在地米斯托克利充满远见的领导下，雅典整个市区早在50年前便处于城墙的保护之中。之后城墙延伸至外港比雷埃夫斯，雅典成为希腊唯一的被连绵不断的石壁包围的都市。其他城邦之所以没有像样的城墙，是因为斯巴达人一听到城墙二字便会神经过敏，这令各城邦有所顾忌。
在那个时代，斯巴达就不用说了，科林斯、底比斯都没有名副其实的城墙。阿提卡地区的村庄、乡镇更不可能具备防御性的墙垣。这意味着，面对伯罗奔尼撒半岛联军的夏季入侵，当地农民毫无防卫能力。
这些农民也是城邦国家雅典的公民，伯里克利因此准许他们进入雅典市内避难。雅典原本就是希腊人口最多的城邦，从前一年秋天开始又陆续有难民进入，到第二年夏季时，城市已经变得拥挤不堪。
粮食短缺的问题倒是没有发生，因为从黑海至比雷埃夫斯港的粮食补给线依然正常地运作，但市内难民的生活环境非常恶劣。收容所大多被安排在公共设施内，而希腊人没有多少卫生观念。多年以后一位去意大利半岛旅行的英国人说：“希腊人不管做什么先造神殿，而罗马人先铺设道路，整备上下水道。”
在伯里克利时代的雅典，人类至高文化遗产、雄伟的帕特农神殿光芒闪耀，但没有人想到下水道的重要性。
诚然，这是孕育出医学鼻祖希波克拉底的民族，他们无疑具有高水准的医疗技术，医生的数量也相当多，可是医生们面对从难民收容所蔓延至富裕人家的大规模传染病时却一筹莫展，找不到治疗的对策。毕竟这是他们第一次见到这种疾病。那些声称病源是从遥远的埃塞俄比亚经由埃及登陆比雷埃夫斯港的说法，不过是慰藉痛苦民众的传说而已。
这一年，《伯罗奔尼撒战争史》的作者、28岁的修昔底德成为这场灾难的优秀现场见证人。他的传世巨著中有一些有关瘟疫的片段，堪称纪实文学之经典。历史上出现能与之比肩的作品，要等到1800年后薄伽丘的《十日谈》问世。
顺便提一句，罗马时代之所以没有出现记录疫病的杰作，是因为罗马人热衷于建设下水道，所以那段时间当地没有暴发过大规模的传染病。
话说回来，根据修昔底德描述的症状，现代学者推测那一年肆虐雅典的传染病并非薄伽丘时代的黑死病，而有可能是伤寒。
不管怎么说，雅典市内的居民大量死亡。修昔底德也染上了瘟疫，所幸之后得以痊愈。可见年轻力壮的人相对容易康复，死者大多是孩童或年老体弱者。
这场传染病沉重地打击了雅典人，使他们失去了往日的自信。神殿内充满恳求神灵保佑的祈祷声，焚烧献祭动物的烟火熏染着雅典的天空，缕缕黑烟在空中飘荡，久久不散。
入侵阿提卡的斯巴达国王阿希达穆斯也听说了这场席卷雅典城的灾难。随军同行的见习监察官说，此时袭击雅典定能轻易攻克。
阿希达穆斯只回答了一句“难道要不惜牺牲我们的士兵”，便下令撤军回国。就这样，这一年斯巴达对阿提卡的侵略不足一个月就算了事。
伯里克利得知斯巴达国王进入阿提卡后，亲自率领海军入侵敌区。随后，按照惯例，接到阿希达穆斯撤军回国的消息后，他也率军回到了比雷埃夫斯港。
这时，传染病尚未威胁到伯里克利。
但雅典人的怒火正向他逼近。
难民的家园、耕地、家畜被敌人掠夺，来到雅典避难不得不在恶劣的环境下度日，结果又遭遇传染病。难民们眼看着亲人一个个死去，自然是悲愤不已。
愤怒的不仅是难民。常年居住在雅典城内的人们被大量涌进的难民搅得烦恼不断，又听说这些人是害死自己亲人的疾病的源头，烦恼即刻变成了愤怒。当民众发现向神祈祷也无济于事时，他们将愤怒转向了伯里克利。