关于抗战成败的争论还在继续，众师生翘首北望，以复杂、悲怆的心境，关注着这场决定民族兴亡的战事。
1938年7月7日，蒋介石发表《告全国军民书》、《告世界友邦书》和《告日本国民书》，以纪念中国军民抗战一周年。在《告全国军民书》中，蒋氏要求全国军民以“军事第一，胜利第一”为目标，全力促成武汉会战的胜利。
就在这一天，联大蒙自分校全体师生在旧海关旷地举行抗战周年纪念礼。由樊际昌任主席并致辞，文学院长冯友兰演讲。冯氏语气平和，谓“一年来中国之胜而非败，语极乐观”。想不到演讲中突有一意外插曲，把会场搅乱。一个战前受聘于清华历史系、名字叫噶邦福的俄籍老教授，亦随校南来并参加了本次活动。当冯友兰演讲到一半时，只见这位白须飘动的俄国教授号叫一声扑地不起。身边的师生见状，以为是这位俄国佬因高呼口号未能呼出憋气倒地，或者是故意耍什么布袋戏，以活跃演讲的气氛。待细看之后，只见这位教授脸色发青，热泪横流，满面呈悲凄之状，方感另有隐情。众人手忙脚乱将噶邦福抬出会场请医生急救，半个小时后方缓过神来。原来这噶邦福当教授前曾做过俄国军官并参加了第一次世界大战。在西线战役中，作为下级指挥官的噶邦福奉命率部冲锋，突遭敌机关枪扫射，乃紧急下令卧避。当枪声停止，噶邦福挥枪喝令前进，起来的只有他一个人，其他官兵全部阵亡。此段酷烈往事随着冯友兰抗战演讲再度被忆起，遂有这位噶教授突发悲声，昏厥倒地的一幕。众师生闻知内情，受其感染，无不凄然，几个女生掩面而泣。
好在噶邦福教授引发的这段悲情插曲很快过去，礼毕，“是日上课如恒，并举行献金救国”等活动。本次献金活动，全体师生在物价上涨、生活困顿的情形下踊跃捐款。最初以陈岱孙教授的二十五元为首，随后学生中出现了捐献三十元者，有的女生无钱，而将手上的金戒指捐出，众人大受感动。在叶公超、金岳霖等各方怂恿下，教授们捐款数目开始增加，由四十元增至五十而六十五元，直到冯友兰攀升至七十五元，独占鳌头方止。本次捐款共得献金二千余元，超过了蒙自全城捐款的一半以上。
7月底，联大蒙自分校考试完毕，本学期的学业就此结束。此前，因蒙自地处西南边陲，交通、生活方面多有不便，西南联大在昆明校舍陆续建造并有了一定规模，校委会决定分校迁回昆明，蒙自校舍让于即将由广西柳州迁往该地的中央航空学校。联大校委会同时决定，自8月1日起放暑假，至11月底止，假日期间陆续完成师生向昆明的迁移工作。
因西南联大成立未久，本届毕业生均用原校名义发给文凭。清华毕业生专门编纂了一本“清华第十级年刊”纪念册，请朱自清写几句话以示纪念。朱欣然慨允并写道：“向来批评清华毕业生的人，都说他们在做人方面太雅气、太骄气。但是今年的毕业同学，一年来播荡在这严重的国难中间，相信一定是不同了。这一年是抗战建国开始的一年，是民族复兴开始的一年。千千万万的战士英勇地牺牲了，千千万万的同胞惨苦地牺牲了。而诸君还能完成自己的学业，可见国家社会待诸君是很厚的。诸君又走了这么多路，更多地认识了我们的内地，我们的农村，我们的国家。诸君一定会不负所学，各尽所能，来报效我们的民族，以完成抗战建国的大业的。”
暑期开始，学生们背着行囊，告别师友，自碧色寨上车。在送行的队伍中，除了朱自清等教授，还夹杂着50多名当地青少年，即联大学生的学生。在蒙自不长的时间内，联大学生埋头读书，成立“南湖诗社”，还创办了一所平民夜校，从当地招收失学的青少年学生50余人，为其补习文化知识，讲解时事，教唱抗日歌曲等等。夜校设在歌胪士洋行一层两房间大房内，学生们热情高涨，当地群众极其满意，与联大师生感情得到了进一步沟通和升华，也播下了进步思想的种子，时间虽短，影响至深。当这50多名夜校学员闻听他们的老师——联大学生赴昆阳的消息后，自发组织起来到车站送行。有的为联大学生提包，有的握着对方的双手久久不愿放下，依依惜别之情催人泪下。据“南湖诗社”社员周定一说，学员中有一位年龄较大的跛子，只见他在车窗跑前跑后，脑袋一点一点地，满脸汗水为联大学生们递行李，和学生们一一握手告别，脸上淌着泪水。望着他那真诚、憨厚和恋恋不舍的样子，联大学生也流下了热泪。后来这个青年学员还率领几个代表，专门到昆明看过他们教师。
长鸣声中，联大师生随车启程，美丽的蒙自与南湖渐渐远去。
对于蒙自这段特殊的生活，许多年后，冯友兰回忆说：“梅贻琦说过，好比一个戏班，有一个班底子。联合大学的班底子是清华、北大、南开派出些名角共同演出。但是步骤都很协调，演出也很成功。当时还有一个西北联合大学，也是从北京迁去的几个学校联合起来而成的，设在陕西城固。但是它们内部经常有矛盾，闹别扭。蒋梦麟说，它们好比三个人穿两条裤子，互相牵扯，谁也走不动。”这个说法和比喻得到了西南联大师生认同，郑天挺在回忆中特别提到这种合作精神的开端始于蒙自：“西南联大的八年，最可贵的是敬业和团结精神。教师之间、师生之间、西南联大三校之间均如此。在蒙自的半年，已有良好的开端。同学初到蒙自时，我与其他教授每次都亲到车站迎接，悉心照料，协助搬运行李。北大考虑干部时，也以敬业、勤奋、团结为出发点，避免不必要之误会。”
这段话在赞誉的背后又另有深意，而最有研究价值的是“不必要之误会”一句，此句到底何所指，郑氏没有明确所指，或者不便提出，但从清华教授浦薛凤回忆中可以略知一二。当初以蒋梦麟为首的筹备班子力主西南联大文学院迁蒙自，包括浦薛凤在内的清华部分教授并不认同，浦氏说：“予与寅恪未离香港时，早闻蒙自有飞机场，且紧贴校址附近，当即诧异联合大学当局何以糊涂至此地步。原所以由湘移滇者，纯为安全起见，俾教员学生得长期各事所业。今不于昆明郊外或西山一带，因陋就简，改作黉舍，又不听云南省政府之示意，到大理一劳永逸，而必贪便苟安暂迁蒙自，其故何在。”当浦薛凤与陈寅恪等抵达蒙自后，见机场与校址几乎相连，且均在一块广阔的平地间，若敌机飞至，必玉石俱焚，“于是私心更以为迁到蒙自殊不甚妥当”。当时北大部分教授认为浦氏的看法是杞人忧天，敌机不会光顾如此偏远的蒙自。其结果是徐州失陷不久，政府即开始扩建整修蒙自飞机场，柳州航空学校将迁蒙自，以迎战即将前往西南地区轰炸的敌机。在这种情况下，置于险境中的联大不得不被迫迁移。“然而眷属初来，喘息甫定者，闻之殊甚怏怏……及七月中旬，知已定夺，迁往昆明。异哉明知昆明而可设法，何不早在一处。若系敷衍一时，则曷不乘此时机彻底打打算盘。总之数位校长之委员制，自不能迅捷处理校务。”
由浦氏的说辞可知，当时云南政府曾有让文学院迁大理之意。大理是滇西著名的城邦重地，不但有著名的苍山洱海，依山傍水，风景优美，且寺院林立，空闲房舍尤多，当是办学读书的好去处。1939年，武汉华中师范大学从桂林迁入该地喜州小镇，借用当地的文庙、大慈寺、张氏宗祠及部分民居开堂授课，平安地度过了抗战岁月。不知为何，西南联大的代表蒋梦麟等人却拒绝了云南当局的示意，舍大理和昆明西山等处不就，匆忙定于偏僻闭塞又潜伏着战争危险的蒙自，未几又在仓皇中撤离。这一番颠来倒去的折腾，实在令人郁闷，此举因是以蒋梦麟为主的代表促成，引起部分教授、特别是清华教授不满和非议也就不足为奇了。
蒙自开学后，梅贻琦与蒋梦麟均分别来此地视察和小住。梅的到来与回返甚为低调，但蒋梦麟携带善于交际的夫人陶增榖到来，则不断招集北大师生开茶话会，引起清华部分师生的猜忌与不满。对此，浦薛凤说：“闻北大与清华学生方面，有些意见。据云起源于步行入滇团。盖彼此各自团结，曾到处互争卧地，而发生小冲突。南开学生甚少，固无所谓。北大自蒋校长到后，屡开会谈。闻钱宾士曾独排众议，谓此刻无所谓北大精神。清华则仍然个人主义，例如梅先生来，同仁绝未想到，设宴开会。”
浦氏所闻旅行团中的北大与清华学生在宿营地发生一些小冲突，不难理解，但似不是主要矛盾。而后面所说的“北大精神”与“个人主义”则是关涉这个群体团结与分裂的要害处。只是浦氏所说语焉不详，不知内情者难得要领，只有参考钱穆的回忆方才明白大体脉络。浦氏所说“力排众议”的钱宾四，就是此次事件的参与者、北大教授钱穆（字宾四）。钱氏说：“一日，北大校长蒋梦麟自昆明来（蒙自）。入夜，北大师生集会欢迎，有学生来余室邀余出席。两邀皆婉拒。嗣念室中枯坐亦无聊，乃姑去。诸教授方连续登台竟言联大种种不公平。其时南开校长张伯苓及北大校长均留重庆，惟清华校长梅贻琦常川驻昆明。所派各学院院长，各学系主任，皆有偏。如文学院院长常由清华冯芝生连任，何不轮及北大，如汤锡予，岂不堪当一上选。其他率如此，列举不已。一时师生群议分校，争主独立。余闻之，不禁起坐求发言。主席请余登台。余言，此乃何时，他日胜利还归，岂不各校仍自独立。今乃在蒙自争独立，不知梦麟校长返重庆将从何发言。余言至此，梦麟校长即起立羼言，今夕钱先生一番话已成定论，可弗再在此题上起争议，当另商他事。群无言。不久会散。”
这个插曲，就是对浦薛凤上述含糊其辞的释解。蒋梦麟召开会议遇到的问题，不仅涉及北大本身，更关系到西南联大的兴衰存亡。而西南联大之所以没有像西北联大一样“三个人穿两条裤子”，由不可避免的摩擦、矛盾，导致互相扯皮，各自为政，甚至拉杆子搞独立，最终以辉煌的成果昭示于世，除了蒋梦麟是一位“有魄力，有担当”的校长（南按胡适在北大五十周年纪念会上语），还与像钱穆这样识大体、顾大局的教授共同努力不可分割，如果没有这一团结谦让精神，西南联大、特别是后期的联大，极有可能要闹到三个人穿一条或者争夺一条裤子，直至大打出手，落个三败俱伤的的结局。此可谓不幸中的大幸。
蒙自分校学生走后，教授们陆续撤往昆明，有几人准备暑假后再返昆，期间或处理未尽事宜，或埋头读书。陈寅恪因身兼中央研究院史语所历史组主任一职，比之好友吴宓等提前返昆，临走时，有《别蒙自》一诗赠吴宓：
我昔来时春水荒，我今去时秋草长。
来去匆匆数月耳，湖山一解已沧桑。
随着大批学生与教授离去，蒙自校园内外顿显冷落寂寞，令人怅然。吴宓1938年8月29日《雨僧日记》载：“是日下午，宓自城中西门步归。街中及城边，均不见诸多黄色军服之男生，与蓝袍或花衫之女生行聚，更不闻纯正爽利之北平官话。于是蒙自全城立成寂寞空虚，馆肆中尤阗其无人。而宓行过桂林街女生宿舍及早街之转角宅楼，不见倚窗人语，又有人面桃花之感矣！及出城，步绕南湖一周，风景依然，荷花正好，而寅恪诗中所谓‘桥边鬓影、楼外歌声’者，渺不可见闻。即Kalos教授学生所居之楼上下，亦门窗严扃，栏柱尘封焉。”
面对萧条落寂的景色，多愁善感的吴宓倍感凄凉，为排除弥漫心头的忧伤，吴氏想起仍居住在“天南精舍”尚未离去的汤用彤、贺麟二教授，于是在8月30日，索性打起铺盖移于“精舍”，与汤、贺二人一起居住。9月7日，暂留蒙自的钱穆、姚从吾、容肇祖、沈有鼎四人也从校舍移于“天南精舍”，与汤、贺、吴三人共同居于精舍上下楼。在同住的七人中，多数埋头读书和研讨学问，吴宓除研读业务书籍，还弄来汤用彤的《印度哲学讲义》、《汉魏西晋南北朝佛教史》，以及谢佐禹的《人生哲学讲义》加以研读。唯年轻的沈有鼎不肯读书，经常弄出一些反常举动，令其他教授特别是吴宓大为恼火和反感。
生于上海的沈有鼎，1929年毕业于清华大学哲学系，同年考取公费赴哈佛大学就读，1931年获硕士学位，同年至1934年留学德国，先后在海德堡和弗赖堡大学杰浦斯和海德格尔指导下从事哲学研究。1934年回国，任教于清华大学，次年任教授。早在清华读书时，沈有鼎就以才华出众令师生刮目相看，他的业师金岳霖与“哈佛三杰”之一的哲学家汤用彤都认为沈生才气非凡，日后堪当大任。而沈氏自己也感觉良好，且不免自负。金岳霖的得意门生王浩曾有这样一段回忆：台湾出了一本金岳霖在西南联大的学生殷海光（福生）临终话语的书《春蚕吐丝》（陈鼓应编），书中多处谈到殷海光与金岳霖交往的经历及对老金的评价，其中有一段讲到抗战前北平逻辑研究会。说的是在一次聚会上，有人提起果德尔工作的重要，“金岳霖说要买他一本书看看，他的学生沈有鼎对金先生说‘老实说，你看不懂的’。金先生闻言，先是：哦，哦！哦了两声，然后说：‘那就算了。’”殷海光在一边看到他们师生两人的对话大为吃惊。学生不客气地批评，老师立刻接受他的建议，这在内地是从来没有的。时在美国的王浩读罢这段记载，认为此事“大致不假”。而且觉得“大家都该有金先生这种‘雅量’，如果在一个社会里，这样合理的反应被认为是奇迹，才真是可悲的。”
金岳霖的雅量令后人肃然起敬，但沈有鼎在日常生活中一些不拘形迹的做法与口无遮拦的说法，并不能令所有的人都有如此雅量来对待。长沙临时大学南岳分校时期，文学院的钱穆、吴宓、闻一多三教授与沈有鼎合住一室。据钱穆回忆：“室中一长桌，入夜，一多自燃一灯置其座位前。时一多方勤读《诗经》《楚辞》，遇新见解，分撰成篇。一人在灯下默坐撰写。雨生（南按：即吴宓）则为预备明日上课抄笔记写纲要，逐条书之，有合并，有增加，写定则于逐条下加以红笔勾勒。雨生在清华教书至少已逾十年，在此流寓中上课，其严谨不苟有如此。沈有鼎则喃喃自语，如此良夜，尽可闲谈，各自埋头，所为何来。雨生加以申斥，汝喜闲谈，不妨去别室自找谈友。否则早自上床，可勿在此妨碍人。有鼎只得默然。雨生又言，限十时熄灯，勿得逾时，妨他人之睡眠。翌晨，雨生先起，一人独自出门，在室外晨曦微露中，出其昨夜所写各条，反复循诵。俟诸人尽起，始重返室中。余与雨生相交有年，亦时闻他人道其平日之言行，然至是乃始深识其人，诚有卓绝处。非日常相处，则亦不易知也。”
钱氏所言，显然有褒宓厌沈之意，对沈的言行，只是没有露骨地贬斥而已。但类似事情到了吴宓眼中就大不同了。在吴氏眼中，沈有鼎虽聪明，且甚用功，“然其为人极可鄙。毫无情感，不讲礼貌。衣污且破，服装如工人。饭时则急食抢菜，丑态毕宣。置父与妻于不顾，而惟事积钱。银行所储而外，小箱中存七八百元，一文不肯动用，而惟恐遗失。又或深夜扃户启箱，将银币一再清数，排列展览以为乐。彤谓其似织工马南Milas Marner（注：1861年出版的英国女小说家乔治·艾略特所著小说《织工马南》中之主人公）。众于会食或游谈时，恒以沈君种种为笑谑之资。宓有时不能忍，或且面斥沈君之非。沈君则夷然自适，不怒不慊。几不知人间有羞耻事，噫，此又聪明自私之另一格耳。”在嘲讽责备一番过后，吴宓又颇为感慨地说：“平心而论，诸君皆难得之好人，待宓亦甚厚，然不免为普通中国式之君子，而宓重感情而好负责整饬，本末兼治，群己并顾，时乃感其不足之处。”
吴宓观察人物心理行为之细致，描述之生动传神，几令人拍案叫绝。但在略显刻薄的指斥之后，又不失宽宏大量的挚诚以待。尽管学人之间各自家庭、教育背景不同，性格迥异，且有这样或那样在别人看来足以笑谑或诟病的地方，但毕竟“同是天涯沦落人”，为保存国家民族的读书种子而流亡西南边陲，日子还得过下去，团结互助不只是个人问题，更是民族大义之所需。因而，留住在“天南精舍”的七教授，在相互体谅包容中友好地度过了蒙自的最后一段岁月。而这段最后岁月，在诸位教授的记忆里，也自有跌宕起伏的情趣所在。按照钱穆所言，七人同住一处后，未久就听移驻蒙自的空军基地人员漏出音讯，说是日军很可能要来空袭，当然这个空袭是针对空军不是平民，但七教授住的地方与空军基地很近，一旦敌机投弹，难免会发生基地起火，殃及池鱼，诸位的性命堪忧。正在众位焦虑而又不知如何应对之时，沈有鼎发挥了他的特长，谓自己是《周易》研究专家，甚得卜筮之道，可以用八卦之占以卜吉凶。众人一听甚是欢喜，乃于月黑风清之夜请其占卜。沈有鼎挽起衣袖，施展法术，一番神秘兮兮的摆弄，得节之九二，验之以书，竟是“不出门庭凶”五字。众人大骇，遂召开集体会议，决定自明天起，每日早餐后，携带干粮、水壶与所读之书，立即出门，到蒙自郊外荒野偏僻之处各自读书，下午四点之后归宿。为了做到言而有信，行之有效，会议决定推选吴宓为本次行动的前敌总指挥。每至清晨，由吴宓挨室叩门呼唤督促，迟到者则遭批评。早餐后由吴宓率队至郊外躲避空袭，一连数日皆由吴总指挥发号施令，其状“俨如在军遇敌，众莫敢违”。
如此这般度过数日，10月17日，冯友兰从昆明致信汤用彤、吴宓等人，谓联大各院均定于11月15日提前在昆明开课。于是，“天南精舍”七位教授议定于10月29日集体离蒙自赴昆明，并推举汤用彤为赴昆明旅行团团长，吴宓为会计，总筹赴昆事宜。
10月27日，吴宓偕钱穆、沈有鼎二人至南湖、军山一带散步，游览蒙自秋景。傍晚返回，阅报得知武汉已于前二日失守，众皆悲戚。28日傍晚，吴宓独自来到南湖，在堤上伫立良久，作诗一首：
离蒙自赴昆明半载安居又上车，青山绿水点红花。
群飞漫道三迁苦，苟活终知百愿赊。
坐看西南天地窄，顾亭林诗云：“西南天地窄，零桂山水深”。心伤宇宙毒魔加。
死生小已遵天命，翻笑庸愚作计差。日前《云南日报》所登沈从文君《知识阶级反省》一文，愚甚赞同。
第二天，汤用彤率领吴宓等人打点行装离开“天南精舍”，由碧色寨踏上了开往昆明的火车。至此，联大最后一批人员告别了蒙自。曾经留下了联大师生欢声笑语和精神慰藉的南湖，连同一幢幢镌刻着岁月烙印的优美建筑，构成一道永恒的风景，长久地留在了师生的记忆之中。