氏正处在家破人亡、流离失所的境地，又见到朱温确实是真情一片，自然不能拒绝。
为了表示隆重，朱温还千辛万苦地寻访到张氏的族叔，按照古礼，三媒六聘，择吉成婚。可见他对这门亲事是何等的看重，张氏在他心中的地位也由此可见。过了几天，朱温大张旗鼓地娶张氏为妻，朱温身穿官服，张氏珠围翠绕，在红烛高烧的大厅上交拜如仪。一时传为奇谈。
朱温时为农民军将领，名声相当不好。时人都对他的娶亲持鄙视态度，还有人专门写了一首打油诗来嘲讽他：
居然强盗识风流，淑女也知赋好逑；
试看同州交拜日，鸣凤竟尔配啾鸠。
史载张氏“贤明有礼”，朱温“深加礼异”。这张氏到底是出身名门，确实有几分才干。据说她分析政事，头头是道，且料事如神，语多奇中，每为朱温所不及。朱温遇事，必先问张氏然后施行。有时朱温已经督兵出行，途中有急使驰来，说是奉夫人命叫他回去，朱温当即勒马回师，毫不迟疑。可以说，朱温对妻子又敬又怕，这大概就是所谓的一物降一物吧。
推断起来，张氏一定在朱温投降唐朝的事上起了相当关键的作用。她身为官宦之女，父母均死于战乱，自己也流落一方，险遭被蹂躏的命运。她内心深处，肯定是痛恨农民军的。
朱温投降唐朝廷后，唐朝廷为他改名为朱全忠，并任命他为汴州（今河南开封）刺史、宣武军节度使。
萧县属于汴州管辖，朱母一直还在萧县生活。朱温派人到萧县刘崇家迎接老母。刘崇家在山野僻乡，几乎与世隔绝，也不和外面通消息。朱母自朱温和朱存走后，一直没有听到儿子们的消息，以为他们哥俩不是战死就是饿死了。听到官军进了村，指名道姓找朱温的母亲，还以为两个儿子做了强盗，官府来搜捕家属，吓得这老太太钻到灶下瑟瑟发抖不敢出来。后来听人说儿子当了朝廷的大官，她还不肯相信，说：“阿三（朱温小名）落拓无行，恐怕是做贼送了性命，现在的汴帅一定不是我儿，你们是不是搞错了？”死也不肯认。最后，朱温派去迎接她的人详细叙述了朱温小时候的事情，朱温的母亲才相信是自己的儿子真的发家了。老太太一时悲喜交集，边抹着眼泪边上了车。
黄巢兵败后，僖宗从四川回到了长安，封朱温为检校司徒、同平章事（宰相），封沛郡侯。就连朱母也被封为晋国太夫人。这一年，朱温三十二岁。
有一次朱母过生日，朱温端起一杯酒敬给母亲，洋洋得意地说：“朱五经（朱温父亲的外号）一生辛苦，不得一第。今有子为节度使，晋登相位，膺封侯爵，总算是显亲扬名，不辱先人了！”说罢哈哈大笑。
自黄巢起义以来，唐朝各地的藩镇各自拥兵自守，很少能听朝廷调遣。朱温能归顺朝廷，朝廷认为他可以依靠，所以屡屡给他加官晋爵，笼络他为朝廷出力。僖宗光启二年（886年），朱温进为东平郡王，权势更大了。他借着朝廷的名义，不断地向山东、河北扩张，不几年，便成了以汴州为中心的中原地区最大的割据势力。
朱温为人凶残无比，动不动就处死将士，朱温用兵法令严峻，每次出战，一个分队主帅若出战而不回来的，其余士兵一体处斩，称作“队斩”。因此战无不胜。手下健儿不耐酷法，多窜匿州郡，朱温疲于追捕，下令全军纹面，健儿文面自此开了先河（据《五代史补》）。但朱温对妻子张氏往往敬爱有加。每次军谋国计，必先听从张氏的意见。朱温时时暴怒杀戮，张氏加以救护，许多无辜的人因此得以保全。
朱温的长子朱友裕攻徐州，在石佛山大破朱瑾，朱瑾逃走，而朱友裕舍弃不追，朱温因此大怒，夺了朱友裕的兵权。朱友裕惶恐之下逃亡山野，藏在深山里好几天不敢回来，后来藏到朱温的哥哥那里。张氏派人悄悄叫他回来，朱温一看到朱友裕，怒不可遏，立命左右把他拉出去斩首。张后来不及穿鞋，赤足从屋里跑出来，抱住朱友裕说：“你单身回来，不就是为了证明你不反吗？”朱温听到张氏的话，气立时消了，与朱友裕父子如初。
朱瑾战败逃走，其妻子被朱温掠取。朱瑾的妻子是十分美貌，以朱温的好色如命，自然不打算轻易放过，预备占为己有。张氏知道后，便先迎上去，对朱瑾的妻子说：“兖、郓和我们是同姓之国，他们兄弟因为一点点缘故大动干戈，使姐姐沦落到如此地步。假如汴州被攻破，我也就和姐姐一样了。”
原来当初黄巢败亡之后，秦宗权趁机称帝，攻占了河南的许多地方，成为与朱温在中原较量的首要对手。当时朱温兵少，不得不向兖州（今山东兖州）的朱瑾求助。朱瑾出兵，在汴州北面孝村一战取胜，秦宗权打败，从此走向衰落，最后灭于朱温之手。
朱温听了妻子的话后，心中不忍，感到愧对朱瑾。如果当初若没有朱瑾的相助，朱温也没有力量打败秦宗权。他这次借口朱瑾诱降己方的将士出兵，其实也是为了兼并朱瑾的地盘，如果再强占他的妻子，实在有些说不过去，也怕张氏不高兴，干脆顺水推舟做个人情，让朱瑾的妻子出家为尼了。之后，张氏一直供应朱妻的衣食。
昭宗天祐元年（904年），张氏病重。当时唐室大权，尽归朱温，朱温正要迫昭宗禅位，得知张氏重病的消息，连夜兼程回汴探妻。张氏已是骨瘦如柴，昏迷不醒。朱温痛哭失声。张氏惊醒，勉强睁开眼睛，看见朱温立在榻前，便凄声说：“妾病垂危，将与君长别了。”
朱温悲咽难言，握住爱妻的手，恻然说：“自从同州得遇夫人，已二十余年。不止内政多赖你主持，外事也须你筹谋定夺。今已大功告成，我转眼将登大位，满指望与你同享尊荣，再做几十年夫妻。谁想到你病得如此之重，这该如何是好！”
张氏听到朱温要登大位，就明白他再叛唐朝的野心已生，流泪说：“人生自有生死，况妾身列王妃，所得已过多，还奢想什么意外富贵，只是君受唐室厚恩，不可骤然废夺。试想从古到今，太平天子能有几个？”
朱温叹息说：“时势逼人，不得不这样。”
张氏知道丈夫心意已决，难以挽回，长长地叹了一口气说：“君既有鸿鹄之志，非妾所宜知，但妾有一言……君英武过人，其他的事都不可虑，只有‘戒杀远色’四字，恳请君随时注意，我死也瞑目。”说罢气血上涌，痰喘交作。到了后半夜，终于撒手离世。
朱温痛哭不止。而朱温部下将士也多流泪，因为朱温生性残暴，杀人如草芥，一旦性情暴怒，只有他妻子能以柔克刚，婉言规劝，从而挽救了无数将士的性命，将士因她活命的不知多少，生死荣衰，她的死使朱温的驻地汴州城哭声震天，也足以见她的贤德了。
《北梦琐言》中有对张氏的评价：“张既卒，继宠者非人，及僭号后，大纵朋淫，骨肉聚耰，帷薄荒秽，以致友珪之祸，起于妇人。始能以柔婉之德，制豺虎之心，如张氏者，不亦贤乎！”朱温一生杀人如草芥，绝非开创基业的明君，人称刘邦、朱元璋也是一副流氓脾气，但刘邦、朱元璋做皇帝前多能折节事人，这一点朱温远远不及。朱温治军多用酷法，这样的人绝不会长久。朱温之所以一段时间内在北方纵横无敌，张氏对他残暴性格的克制未尝不是很重要的原因，当然还有包括天时地利在内的一点点运气。但无论如何，一个残暴如豺的枭雄人物，竟然为一个纤纤弱女子所制，这不能不说是传奇。
天祐四年（907年）四月，五十六岁的朱温在一班亲信的策划下，废掉了唐朝最后的小皇帝哀帝，自立为帝，国号为梁，号为梁太祖，建都汴（今河南开封）。至此，统治中国近三百年的李唐王朝寿终正寝。
从武则天时，民间一直有谶语流传：“首尾三鳞六十年，两角犊子自狂癫，龙蛇相斗血成川。”以前有人解第二句为姓牛的人，故当时牛李党争以此为借口，吵得不可开交。到后来，有人解第二句为朱姓。时人认为是唐朝灭亡果然应验在朱温身上。
当年，朱温被唐朝廷赐名朱全忠，有人说全拆开是人王，忠是中心，是个不好的兆头，朱温对朱全忠这个名字一直耿耿于怀。之后，朱温改名朱晃，表示与唐朝皇帝赐名的朱全忠一刀两断，也表示与农民起义将领的朱温毫不相干。为了表示对张氏的怀念和尊重，“开平二年，（朱温）追封（张氏）贤妃，至乾化二年十一月二十三日，追册曰元贞皇后”（《五代会要》）。
朱温以农民军将领的身份起家，明目张胆地篡夺了唐朝江山，各地藩镇自然不服。像受封于晋阳的河东节度使李克用、西川节度使王建、及驻守在杭州的镇海节度使钱镠等，都纷纷各自为政，不听梁的节制。后来朱温虽然封他们为“王”，但也无法征服他们。于是，天下分崩离析，出现了许多诸侯国，中国再一次陷入四分五裂的军阀混战时期。可以说，中国历史上的第四次大分裂五代十国时期就是从朱温开始，自他开始，五代在短短的五十四年中就换了八姓十三个皇帝。所以有人说：“朱温篡唐，天下分崩。”
当上皇帝的朱温也不是一个好君主，他始终改不掉无赖本色和草寇习气，经常在宫中为所欲为。有一次，朱温在宫中摆家宴，喝得酩酊大醉，便与弟兄子侄们掷起骰子赌博起来。赌到高潮时，赢家兴高采烈，输家急红了眼，就不分长幼、不分君臣地对骂起来，几乎把个祖宗八代都骂了出来，跟大街上泼皮骂街没什么两样，整个皇宫闹得乌烟瘴气。朱温的大哥朱全昱本是个老实巴交的农民，在一旁实在看不下去了，上前一把夺过赌盆，摔到了地上，怒气冲冲地说：“叫你们赌，赌！恐怕我们朱氏一族，将来被你们赌灭了！”朱温正在兴头上，见大哥搅了局，顿时火冒三丈，也不管皇帝不皇帝，竟然挽起袖子，上前要与大哥打架。后来经过众人连拉带劝，兄弟二人才没有动起手来。朱全昱恨铁不成钢，不愿意再与弟弟见面，回到家后，立即收拾了东西，重新回老家宋州砀山种地去了。
朱温酷爱女色，这大概与他在年轻时在农民军中成长的经历有关。当时农民军将领大多习惯大掠女子，任意淫辱。不过，张氏活着的时候，朱温不敢轻易与其他的女人有染，等张氏死了，他被压抑多年的性欲爆发，开始肆无忌惮，个人生活的淫烂到了骇人听闻的程度，也由此为自己种下了死亡的祸根。
朱温到手下大臣河南尹张全义家中去避暑，竟然不顾君臣之礼，让张全义家“妇女悉皆进御”。前后十多日。张家的妻妾都被朱温召去侍寝，淫乱终日。
到朱温年老的时候，养子朱友文（本名康勤）的妻子王氏姿色出众，美艳无双，朱温非常喜欢她。由于王氏的枕边进言，朱温答应自己死后，由朱友文继承自己的皇位。这种以儿媳妇美貌来决定谁继承皇位的方式，可以说是朱温首创，旷古未闻。一向精明狡诈的朱温在老年也掉进了温柔陷阱，竟然因儿媳妇而舍弃亲生儿子，偏爱养子，这大概是朱温又一个情爱之谜。
朱温病重时，打算把朱友文从东都召来洛阳付以后事。朱温的亲生儿子朱友珪（朱温第三子）的老婆张氏也在朱温身边侍奉，见朱温打算传位给朱友文，马上告诉了自己的丈夫。朱友珪对父亲偏爱养子十分愤怒，决定先下手为强，悄悄联络了几个对朱温不满的人，打算连夜行动。他先化妆易服来到左龙虎军，见到统军韩勍，将朱温欲立朱友文的事告诉韩勍。
朱温治军严酷，当时军中逃兵很多，朱温便首创在士兵脸上刻字的方法。军士即便逃走，但因脸上的刻字，很容易被发现，一旦捕获，便被杀掉。这些残酷无情的军法，在那个野蛮的时代也是数一数二的，正是靠着这些军法，朱温军队的战斗力在当时的各藩镇中是最强。既会使用任何策略，又控制着一支强有力的军队，这使任何其他节度使都不能向朱温挑战。不过到了晚年，朱温日益猜疑忌刻，功臣宿将动辄因小过被杀。大将刘珍、李谠、王重允等，都曾出生入死给他打天下，都以不守军纪而随意就杀了。而邓季筠、黄文靖等，更因为阅兵时骑的马瘦，就成为被杀的借口，令人匪夷所思。
韩勍见功臣宿将多以小过错被朱温诛杀，一直担心祸及自己，决定与朱友珪合谋。韩勍手握兵权，事先派亲信牙兵五百人与控鹤士卒若干，悄悄埋伏于禁中，半夜突然斩门而入，直入朱温寝殿。皇宫内侍宫女惊恐不已，都四散逃走。朱温被惊醒，意识到有变故，坐起来问道：“反者是谁？”却见亲生儿子朱友珪走了进来。朱友珪冷笑说：“不是别人，是我。”朱温怒骂道：“我早就怀疑你不是东西，可惜没有杀了你。你背叛你父亲，大逆不道，天地也容不了你！”朱友珪也毫无示弱，与父亲对骂：“你这老畜生，早应碎尸万段了！”趁父子二人对骂的功夫，朱友珪的亲信冯廷谔持刀走近朱温，突然刺入朱温腹部。这一刀力道十分猛烈，以致刀刃从后背透出来。朱温当场身死，肠胃全流出来，血流满床。
朱温死的时候，肯定是不甘心的。他一生杀人无数，想不到最后却被自己的儿子所杀；他这一生贪淫好色，有过无数女人，最终却因女人结束了他的一生；他真心地爱他的妻子张氏，却没有遵从妻子临终前的“戒杀远色”四字遗言，以致最后身败名裂。他临死前，想到了张氏的遗言吗？
朱温死时，年六十一岁。朱友珪用破毡裹住朱温尸首，匆匆埋在了寝殿的地下。之后，朱友珪推说是朱友文遣兵突入大内，使朱温受到惊吓，病势危殆，矫诏杀死朱友文。朱友珪在洛阳自即皇帝位。
朱友珪杀父继位后，众兄弟都不服，特别是朱温和张氏所生的朱友贞，以嫡子的身份打起“除凶逆，复大仇”的旗号，在大梁起兵，联合魏博节度使杨师厚，兴师讨伐朱友珪。朱温女婿赵岩、外甥袁象先为内应。朱友贞军未至洛阳，袁象先等已率禁兵起事，朱友珪穷迫自杀，洛阳诸军十余万，大掠都市。朱友贞因此夺得了皇位。在五代史上，朱友贞是通过兵变夺取皇位的第一人，为以后的兵变提供了效仿的先例。
朱友贞即位后，后唐李存勗集中全力要攻灭后梁，双方便连年混战。朱友贞因为信用赵岩，外戚张汉鼎、张汉杰等人，大将出兵也派他们随往监视。赵岩等人又仗势弄权，卖官枉法，离间将相，赏罚不明，致使忠臣退避，上下离心，前线将领自相残杀，所以，与后唐交战屡遭大败。
公元923年十月，后唐李克用养子李嗣源率领大军逼近后梁都城汴州。当时汴州有禁军四千人，大将们打算带着这四千人抵抗。朱友贞却不同意，想逃去洛阳。他旁边的人说：“事情到了这种地步，还有谁可以相信？”朱友贞就在开封等待援兵。后梁大臣纷纷逃离，传国玉玺也被人趁乱盗走。不少禁军都开了小差，悄悄溜走。朱友贞束手无策，只知道日夜哭泣。
十月初九凌晨，朱友贞见大势已去，国家灭亡难以避免，便对留在身边的都指挥使皇甫麟说：“姓李的是我们梁朝的世仇，我不能投降他们，与其等着让他们来杀，还不如由你先将我杀了吧。”皇甫麟忙说：“臣下只能替陛下效命，怎么能动手伤害陛下呢！”朱友贞说：“你不肯杀我，难道是准备将我出卖给姓李的吗？”皇甫麟不忍心下手，拔出佩剑，想自杀以明心迹。朱友贞拉着他的手说：“我和你一起死。”说完握住皇甫麟手中的剑柄，横剑往自己颈项一挥，顿时血流如注，倒地死去。皇甫麟也哭着自刎而死。
十月初九清晨，李嗣源的骑兵到达汴州城下，守军开门献城投降。同一天，李存勗也率兵赶到，从西门领兵进城。后梁就此灭亡。后梁前后三个皇帝，是五代中历年最长的一个朝代，存在了十七个年头。
朱友贞当上皇帝后，改名为朱瑱。当时有人解瑱字为：一十一，十月一八。朱友贞果然在位十一年，死于十月初九。史称朱友贞为末帝。
前面讲过，唐官兵一度攻入长安，但由于军纪不整，诸军又前后不相继，结果被黄巢反攻击破。由此，合围长安的各道唐军退兵而去，长安解围。对黄巢更为有利的是，唐军在长安巷战失败之后，藩镇内部的重重矛盾开始激化。
武宁节度使（镇徐州彭城，今江苏徐州市）支详被其部将陈璠所杀，另一部将时溥又杀死陈璠，自任留后。后时溥被任命为武宁节度使。后来正是这位时溥，得到了黄巢的首级。
而凤翔行军司马李昌言利用凤翔仓库虚竭，“粮馈不继”，激怒士兵，还袭府城，驱逐了唐军总指挥郑畋，由李昌言出任凤翔节度行营招讨使。郑畋前面辛苦的经营，一时付诸东流。
在局势一度对农民军有利的情况下，黄巢却没有把握住时机。不久，唐官军卷土重来，继续围攻长安。当时，黄巢军势尚强，在防御中多次取得胜利，但他仅仅满足击退某一官军进攻，或夺回某一处失地。黄巢没有趁兵力全盛的时候，转移阵地，离开长安，这是最大的失策。一般来说，死死困守一地是为了等待援兵，而黄巢困守长安，根本无援可待，长安对他而言，始终只是一座无用的孤城。取得长安，当上了大齐皇帝，并不代表他的皇位就坐安稳了。他不及时出兵扩大控制地区，建立稳固的根据地，却依旧留恋长安，日后只能处于被动挨打的局面。这除了黄巢本人对长安的难舍情结之外，还显然与他自身的眼界和才干有关。他本人并无长远的谋略，手下也没有十分得力的人才。在这样的情况下，失败将不可避免。
要讲黄巢的败亡，首先要从朱温讲起。
朱温在短短几年间，成长为黄巢手下的骁将，的确令人刮目相看。从他之前和后来的作为来看，他的才干远在大齐其他将领之上。这样一员虎将，却突然叛变投唐，对大齐军士气的打击可想而知。而朱温叛齐投唐的原因，还不仅仅是他见利忘义，黄巢本人也有不可推卸的责任。
朱温驻守同州时，时刻处在危险之中，敌人近在咫尺，与同州一河之隔的东岸，就是唐朝河中节度使王重荣的大本营。王重荣之前曾投降过黄巢，因黄巢只知道索取，不知道给予，导致王重荣不胜其烦，很快就重新投向唐朝廷的怀抱。这是黄巢的另一大失策。农民军挺进长安时，各地藩镇投降者十之八九，农民军一时自我感觉牛气冲天。然而这些藩镇后来却都重新归顺唐朝廷，反过来成为农民军最危险的对手。如同前面分析过的李克用一样，这些藩镇绝大多数都是首鼠两端，并非真心忠诚于唐朝廷，在相当一段时间内，他们都处在观望的状态。显然，在对待各投降藩镇的态度和处理上，黄巢处理得相当不好，他也没有这个能力去处理。黄巢的智谋仅限于运动战中的小聪明。要真正去游刃于各藩镇和唐朝廷之间，不是靠最低级的游击运动战，而是要靠分化、瓦解、拉拢、打击等一系列的谋略和手段，非枭雄不能为也。黄巢那一点点有限的英雄气质，在这个群雄并起的混乱时代，很容易就被湮没在层出不穷的战略和战术中。
重新回到正题。朱温曾与王重荣多次交锋。王重荣屯兵数万，朱温兵少，屡屡受创。朱温为此多次向黄巢求援，但他的求援信只送到了大齐知左军事孟楷手中。孟楷也是黄巢麾下一员得力大将，他嫉妒朱温的迅速崛起，便将这些求援信全部扣下，没有交给黄巢。前线的朱温却不知道后方是孟楷在捣鬼。他屡盼援兵，长安的黄巢却没有任何反应，援兵没见到一个，连句安抚的暖人心的话都没有。朱温的心情可想而知。
刚好这时候，唐军有三十艘运粮的船通过夏阳（今陕西合阳东）。朱温考虑到农民军军粮不足，派兵中途拦截了粮船。王重荣立即派出三万精兵，前来抢夺粮食。朱温寡不敌众，无奈之下，只好凿沉了船只，以免粮食重新落入唐军之手。王重荣大怒，便挥师重重围住了同州城。朱温突围不成，只好派人向长安的黄巢求援。可是求援的奏章照旧被主政的孟楷扣住，黄巢对此一无所知。
朱温当初参加农民起义军，并没有远大的理想，而仅仅是出于一种图富贵、出人头地的私心，为的是日后做官衣锦还乡，以此“回报”邻里对他的鄙视与轻蔑，以娶到他朝思暮想的张氏。朱温坐困孤城，无法旷日持久，处境日益困难，他的内心开始动摇。
中和二年（882年）正月，唐宰相王铎被任命为诸道行营都统，负责组织发动对黄巢农民军的进攻。四月，王铎率领两川、兴元之军进驻灵感寺，泾原军屯京西，易定、河中二军屯渭北，邠宁、凤翔二军屯兴平，保大、定难二军屯渭桥，忠武军屯武功，唐官军再次包围了长安。形势对黄巢极为不利。并且因为多年战乱，百姓多躲避深山筑栅自保，农事俱废，长安城中米价大涨。黄巢不得不率农民军艰苦奋战。五月，分兵出击兴平，驻兴平部宁军、凤翔军退屯奉天。七月，派尚让攻取宜君寨（今陕西宜君），恰遇大雪盈尺，农民军冻死十之二三。农民军已经开始呈现“兵势日蹙”的势态。
这一切，朱温自然都看在眼里。
朱温谋士谢瞳是个落第举子，之前曾与韦庄结伴逃出黄巢治下的长安，半路被朱温手下抓获，就此投靠了朱温。谢瞳乘机劝朱温降唐，说：“黄巢起家于草莽之中，只是趁唐朝衰乱之时才得以占领长安，并不是凭借功业才德建立的王业，不值得您和他长期共事。现在唐朝廷已经调集四方军队，围困住了黄巢，他这个皇帝不会当得太久，而唐朝廷的力量却愈来愈强大。我们当下处境困难，黄巢又不派兵援助，你要考虑自己的出路呀。”朱温还在犹豫。谢瞳又进一步劝说道：“将军力战于外，而庸人制之于内，此章邯所以背秦而归楚也。”（《新五代史·卷一·梁本纪》）朱温看谢瞳说得句句在理，正合自己的心意，为了生存，为了自己的前途，终于下定决心投降唐朝。他先杀了黄巢派的监军严实和反对投降的大将马恭，向自己的对手王重荣投降了。
王重荣没有想来朱温会主动来投降，喜出望外。唐忠武军监军杨复光认为朱温情非得已才投降，难于取信，主张杀了朱温。王重荣却不同意，说：“朱温的投降对朝廷很有利，杀了他就会绝了黄巢手下大将归附朝廷之路。”于是马上任命朱温为同州、华州节度使，并且写了奏表，派谢瞳到成都送给唐僖宗。僖宗看了奏表后十分高兴，似乎看到了复兴祖业的希望之光，兴奋地说：“这是上天送给我的厚礼！”封朱温为左金吾卫大将军，充河中行营副招讨使，并赐名为朱全忠。这时候，僖宗根本想不到，后来朱温并没有完全忠于他，忠于唐朝，就像原来没有忠于黄巢、忠于大齐一样，唐朝的江山社稷就是被这个朱全忠给夺了去。
在农民起义军与唐军对峙的关键时期，朱温降唐严重削弱了农民军的力量。他镇守的同州全境归唐朝廷所有后，长安东面的屏蔽尽失，农民军所占领的长安受到严重威胁。而朱温降唐还有更深远的影响，由于朱温受到了唐朝廷的重用，大大动摇了农民军的军心，对一些农民军将领产生了分化和影响，之后，农民军将领叛变时有发生。而朱温自己，由于受到唐朝皇帝的重用，就在被赐名为朱全忠以后，特别卖力地为唐朝效命。可以说，朱温降唐使双方的对峙形势发生了逆转。
朱温变节降唐后，农民军镇守华州的华州刺史李详也欲投降唐朝廷，结果被监军抢先告发，黄巢杀死李详，任命黄思邺（黄巢弟）为华州刺史。但华州的驻军都是李详旧部，黄思邺上任不到两个月，就被李详旧部赶走。李详旧部共推华阴镇守使王遇为主，王遇便以华州投降了王重荣。农民军的士气再一次受到严重打击。
此后不久，沙陀李克用大军到达河中，与黄巢农民军隔河相望。李克用当时二十八岁，少壮好胜，时人称为“独眼龙”。沙陀部兵将都穿黑衣，十分剽悍，人称“鸦军”。
李克用到达河中后，形势极度微妙。唐官军自从高浔一战吃了败仗后，对农民军十分畏惧，不敢轻易出战。虽然各地勤王军渐至，但都不敢与农民军交锋。而沙陀军骁勇善战，威名远扬，连农民军也十分畏惧，都说：“鸦军至矣，当避其锋。”（《资治通鉴·卷二百五十五》）李克用沙陀军身穿黑衣，被人称为“鸦儿军”。由此，千里南下的李克用沙陀军对于唐朝廷和长安城中的黄巢都是关乎生死存亡的一支重要军事力量。双方都想拉拢争取这支有生力量，因此展开了激烈的明争与暗斗。唐朝廷授李克用为东北面行营都统，黄巢也派遣使者，赐李克用重金、诏书，着意笼络。
显然，李克用并不是唐朝的忠臣。之前已经与唐朝廷摩擦至兵戈相见，他北逃到达靼，便是因为被唐朝廷打败，在中原无处容身。而得到僖宗诏令后，南下途中即与河东节度使郑从谠交恶，以致他武力占领了忻州、代州，行径与再次背叛唐朝并无区别。此次南下，李克用当然是有自己的目的。他才二十八岁，正是精力充沛，意气昂扬的少壮年华。他有自己的雄心，要争取他自己的利益。现在这个时刻，是个关键时刻，他面临抉择，在唐朝廷与农民军之间，他必须选择一方，但这一方必须是有利于他本人的利益最大化。
这时候，对黄巢而言，其实也是一个难得的机会。倘若黄巢能为大齐政权争取到李克用，无异于平添一员猛将，如虎添翼，对唐朝廷则是巨大的打击。十分可惜的是，黄巢没有把握住这次机会。
之前，李克用的弟弟李克让在京师担任宿卫，并在长安亲仁坊有赐第。表面上看来，这是唐朝廷的恩赐，但实际上李克让却是充当沙陀部的质子。乾符五年（878年），唐朝廷讨伐李克用父子时，派王处存率兵围捕李克让。李克让只率十余骑突围而出。王处存千余人追赶至渭桥。李克让射杀百余唐官兵，追兵不敢逼近。李克让从容逃脱，返回雁门。僖宗即位后，对李克用采取招抚政策，李克让再次入质长安。黄巢进长安时，李克让因躲避农民军藏往南山佛寺。寺里的僧人见李克让等人手持兵器，以为对方是强盗，于半夜潜入房中杀害李克让。李克让的仆人浑进通逃脱，到长安投降了黄巢。黄巢知道这件事后，派人抓获南山佛寺的僧人十余名，连同丰厚的礼物，一起送到李克用面前。
李克用此时才知道弟弟李克让已死，十分悲痛。他杀死了黄巢送来的南山佛寺僧人，将礼物分给部下将领，而将黄巢的诏书当着使者的面烧毁，以示自己与农民起义军势不两立。然后带领大军从夏阳过河，在同州安设军营。
黄巢的本意是要讨好李克用，所以送上了杀弟仇人。他显然不了解李克用的雄心，倘若他送上的是半壁江山的承诺，或许换来的将是完全不同的结果。
在李克用沙陀军到达之前，农民军和唐官军一直处于胶着状态，双方因为消耗过大，日子都很不好过，缺兵少粮。在无可奈何的情况下，农民军和官军竟然暗中交易，易人而食。在这样的状况下，双方军队都没有什么战斗力可言。这也是为什么唐朝和大齐政权双方都极力争取李克用沙陀军的根本原因。
李克用沙陀军加入战团后，接连打败农民军，成为中原的风云人物，风头一时无二。黄巢见农民军节节败退，长安城中粮食不济，便“阴为遁计，发兵三万搤蓝田道”，为撤离长安做好准备。
僖宗中和三年（883年）四月，唐诸镇兵从四面八方合围京师。李克用率先出战。黄巢率大军于渭桥迎战，一日三战，连战失利，其他诸道兵也乘机发起攻击，农民军大败。四月初八，李克用军攻入长安，黄巢力战不胜，遂连夜撤离长安。此时，距离他第一次占据长安两年零四个月。
两年零四个月中，不开财源，不追穷寇，龟缩城中，城外即是一天一天准备充分的敌人，黄巢到底在想什么？
黄巢此时的心情，应该是相当无奈的。但他并没有对长安产生太多的留恋。他年轻时为之赞叹为之仰慕的城市，起兵后经过迂回曲折的南下和北伐才拥有的城市，此时已经破败不堪，荆棘满城，狐兔纵横。曾经繁密的人口也所剩无几，为数不多的幸存百姓无不惶恐不安，人心游离。连黄巢自己都难以置信，这还是那座伟岸的城市吗？这时候，他感觉理想已经远离他而去了。于是，在离开前，恼羞成怒的他为这个城市做了最后一件事，下令焚毁宫室。滔滔烈火，烧尽了长安最后一点繁华。
而雪上加霜的是，沙陀兵和唐军进入长安后，更加疯狂地烧杀抢掠，造成“长安室屋及民所存无几”的悲惨景象。倘若黄巢看到，大概绝对不会发誓再回这座梦想之城……
在黄巢与唐朝廷的对抗中，有两个关键人物给了他致命的打击，直接加速了农民军的失败，一个是前面提到的朱温。朱温的背叛对农民军一方影响很大。另外一个关键人物就是沙陀少帅李克用。关于沙陀的来历和与唐朝的根源，前面在《满城尽带黄金甲》一篇中已经讲过。可以说，在黄巢败亡前后，朱温和李克用在相当程度上左右了中原的局势。
黄巢虽然败出长安，但手下农民军还有十五万人，实力不减。他为了麻痹唐官军，事先扬言要奔徐州，实际上却经蓝田关进入了商山（今陕西商县东）。在撤退中，黄巢靠沿途抛弃金银珠宝的法子甩掉了唐追兵，转向河南一带。
农民军虽然败出长安，元气犹存。但之前农民军困守长安一隅、没有根据地的弱势日益凸现出来。中和三年（883年）五月，黄巢为了农民军得到补给，派骁将孟楷攻打蔡州（今河南汝南）。孟楷即前面因嫉妒朱温扣下求援信的那位。当时唐朝廷任命的蔡州节度使为秦宗权。秦宗权出战失败，便干脆投降了黄巢。可见当时局势何等混乱，唐朝廷的威信完全扫地，大多数藩镇都是墙头草，只知道顺风而动，依附强势。
秦宗权投降黄巢后，与农民军将领孟楷联兵，一齐进攻陈州（今河南汝南）。唐陈州刺史时为赵犨。
赵犨，陈州宛丘人，世为忠武军牙将，积功为陈州刺史。赵犨非常有远见，他曾经预言如果黄巢不死在长安，必然东走，陈州则首当其冲。所以，他早做准备，招兵买马，储备粮草，构筑工事，培城疏堑，将陈州方圆六十里之内的百姓强行迁到城里。并让其弟赵昶、赵翊，儿子赵麓、赵林分别领兵，加强战备，守卫陈州。
农民军将领孟楷先移兵项城（今河南沈丘），准备攻取陈州。陈州刺史赵犨早有防备，先派出少数弱兵出战，向农民军示弱，然后乘孟楷不备之时，派精兵全力出击。孟楷猝不及防，所率的一万人马竟然全军覆没，孟楷本人也被俘杀死。
孟楷是黄巢的爱将，也是农民军的重要首领。黄巢听说孟楷战死后，怒火中烧，立即集中所有的兵力，猛烈攻打陈州，“掘堑五重，百道攻之”，誓为孟楷报仇。陈州人十分害怕，赵犨极力激励军民，并“数引锐兵开门出击贼，破之”，以鼓舞士气。黄巢屡攻不克后，愈加愤怒，便在陈州外围筑垒围困。营垒修得如同宫殿一般，旁边还有百官衙门，号称“八仙营”，准备打持久战。
黄巢又下令储备粮草，而当时连年征战，烽火连天，百姓无法生产，民间乡里均已缺食短炊。黄巢军四下找不到粮食，便再一次出现以吃人为生的惨剧。农民军建巨型石磨，将掳掠到的百姓、战俘以及战死的士兵的尸体，纷纷投入石磨之中，研磨妥当，再烹之为食，“日食数千人”。杀人作为军粮的地方则被称为“舂磨寨”。
陈州刺史赵犨此时已经抱了必死之心，一面坚守城池，一面派人突围，向太原的李克用、汴州（今河南开封）的朱温求援。
就在黄巢围攻陈州时，唐朝廷不断调动军队，以全面围剿农民军。七月，朱温被任命为宣武节度使，加东面招讨使。九月，命武宁节度使时溥为东面兵马都统。十二月，忠武镇周岌与时溥、朱温等皆率兵前来救援陈州。
中和四年（884年）正月，黄巢军仍是势力强大，周岌、时溥等诸路救兵被农民军打得落花流水，招架不住，不得不共同向河东节度使李克用求救。二月，李克用率蕃、汉兵五万出天井关，自蒲州、陕州渡过黄河前来陈州。三月，朱温攻占大齐军瓦子寨，将领李唐宾、王虔裕投降。这时，李克用会合许、汴、徐、兖诸道军向大齐军全面发动攻势。四月，攻占农民军将领尚让屯军的太康（今河南太康），接着进攻西华（今河南西华），农民军将领黄思邺败走。
黄巢见军事失利，只得退到陈州北面的故阳里，但依旧保持对陈州的围困态势。
中和四年（884年）五月，突然连续下起大雨，平地水深三尺，河水暴涨，四处流溢，黄巢所筑的营垒被洪水冲垮。黄巢见大势已去，只好舍弃了围困三百天的陈州。
围打陈州是黄巢退出长安后最严重的失误。农民军不但丧失了先前“游击战”的灵活性，长期胶着在陈州附近，大小数百战，搞得农民军士卒疲惫不堪，而且迁延时日，给了唐朝廷调兵遣将、重新部署的机会。
黄巢撤兵后，李克用紧追不舍。黄巢在李克用的追击下，渡过汴水进攻汴州朱温。朱温向李克用求救，李克用在河南中牟北的王满渡，大败黄巢的主力部队，黄巢手下大将尚让率一万人投降了唐武宁节度使时溥，黄巢手下另外一些将领李谠、杨能、霍存、葛从周、张归霸、张归厚等人投降了朱温。至此，农民军主力伤亡殆尽。黄巢率残兵败将向东北逃去，李克用又追杀到封丘（今河南封丘）。这时又遇大雨，黄巢只收集散兵近千人，冒雨东奔兖州。
中和四年（884年）六月十五日，武宁节度使时溥派部将李师悦率兵万人，与降将尚让穷追不舍。追至瑕丘（今山东兖州），黄巢与唐军“殊死战，其众殆尽”，与其外甥林言走至泰山狼虎谷的襄王村（今山东莱芜西南）。此时，黄巢已经势穷力尽了。
关于黄巢的结局，史书记载不一：有史书说他不甘被俘受辱，自杀而死；有史书说他要求外甥林言将自己杀死；还有史书说他是被林言趁机杀死。推断起来，作者倾向于林言见大势已去，乘机杀了黄巢以求富贵。因为同时被杀死的还有黄巢的兄弟妻子，生死时刻，即便黄巢愿意求死，他的兄弟们也不会甘心就死。之后，林言持黄巢等人首级欲向武宁节度使时溥献功，在路上却遇到沙陀博野军，他们杀了林言，将林言及黄巢等人首级一并献给武宁节度使时溥。
黄巢死后，他的侄子黄浩率领义军余部七千，转战江湖间，自号“浪荡军”。昭宗天复初，攻破浏阳（今湖南浏阳市），“欲据湖南”。湘阴（今湖南湘阴县西）土豪邓进思设伏山中，黄浩遭到狙击，被杀身死。
而前面曾经投降黄巢的秦宗权则上演了另一幕抢当皇帝的好戏。秦宗权，蔡州上蔡（今属河南）人，以残暴著名。黄巢死后，秦宗权也知道不可能重新回到唐朝廷的怀抱，干脆想代替黄巢，于是占据蔡州称帝，并分兵四出，所至之处焚杀掳掠。秦宗权部下从不携带军粮（也没有军粮可带），只用车辆载着盐，饥饿时就四处掳掠百姓小民，任意割肉烹食。史载“西至关内，东极青齐，南出江淮，北至卫滑，鱼烂鸟散，人烟断绝，荆榛蔽野”。当时只有汴州朱温和陈州赵犨（当时已经与朱温结亲）各守其州城，敢与秦宗权对抗。朱温乘间出击，屡败秦宗权。光启三年（887年），秦宗权攻汴州，朱温大败秦宗权，使其势稍衰。秦宗权暴虐不得人心，部下多是趋炎附势之徒，见秦宗权兵败，都弃城逃走。秦宗权后为部将郭璠执送朱温，被斩于长安独柳下。
像秦宗权这种朝秦暮楚、反复无常的叛变行为不仅在唐末乱世中比比皆是，在五代中也是不绝于史。乱世之中，什么正义和良心都抛诸脑后，兄弟相杀，朋友反目，成了乱世最黑暗的一面。
僖宗得知黄巢兵败身死的消息后，欢天喜地，在大玄楼搞了个盛大的受俘仪式。武宁节度使时溥除了献上黄巢的首级外，还有黄巢姬妾二三十人。僖宗见这些女子个个美艳，不由得怜香惜玉起来，问道：“你们都是勋贵子女，世受国恩，如何从贼？”跪在最前面的女子回答道：“狂贼凶逆，国家以百万之众，失守宗祧，播迁巴、蜀；今陛下以不能拒贼责一女子，置公卿将帅于何地乎！”（《资治通鉴·卷二百五十六》）僖宗本有心开恩放过这些女子，听了这番义正词严的话，面红耳赤，不由得恼羞成怒，下令将这些女子全部斩首。
临刑时，行刑的小吏怜悯这些女子无力左右自己的命运，无辜被杀，便争相拿出药酒给她们喝，以减少死时的痛苦。女子们“且泣且饮”，喝完后都昏迷不醒，于昏睡中被杀死。唯独当面回击僖宗的女子不肯喝药酒，也不哭泣，被杀时神色肃然。
黄巢败后，唐王朝已经成为历史的黄昏，日薄西山，气息奄奄。之后，各路藩镇军阀混战，狼烟四起，民不聊生。举例来说，在最后追击黄巢中立下大功的武宁节度使时溥不久后就与朱温翻脸，二人开始争霸。因为双方连年交兵不断，致使徐州、泗州、濠州的百姓流离失所，无法从事耕作，加之洪水灾害不时发生，病饿而死的人有十分之六七。时溥无力保障战争所需，被迫向朱温请求和解。朱温以其撤离所镇徐州为讲和条件。时溥答应后又担心上当被杀，依旧占据徐州与朱温相对峙。景福元年（892年）十一月，濠州、泗州刺史张璲、张谏叛时溥归附于朱温。景福二年（893年）二月，时溥在朱温的大军进逼下，向兖州节度使朱瑾求援。朱温为防备朱瑾增援，事先派部将霍存率骑兵三千进驻曹州（治今山东曹县）。朱瑾领兵二万来救徐州，霍存立即发起进攻，并与朱温之子朱友裕在徐州附近的石佛山下合击，大败朱瑾军，朱瑾逃回兖州。徐州军再次出战，霍存恃胜不备，战败而死。朱友裕包围彭城，时溥多次出兵挑战，朱友裕则关闭营垒拒不应战。而朱瑾夜逃时，朱友裕也未追击。都虞侯朱友恭认为朱友裕必有他图，便写信告诉了朱温。朱温为防不测，即令都指挥使庞师古代朱友裕统领部队，让朱友裕暂且主持许州（治今河南许昌）事宜。庞师古主动出击，攻占了石佛山营寨。自此，徐州军不敢出城交战。四月，朱温军围攻徐州已数月，未能攻取。朱温的通事官张涛认为进军时机没把握好，所以劳师动众难以奏效。谋士敬翔则认为，攻城虽已数月，耗费人财物力也很多，但时溥困守徐州更是疲乏不堪，攻取徐州指日可待。朱温采纳了敬翔的意见，亲自赶到徐州，督促庞师古攻克彭城。时溥与家人登上燕子楼自焚而死。自此，徐州纳入朱温的势力范围。
朱温攻灭时溥不过是许许多多混战中的一件。黄巢没能只手摧毁唐朝，但唐朝也在他失败后崩溃，中国开始陷入历史上又一次剧烈的社会大动荡中。所谓“千间仓兮万条箱，黄巢过后犹残半。自从洛下屯师表，日夜巡兵入村坞”，说的就是这种混战的局面。
而黄巢一度向往和留恋的长安城则再次成为纷争和杀戮的主要战场。等一切都安定下来的时候，长安的建筑已经荡然无存，只有残垣断壁还保留有昔日雄伟的影子。这个曾经包容万千的城市，已经被肢解得支离破碎，不知道秩序和道德为何物了。以致宋朝开国皇帝赵匡胤在选择京师的时候，西望长安，也不得不深深叹息：这个盛名超过了历史上任何其他政治中心的城市，在历经了千万杀戮后，再也没有成为京都的可能。
长安上下沉浮的经历就是悲怆的历史。然而，长安不是中国历史的起点，也不是终点。所谓“满城尽带黄金甲”的盛况，到明朝末年再一次重新出现。公元1644年正月初一，另一位大名鼎鼎的农民起义领袖李自成在西安（长安）称王，国号大顺，改元永昌。李自成自己也改名为李自“晟”（光明和兴盛的意思），并且以明朝分封在西安的秦王府为新顺王府，发动大量民夫重新修整长安城，将城墙加高加厚，壕堑加深加宽，比原来更加壮丽。此时，距离黄巢的“黄金甲”已经近八百年。尽管相隔了八百年，二人的成功与失败却有着惊人的相同之处。这就是后话了。
公元880年，唐僖宗广明元年十二月初五清晨，在黄巢农民军的威势下，僖宗仓皇经金光门逃离长安，身边只有少数随从，其中就有其十三岁的弟弟寿王李杰。之后，僖宗颠沛流离、历经磨难，李杰都跟随在兄长身边，因而得到器重。由此也跟僖宗身边的亲信宦官有较多接触，也是他后来得以被立为帝的重要原因。
黄巢败亡后，黄金甲烟消云散，而唐帝国的气势也开始渐黯渐淡，瓦解的局势日益凸显。各个藩镇都在疯狂扩张，全中国变成一片血海。僖宗千辛万苦地回到长安后，宦官田令孜把持朝政，凶暴而且专横。河东节度使李克用与河中节度使王重荣联合起兵，要求罢黜田令孜，僖宗被田令孜控制，再一次逃离京师到凤翔。之后，邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符再一次联合起来反对田令孜，一场混战后，朱玫被杀，田令孜被驱逐。僖宗被折腾得不轻，惊魂不定，很快就病倒。
文德元年（888）三月初五，僖宗病危。因僖宗儿子的年龄太小，任观军容使的宦官杨复恭建议立寿王李杰为帝。因李杰和僖宗是同母所生，在众兄弟中关系最为密切，僖宗同意了，下诏立李杰为皇太弟，代理军国大事，并立即派宦官刘季述将李杰迎入宫中。这里，特别要提一句，宦官杨复恭和刘季述后来先后与李杰反目。
当时，支持李杰的只有掌握军权的宦官杨复恭。朝臣都想立吉王李保，因为吉王在诸王当中名声最好，年龄也比寿王要大。但自中唐之后，宦官掌握兵权，完全可以操纵皇帝的生杀废立。朝臣关于立嗣的意见根本得不到重视。
第二天，年仅二十七的僖宗病死在武德殿。僖宗在位十五年，实际上在京师长安的时间还不到八年，之间两次被迫逃离京师避难，“十五年来无一治，虚名天子老奔波”，可以说是狼狈之极的虚名天子。不过，对僖宗来说他还是幸运的，他是唐朝最后一位死在长安、葬在关中的皇帝，于当年十二月葬在靖陵。
李杰被立为皇太弟后，改名李敏。三日后即位为唐昭宗，又改名李晔。几次改名，代表着他身份和地位的变化。群臣见昭宗“体貌明粹，饶有英气，亦皆私庆得人”。
昭宗即位时二十一岁，和许多朝代的末代皇帝一样，他不是真正意义上的亡国之君。相反，他有振兴唐朝的志向，想挽救帝国于危难之中，即位之初，喜欢读书，注重儒术，整顿内政，很想有番作为。此时的昭宗胸怀大志，雄心勃勃，“以僖宗威令不振，朝廷日卑，有恢复前烈之志。尊礼大臣，梦想贤豪”，被人称为“有会昌之遗风”。
经过黄巢农民军起义后，本来在宪宗一朝有所缓解的藩镇割据势力重新滋长，以往在形式上听命于皇帝的节度使们，现在也公然无视朝廷的诏令。靠镇压黄巢农民军发家的各路新旧军阀乘机扩张实力，据地称雄，相互吞并。到昭宗即位时，北方出现了以宣武节度使朱温（因镇压农民起义有功被赐名“朱全忠”）、河东节度使李克用、风翔节度使李茂贞（原名宋文通，因镇压农民起义有功被赐名“李茂贞”）为首的三大强藩。
昭宗年轻气盛，聪明轻浮，具有皇室子弟逞能和任性的特质。他往往容易将事情想象得很简单，一即位就招募了十万大军，打算以强大的兵力来压制强藩。然而，此时唐朝积弱已久，宦官专权，藩镇跋扈，战乱不断，皇权衰微。尤其是各种势力盘根错节，宦官和权臣均勾结藩镇为外援，朝廷内部矛盾重重，往往牵一发而动全身，局势相当复杂。昭宗本人也是各种势力的猎物，势力集团都想通过控制他来号令天下。昭宗对此却浑然不觉，贸然对藩镇采取强硬姿态，企图挽回中央朝廷权力，结果反而引来更大的危机。
当时，宦官杨复恭自恃有拥立之功，不把昭宗放在眼里。他还仿照田令孜的办法，选勇士多人，都收为义子，号称“外宅郎君”。然后让这些义子分掌兵权。又养宦官六百人为义子，派到诸道当监军。宦官的势力比以前更为强大。昭宗憎恶杨复恭专权，想找机会除掉他。
大顺元年（890年），宣武节度使朱温为了个人利益，奏请唐朝廷下令讨伐河东节度使李克用。昭宗感觉这是个机会，想利用朱温的兵力来对付大宦官杨复恭，先除掉内忧，于是听从宰相张濬、孔纬的建议，下诏革去太原李克用的官爵，并命宰相张濬等领军，对河东用兵。各地藩镇对此都坐山观望，不积极出兵配合唐朝廷的军事行动。结果，朱温、张濬军均被以骁勇善战闻名的李克用打得大败，昭宗派往河东地区的官军几乎全军覆没。宦官杨复恭乘机反击，将支持昭宗的宰相张濬、孔纬罢免。
这时候，昭宗任命王瓖（昭宗亲舅）为黔南节度使。王瓖到达利州（今四川广元）时，杨复恭派人将王瓖乘坐的船弄沉，王瓖及随从全部淹死。昭宗知道是杨复恭主使后，便任杨复恭为凤翔监军，打算将他派到凤翔节度使李茂贞那里，隐有借刀杀人之意。杨复恭立即借口生病，请求致仕退休，暗中却图谋作乱。昭宗当机立断，亲自发兵攻打杨复恭私宅。宰相刘崇望鼓励士兵进攻，杨复恭兵败，率义子杨守信等人逃往兴元（今陕西汉中）。杨复恭失败后，西门君遂成为宦官的首领。昭宗此举，大概是他一生中惟一值得一提的事，虽然没有彻底改变宦官的拥兵地位，但也在一定程度上打击了宦官。
昭宗驱逐杨复恭后，杨复恭逃到养子兴元节度使杨守亮那里。凤翔节度使李茂贞一直想扩充地盘，正待机而动，便趁机想朝廷请求出兵讨伐杨复恭。但皇宫中的宦官们有兔死狐悲之感，拦住昭宗，不让他下诏。李茂贞没有得到朝廷的诏书，就自行出兵攻下兴元，俘杀了杨复恭父子，且将兴元收归己有。
李茂贞势力有了很大发展，他的辖区离长安很近，昭宗由此对他产生了警觉。昭宗下诏要李茂贞让出凤翔节度使，专任山南西道兼武定节度使。李茂贞不但不从，还上书辱骂昭宗，公然指责昭宗“只看强弱，不计是非”。
昭宗看完后勃然大怒，决定出兵讨伐李茂贞。宰相杜让能进谏说：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”他认为李茂贞就在京畿地区，万一又意外，后果难以预料，劝昭宗谨慎行事。但昭宗正怒火冲天，坚决不听，还大骂宰相杜让能说：“王室日卑，号令不出国门，这正是志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。”
昭宗派出的禁军大多是刚刚招募的市井少年，不懂兵事，而李茂贞一方则是身经百战的边兵。三万禁军还没有进入凤翔就被打败。李茂贞乘胜进逼京师。昭宗无可奈何，只好跟臣子讲和，杀死西门君遂等三个宦官首领，又杀了筹划军事的宰相杜让能，李茂贞才肯退兵。
此后，大臣们也和昭宗走得远了。昭宗胸怀大志，却无力回天。他的雄心壮志逐渐开始黯淡。
李茂贞大败禁军后，兼凤翔、山南西道、武定、天雄四镇节度使，占有十五个州，成为关中最强大的藩镇。此外，还有王建据四川、杨行密据淮南、钱鏐据吴越、王潮据福建。
乾宁二年（895年），河中节度使王重盈死后，其子王珙与其兄王重荣之子王珂争夺节度使之位。实力强大的河东节度使李克用支持王珂，昭宗便将节度使给了王珂。李茂贞支持王珙，由此大为不满，联合邠宁节度使王行瑜、华州节度使韩建，一起发兵到长安问罪，打算逼迫昭宗改换河中节度使的人选。昭宗逃往终南山。李茂贞便杀死了宰相李谿（刚被任为宰相）和韦昭度。
之后，李茂贞让养子李继鹏留在京城守卫，自己率军回到凤翔。河东节度使李克用闻讯后，自然不甘示弱，领兵来攻，杀了邠宁节度使王行瑜。李茂贞知道打不过李克用的沙陀军队，便杀掉养子李继鹏，向昭宗谢罪，以此来息事宁人。
李克用好战，还准备进攻凤翔，彻底铲除李茂贞的势力。昭宗却怕除掉李茂贞后，李克用势大无法节制，想保存李茂贞来牵制李克用。于是不许李克用进兵，封他为晋王，让他领兵回太原。因国库空虚，昭宗也拿不出更多的赏赐给李克用，只好把后宫的绝色美女送出。李克用带着美女走的时候，还怨恨地甩下了一句话：“不杀李茂贞，京师一带便无宁日！”
昭宗从终南山回长安后，心情难过之极，痛定思痛，决定建立自己的武装力量。他募兵数万人，全部交给宗室子弟统率。昭宗想不到的是，他这一项措施不但没有解决任何问题，还给宗室诸王带来了灭顶之灾。
李克用退兵后，李茂贞又卷土重来，借口朝廷对凤翔用兵，率兵进逼京师。昭宗仓促离开长安，打算逃去太原投奔李克用，不料途中被华州节度使韩建劫持。韩建恐吓昭宗说：“车驾渡河，无复还期。”之后，昭宗完全失去了人身自由，被强行滞留在华州两年有余。
乾宁四年（897年），华州节度使韩建逼唐昭宗解散诸王所率全部禁兵。随后，韩建又和宦官刘季述合谋，发兵包围了十六座宗室诸王的宅第。宗室诸王惊恐万分，大多披发逃命，沿着城垣大呼：“官家（宫中对皇帝的称呼）救儿命。”有的惊慌下爬到屋顶上，大声呼救。韩建捕获诸王十一人及其侍卫，无论老少，统统当场杀死。而事后，韩建仅以诸王“谋逆”告诉昭宗，草草了事。昭宗心中的怨恨和恐惧可想而知。
即使这样，昭宗还被迫封韩建为守太傅、中书令、兴德尹，封颍川郡王，赐铁券，并赏赐御笔亲书的“忠贞”二字。这时候的昭宗，因为朝不保夕，已经完全失去先前进取的锐气。
华州节度使韩建在当时实力不算强大，竟然挟天子以令诸侯，自然令其他强藩不平，其中反应最强烈的就是朱温。朱温当时在众藩镇中实力最强，地盘最大，只有他敢于与剽悍勇武的李克用争锋。韩建与李茂贞商议后，也害怕朱温出兵来抢夺昭宗，于是将昭宗主动送回长安。
经过两年多形如囚徒的生活，昭宗已经完全变了一个人，不但不思进取，还开始自暴自弃。他性情愈加暴躁，经常酗酒麻痹自己。因复兴无望，变得喜怒无常，动不动就杀死左右侍奉的人来排泄愤怒。此时的昭宗，已经是一个凶狠暴虐的人物，行为不可预知。这引起了宦官们的恐惧，生怕哪一天不小心就被昭宗已杀死。宦官刘季述、王仲先，枢密使王彦范、薛齐屋四大宦官暗中合谋，打算废黜昭宗。
光化三年（900年）十一月的一天，昭宗在禁苑中打猎，大醉而归。当天夜间，昭宗突然发怒，趁酒兴亲手杀死身边宦官、侍女数人，宫人大为恐慌。第二天上午，昭宗还宿醉未醒，宫门不开。宦官刘季述、王仲先借机要挟宰相崔胤召集百官。崔胤怕死，率领群臣在同意“废昏立明”的文书上签了字。宦官们随即率领禁兵入宫。此时，昭宗刚刚酒醒，突然看见有兵士进来，“惊坠床下”，爬起来刚要逃跑，却被刘季述、王仲先拉住，左右挟持着坐下。
昭宗皇后何氏颇多见识，见大势不妙，立即站出来周旋：“军容长官本是护卫官家的，你们不要吓着他，有事请各位做主就是了。”宦官刘季述立即拿出有百官签名的文书说：“陛下厌倦了这个宝位，大家的意思是要太子监国，请陛下颐养于东宫。”昭宗却不想让位，自己辩解说：“我昨日与卿等欢饮，不觉过了点，何至于此呢！”何皇后立即说：“圣人就依他们的意思吧！”随后，何皇后当着昭宗的面，取出传国宝玺交给刘季述，表示昭宗同意退位。
昭宗和何皇后及侍从十余人随后被关进东宫少阳院内。刘季述还以银杖画地，当面历数昭宗罪过：“某时某事，汝不从我，其罪一也……”如此数十不止。之后，刘季述亲自给少阳院院门上锁，门上的大锁也用铁水熔固，防止有人进出。昭宗等人的饮食就从一个墙洞中送进去。
同一天，宦官假传昭宗之命，立昭宗子李裕为皇帝。
宰相崔胤曾劝昭宗诛杀了宦官宋道弼、景务修等，令宦官们对他十分畏惧，不胜愤恨。刘季述虽然痛恨崔胤，但却因为畏惧朱温而不敢杀他，只是罢免了他的相位。崔胤立即告难于朱温，请他发兵相救。刘季述也派使者去见朱温，表示愿意奉上大唐社稷。朱温虽然有当皇帝的野心，但感觉此时还不到时机，他还需要昭宗这张牌。权衡利益下，朱温囚禁了刘季述的使者，派亲信蒋玄晖秘密进入长安，与崔胤秘密策划，打算铲除宦官，迎昭宗复位，挟天子以令诸侯。
天复元年（901年）正月，崔胤联合神策军将领孙德昭、董彦弼、周承诲三人，发动神策军（禁军）打败了刘季述，迎昭宗复位。昭宗在群臣的朝贺中“反正”，黜太子李裕为德王，杀刘季述党羽宦官数十人，刘季述被乱棒打死，暴尸于市。这场宦官发动的宫廷政变，不到两个月就失败了。神策军将领孙德昭、董彦弼、周承诲得到重赏，时人称为“三使相”。
昭宗复位以后，鉴于刘季述之乱，迫不及待地要尽除宦官，便命崔胤和陆宸分掌左右神策军，尽夺宦官兵权。但神策军将领都是宦官心腹，大力反对，昭宗的诏令不能施行，只得任宦官韩全诲为神策军中尉。
崔胤急于铲除宦官，病急乱投医，居然想利用凤翔节度使李茂贞来制宦官，就暗中邀请他遣兵三千进驻长安，以为援助。谁知韩全诲做过凤翔监军，与李茂贞私交极好，二人早有勾结。凤翔兵进驻长安，反而助长了宦官的气势。崔胤便催朱温速到长安，从宦官手中夺取昭宗。这正中朱温下怀，他立即带兵出发，到河东时，先上书请昭宗去东都洛阳。
宦官韩全诲等人闻讯后大惊，干脆先下手为强，劫持昭宗及其家属到凤翔投靠李茂贞。朱温率兵入关中后，首先打败华州节度使韩建，取得华州，随后进入长安城。宰相崔胤率文武百官在渭桥迎接，并设宴接风。其间，崔胤举酒杯为朱温祝寿，丑态百出。
天复二年（902年），朱温带兵围困凤翔，与凤翔李茂贞为争夺昭宗展开了激战。凤翔孤立无援，城中粮食断绝，又遇严寒大雪，城中军民大量冻饿而死。昭宗也不得不在行宫自磨粮食，每天磨豆麦喝粥，以求生存。凤翔百姓更惨，吃人的现象普遍发生，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉充当”。在内无粮草、外无援兵的情况下，凤翔肯定是守不住了，李茂贞只得接受朱温的条件，同意主动送出昭宗、韩全诲等人。
这时候的李茂贞还不忘向昭宗伸手，要求昭宗将跟随在身边女儿平原公主嫁给自己的儿子宋继偘（李茂贞原姓宋）。何皇后心疼亲生女儿，不肯同意。昭宗劝她说：“不尔，我无安所！”（《新唐书·卷八十三·公主传》）堂堂大唐天子，为了一处安所，竟然连女儿也要舍弃，真是可悲可叹。
昭宗等人出凤翔后，朱温就地诛杀韩全诲等宦官数百人，将昭宗像战利品一样带回长安。
根据《五代史阙文》记载，朱温从凤翔迎昭宗回长安时，昭宗假装鞋带脱落，对朱温说：“全忠（朱温）为吾系鞋。”朱温不得已，只得跪下为昭宗系结，汗流浃背。当时昭宗身边还有卫兵，昭宗故意如此，是让左右擒朱温而杀之，但左右竟然没有一个敢动手的。
朱温回兵长安后，尽诛宫中宦官八百余人，只留下黄衣（品秩最低的宦官）幼弱三十人，供宫中打扫。同时，朱温还下令各地藩镇将担任监军的宦官一律杀死。唐朝持续一百多年的宦官势力，至此被彻底铲除。谁也没有想到，中唐之后祸乱不已的宦官问题竟然是被朱温解决。朱温因诛杀宦官有功，被封梁王，从此挟天子以令天下，控制了中央政权。
昭宗记挂尚在凤翔的女儿平原公主，让朱温写信给李茂贞索要。李茂贞畏惧朱温的势力，只得将平原公主送回了长安。
天复三年（903年），朱温领兵回大梁，留侄儿朱友伦领一万兵控制京师，昭宗完全孤立了。
天祐元年（904年），凤翔节度使李茂贞举兵逼京畿。朱温为了更好地控制昭宗，又见关中经济萧条，黄河漕运中断，洛阳经济复苏、且有江淮经济支持这一形势，提出要把首都迁到洛阳。但朝臣们反对。宰相崔胤猜到朱温将会篡位，他身为宰相，难免有一天会祸及自身，于是暗中招募六军十二卫，密为防御。又与京兆尹郑元规等人谋划，缮治兵甲，日夜不息。朱温有所防备，指使部下数百人去应崔胤之募兵，崔胤却毫不知情。
刚好这时候，朱温派在长安典禁军的侄子朱友伦打马球时不慎坠马而死。朱温怀疑是崔胤故意而为，便以此为借口，派侄子朱友谅带兵入长安，胁昭宗迁都洛阳，并以“专权乱国，离间君臣”的罪名捕杀了崔胤、郑元规。长安民众痛恨崔胤，听说他被杀后，十分振奋，纷纷向他的尸体投掷瓦砾砖石以泄愤。唐末诸相之中，崔胤名声最差，被认为亡国害民。尽管当时时局混乱，情势复杂，唐朝廷面临着个人无法解决的危机，但后来朱温挟持天子直至唐朝灭亡，崔胤难辞其咎。
朱温另用裴枢、柳璨等人为宰相，使裴枢强迫昭宗和百官迁都洛阳。长安城中，一片阴云惨淡。长安居民也被迫迁往洛阳，一路上哭号之声不绝，其惨相恰如董卓挟持汉献帝驱赶洛阳百姓西迁长安一样，因而大骂宰相崔胤是“国贼”，斥责他引来了朱温倾覆社稷，连累众生。
昭宗刚刚出长安，朱温就下令毁掉长安的宫室和民房，以绝众望。长安房屋被拆后的木材扔在渭河当中，顺河而下，月余不息。长安城化为废墟，从此，结束了为都的历史。
之前昭宗曾经几次离开长安，但这次离开后，就再也没有能够回来，长安从此成为梦中遥想的故都。
昭宗车驾路过华州，华州百姓夹道高呼“万岁”。昭宗泪流满面，说：“不要朝我呼万岁了，我不再是你们的天子！”又对左右侍从说：“鄙语说：‘纥干山头冻杀雀，何不飞去生处乐。’我这次漂泊，不知何处是归宿了！”说罢大哭不止。左右人也都黯然泪下。
天祐元年（904年）二月，昭宗到达陕州（今河南三门峡），因洛阳宫室尚未建成，车驾暂驻于此。朱温亲自到洛阳督修宫室。昭宗趁机向西川节度使王建传书告难。王建派兵会合凤翔节度使李茂贞军，前来抢夺昭宗，途中遇到朱温军队的阻挡而退回。昭宗又向李克用传书告急，但是朱温早又准备，屯重兵在河中，李克用虽然急切地想得到昭宗，却难以一时奏效。
四月，洛阳宫室建成，朱温催促昭宗出发。昭宗近乎哀求地向朱温声明，说何皇后刚刚生育，月子里出行不方便，要到十月再进入洛阳。朱温认为昭宗有意拖延，想等待援兵，很是恼怒，恶狠狠地对手下牙将寇彦卿说：“你马上到陕州，立即督促官家动身。”
昭宗无奈，只好从陕州出发。车驾至谷水，朱温设宴洗尘。经过几次变乱，此刻昭宗身边已没有了禁卫亲军，随从他东迁者只有诸王、十几个小黄门以及打毬代奉内园小儿共二百余人。朱温仍然不放心，担心这些人也会惹是生非。为防止节外生枝，朱温当夜指使部下将这二百余人一一绞死，然后另换二百余人身着死者的衣服。直到数日后，昭宗才发现身边的人全被替换。
到了洛阳，何皇后哭着对朱温说：“此后大家夫妇，委身全忠了。”昭宗在洛阳宫贞观殿接受朝贺，宣布改元，大赦天下，被严密监视，如入牢笼，完全成为朱温手上的傀儡和招牌。之后，昭宗日益消沉，终日与皇后、内人“沉饮自宽”。既然是“自宽”，就说明他内心深处一直担心发生不测。此时的皇帝，不过是苟延残喘而已。
凤翔李茂贞、太原李克用，以及割据西川的王建，割据淮南的杨行密等人，联盟举义，打出了“兴复”的旗号，虚张声势，声称要出兵救出昭宗，其实不过是要和朱温对抗。朱温却感觉到危机，知道留下昭宗对自己不利。他领兵西讨李茂贞前，担心昭宗有变，招来心腹蒋玄晖面授机宜。
天祐元年（904年）八月十一日壬寅夜，左龙武统军朱友恭、右龙武统军氏叔琮、枢密使蒋玄晖率百人来到内宫，声称有紧急军务面奏昭宗。守门官裴贞不知是诈，刚打开宫门，就被一拥而进的士兵杀死。蒋玄晖每门留兵十人把守，一直冲到皇帝寝宫所在椒殿院。贞一夫人打开院门，对蒋玄晖说：“急奏不应带兵来呀！”话音未落，被兵士一刀砍死。蒋玄晖带人急冲到殿下，大声问：“至尊何在？”昭仪李渐荣在门外道：“院使（指蒋玄晖）莫伤官家，宁杀我辈。”昭宗此刻半醉半醒，听到动静不妙，马上从床上爬起来，单衣赤脚地逃出寝宫。兵士早已持剑进入椒殿。昭宗绕着殿内的柱子逃命，被兵士追上一剑杀死，年仅三十八岁。昭仪李渐荣想以身保护皇上，也一起被杀。何皇后苦苦哀求，蒋玄晖才饶她一命。不过，她也没有多活太久。
九月，蒋玄晖假传何皇后手谕，立昭宗第九子李柷为帝，是为唐哀帝。哀帝即位时不过十三岁，自然是一个傀儡。十月，朱温返回洛阳，对昭宗之死故装震惊，伏在棺材前痛哭流涕说：“奴辈负我，令我受恶名于万代！”想用哭声来蒙蔽天下，并勒令朱友恭等人自杀以谢天下。昭宗死后葬在河南偃师，成为第一个葬在关中以外地区的唐朝皇帝。
据说，当初李茂贞叛乱时，随昭宗出逃长安的伶人中有一弄猴人，随身带着一只猕猴。此猴性机敏、通人性，能执鞭驱策，戴帽穿靴，随班起居，取悦于百官。昭宗很喜欢这只聪明的猕猴，赐其绯袍（唐代四品官员的服色），号称“孙供奉”。昭宗的此举引来后代诗人罗隐的笑骂：“十二三年就试期，五湖烟月奈相违。何如学取孙供奉，一笑君王便著绯。”昭宗死后，这只猕猴归新主朱温所有。但猕猴极为忠贞，不愿服侍新主，多次向朱温跳跃奋击，终于被杀。
昭宗虽死，但他还有一群儿子。朱温再次向心腹蒋玄晖面授机宜。蒋玄晖即在九曲池设宴，请昭宗的九个儿子赴会。酒过半酣，伏兵四出，将九王全部绞死，尸体投进九曲池中。身为皇族，在乱世中一样无奈。
不久后，朱温谋士李振（绰号“猫头鹰”）因考进士不成，十分痛恨朝臣，对朱温说：“这些朝臣平时自命清高，自称‘清流’，不如扔到浊流里去。”朱温便在一个深夜，把三十多名朝臣杀死，尸抛黄河。朝中王公缙绅为之一空。何皇后也被杀死，整个李唐皇室，仅剩下哀帝一人。
天祐四年（907年）三月，经过一番假意的推辞，时为天下兵马元帅、梁王的朱温接受了哀帝的“禅位”，建国号梁，改元开平，以汴京（开封）为国都，史称后梁。唐朝正式灭亡。
哀帝先被降为济阴王，迁往汴京以北的曹州（今山东菏泽）。由于太原李克用、凤翔李茂贞、西川王建等仍然奉哀帝正朔，不承认朱温的梁朝，朱温担心各地藩镇的拥立会使废帝成为身边的定时炸弹，干脆一不做二不休，于天祐五年（908年）二月二十一日将年仅十七岁的哀帝鸩杀。以王礼葬于济阴县定陶乡（今山东定陶县）。
从此，自朱温所创的后梁开始，后梁、后唐、后晋、后汉、后周，五代相继，中国历史进入了五代十国的混乱时期。这是自秦始皇统一中国后，继南北朝、十六国以来的又一次大混乱、大分裂时期。这是一个暴力决定一切、黑暗不见天日的时期，大规模的战争随处可见，割据势力各拥兵力，到处烧杀抢掠，横征暴敛。中国哀鸿遍野，民不聊生，笼罩在一片愁云惨雾之中。直到公元960年，后周大将赵匡胤发动陈桥兵变，黄袍加身，建立宋朝，才结束了唐朝之后约半个世纪分裂割据的黑暗时代。