首先，与身着白底红十字制服的圣殿骑士团不同，圣约翰骑士团的制服是黑色的，胸前则是红底白十字图案，也有黑底白十字图案的制服。在作战时，圣殿骑士团成员的胸甲上覆盖的是白底红十字的胸衣，而圣约翰骑士团覆盖的胸衣是红底白十字。
圣殿骑士团的骑士，有身着统一制服的习惯。在城内街头通行时，圣殿骑士团的骑士们身穿胸前带有大红十字的白色制服，昂首阔步地经过。
而圣约翰骑士团的骑士们则完全身着黑色和棕色的普通修士服装，胸前绣着小型的白色十字。骑士团的成员大都来自西欧社会的上层，在他们的房间内放置着饰有家族纹章的银器。
圣约翰骑士团创立的时间比圣殿骑士团早半个世纪。在耶路撒冷还处于穆斯林统治下的时代，意大利的滨海城邦中最早从事东方贸易的阿玛尔菲，就为到耶路撒冷朝圣的西欧基督徒修建了医院。这座医院建立在朝圣者首先要瞻仰的耶稣基督圣墓教堂旁边。从此，以施洗者约翰为守护圣人的医疗集团，就作为圣约翰骑士团的先驱开始运营了。
从圣殿骑士团创立的1118年开始，中近东的十字军国家进入了守势。圣约翰骑士团也相应地从单一的医疗服务，发展为以防御异教徒为目的的骑士集团。此前以医生和志愿者为主的人员结构，转变为以医生和志愿骑士为主。
与圣殿骑士团不同，圣约翰骑士团的医生和骑士都必须是贵族出身，要求加入者是封建领主家族的男性后代，来自西欧的上层社会。在《罗得岛战记》中，大量记述了相关的情况。因为出身的限制，圣约翰骑士团的志愿者人数并不多，常少于同一时期记载中的圣殿骑士团。
十字军时代骑士团的武器装备
由于限定骑士必须为贵族出身，与规模较大的圣殿骑士团相比，这使圣约翰骑士团获得了一些优势。
属于社会上层的贵族，在当时大都是比较有学识的人物，其教养与武力显得十分相称，也能够很好地约束自己的言行。与圣殿骑士团的狂热暴力形象相比，圣约翰骑士团的修养要好得多。
我一直将全称为“圣约翰医院骑士团”的组织，简称为“圣约翰骑士团”。在与这一骑士团相关的作品《罗得岛战记》中，作者将其称为“罗得岛骑士团”，而在《罗马帝国灭亡后的地中海世界》的下卷中，这一骑士团以“马耳他骑士团”之名，在奥斯曼帝国的围攻之下，完成了一次气势磅礴的保卫战。这些守卫不同地点、不同名称的骑士团，都是不同时期的圣约翰骑士团。
但在圣约翰骑士团最初的创立地点耶路撒冷，它明确的本质就是“医院骑士团”。无论是基督教还是伊斯兰教的史书，大多数情况下都称其为“医院骑士团”。与只和穆斯林做斗争的圣殿骑士团不同，医院骑士团一直为朝圣者提供医疗服务。
在圣约翰骑士团加入作战职能以后，医生仍然处于最高的地位。每一位骑士在可能的情况下，每周一天，或者在战事结束后连续数天作为医生的助手，为医院收容的病人进行服务。在十字军势力处于守势以后，圣约翰骑士团虽然执行防御的任务，但一直坚持其本职工作。
这一点也表现在圣约翰骑士团所选择的工作场所上。在医院骑士团的建筑物中，最大的房屋是病房。在耶路撒冷的总部中，为患者提供的房间很大。能够治疗2000名患者的医院，得到了穆斯林的好评，成为阿拉伯和突厥医生常常访问的机构。
对以战斗为职业的骑士来说，需要广大的空间来放置马匹。圣约翰骑士团没有搬迁到新的总部，而是选择在总部之外新开辟一片场地作为马厩。
由于耶路撒冷完全处在基督徒的控制下，圣殿骑士团选择了没收后的清真寺作为自己的总部，但医院骑士团并没有这样做。圣殿骑士团的总部位于醒目的金色圆顶清真寺，而医院骑士团则与阿克萨清真寺此起彼伏的祈祷之声并存。圣约翰骑士团的成员们尊重穆斯林的宗教习惯与圣所，体现了超越宗教差别的智慧。
十字军统治下的耶路撒冷城市图
对于所捐赠的不动产和动产，医院骑士团的使用方法也和圣殿骑士团不同。
圣约翰骑士团通常将自己的耕地和在西欧得到的土地委托给当地人耕作或管理，而不是出售以换取现金。在中东的土地往往委任给穆斯林管理，负责耕作的也是穆斯林农民。因此，与圣殿骑士团主要接受西欧运送来的农产品不同，就地获取食物的圣约翰骑士团不必向意大利商船支付运费。
对于捐献所得的房产，圣约翰骑士团也选择了出租，而非出售的方式将其处理。渐渐地，医院骑士团在西欧拥有了相当数量的不动产。
由于医院骑士团主要从事房地产投资，它并未染指金融业。其军费开支委托耶路撒冷国王进行融资，获得一些低息贷款。
圣约翰骑士团的人数虽少，运营费用却并不低于圣殿骑士团。
以所拥有的城堡数量来衡量，医院骑士团比圣殿骑士团还要多些，其中不少是在与穆斯林控制区接壤的边境地带建设的城堡。一千年后仍历历在目的“骑士之城”，就是由医院骑士团从零开始建设，并负责防御的要塞。为了维持各地兴建的城堡，骑士团需要大笔经费开支。
医院骑士团的团员从加入伊始，也需要将私人产业完全捐献。由于成员都是贵族出身，医院骑士团只要求加入者捐献自己名下的财产，而不是家族的财产。这样下来，仅靠入团时的捐献，并不足以为随从和马夫支付工资。可以说，医院骑士团缺乏长期固定的财源。最终，它也不得不开始发放贷款。
留在西欧的医院骑士团战士们，与日本的“在家僧”极为相似。圣约翰骑士团要比以“第三等级”而将在家修行制度化的圣方济各修会早100年。而在此之后，医院骑士团的骑士往往成为枢机大臣、公卿将相或王侯。这些大人物一开始时，都是“在家僧”。
长期正常运转之后，圣约翰骑士团就能够成功地利用其在西欧的地产了。毕竟，除了圣殿骑士团的各项开销之外，医院骑士团还有一大笔购买药剂的支出。
在医生与患者大部分来自西欧的十字军时代，药剂供给也大都来自西欧。医院骑士团在西欧捐献的耕地中，实践草药栽培的计划。为了将干燥后的草药运往中近东，医院骑士团买下了两艘船。药剂对他们来说至关重要，必须由自身拥有的船只运送。相反，圣殿骑士团就完全不用关心海上的事务了。也是因为如此，当十字军势力被逐出巴勒斯坦以后，圣约翰骑士团还能够从海路撤退到其他地区。
到1118年圣殿骑士团创立以后，圣约翰骑士团也开始以与穆斯林作战为目标。但圣约翰骑士团的成员与圣殿骑士团完全不同。
圣殿骑士团成员的那种“杀啊！杀啊！”叫喊的气势，非消灭异教徒不可的过激的原则，在圣约翰骑士团之内完全不存在。圣约翰骑士团并没有用他人的言论来为自己的成员洗脑，而从自身的存在意义出发，用理论武装了自己。
在圣约翰骑士团遗留下来的文章当中，并没有多少对骑士们内心想法的介绍。而在“骑士之城”内部回廊拱门上雕刻的这段话语，却多少反映了这一骑士团的宗旨。原文为拉丁文，是这样的：
“Sit tibi copia， Sit sapientia， Formaque detur， Inquinat omnia sola， superbia si comitetur。”
翻译过来，是这样的意思：
“你们可以享受富足、智慧与美貌所带来的喜悦。然而，如果因为傲慢而妄自尊大，你们所拥有的这一切，都会受到污损，而陷于卑俗。”
这段警句，是以当时西欧社会的通用语言拉丁语写成，而作者就是圣约翰骑士团的骑士。这段话，自然不是只知道“杀啊！杀啊！”的圣殿骑士团能够写出来的。
医院骑士团和圣殿骑士团的战斗方法也完全不同。医院骑士团的骑士们，并不会贸然从城堡出击，相反，会以据守的方式达到战略目的。
骑士们都是十分宝贵的战斗力。因此，骑士团缺乏历史记录，部分原因是由于要保守秘密，而在骑士团员被穆斯林俘虏之后，一般会用交换俘虏或者支付赎金的方式，来努力保证骑士得到释放。
此外，圣约翰骑士团较少出击的原因，也是由于其大量成员在战场服役不足一年，就回到医院中进行服务。
相反，圣殿骑士团的成员就很少用交换俘虏或缴纳赎金的方式恢复自由。他们当中被俘的，往往会死在穆斯林一方的牢狱之内。
此外，两大骑士团之间还有一个很大的不同。
这就是骑士的出身地。圣殿骑士团的全体成员几乎都来自法国，而圣约翰骑士团的成员则来自西欧各个国家。
在圣约翰骑士团当中，有许多来自法国的成员。然而法国人也分三类。来自巴黎为中心的法兰西岛的属于法国北部人，来自奥弗涅地区的属于法国中部人，而来自普罗旺斯的则属于法国南部人。此外，还有来自英国、德意志、意大利各地的成员。圣约翰骑士团中很少有西班牙人。这是因为伊比利亚半岛正处于针对穆斯林的“再征服运动”之中。
来自同一地区的十字军成员，常常一起行动。在防守城堡的情况下，往往是来自同一地区的成员组成一个分队。
从骑士团长的国别来看，圣殿骑士团的历届团长全部由法国人担任，而圣约翰骑士团的团长除了法国人以外，还有意大利人、英国人、德意志人，甚至还曾经有过葡萄牙人团长。
形成医院骑士团的国际化特点的原因，在我看来有两点。
第一，由于医院骑士团从事医疗活动的医生已经组成了不分民族的混合队伍，在同时进行的战斗活动中，也就继承了这一传统。
第二，在中世纪西欧，无论是皇帝还是王侯，都不与自己国内的女性结婚，而是会与其他国家或领地内统治者的家族联姻。由于政治婚姻的缘故，全欧洲都发展成为了混血的社会。
全部以贵族身份入团的医院骑士团成员们，都来自西欧上层社会。他们自然大都是混血的，很多人生在德意志，却拥有法国的血统。骑士团的正式通用语是拉丁语，日常说法语，并没有人对此感到不适应。
而普通平民则一般与附近的人结婚。因此，大多数来自法国的圣殿骑士团团员都不讲德语或意大利语，在正式场合和日常情况下都说法语。
从两大骑士团的相互关系看，它们既不经常单独作战，也很少共同战斗，而是分别与耶路撒冷国王的军队一起，与穆斯林作战。与以勇气著称的圣殿骑士团不同，医院骑士团会在有良机的时候出战，而在不适合作战的时候按兵不动。
但这两大骑士团互相也没有任何竞争的关系。虽然双方特点迥异，但在防御十字军国家这一点上，有着共同的利益和目标。
总之，圣殿骑士团和医院骑士团是处于守势的十字军国家手中的利剑。两者都是十字军时代的“特种部队”。