经过皇太极十几年的治理，社会矛盾已经基本缓和。他登基称帝后，政权得到进一步的巩固与发展。然而在山海关以东，仍有明廷死死不肯放弃的锦州、宁远、松山、杏山等重镇，这些城如果不得，山海关就牢不可破，清政权要想入关就只能是一句空话。清军如果想打开山海关，进攻北京，就必须拔除关外明军的这些据点，取得全辽，才能把清的势力推向全国。
崇德五年四月二十九日，皇太极亲自率军进攻锦州，锦州的守将是祖大寿。皇太极迅速组织兵力把锦州围了起来，锦州被困的消息很快传到了京师，崇祯很慌张。为了使锦宁防线不致因失锦州而崩溃，崇祯急忙把正在西部与农民军作战的洪承畴抽调到了辽东，出任蓟辽总督，率领各部总兵共计十三万人，火速驰援锦州。洪承畴久经沙场，他深知清军作战能力强，所以和清作战一定要持慎重的态度。此时清军的主要目的是夺取锦州，兵力应该在围困锦州上下了很重的砝码，这样一来，在防御外敌这方面肯定很薄弱。洪承畴决定钻这个空子，彻底把清军消灭在锦州之地。
清前线防守总指挥是多尔衮，驻守在乳峰山。洪承畴把兵力全部集中在乳峰山上，多尔衮仓皇出战。两军大战了一场，清军大败。皇太极下令退兵，在距锦州六十里的地方驻营。这次失利对皇太极打击很大，一下就病倒了。养病期间，他一直在考虑夺取锦州的事，觉得以自己目前的兵力实在是无法在和明军抗衡下去了，于是又下令搬来了援军，等自己病愈再亲自率领大军出发。
八月十九日，皇太极大病初愈，就率领大军赶赴松山。
皇太极把部队安置在松山脚下，又亲自派了一批人对松山进行了一番细致的考察。他觉得松山城的战略位置十分重要，它处在锦州、杏山、宁远之间，仿佛是宁远与锦州的咽喉。在详细观察了地形与明军的布防后，他发现明军大部分集中在前锋，后面的队伍防御很薄弱。于是他突然顿悟出一个计谋来，想道：明军这个阵法固然厉害，却还是有些漏洞，这个阵法力量全部集中在前面，而后面的兵力简直太薄弱了。利用这一点，把全军力量集中起来攻打明军的尾部，明军必定大败。
于是，他把军队部署在松山与杏山之间，然后从锦州西往南，穿越松、杏之间，直到海口，一连掘了三道大壕，各深八尺，宽有丈余，使得人马不能通过，形成了对松山的一种包围状态，同时也切断了松山与后方杏山的联系，然后对塔山、宁远来的援军实行打援，并伏击从松山突围的明军。这样的布置使清军逐渐由被动转变为主动。
等洪承畴得到这个消息的时候，清军的作战部署已经很完善，只等着明军做出反应。洪承畴心里慌乱起来，他没想到自己先前精心布置的战略方针一下子全被清军的这种打法给打乱了。他本想正面跟清军来次决战，没想到清军竟然绕到自己后面去了。后路被切断，一系列对明军不利的局势接踵而来。
营帐中，洪承畴一脸愁容，他对诸将说道：“我军既然已经置身此地，应该依照原先的计划部署。不管后方如何，直接率兵攻打前方，解围锦州，成败就在此一举。”
洪承畴的话刚一说出口，立刻遭到诸位将领的反对，他们提出：“清军攻取锦州不是一时半刻就能拿下的，现在咱们的后路被截断，粮饷得不到及时输送，恐怕还没到达锦州，我们的军队就支持不住了。况且清军在前方设下什么圈套，咱们都不知晓，盲目地发兵过去，遇到问题，再想抽身回来可就难上加难了。目前咱们唯一的出路是突围回到宁远，再从长计议。”
洪承畴一考虑，觉得自己刚才确实有些过于冲动了，便接受了将领们的意见。
第二天，天刚蒙蒙亮，洪承畴率领明军进攻清军防地，准备突围，因为他们曾经在后部设置了诸多陷阱，现在倒把自己给限制住了，还没进发到清军围困的地点，明军就被自己设置的陷阱损伤了一部分人。洪承畴派人去前方打探清军的状况，探子回报说，清军已经把松山围了个水泄不通，兵力集中在各条下山的道路上，想突破重围冲出去，恐怕很难。
“难也得冲出去，我们现在一下子由主动变成了被动，且不要说援助锦州，就连我们自身都难保了。鲁莽的做法虽是兵家大忌，但站在我们这个角度看的话，也只有这条路可行，起码这样做还有一丝希望。”
洪承畴先派了一部分兵力清扫了先前设置的陷阱，准备在天黑的时候发动所有兵力进行突围。
夜幕降临，山林间显得很萧条，毫无生气，圆月被一团黑云遮掩了一半，只露出了半边，却也洒下了少许的月光。洪承畴率领部队刚行至半山腰的位置，听到了几声马哨声，这是清军相互联络的方式。果然哨声过后，一批清军从半山腰的山后杀了出来，其中以铁骑为先锋，多尔衮提着长刀跨马朝明军狂奔。明军阵势顿时大乱，一下子被截成了几个部分。
其他将帅率领自己的部队朝杏山的方向奔逃，引起了明兵大乱。这时皇太极率领八旗兵力也赶了过来，命令一部分兵力追剿逃往杏山方面的明军，其余的仍旧围剿困在松山没逃出去的明军。总兵吴三桂、白广恩等兵马在溃逃突围的时候，误入了清军设下陷阱的地域。他们觉得自己选对了路，茫茫夜色中几乎没有清军的影子，以为自己已经冲破了清军的围攻。没想到部队刚去了没多远，就进入了清军设置的“危险地带”，触动了机关，横箭乱飞，射死无数明军。土壕陷阱上铺一层土，移了些杂草，仿佛平地一般，底下却竖插了无数把利刃。明军哪里知晓，刚才遭遇一番乱箭，已是混乱成一团，开始溃散，摸着黑朝各个方向奔逃，谁想大部分又踏入了陷阱，被利刃穿了个透心凉。
吴三桂、白广恩眼见这阵势，心里一下也没了主意，心想前方不知还有多少像这样的陷阱，便又率领残军撤回松山，与正在努力突围的洪承畴会合。三人一核算，明军损失的兵力已经超过了五万，剩下的兵力已经不足万人了。洪承畴眼见突围不成，便和曹变蛟、吴三桂等人，又一起撤回了松山城固守。
皇太极取得松山大捷，消灭了明军援助锦州的主力，但是松山、锦州、杏山三城仍旧被明军占领。在经过一番对比之后，皇太极决定把松山上洪承畴的兵力作为主打目标，然后再各个击破其余两个城。皇太极采取的战术仍旧不变，不去攻坚，而是围困。
从崇德六年九月松山、杏山等城被围困，明军们在城中大都惊慌失措，眼巴巴地守在城中，既不得温饱，也不得消停。清军不时派部队进行骚扰，来消磨明军的斗志，明军很快就抵挡不住了。
直到第二年二月二十一日，围困松山的豪格、多铎等传来新的情况。明军松山副将夏承德投降，并把自己的儿子夏舒作为人质，约定在二月二十八日为内应，献城给清军。此时松山城内是人多粮少，援兵无望，城中人处于极度的绝望状态，甚至出现了相互残食的惨烈事件。二十八日晚，清军按约定率军攻城，一举拿下了松山城，生擒了洪承畴等将领。
松山一破，锦州城内的情况就更加惨烈，城中粮食早就吃光了，人食人的事件经常发生。祖大寿无计可施，眼看着援军近在眼前却都被清军一一击破，心里那份侥幸也随之消失了，他率领部下打开城门投降了。清军围困锦州用了一年多的时间，终于不战而克。
四月二十一日，皇太极命令济尔哈朗率领部队攻打杏山城。不到一日的时间，杏山城沦陷，清军占领杏山。至此，松锦战役最后以清军胜、明军败而宣告结束。此次战役是清朝战役上的一次重大突破，此战以后明清双方战略相持阶段结束，清廷转向战略进攻，为进关开辟了道路。
失败有时并非一件坏事，清军在乳峰山战败，消除了皇太极对明军的轻敌思想，相反重新谨慎起来。人无完人，即便是强的部队也有弱的一面，这就好比打蛇避免蛇头，攻击蛇尾，即便是再凶猛的蛇也抵挡不了。皇太极正是利用了这一点，在敌强我弱的形势下，扭转局面反败为胜。