井冈山失守后，敌人对根据地实行软硬兼施的办法：一方面实行“三光”政策，残酷杀害共产党员、革命干部；一方面又利用自首政策欺骗党内外的动摇分子，散布谣言，制造混乱，致使边界处于一片白色恐怖之中。
在根据地失守后冲出敌军包围圈的边界特委，停留在遂川边境。由于遂川敌人力量雄厚，遂川党的组织被破坏，边界特委无法与各地党组织发生联系，暂时失去作用。
这时，边界各县党的组织也遭到程度不同的破坏。除永新县保存完好外，宁冈、莲花、酃县、茶陵都损失不小，遂川只剩下了一个书记和几个基层支部。
与此同时，各级政权组织也大部分被敌人打散了。地主豪绅纷纷向农民反攻倒算，夺回土地。“尚有苏维埃和秘密组织的区域则为永新之小西江区，四、五、六区及西北特区，及东南特区与宁冈的一、二、四区。”
边界的武装力量也受到一定损失。其中遂川县赤卫队和酃县赤卫队，随红五军突围，遂川赤卫队在中途被敌人打散，酃县赤卫队只有一部分返回酃县，一部分则往资兴十二洞去了。幸永新、宁冈、莲花、茶陵县的地方武装无损失，他们与王佐部一起，坚持在深山密林之中与敌人开展游击斗争。
在此严峻的形势下，党能否发生作用，是边界一切工作的关键。1929年2月，为恢复边界工作，边界特委委员兼特委巡视员宛希先来到九陇山，召集宁冈、茶陵、永新三县党的负责人，召开三县党的联席会议。会议成立了中共湘赣边界临时特委，以刘真、宛希先、朱昌偕为常委，朱昌偕为书记，统一领导边界斗争和收容整理工作。
3月11日，原特委副书记陈正人历尽艰辛，从遂川来到永新，会合了宛希先、朱昌偕。于是，13日在永新召集正式特委（即以邓乾元为书记的特委）常委会议，决定3月14日在永新召集边界特委扩大会。
3月14日，边界特委扩大会议在永新召开。会议分析了边界的形势和斗争策略，决定：为了适应形势，取消1928年12月产生的正式特委和1929年2月三县联席会所产生的临时特委，成立新的临时特委。新的临时特委以朱昌偕、何长工、宛希先、刘真、陈正人5人为常委，刘宗义、王怀、龙超清、谭思聪为候补常委，朱昌偕为书记。新的临时特委认为，当前最重要的工作就是健全、改组和扩大各地党的组织，积极深入地宣传、发动群众，发起日常的政治和经济的斗争，在适当时候召集边界党的第三次代表大会，迎接新的革命高潮的到来。
在新的临时特委的领导下，边界的永新、茶陵、宁冈等县党的组织大部分很快健全起来，并开展了正常的活动和斗争。在此期间，特委沟通了与莲花和遂川党组织的联系，“边界共有党员不过3000人，党员成分十九是农民，工人极少，临时特委现正着手登记工作。”
临时特委成立后，根据边界地处偏隅，交通不便，与上级党组织断绝联系的情况，迅速着手与上级党组织的联络工作。3月17日，临时特委向中央江西省委、中共湖南省委写了一个综合报告，就边界第三次反“会剿”情况、边界目前的环境、会剿失败后的应付、特委及边界各县党的状况、苏维埃及赤卫队情形、临时特委目前的工作等九方面的问题，作了详细的汇报。
在边界临时特委的领导下，边界的各项工作又出现了勃勃生机。
1929年三四月间，蒋桂战争爆发。由于军阀们忙于内部的争斗，驻守边界的正规军队陆续撤走，只在永新县留驻一个正规团。趁此机会，边界临时特委当即决定，将红五军李灿领导的第一大队、袁文才王佐部与从永新、宁冈、莲花、茶陵各县抽调的武装合编，组成湘赣边界红军独立第一团，下辖两个营。第一营为袁王部队，下设3个连，王佐为营长；第二营由各县赤卫队和红五军李灿的第一大队组成，编为两个连，李灿为营长。两营共有枪400余支。
边界红军独立第一团成立后，在边界党的领导下，对国民党反动派、地主豪绅展开了英勇的反击。第一营以大小五井为游击中心，向遂川、酃县、宁冈游击；第二营以九陇山为游击中心，向永新、宁冈、茶陵等县游击。在游击活动中，“打了宁冈、砻市、古城之敌，缴获茶陵和尚庄之挨户团的枪支，击散了永新陇田、路江之保安队，打通了好些地方的工作，作了广大的反苛捐什税的宣传，镇压了各地豪绅地主对农民残酷的压迫和剥削”。
红军独立第一团的游击斗争活动，使边界的豪绅阶级异常恐慌。时值蒋桂战争爆发，进剿正规军队开始撤走，他们急忙于4月底拼凑了一个所谓“茶、永、酃、宁四县联防”组织，“会剿”九陇山。结果，被红军独立第一团打得一败涂地，宁冈靖卫队几乎全被消灭。独立一团共缴获敌人枪支20余支，俘虏10余名，有力地打击了豪绅阶级的嚣张气焰。
红军独立第一团打破了四县联防“会剿”后，收复了宁冈、莲花两县割据区域，边界工作开始恢复。至1929年5月，边界各县党组织先后恢复和健全，并产生了新的领导机构，拥有：永新县委（朱昌偕为书记）；莲花县委（徐白沂为书记）；酃县临时县委（周礼为书记）；遂川临时县委（王佐农为书记）；茶陵特别区委（宛希先为书记）；宁冈分为东南、西北两个特别区委，直接归特委指挥。
此外，永新的小江区、鄱梅、天龙山、绥远等地，宁冈的三、九两保，大小五井、小亚山等地都有了公开的苏维埃政权组织；永新西北两乡的大部分区域也有了秘密的苏维埃组织；莲花、遂川、茶陵、酃县都有公开的割据区域。
同时，各县的地方武装也相继得到恢复与扩展。除编入红军独立第一团的武装外，各县都有赤卫队，拥有440支枪支。其中：永新200支，莲花100余支，宁冈50支左右，酃县30支，茶陵20支，遂川5支。
井冈山根据地的武装割据重新出现新的局面。
在边界割据恢复之际，中共莲花县委书记刘仁堪，因叛徒告密，不幸被捕。1929年5月2日，莲花县大豪绅、靖卫团头目李成荫将刘仁堪押至县城南门大洲审讯，威逼刘仁堪说出全县共产党组织、名单，交出红色独立团的枪支、弹药，并施以酷刑，踩杠子，灌辣椒水，用铁铲烙等，刘仁堪坚贞不屈，守口如瓶，并抓住机会，向群众宣传共产党的主张，揭露国民党的罪行。李成荫即指使靖卫团暴徒割去刘仁堪的舌头。刘仁堪不能说话了，就用脚趾蘸着自己流下的鲜血，在地下写了“革命成功万岁”六个大字，最后壮烈牺牲。
1929年4月中旬，红五军在彭德怀、滕代远的率领下，奉前委命令，经过近20天的一路拼杀，重新回到边界。“在茨坪住了一晚，会见了王佐。”彭德怀从五军中“拨了两千银元救济老百姓”。茨坪和大小五井的男女老少，每人分得两块银元。5月2日，红军到达宁冈茅坪，会见了李灿、何长工等人。
红五军的归来，使边界的力量顿增。井冈山根据地的民众，一扫三次“会剿”的阴霾，再度激起胜利的信心。然而，红五军的回来，也同时引起了江西敌人的注意，即以两团兵力迅速从永新开拔，深入我中心区域宁冈，企图攻击红五军。
为了配合红五军共同担负恢复整个边界政权的重大任务，讨论和研究前委委托红五军带来的4月13日向边界特委介绍东固经验的来信、湖南省委巡视员夏尺冰3月24日由平江给边界特委负责同志的意见以及“六大”决议案，边界特委“感觉到政治上有重新布置的必要”，加之原特委书记邓乾元也已回到边界，遂决定召开特委第四次执委会，重新布置今后的任务与工作。
湘赣边界特委第四次执委会于1929年5月10日在宁冈古城举行。参加会议的有特委委员、各县党组织负责人朱昌偕、宛希先、刘真、龙超清、陈正人、王怀、谭思聪等，红五军领导人彭德怀、滕代远也参加了会议。会议由特委书记邓乾元主持。
这是井冈山革命根据地后期斗争中的一次极为重要的会议。会议全面分析了边界的政治、军事、土地问题及特委本身的工作。根据前委来信中介绍的东固根据地的工作经验，针对边界前段工作方式的教训，提出了“边界党的指导机关，实由山上转移山下平原、广地（广大群众的城市或农村），由公开的形式转变到秘密状态两种必要”的主张。同时，鉴于特委上届执委许多不在边界的状况，增补了常委委员，产生了邓乾元、刘天干、陈正人、刘真、谭思聪、滕代远、彭德怀、朱昌偕、宛希先、朱亦岳、龙超清、王佐农、周礼、苏瑞兰等15人组成新的执委会。并改组了执委会常委，重新推举邓乾元、刘天干、陈正人、刘真、谭思聪5同志组成特委常委，邓乾元任书记，刘天干任副书记，陈正人为秘书长，刘天干兼组织委员，刘真兼宣传委员。特委的办公地点迁至永新小江大湾村。
边界第四次执委会扩大会议在军事斗争及其策略方面有以下重要决定：
1.决定了“集兵政策”。
将新近成立的边界红军独立第一团编为红五军第六纵队，以王佐为纵队司令，何长工为纵队党代表。决定“集兵政策”的理由是：“（1）要使五军能够担负‘恢复边界政权’的重大任务，对五军本身必须帮助使其战斗力加强……（2）边界杂色部队不守秩序，妨碍党的政策与工作……（3）赤卫队过去的困难原因，一面是要守土防敌，一面又要求经济的出路，此两事因赤卫队本身力量薄弱之故是难以两全的。（4）边界地主阶级武装胜过革命武装，故革命方面的武装，正面打击和消灭地主阶级的武装可能少；集兵则革命方面的武装超过地主阶级的武装，故正面能消灭地主阶级的武装的可能多。”
2.制定了游击政纲。
内容为：“（1）没收地主豪绅阶级的财物分配给工农；（2）摧毁国民党御用的政府和一切压迫民众欺骗民众的团体；（3）摧毁剥削民众的税收机关，并焚毁粮册及地主的田契借约；（4）解除军阀军队和靖卫团保安队挨户团的武装；（5）处决压迫民众的官吏地主资本家；（6）没收外国资本的大商店、大工厂和银行；（7）保护小商人营业；（8）保护邮政；（9）优待国民党革命军靖卫团保安队挨户团投诚和俘虏的士兵。”
3.划分了游击区域，实行分区游击。
确定红五军的游击范围为永新、茶陵、宁冈、遂川、酃县、桂东、泰和、万安、安福、吉安、萍乡、攸县、万载等13县，其中主要为永新、茶陵、宁冈、莲花4县。将上述各县划为4个游击区，即以永新的西北特区为中心的永新、安福、吉安游击区；以莲花九都为中心的莲花、攸县、萍乡、万载游击区；以宁冈砻市至大陇为中心的宁冈、茶陵、酃县、桂东游击区；以万安为中心的遂川、万安、泰和游击区。
4.决定了新的游击策略。
确定“游击初期工作应不超出永新、茶陵、莲花、宁冈4县之外，非经济无法时亦不宜去安福……所出桂东出泰和、万安、吉安或攸县、萍乡，应在永、茶、莲、宁4县秘密工作稍有基础，4县地主阶级武装已受打击之后。如企图扩大或根据军事的片面理由而欲企图到桂东或到泰和、万安、吉安，不注意已有工作区域的基础建立，其结果必成为顾此失彼甚至两头无成。此数县工作稍有基础，红军便当向规定范围内之其他各县游击，以发动更多地点群众起更大的政治影响。”
会议对上述各项问题都形成了决议，并认为只有在“统治阶级冲突变化，或前委有更大的或者有益于革命的调动时，特委将斟酌革命利益变化此决议案”。
当大会在举行期间，赣敌两团人形成剪刀式向红五军驻地古城进击。因不明敌情和我方力量薄弱，与会人员退往宁冈大陇。岂知到大陇后，敌人即进茅坪。于是又移至八面山下的井水背村，一面观察敌情，一面继续开会。
边界特委第四次执委会的召开，对边界军民坚持井冈山的斗争具有重大的意义和作用。会议成立了新的领导机构，并且正确地估量了形势，决定了“集兵政策”，不仅适应当时局势，而且体现了前委和毛泽东“分兵以发动群众，集中以应付敌人”的军事思想；会议还制订了游击政纲，划分了游击区域，提出了建立以永新为政治区域指挥中心的设想，为以后湘赣革命根据地的形成奠定了良好的基础。
边界特委第四次执委会正在召开时，赣敌以两个团的兵力，向宁冈进犯，一路进至宁冈新城，一路进及永新汗江。敌人的突然来到，红五军因不明敌情，退往宁冈大陇，敌军即追至茅坪，为避敌锋芒，红五军移至八面山下的井水背村，一面继续开会，一面欲探明敌情，再决定战斗与否。岂料，5月22日敌人开始沿山进攻。由于敌人行动快速，我军一因敌情不明，二因部队新编不利于战，于是特委决定红五军由八面山退往酃县视情而定，“或右出拿山至永新，或左出茶陵回小江”。然红五军退入酃县后，又闻报遂川、茶陵各有敌军前来堵截，遂不得不转战湘粤赣边境，离开了边界。
红五军离开边界远去，边界原红军独立一团也随之而去。顿时，边界的革命力量大减，被敌人钻了空子，割据局面再次受到损失。
敌人见红军已远去，即返身直穿九陇山，向我九陇山军事根据地取包围形势。湘敌门炳岳旅刘宗武团伙同茶陵县县长带领正规营一营兵力和保安队，从茶陵和尚庄出发，直穿九陇山到永新。我永新六区赤卫队和永新莲花赤卫队凭险抵抗，终因敌众我寡，撤出战斗。敌人见状，知我兵力空虚，将部队分成小分队到处大烧大杀。敌人把烧杀的重点范围定为三大块：一为小江区，二为东南区，三为西北区。结果，除西北区外，小江区、东南区的农民群众屋宇被烧得精光，财物被席卷一空。与此同时，莲花的红色区域也遭受损失。
面对敌人的淫威，边界特委采取紧急应变措施和灵活战术，与敌人进行抗争：（1）集中赤卫队统一指挥打击分散了的敌军队伍；（2）尽可能地武装赤色区域群众，领导他们开展游击战争，骚扰敌人，令其吃睡难安；（3）在符合革命条件和不失掉群众的前提下，能灰色的尽量灰色，不能灰色的区域则加强武装和警戒，努力奋战，四面游击，打击敌人。
由于措施得当，在边界6月无主力部队的时候，除永新和莲花受到较大损失外，其余几县损失较少。并且，在严酷的斗争现实中，贫苦农民表现出坚定的信念，“宁愿结草而居，誓与敌人奋斗到底，并迫切要求发枪给他们”。
在此困难时期，虽然边界党采取的政策与策略是正确的，但终因无红军正规部队，难以恢复和发展割据局面。边界特委书记邓乾元在给中央的报告中以沉重的笔触写道：“以5月半间起至6月底止是边界革命之被破坏时期。”
1929年6月底，红五军从湘粤赣边境游击归来，经南雄、大余等地回到宁冈，并接连收复遂川、宁冈两县城。红五军的回归与胜利，有力地推动了边界武装割据局面的恢复与发展。于是，特委和红五军军委召集联席会议，决定攻打安福。攻打安福不仅可以解决部队给养问题，而且可孤立永新、莲花的国民党军队。当时，红五军是受边界特委指导的，彭德怀、滕代远等接受了会议的决定。
7月中旬，红五军前往安福。当到离安福城30里的地方，与敌工兵营及少数靖卫团遭遇。红五军指战员奋勇冲杀，激战三四小时，将敌击溃，随即乘胜追击，进抵安福城下。岂料城内守敌负隅顽抗，死守如磐。红五军久攻未克，在开返宁冈的途中，恰与敌七十团遭遇。双方发生激战。是役，红五军重创敌军，击毙击伤敌七十团300余人，缴获大批枪弹，俘虏数十人。
安福战斗的胜利，“有如春雷之初夏，振奋了群众的勇气，吓退了敌人的猖狂”，一挽长久陷气势不振的状态。这时，由于敌人因赣南问题不能解决，不能顾及赣西，原有的驻军又各保前程，无进攻红军的能力，因此边界的武装割据得以逐渐恢复。边界特委所辖区域内，永新、莲花、宁冈都成立了正式县委，酃县和遂川有了临时县委，茶陵成立了特别区委，攸县也有一个支部，归莲花管辖。加上特委对莲花、永新、宁冈的赤卫队进行了改编和训练，实行了统一指挥、分散游击的政策，边界的地方武装力量也有了发展，枪支数量达到500支，割据区域已恢复到莲花2／3，永新2／5，宁冈1／5。在这些公开的红色区域内，“群众不论大小老幼通通认识苏维埃”，“并有群众要求公开分田的区域”。
然而，在安福战斗中，红五军也受到较大的伤亡。军参谋长刘之至、第四纵队长贺国中英勇牺牲，全军伤亡官兵160余人。因此，为整顿和加强红五军的力量，“将五、六纵队合并成一纵队，仍以王佐为司令官，纵队以下设两支队，一个支队长为李灿同志，一个是秉生同志，支队之下设两个大队，每个大队以90杆好枪编成之。军部有一个特务队，其余传令兵、勤务等俱背枪。党的组织共分三级，每大队立一支部，辖于支队队委，支队委归纵队委管辖。纵队委书记是刘宗义同志，纵队政治部主任是滕代远同志。两个支队党代表，一个是何长工同志，一个是刘宗义同志。”
红五军的回归与安福战斗的胜利，以及边界局面的重新创造，当时特委曾给予高度的评价，说：“从7月起又是前进的现象，而各地的秘密工作，则经常不断的都有长进。”
1929年8月7日，红五军应湘鄂赣边特委要求，离开井冈山根据地，返回湘鄂赣边界开展游击斗争。江西敌人闻讯，又乘机占领了宁冈、莲花县城。
这时，边界的武装斗争，主要依靠袁、王红军部队和地方武装力量，共拥枪700余支。其中，袁、王部队有160余支，永新赤卫队有300余支，莲花赤卫队有100余支，宁冈赤卫队有100余支，茶陵赤卫队有30余支，酃县赤卫队有20余支。他们在边界特委的领导下，坚持了边界的武装斗争。
9月6日，中共江西省委给边界特委来信，指示“新的边特应建立在群众斗争的中心永新。”9月25日，中共中央根据江西省委和边界特委书记邓乾元给中央的报告，给边界特委来信，确定湘赣边界管辖区域为：永新、莲花、安福、宁冈、攸县、酃县、茶陵，并指示边界特委由湖南省委领导改归江西省委领导。
根据上级指示，边界特委领导军民采用更为灵活的策略，坚持割据斗争。是年9、10月间，边界地方红色武装趁敌调防之机，收复了莲花、宁冈县城。10月30日，刘作述、王佐、陈竞进率领永新、宁冈、莲花三县地方武装，在广大群众的配合下，攻克永新县城。这是边界军民自红四军、红五军离开井冈山根据地后所取得的重大胜利。
攻克永新后，中共湘赣边界特委由大湾村迁至永新城。从此，永新成为湘赣边界斗争的中心。随着武装斗争的胜利开展和割据区域的不断扩大，以宁冈为中心的井冈山革命根据地，逐渐发展成为以永新为中心的湘赣革命根据地。