就在芮逸夫去李庄考察之际，史语所发生了一件看上去不大，却令傅斯年大为恼火的窝里造反事件。
这年8月23日，在昆明龙头村一间黑屋子整日伏案做甲骨文识别与编纂工作的史语所助理员胡福林（厚宣），突然向傅斯年请假，说是有位叫许心武的好朋友，在重庆北碚替自己的妻子找到了一份工作，因昆明至重庆道路艰难，匪盗众多，需亲自护送家眷赴渝，并说一个月后立即回昆明销假，需预支九、十两个月的薪金以作旅费云云。傅斯年听罢，感到自己手下弟兄生活艰难，其家眷能在陪都重庆找份工作自是一件好事，只是考虑到史语所马上就要搬家，劝对方不要此时离开，最好入川后再作打算。若从新的地方——四川乘船沿长江顺流而下可直达重庆，此道比从昆明赴渝方便得多。想不到胡福林不以为然，执意要走。傅斯年经过再三踌躇，最终一咬牙答应下来，嘱咐对方快去快回，不要误了所内搬家事宜。胡氏点头答应，此事算告一段落。
几个小时后，傅斯年来到李济住处，把胡福林请假赴渝之事讲了一遍，李济当场表示反对，他认为如果胡福林非要离开，待把家迁到四川后再作行动，这样于公于私都说得过去。现在全所搬迁在即，许多器物需要整理装箱，人手本来不足，若小胡此时离开，对史语所工作极其不利。本来就有些不情愿的傅斯年经李济一说，颇为懊悔，立即找到正在工作室整理器物的石璋如，让他赶快找到胡福林并转达傅、李二人的意见，希望对方暂且留下，待随所搬迁后再行赴渝。石璋如得令，急忙跑到胡福林工作的那间小黑屋与宿舍，发现人去屋空。又到史语所驻地和弥勒殿可能匿身的地点搜寻，仍不见胡福林的踪影。难道此人神消了不成？石璋如这样想着，经多方打听才得知胡氏已悄然离开昆明远走高飞了。
胡福林于1928年自河北保定培德中学考入北京大学史学系就读，1934年毕业。在此期间，中研院史语所由广州搬到北平北海静心斋办公，北大校长蒋梦麟聘请史语所傅斯年、李济、董作宾、梁思永等大腕前往授课，以壮北大文学院声威。而自1931年下半年起，顾颉刚除专任燕大教授外，也受聘北大历史系兼课讲师，每个星期讲几点钟的课。学生胡福林出于对顾氏学问的崇拜，渐渐与顾颉刚建立了较密切的师生关系。胡氏毕业后，因学业尚不算差，被傅斯年、李济弄进中研院史语所考古组工作。从此之后，胡福林追随梁思永赴河南安阳殷墟参加了第十、十一次考古工作，并单独主持了侯家庄西北冈王陵1004号大墓发掘。抗日战争爆发后，又追随董作宾整理殷墟出土甲骨，兼做《殷墟文字甲编》的释文事宜。据石璋如回忆说：“先前在南京急着将一到九次发掘的甲骨出版《殷墟文字甲编》，所以YH127坑甲骨就只放到架子上，后来装箱都没有再动过。”到了1941年的8月，史语所同仁感到“离搬家还有段时间，也不知道搬家地点，不妨趁机开箱编号。三组同仁都可以帮忙开箱，编号就落到胡厚宣、高去寻两位先生身上……胡厚宣与高去寻一人写号码，一个纪录，若有可以合块的碎片，也许有两个编号，便趁机重组。董先生就描写重要的东西，进行分类……工作从早忙到晚，吃了晚饭之后继续加班到十点。”就在这项紧张而繁杂的工作进行中，胡福林悄然告辞了。
当时整个中研院史语所大师如林，将星云集，一个小小的助理员如胡福林者要休一个月的假，本不足挂齿。而此事的非同寻常之处就在于，当石璋如奉命搜寻胡福林踪迹时，突然发现胡氏的一切书籍文件、生活用品等器物，随着本人的消失也一道无影无踪。石璋如深感跷蹊，觉得其中有诈，立即向傅斯年和李济作了汇报。傅、李二人一听，亦觉不可思议，遂带着疑问与不解在史语所与周边学术机关展开调查。第二天，得知胡厚宣确已追随顾颉刚跑往成都齐鲁大学办研究所去了。傅斯年听到这个切实的消息，大为震怒，认为这个小胡把自己当猴耍了，遂在弥勒殿几个泥塑金刚面前晃动肥胖的身子，不时跳动脚跟儿，对胡福林以及齐鲁大学连同顾颉刚、钱穆等人骂将起来。骂过之后乃展纸修书一封致胡福林，说：“顷闻兄就齐鲁大学事，为之愕然。如有此事，务乞打消；如无此事，亦乞示知。”随后又命史语所考古组发出一函：“奉傅所长嘱，请将《武丁多妻多子》及《殷代农业》两文留下，交汪和宗先生带来，以便编入集刊。”
两函写就，傅斯年觉得并没有解除心头之恨，于是再修书一封，把窝在肚子中的虚火狂泄到齐鲁大学主事者身上，其书云：
本所职员胡福林君请假离所一日后，本所即得到若干口头报告，谓，贵校之国学研究所一年前即已聘定正在本所任职之胡福林君为教授，资以薪给。其本年之职务则为：（一）在云南为贵校购买书籍。（二）在本所抄录影拓一切本所正在研究尚未出版之材料，以备将来贵校国学研究所之用等语。事涉离奇，殊难置信……据负责人报告，近一年来，该员将本所所藏重要史料誊录甚多。本所之正式工作［资料］，该员亦全数携走，其目的为何？实难揣测……傅斯年在函中强烈要求齐鲁大学立即“查复上述传言是否属实”，并给史语所一个说法。齐鲁大学为英美长老会传教士于1917年在济南联合创办，但长时间未能正式立案，后在号称基督徒、蒋介石“老二”孔祥熙的暗中关照下，于1931年12月，南京国民政府教育部批转山东省教育厅准予在济南立案，承认其合法地位。因孔氏对此出力甚大，按中国特色的处事哲学，齐鲁大学主动聘请孔祥熙担任了该校的名誉校长。
抗战爆发后，济南沦陷，齐鲁大学流落到四川成都，寄居于华西坝华西协和大学校园内。此时，顾颉刚已辞去燕大教职，先是组织一个西北考察团对西北边疆展开调查，后受云南大学校长熊庆来聘请，于1938年10月抵达昆明任云大教授。未久，北平研究院（南按：非中央研究院）迁至昆明，顾颉刚兼任该院史学研究所历史组主任。1939年春，齐鲁大学校长刘世传邀顾颉刚到该校出任国学研究所主任，顾氏认为齐大开列的条件对自己的生活与学术研究较为有利，慨然应允，并悄悄拉上正在西南联大任教的钱穆一道入伙。
钱穆出生于江苏无锡，幼年读过家乡私塾，及长，为苏州中学教师，虽满肚子学问，却一直默默无闻。直到顾颉刚自北平回老家探亲，经人介绍，偶然发现这位乡村才子学识渊博，对历史文化有独到见地，言谈举止非一般“土鳖”甚至放洋的“海龟”可以匹敌，称得上是中国乡村自学成才的标本式人物，不觉心生惜才之心。顾颉刚一回到北平，便竭力向学术界荐钱并得到回应。1930年秋，36岁的钱穆离开苏州至北平，先是随顾颉刚在燕京大学任教，后由顾氏推荐执教于北京大学。钱氏自此鲤鱼跳龙门，一跃进入全国顶尖级的高等学府，迅速成为史学界一颗亮丽的明星。
因个人成长经历、学术观点以及性格等差异，钱穆与傅斯年、胡适等团体中人的关系由表面的客气逐渐变为不再客气，感情裂隙越来越大。究其内情固然复杂，但大体的脉络还能看出，按钱穆本人的说法，当时的史学界有两大派系，一是“革新派”，一是“科学派”。钱氏对所谓“以科学方法整理国故”的代表人物胡适、傅斯年辈颇不以为然。在钱穆眼里，这一学派价值并不大，无非是“震于‘科学方法’之美名，往往割裂史实，为局部窄狭之追究。以活的人事，换为死的材料”而已。就胡与傅相较，钱穆更看不上眼的是傅斯年，因为胡适当时尚有一部《中国哲学史大纲》上卷问世。傅斯年一直反对“著史”，倡导以专题研究为重，崇尚德国郎克学派的实证、客观等理论衣钵，此点与钱穆心中那带有苏州甜米糕和咸鱼味的史学观相抵牾，言谈交往中互不服气，终致个人关系恶化。据钱穆自己回忆说，他与傅斯年只有在批判康有为今文家疑古之说这一点上是同志，过此以往，则泾渭分明。傅斯年赴台去世后，史语所研究员王汎森奉命检查整理傅氏携台的全部档案资料，发现傅与钱之间只有两封通信，且都是为公家之事，其中一封信是钱穆为学生争取奖学金而与姚从吾联名写信给傅斯年的，可见二人关系之薄。
到了四十年代，傅斯年公开对外宣称他从来不读钱某人的书，而钱穆对傅也已明显地表露出厌恶之情，二人积怨渐深，几乎到了见面开打找练的地步，这一情结和怨仇毕生都未能化解。据一位知情者回忆，钱穆尝谓傅斯年霸气十足，是水泊梁山忠义堂里的山大王一类人物，就是一个造反起事的土匪头头。而傅斯年则骂钱穆属于狗头猫脑的鼠辈，充其量是一个南方小裁缝，根底肤浅，不足为谋。抗战之后，钱穆的《国史大纲》出版，一度出任浙江大学史地系教授兼主任，时为中国地理学会总干事的张其昀（字晓峰），在重庆中央研究院总办事处见到傅斯年，询问对此书的看法。张某人明知钱、傅二人不合，故意询问，无非是一种阴暗的心理在作祟，挑拨是非，看个热闹。傅斯年当然不傻，知道对方之意但又不把对方与钱穆等他心目中的鼠辈人物放在眼里，遂高声回答道：“我从来不读钱某人的书文一个字。钱某人屡谈西方欧美学术如何如何，那些知识其实都是从《东方杂志》转抄而来的，没有什么自己的发明创造。”
张其昀听罢，立即瞪圆了蚕豆状的眼睛，老鼠一样龇牙咧嘴地“吱吱”怪叫着回敬道：“你既然号称不读钱某人书文一字，又如何知道得这么详细？”
傅氏涨红着脸“吭”了一声，尔后愤然骂道：“他妈的，不读他的书就不知道其浅薄可笑了？你见过你老爷爷，也就是你爷爷的老爸没有？”
对方不知何意，摇着头道：“没有，早死个球的了。”
“你有没有老爷爷？”傅斯年快速问着，晃动着小山包一样的身躯，急步向前，摆出要以体积乘速度，给对方致命一击的架式。
“我当然有老爷爷！”对方见势态不好，后退几步，嗫嚅着说。
傅斯年突然仰天哈哈大笑，继而又面色严肃地说道：“此谓我不读钱某人书文一字，乃知其荒唐之故也！”
张其昀愣了一会儿，终于醒悟，深为傅斯年的嬉笑怒骂所惧，怕再争执下去不但看不到对方的热闹，弄不好会被眼前这位活阎王暴打一顿，乃缩头勾背，老鼠一样一步三回头，连蹦加跳地溜走了。
从钱穆晚年的回忆文章可知，他在北大和西南联大时，交往最密切的是汤用彤、蒙文通和熊十力等辈。这些人都不是“新文化运动”中人，唯有例外的是顾颉刚——尽管顾在这个运动中没有多少可圈可点的功绩可言。钱穆对顾一直抱有知遇之恩，他之所以离开西南联大赴成都协助顾，与顾颉刚的邀约有关，但也与那时校园的政治空气有联系。据钱穆自述：“自余离开联大以后，左倾思想日益嚣张，师生互为唱和。闻一多尤为跋扈，公开在报纸骂余为冥顽不灵。……凡联大左倾诸教授，几无不视余为公敌。”闻一多跳着脚尖大骂钱穆不是个东西的情形，虽然发生在钱氏离开联大以后，可以想见，在他未离开以前，已经有了不少反对者，对立面仍在不断扩大增长中。就当时钱穆的为人处事而言，也并不是如傅斯年所说的臭狗屎一堆，一无是处，对其深表同情和支持者还是大有人在，如后来在成都燕大任教的史学大师陈寅恪就对钱氏说，倘若在昆明，当“可以诽谤罪将闻一多等人讼之法庭”。正是由于派系倾轧与各方面错综复杂的缘由，钱穆接受了顾颉刚的建议，辞去西南联大教职，于1939年9月先回苏州老家探亲，尔后赴四川成都齐鲁大学研究所任职。而这个时候，中研院史语所几乎没有人知道，顾颉刚已秘密和胡福林建立了联系，并拉胡氏一同入伙齐大研究所了。
无论是北大时代还是抗战之后，胡与顾的关系较为隐秘，对于二人的交往外界熟知者不多。而一直对顾颉刚心怀不满的傅斯年始终蒙在鼓里。如果傅氏知道胡与顾的密切关系，胡不可能进入史语所工作，即使阴差阳错进了史语所，也会被傅斯年踹出门外。胡福林与顾颉刚一直隐而不宣，自是胡氏的聪明之处。按照石璋如推断，当在昆明龙头村的胡福林得知中研院可能还要迁徙的消息后，“觉得未来难料，就与以前的老师顾颉刚联系……顾的兼职很多，表面上不活动，可是实际上很活跃。北平研究院当时在黑龙潭，顾颉刚住在龙头村西北边、隔金汁河就到黑龙潭的浪口村。……既然浪口村与龙头村不远，可能顾就与胡厚宣有联系。”
石氏的猜测确实不错，许多年后，胡福林对这段经历交代说：“正在云南任教的顾颉刚先生，时居乡下离我处不远的浪口村，先生时常遣师母于去‘街子’（集市）时，带字条给我，命查找资料。而钱穆先生亦随联大来西南，只播迁途中，家人皆留苏州，先生即东归探母。此时顾先生已与哈佛燕京学社商得专款，于迁校成都之齐鲁大学创国学研究所，他邀请教书于西南联大的钱先生和我任研究员。顾先生告，齐鲁大学有明义士所藏甲骨需要整理，故约我同往。这样，在史语所即由昆明迁往四川时，我于1940年转往成都来到齐鲁大学。而钱穆先生亦于同年在返乡侍亲一年后，经重庆抵蓉。”
胡福林所说的这位明义士，原是加拿大教会中人，英文名James Mellon，曾受教会派遣来中国安阳一带传教，见当地的甲骨具有文物和学术价值，趁机收购保存了一批有文字甲骨。1932年，明义士携这批甲骨入齐鲁大学任考古教授，并在校中办了一个博物馆收藏自己的部分甲骨。抗战爆发后，齐大迁入成都华西坝，部分甲骨也随之同迁。可以想象的是，欲弃昆明赴成都的顾颉刚正需要人手以壮声威，且齐鲁大学又有明义士收藏的大批甲骨需要整理研究，胡福林在甲骨整理方面受过专门训练，算是内行，顾氏乃暗中拉胡氏入伙。胡出于个人利益考虑，认为另立山头的机会来临，遂与顾一拍即合，这才有了后来胡福林离奇出走的事发生。
傅斯年的霸气以及在学界政坛的身份和地位，齐鲁大学当权者自然深知，接到质询函不敢怠慢小视，于1940年9月20日复函傅斯年，解释说：“敝校三年前，曾购置明义士所藏甲骨，以整理需人，夙闻胡福林先生精于是学，遂行奉聘，此议虽系发于去年，但当时胡先生以贵所工作一时未能结束，辞谢不来，并将原聘函退还，此为去岁十月中事。至本年四月胡先生来函谓贵所工作再有三四月可了，敝校因再寄出聘书，订明自本年九月一日起薪，惟因道途艰阻，特发给旅费国币一千元正”云云。
这封信函，明白无误地证实了傅斯年听到的消息，尽管此前傅认为“事涉离奇，殊难置信”，但此次却不得不予以置信了。为此，傅斯年更加恼怒，认为这是顾颉刚、钱穆者流另立山头，与史语所分庭抗礼，向自己挑战的不祥之举。李济、董作宾、梁思永等诸学术大腕闻讯，皆对此表示愤慨，并鼓动傅斯年对齐鲁大学校方（实则是对顾、钱、胡等人）来一番口诛笔伐，以正视听。于是，傅斯年卷袖挥臂，再度奋笔疾书向齐鲁大学开起炮来，书曰：
查本所助理员胡福林于本年八月廿三日请假一月送眷赴渝，言明一月后即返滇销假，并预支九、十两月薪金，以作旅费。行前并未表示辞职之意，且谓其妻由许心武君介绍在北碚工作，言之凿凿。该员领有本所任书，任期至本年度年底截止。但据贵校来函，该员又已接受贵校聘书，并订自本年九月一日起薪，此种矛盾事实，究应由贵校解释，抑由胡福林本人解释，无关重轻，惟有不能不向贵校正告者：本所历来对于服务人员，除契约中所规定双方必须遵守之少数条件以及一切文化国家学术机关共认之原则外，无任何其它约束，但在规定中者，则双方均有严格遵守之义务。十余年来，本所同仁之聘任、续约、解约、去职，各随意志，照章而行，来去均极光明。曾有其 它学术机关借用本所专门学者，先例甚多，大抵均在约满以后行之，或由请求机关征得本所同意，本所亦乐为赞助。如胡福林之未向本所辞职，即接受贵校聘书，并领双方薪金者，尚为初见。该员在本所工作有年，尚属勤谨，向无外务，不意贵校利用美金收入，外汇高涨，由滇赴川旅费一项，即支一千元，使一青年学者背其契约上之义务及作人之道，且事前并未与本所有商洽，此等办法，是否基于贵校所谓‘基督教之精神’，自应仍请贵校思之。本所以为此类举动，似与学术机关之身份不合，且易在青年学者之心术上生不良之影响，实不胜遗憾。
在指责教训了一番后，傅斯年又以凌厉的姿态和攻势向齐鲁大学发出警告：
至此后关于胡福林个人之行动，自与本所无涉，但在该员服务于贵校期间，若在贵校任何刊物内，载有本所未经发表之任何材料，自应由贵校负责，本所当采取适当办法办理。又，贵校来函，如昆明“购书之困难”等语，不知胡福林在此，乃向北平、上海购书，由此转寄贵校，积之已久，人所共见。诸如此类，以无大情，不暇细论，一切统希照查为荷。
当傅斯年发出这篇言辞激烈的讨伐檄文时，已是1940年11月1日，其时，胡福林已悄然转道赶赴成都齐鲁大学，与顾颉刚等人胜利会师于成都北郊崇义桥赖家院研究所住地了。对于傅斯年的愤怒与指责，齐鲁大学校方与顾颉刚、胡福林等商讨后，认为傅氏尽管霸气冲天，但毕竟鞭长莫及，对齐鲁大学构不成巨大威胁，且齐鲁大学的名誉校长是重权在握的孔祥熙，有这位孔大人罩着，谅傅斯年也不敢，或者说不能在太岁头上动土，做出不利于齐大的事来。于是，校方当局与顾、胡等人以胜利者的姿态会心一笑，不再理睬。只是令顾颉刚与胡福林没有想到的是，早在抗战前的1936年，明义士回加拿大休假，行前将收藏甲骨的大部分珍品悄悄打包，秘密转移到外籍好友麦克卢医生住房地下室中，这个诡秘的行动没有一个中国人知晓。抗战爆发，齐鲁大学南迁，这批最具学术研究价值的甲骨并未随校迁到成都，学校于兵荒马乱中带走的只是一少部分零散甲骨。因而胡福林到了研究所之后并没有多大的空间可供发挥，颇为窝火（南按：直到1951年夏，时任齐鲁大学文学院院长林仰山，才向当局交出了一份明义士埋藏地点的秘密地图，这批甲骨珍宝才从地下室挖出，得以重新面世）。1941年5月19日，胡福林致函傅斯年，询问可否援引史语所“集刊十本一分附录沦陷文稿办理之例”，用于自己最新撰写的《甲骨学商史论丛初集》中。傅斯年与李济、董作宾商量后，李、董二人皆认为不可，于是傅回信予以拒绝。想不到胡福林并不罢休，来信提出抗议，指责史语所几位巨头不通人情世故。李济得知此情，勃然大怒，在7月30日致傅斯年的信中毫不客气地说道：“弟对于胡福林实在厌恶。他所抗议的几条是否可作有效答复这要问彦老了。士林多此一人即多一败类，未议尊意如何？”8月3日，傅斯年回复李济：“关于胡福林事，如就其引彦老之文与之辩，转不易说，只能就他末了‘不得已’一节，骂他一顿。弟觉应复一信，尊意如何，乞示知。”
傅斯年与李济对胡福林的抗议有无反击，如何开骂，不得而知。但自此之后，史语所算是与胡福林彻底脱离了关系，虽胡氏日后还有主动示好的信函致傅、李、董几位大腕，几人皆漠然处之。