2002年2月，吴敬琏有了一项新的工作——他被中共中央和国务院国家信息化领导小组聘任为国家信息化专家咨询委员会副主任，兼政策规划专门委员会主任。这样，他的研究领域不能不扩展到经济的长期发展，即宏观经济的长期问题上，为此，需要阅读大量的理论书籍和各国的研究报告。好在吴敬琏从来就是一个科学技术迷，在这个领域内读书补课钻研，倒也不算困难，而且很有乐趣。
时间转入2003年10月，吴敬琏撰写的《当代中国经济改革》一书出版，受到市场欢迎，不到3个月就销罄加印。此书可谓是吴式改革理论的集大成，吴敬琏对此期许很高，日后确实也得到了海内外学界的重视，被认定是运用现代经济学的分析工具考察中国改革的扛鼎之作，国内诸多高校以此为基础教材。境外也陆续出版了英文版、日本版，台湾和香港还出了繁体字版。
也就在这时，吴敬琏的目光不得不再次回到宏观经济的基本面。
经济过热的景象从2003年的第四个季度就开始冒出苗头。1998年东亚金融风暴之后采取的宽松的宏观经济政策的后续效应开始显现。“中国制造”与地产热，直接营造出一个内外俱旺、无比繁荣的经济景象，与此伴生出现的，便是对上游能源的空前饥渴。各种原材料及能源因紧缺而价格一路飞涨，特别是水泥、钢铁的价格到了“一月三价”的地步。在长江三角洲一带甚至流传着“五个一”的说法：“生产一吨钢只需投资1000万元，生产设施只需一年建成，一年可达产，一年就可收回投资。”这种疯狂的投入产出效率，听来近乎传奇。利益驱动投资，2002年，全国钢铁行业的投资总额为710亿元，比上年增长45.9%，2003年，这个数字达到了1329亿元，增长96%。与钢铁行业类似的是，电解铝的投资增长了92.9%，水泥投资增长121.9%。就这样，在2003年年底，中国经济和产业结构迅速向重型化方向推进。
于是，在经济界和政府内部展开了一场持续多年的热烈讨论，主题是那么的似曾相识：宏观经济是否出现过热和应否采取降温措施？
2003年10月21日，在国务院经济形势分析会上，吴敬琏做了题为“当前经济形势的分析与展望”的发言，他将当时的观点分为三种。第一种观点肯定宏观经济出现了“过热”，主张采取适度从紧、相机微调的总量政策，防止进一步“过热”造成大起大落的经济波动；第二种观点认为，当前货币供应适合于增加内需和抑制通货紧缩的需要，投资增长只会带来效益，而不会造成“过热”，“气可鼓不可泄”，对增长的积极性要保护好，不必也不应踩动刹车；第三种观点，可能也是政府方面的主流观点认为，经济出现了局部“过热”，但还不能说是“全面过热”，政府应当采取的政策不是对货币供应进行总量控制，而是“有保有压”，进行结构调整，在扩大“偏冷”部门需求的同时，加强对“过热”部门的项目审批和投资控制。
吴敬琏明确表示，自己持第一种观点。他说，自1999年之后，决策当局采取了适度扩张的货币政策，使得货币供应量逐年上升，到2003年的第二季度以后，货币供应和银行信贷的增长速度都在20%以上，这使得经济变得越来越“热”，各种资源瓶颈突现。更让人担忧的是，目前总需求的增长过快，是由政府主导的投资“过热”拉动的。他警告说：“如果听任投资加速扩张，一旦资源短线支持不住，就会出现市场崩溃、大量产品卖不出去的情况。于是，经济就由‘过热’急速转变为‘过冷’，这就是‘大起’必有‘大落’的道理所在。”
不过，吴敬琏的这种意见在决策层和经济学家中都不占主流地位。据吴敬琏回忆议，直到2004年年初，第二种意见都是占优势的。到了2004年四五月间，第三种意见成了主流，国务院的几个部委联合发出通知，对几个过热的行业的投资进行了控制。主流传媒也发表文章，论证在中国条件下主要使用行政手段进行“宏观调控”的必要性。与此同时，从2003年下半年开始的用巨额资本和资源投入重化工业以拉动本地经济增长的做法，成了全国许多省份的共同选择，各地纷纷有了从轻工业向重工业转型的愿望与趋势，一个“重化工业化时代”的潮流迅猛地席卷而来。而理论界似乎也对之形成热烈的呼应之势。《经济日报》发表的一份《新型工业化道路研究报告》便是最生动的例子。更有媒体宣布：“现在，政府、学界和企业界显然已经取得了这样的共识：重化工业化是中国经济不可逾越的阶段。”
2003年12月1日，《经济日报》全文刊发了一篇国务院发展研究中心“新型工业化道路研究”课题组的研究报告《我国工业化进入新阶段》，它在回答中国经济是否已经发生过热的问题时说：“中国当前经济既不是总体过热，又不是局部过热，也不是没有新特点的正常发展，而是中国工业化已进入以重工业重新大发展为主要特点的历史新阶段。”这篇报告援引德国经济学家瓦尔特·霍夫曼的论点，认为“每个国家的经济发展都要经历一个重工业化阶段”。这是一个对宏观经济长期趋势作出的大判断。而更引人瞩目的是，这份报告的署名人是发展研究中心的“新型工业化道路研究”课题组。吴敬琏知道，当时许多国务院的职能机构和咨询研究单位都开始了对2005年就要制定的第十一个五年规划（2006~2010年）的研究。这一预研究的一项重要课题，就是什么是“新型工业化道路”和怎样走“新型工业化道路”。因此，这份报告提出的观点，将会影响“十一五”方针的制定。
有意思的是，这份报告的执笔人是吴敬琏的博士研究生，国务院发展研究中心产业经济研究部的研究员李佐军。
2004年春节那一天，吴敬琏与他的学生们欢聚一堂。大家的话题自然而然就转到了中国经济发展方式与道路的选择问题上。李佐军正好也在场，他兴致勃勃地向大家报告了自己2003年的工作成绩，也涉及他执笔的那份报告的观点，不料他关于中国经济已经进入“重化工业化阶段”的论点，却遭到一些同学的批评。他们认为课题组的论证不周密，其一，“每个国家的经济发展都要经历一个重工业化阶段”，并不是现代发展经济学的公认定理；其二，用短期间的数据——中国的工业经济在国民经济中的比重从2000年的51.8%飚升到57.3%，并不能证明这是一种长期的正常趋势；其三，用工业内部结构的变化——在过去3年内重工业的增长速度高于轻工业，也不能证明重工业已经成为整个国民经济的主导产业。
吴敬琏颇有兴致地旁观学生们的讨论，当时并没有发表自己的意见。
事实上，学生们所热烈讨论的，正是过去几年里，吴敬琏一直在思考的命题：中国应该选择一种怎样的经济增长模式？让他感到忧心忡忡的是，进入新世纪之后，在GDP的压力下，几乎所有的省份都把“经济重型化”视为发展的“必由之路”和“必经阶段”，甚至连一些市场元素最为活跃的地区和省份也提出了“经济重型化”的要求。
据吴敬琏回忆：“我开始意识到增长模式问题重要性的时间并不久远，它只是始于2000年年末的北京中关村发展问题讨论。”当时，中关村企业家俱乐部邀请了一些产业界、金融界和政府人士，举行了两天的研讨会，对中关村高技术的发展问题进行深入的讨论。当吴敬琏和四通集团董事长段永基就研讨会的讨论结果向北京市的领导人作汇报时，对方反过来向他们提出了这样的问题：“北京中关村搞了这么多年，名声也很响亮，但是产值和税收都上不去，这使市里很为难。这个问题应当怎样解决，希望听听你们的意见。”
“老实说，我们原来并没有考虑过这个问题，自然也就提不出好的意见。”接下来，北京市所采取的办法则让他颇感意外——2002年中期，在经历了长时期的争论之后，“发展汽车制造业的观点最终占据了上风”。这年10月，中韩合资的北京现代汽车有限公司宣布成立。12月23日用韩国部件组装的第一批汽车开始下线。2003年，北京现代共生产轿车5.5万辆，实现销售收入87.7亿元，利税37.1亿元，加上北京地区的配套企业，主要是现代自己的和它从韩国带来的零部件供应商，全年完成销售收入114亿元。就这样，北京现代创造了北京主流传媒所说的“200天现代奇迹”。
就这样，北京的财政收入和GDP增长终于因为“一辆轿车”而如愿以偿地实现。但是短期获得的巨额产值和大量利税并不能解除吴敬琏心中的疑惑：北京现代直到投产两年以后，基本上仍然是一个主要用外资零部件供应商提供的零部件进行组装的汽车KD厂商（组装商）。在汽车工业已经高度机电一体化、轿车成本中电子器件成本占1/3~3/4的情况下，北京要想成为具有高附加值和高盈利率的轿车生产基地，而不是简单地做装配加工，赚取微薄的加工费，不把中关村富集的人才资源开发出来，充分发挥其创业精神和创造才能，是绝不可能做到的。
另外一件让吴敬琏感到冲击的事情，发生在2003年的深圳市。
深圳是中国重要的高新科技产业中心，特别是信息通信技术的产业基地，拥有华为、中兴以及台湾富士康等众多中外高科技公司。吴敬琏是深圳市政府的高级顾问，在两年一次的高级顾问例会上，深圳市的党政领导在工作报告中提出，深圳经济存在“结构太轻”的“重大缺陷”，需要进行“重型化”转型。据此，他们还提出扩大辖区面积、发展重化工业的设想。当时与会的广东省老领导任仲夷等人对此不表赞成，吴敬琏和高尚全等学者还将深圳与香港进行了比较——后者开发了100多年，到2003年年末已开发土地只占可用土地的22%；前者的GDP只有香港的1/6，却出现了土地紧张的状况，这表明深圳的产业素质还有很大的提升空间，因此，出路在于提高土地的利用率，而不应当寄希望于外延的扩大。
不过在开始，吴敬琏只是把全国掀起的重工业化投资热看作部分地区产业结构的最优选择问题，而没有把它和中国经济增长方式选择问题联系起来。看到了发展研究中心的研究报告以后，他才意识到，这是一个关系全局的重大理论和政策问题。
2004年的4月和5月份，吴敬琏两次南下浙江调研，在这里他看到了问题的严重性。
自1993年之后，吴敬琏对浙江情有独钟，将之当成自己观察中国市场经济成长的试验田。改革开放以来，浙江是民营经济最发达的地方，产业以轻工业、加工业为主，自1998年之后，外贸经济急速发展，许多商品在世界市场上销量第一，在经济最为低迷的1990年前后，吴敬琏正是在这里发现了生动的经济活力，此后，浙江省也成为他最喜欢行走的地方。这一次，吴敬琏在浙江的9个县市做了调研，他发现，在经历了20多年的数量扩张后，浙江经济出现了疲态，当地官员发出“速度比不过广东，质量比不过上海，外向型比不过江苏，潜能比不过后发省”的叹息。按吴敬琏的观察与分析，浙江的问题出在产品档次较低、技术含量不高以及市场业态过于低级等原因，所以应当在结构调整和产业升级上大下工夫。然而，他的观点却似乎不为浙江的许多官员所认可。
后者认为，当前的中国经济发展已经进入“重化工业化时代”，一向以“轻小集加”（轻工业、小企业、集体企业和加工业）见长的浙江经济已“缺乏厚度”，所以必须努力向“重型化”转型，以便赶上“全国性的重化工业化大潮”。按照《浙江日报》的一则报道宣告，“一个浙江版本的‘重化’故事已拉开大幕”。于是各级领导闻风而动，加大了对本地选定的“骨干企业”的支持力度，用给予低价土地、帮助取得银行贷款等办法支持它们向钢铁、石油化工、汽车制造等重化工业进军。一些从事服装、家用电器、手机终端的企业，也积极筹措资金转向“重型产业”。这一年，浙江省有40余家民营企业向国家发改委打报告，要求生产轿车、皮卡或客车。当时全国销量第一的手机生产商波导在实现国有控股以后，也不用销售手机所积累的雄厚资金去开发自己所缺乏的自主技术，而是准备投入巨资生产汽车。
按照当时的情况，从1953年第一个五年计划开始以后在中国占统治地位的斯大林“优先发展重工业的社会主义工业化路线”及其理论基础，即斯大林所说的“马克思主义再生产理论的基本原理”又重新回来了。只不过这次的理论论据不再是人们已经不感兴趣的斯大林，而是一位德国发展经济学教授霍夫曼。他在1930年根据发达国家过往经验外推，提出了著名的“霍夫曼经验定理”：在工业化的后期阶段，“资本品工业的生产将超越消费品工业的生产”；在还完全没有第三产业概念的30年代，这个经济发展阶段就被称为“重工业化阶段”。
学生们的春节讨论对吴敬琏的最大启发是，为了弄清楚眼前中国的问题，还是要用顾准教给他的办法，先对世界各国近代经济发展的历史和相关的理论演进做全面的回顾，弄清问题的来龙去脉，才能找出当前问题的答案。从2004年春节时起，他就大量查阅发展经济学的文献，同时收集了有关的经验数据，将外国的工业化过程和发展经济学演进过程进行梳理，然后把中国的问题放在这个大背景下加以分析。
理论梳理带给吴敬琏的最大收获，是使他认识到，不论是斯大林的理论和路线，还是“霍夫曼经验定理”，都不过是西方国家在19世纪末期就已经超越的所谓早期增长模式（或称“粗放增长方式”、“粗放经济发展方式”）的理论表达。最早对这种靠投资驱动的增长模式进行分析批判的，正是马克思主义的创始人马克思。读过马克思著作的人都知道，马克思在19世纪中期作出的资本主义即将为社会主义所代替的结论，正是来源于对这种增长模式的分析。因为在这种增长模式下，随着投资率的提高，必然导致利润率的降低和无产阶级的贫困化，由此造成了垄断的形成和阶级斗争尖锐化。十分吊诡的是，作为马克思主义信徒的斯大林，却把由这种增长模式导出的重工业优先发展、积累（投资）是增长的唯一源泉等等确立为苏联共产党的路线和“马克思再生产理论”的基本原理，使后来的社会主义国家，包括中国在内，都按照这一“原理”沿着这条路线进行工业化。
在当代经济学看来，所谓“霍夫曼经验定理”，是一种反映这种早期增长模式的理论。因为在西方国家的早期经济增长中，经济增长主要依靠用机器代替人工，因此，要发展经济，就必须优先生产机器、工作母机以及煤钢等重工业产品。霍夫曼把早期增长时期经验数据基础上概括出来的产业结构变化趋势，外推到增长模式已经发生根本性变化的工业化后期，就出现了理论上的错误。
欧美等先行工业化国家增长模式的根本变化，发生在19世纪后期。它们的发展方式在第二次产业革命后，由依靠资本和其他资源的投入转为依靠技术进步和效率提高。第一个对基于早期增长模式提出质疑的经济学家是诺贝尔经济学奖获得者罗伯特·索洛。他指出，如果投资决定增长，投资率越高，增长率也越高，那么由于投资回报递减的规律，西方国家的投资率应当不断上升，而增长率应该不断下降，但是这一切在20世纪前40年都没有发生。他由此论证现代经济增长的关键因素并非投资，而是技术进步和效率提高。另一位诺贝尔经济学奖获得者库兹涅茨对几十个国家经验数据的研究，也证实了索洛提出的原理。
在大量分析的基础上，吴敬琏得出了结论：各国经济发展中并不存在一个“不可逾越”的“重化工业阶段”。中国在“十一五”（2006~2010年）的当务之急，是要努力实现早在1995年制定的“九五”计划（1996~2000年）中就要求进行，但尚未实现的“经济增长方式从粗放型到集约型的转变”。
在对资本投资驱动的增长模式进行了批评之后，吴敬琏继而对另外一种粗放增长模式进行了反思，这就是为很多人所津津乐道的出口导向战略，他称之为“粗放增长模式的延续”。
在吴敬琏看来，中国前20多年的经济增长基本上是两种战略的成功，从1978年到1993年是进口替代战略的成功，其后则是出口导向战略的成功。正是因为后者的政策实施，缓解了由资源投入驱动的增长模式带来的内需不足，从而将过度投资形成的过剩产能以大量出口廉价制造品的形式加以吸收，使高经济增长得以维持，而这正是中国经济保持几十年高速增长的秘密所在。
可是，出口导向战略的长期实施已经产生了两个十分严重的消极后果。
一方面，它诱使劳动密集型产品生产的“专业化”，使技术和产业结构升级缓慢。在出口导向政策的保护下，以加工贸易为主的贸易结构的长期保持，使中国虽然从出口额看似乎成了“世界工厂”，但是其中大部分却处在价值链的低端，中国工厂缺乏自己的自主创新和专有技术，只能“以量取胜”。这使得我们消耗了大量不可再生资源，承受着环境的污染，背负着“倾销”的恶名，可是利润的大头却不在自己手里，出现了“中国买什么什么就贵，卖什么什么就贱”的畸形现象。
另一方面，这种出口导向政策是建立在人民币汇率低估的前提下的。中央银行为维持本币低估，不得不通过入市干预，大量购买外币。2003年，中央银行平均每天收购2亿~3亿美元，2004年猛增到5亿~6亿美元。长此以往，这将使国家货币政策的运作处于极为被动的状态，导致货币超发、流动性泛滥等问题，从而很可能造成通货膨胀以及资产泡沫的形成及最终破灭。从亚洲各国的经验看，从“东亚四小龙”到马来西亚、印尼，凡是采用出口导向战略的经济体无一例外地在成功发展了一段时期之后，爆发金融危机，一些应对不当的国家更因此陷入长期萧条。
因此，在吴敬琏看来，以数量取胜和汇率低估为基本特征的出口导向政策的延续，已使中国的外部经济失衡加剧，如果不加以转变，就会出现通货膨胀和资产泡沫并存的复杂局面——到2009年下半年，中国经济的实际表现又一次被他“不幸而言中”。
作为经济学家和政策咨询研究人员的吴敬琏深知，自己的责任不仅在于弄清增长模式转型的理论，还要提出中国应当怎么样实现增长模式转型、如何提高效率的具体建议。因此，他对各国提高效率的途径进行了广泛的研究，并且结合中国的实际情况，提出了以下四个基本的方向：
第一，尽量将农村富余劳动力转向效率较之农业为高的城市非农产业就业，努力提高他们的文化技术水平，促使他们创造的附加价值和获得的收入得到提高。
第二，促进现有以简单加工为主的制造业的产业链向能创造更高附加值的研发、设计、品牌销售、售后服务等价值链（或称“微笑曲线”）的高端延伸。
第三，发展服务业，特别是为生产者服务的生产性服务业，以便降低在现代经济的总成本中所占的比例越来越高的交易成本。
第四，用现代信息化技术改造整个国民经济，以便降低信息成本，提高社会的整体效率。
2004年中期，吴敬琏所在的两个单位：全国政协经济委员会和国家信息化专家委员会，也开始了对“十一五规划”的预研究。他就在这两个平台上展示了前一段的研究成果，并对“十一五”的方针提出建议。
吴敬琏第一次公开发表自己的观点，是在2004年7月的全国政协常委会的专题讨论会上，他作了重点发言，题为《注重经济增长方式转变，谨防结构调整中片面追求重型化的倾向》。他论证了重型化道路之不可行，并提出警告说，“重型化”的快跑将使中国遭遇能源危机。在此后的一段时间里，他作为政协经济委员会“十一五”课题组的组长，和经济委员会的委员，以及来自国家发改委负责起草“十一五”文件的高级官员进行了深入的讨论，取得了基本共识。最后受经济委员会的推举，他在全国政协2005年3月的全体会议上做了题为《“十一五”必须认真解决工业化道路和增长模式问题》的大会发言，受到委员们的热烈欢迎。
在10月20日国家信息化专家咨询委员会举办的“十一五规划”座谈会上，吴敬琏发表了题为《关于发展模式和增长方式的选择》的长篇讲话，全面阐述了他的观点——关于中国的增长模式必须实现由投资驱动到技术进步和效率提高驱动的转变。吴的讲话引起了一个十分热烈的讨论。有的来自新闻单位的官员强烈反对吴的观点，认为中国人应该有权享有像西方人一样的高汽车占有率、高能源消耗率等高消费水平；而且人类是地球的主人，地球上的资源本来就是用来满足人的需要的。而大多数委员，包括原专家委主任、时任中央财经小组办公室副主任刘鹤和专家委委员、发改委规划司司长杨伟民这两位资深的发展经济学专家，则和吴敬琏持有大致相同的观点。
和在经济界不太一样，吴敬琏在经济学界的遭遇，就显得形影孤单得多了。
站在吴敬琏对面的是他的“老对手”，北京大学的厉以宁，以及一些重要的经济学家，其中包括国民经济研究所所长樊纲和北京大学中国经济研究中心主任林毅夫，此外还有众多的地方行政官员。
2004年12月13日，厉以宁在北京大学的一个学术论坛上明确表示，重型化仍然是中国经济发展的必经阶段，他说：“吴敬琏反对片面‘重型化’，我是同意的。但是重化工的发展阶段也确实存在……大国的发展不能绕开重化工的道路，尤其是中国这样一个拥有13亿人口的国家。”
接着，厉以宁以擅长的讲故事方式来讨论问题：“经济学界流行一个故事，有两个人到郊外去旅游，忽然听到老虎叫，一个人赶快蹲下，从背包里把运动鞋取出来换上想跑。另一个人就说，老虎跑得比人快，你换运动鞋有什么用？这个人说只要我跑得比你快就行了。第二个人不慌不忙，也蹲下把鞋脱了，爬到树上去。老虎不会爬树，吃不着，就往前追，把换运动鞋的人吃了。这个故事告诉我们一点，经济中的大风大浪是不能避免的，我们的企业不要认为能躲，躲有什么用？换运动鞋也是躲。要有自己的绝招，有自己过硬的本领，你是武松，把老虎打死了就更棒。”他进而推论道：“当前的经济学界正在讨论一个问题：中国能否绕开重化工阶段？发达国家的发展经过轻工业阶段、重化工阶段、消费品制造阶段，然后到IT阶段，中国是不是也要跟他们一样地经过一个重化工阶段呢？经济学界讨论这个问题的最后结论是，小国可以绕开，中国是大国，无法绕开。因为我们要建立自己独立的体系，13亿人口的大国，没有自己独立的基础工业是不行的。”
针对吴敬琏提出的“早期增长模式是一条被证明走不通的老路”，厉以宁反驳说，中国在新中国成立初期确实经历过一轮重化工业的集中发展，但是那一轮“重型化”并非建立在真实消费需求基础之上，在结构上存在很大缺陷。自20世纪90年代中期以来，在经历了轻工业的高速发展之后，中国的“二次重工化”开始显露端倪。这里面既有“由轻到重”的客观规律起作用，又体现了产业发展本身对设备更新改造的真实需求。
厉以宁的演讲一经刊出，当即被媒体定义为新一场“吴厉之争”。新浪网特地做了一个专题，还贴了一个小调查，让网民投票“吴厉之争你赞同谁”。不过，吴敬琏并没有对厉以宁的批评做正面回应。在一两个月后全国政协经济委员会讨论吴敬琏《“十一五”时期（2006~2010年）必须认真解决工业化道路和增长模式的问题》的发言稿时（厉以宁也是这个委员会的副主任），他们之间也没有发生交锋。
如果说，吴敬琏与厉以宁之间的分歧还属于隔空交火的话，那么在2005年7月的“中国发展高层论坛”上，樊纲则对吴敬琏进行了面对面的反驳。
吴敬琏首先在演讲中重申了他对传统工业化道路的批评，提出了转变增长模式的必要性，提出了7个方面的问题：不能扬长避短，有效率地配置资源；放松技术创新和提高效率的努力；挤占用于发展服务业的资源；造成水、土、煤、电、油及其他资源的高度紧张；破坏生态环境；增加解决就业问题的难度；隐含着银行坏账增加的金融风险。他认为，粗放的经济增长方式不彻底改观，资源约束的问题不解决，宏观经济过热的问题很难解决，“这就是为什么每当我们GDP增长率达到年增长9%以上，很快就需要停下来调整的原因。与此同时，服务业在GDP当中的比重却并没有提高。于是我们就出现这样的情况：在这个很长的价值链里面，我们主要从事的就是附加价值最低、利润率最低的加工部分。所以就有一句话：我们消耗了大量不可再生资源，承受着环境污染，背负着‘倾销’的恶名，利润的大头却不在我们自己手里”。
樊纲的观点与吴敬琏不尽相同，他在演讲中说：“我们需要向高新产业发展，这毫无疑问。但是在发展高新产业的同时，在相当长的一个时期——二三十年，甚至是三四十年里，为了中国几亿农民的就业，我们还不能放弃传统产业，不能放弃劳动密集型，甚至不能放弃资源密集型的行业。”
樊纲立论的基点是中国的就业问题。他认为，从长期看，中国首要的问题是如何实现发展的均衡，如何保持社会的稳定，如何解决“三农”问题，否则中国经济社会就会崩溃，经济增长也不会持续。而所有这些问题说到底就是中国从农业社会向工业社会转型的问题。他说：“最大的挑战就是2.5亿至3亿农民的转移和就业问题。怎么能创造这些就业呢？我想有一条，就是中国人什么都得做。传统产业里的重化工业也得做。重化工业不做，这一块的就业如果到别的地方去了，对我们不利。”
在会后接受媒体采访时，樊纲更加直言不讳：“在我看来，如果有什么新型工业化的话，对于中国来说，应该首先就是所有产业都要搞！中国人太多了，不搞不行。但要采取更好的制度，尽可能利用较新的技术来搞，比如现在可以用新信息技术来改造传统产业，而不是这也不搞那也不搞。你只有可以论证不搞这不搞那也能解决中国几亿农民的就业与收入平等的问题，你的理论才是可信的。”
在当时理论界不尽同意吴敬琏观点的除了厉以宁和樊纲之外，还有著名的发展经济学专家林毅夫和外贸专家龙永图。2005年1月25日，北京大学中国经济研究中心召开“新世纪中国经济发展战略圆桌讨论会”，林毅夫邀请吴敬琏作主题发言，龙永图为主要评论人。龙永图在评论吴敬琏的发言时指出：“我国只能老老实实再走10年年加工贸易路，再为外国公司打工打上20年。”林毅夫则从“比较优势学说”立论。在他看来，中国劳动力过剩，应当更关注劳动密集型而不是资本密集型产业的发展。“在中国这样一个劳动力相对丰富的发展中国家，推行比较优势战略还能通过发展劳动密集型产业使劳动者得到充分就业，工资水平随着劳动力由相当丰富变为相对稀缺而不断提高，广大的劳动者因而可以从经济的增长中不断受益。因此，与发展重化工业的赶超战略相比，比较优势战略更能实现公平与效率的统一。”
这次圆桌会议，是学者之间的一次平和而深入的学术探讨。吴敬琏在回答时说，他并不是要求取消我国劳动密集型的出口加工企业，但是也不能永远停留在目前这种外资拿走90%的价值，中国人只拿到5%~10%甚至更低的状态。现代比较优势学说看重的是动态的比较优势。经过改革开放以来的发展，中国的技术力量已经有了很大增强，一些加工企业完全有可能延伸自己的产业链，从研发、设计、品牌营销、供应链管理、售后服务等方面提高产品的附加值。
在一年多的时间里，吴敬琏不放过任何一个宣传自己观点的机会，如此“布道”使他看起来更像是一个传道士。然而这位银发长者一边说，一边却发现，越来越多的地方政府把快速实现当地GDP和财政收入高增长的法宝押在了产值大、利税高的“重型化”上。他的警告似乎并没有得到足够的重视，反对的力量以及因此而产生的利益实在太过强大，它以不容分说的囊括之势，把他的声音全然冲淡。
2005年9月28日，清华大学公共管理学院召开了一个产业发展国际研讨会上，吴敬琏是第一个演讲者，题目是《中国重工业及化工产业的发展》。细心的《南方周末》记者邓瑾记录了现场的一个细节：“离研讨会开始还有一刻钟。75岁的吴敬琏走到会场一侧的投影仪前，不断校正，希望有一个最好的展示效果。尽管当天的研讨会规模不大，而且与会的近20名专家中有一半来自日本和美国，吴敬琏仍然非常重视。”
在半小时的演讲里，吴敬琏再一次论证了中国的工业化道路应该转向技术和效率导向的内生型增长（新型工业化道路／新增长模式），而不是继续依赖过去靠资金和资源高投入的粗放型增长。这就需要建立一个有利于技术进步和效率提高的体制，而这个体制建立的关键又在于政府自身的改革，即政府能否从为自己带来权力和利益的资源配置中退出，让位于市场。
在这次研讨会的间隙，吴敬琏对上前采访的邓瑾说：“现在关于中国重化工业以及经济增长模式的讨论并没有达到应该有的深度和高度。”他显得有点急切，甚至建议《南方周末》就此展开深入的讨论。邓瑾在题为《一个人的“传教”》的报道中写道：“吴积极参与辩论，当他的观点遭到许多学者的质疑后，他一一回应。然而令他无奈的是，之后就鲜有人接他的招了。所以他希望有辩论，更热烈的辩论。”
也是在清华演讲的两个月后，吴敬琏出版了他的新著《中国增长模式抉择》。在开卷导论的第一段，他就明白写道：“现在呈献给读者的这本书，并非在书斋中披阅前贤论著、静心进行学术探索的产物，而纯然是为了回答我国现实经济生活中提出的实际问题作理论和政策研讨得出的结果。”
尽管此书是为现实所做，吴敬琏还是秉持了严谨的研究风格，完成了一部学术性很强的论著。在书中，他将早期经济增长与现代经济增长进行了理论上的比较，提出了新中国工业化建设的成就与问题，进而论证了走新型工业化道路的必要性与可能性。
让吴敬琏稍感欣慰的是，在这场旷日长久的论战中，他尽管不无“孤独”，却也不是“一个人在战斗”。一些学者，其中包括参加起草“十一五建议”的中央财经领导小组办公室副主任刘鹤和“十一五规划”的主要起草人、国家发改委副秘书长杨伟民以及社科院经济研究所的发展问题专家张平等，都对《中国增长模式抉择》一书给予了很高的评价，认为该书对“十一五”规划的制定起了重要的“导向作用”。这一著作同时也获得了“首届全国信息化研究成果·特别贡献奖”、发展经济学大师张培刚的“张培刚发展经济学优秀成果奖”等多个奖项。
学者专家以及规划官员之间的认真讨论最终还是结出了成果。到2005年年底，众说纷纭的增长方式之争尘埃落定。
10月18日，新华社受权播发《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》。《建议》指出，我国正处于改革的攻坚阶段，在“十一五”时期，应当“以转变政府职能和深化企业、财税、金融等改革为重点，加快完善社会主义市场经济体制，形成有利于转变增长方式、促进全面协调可持续发展的机制”。2006年3月，全国人民代表大会通过了《中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》。这个《规划纲要》指出，“必须加快转变经济增长方式”，“加快建设资源节约型、环境友好型社会，促进经济发展与人口、资源、环境相协调。推动国民经济和社会信息化，切实走新型工业化道路”。为此，“十一五规划”提出了六个“立足”：
——立足扩大国内需求推动发展，把扩大国内需求特别是消费需求作为基本立足点，促使经济增长由主要依靠投资和出口拉动向消费与投资、内需与外需协调拉动转变。
——立足优化产业结构推动发展，把调整经济结构作为主线，促使经济增长由主要依靠工业带动和数量扩张带动向三次产业协同带动和结构优化升级带动转变。
——立足节约资源保护环境推动发展，把促进经济增长方式根本转变作为着力点，促使经济增长由主要依靠增加资源投入带动向主要依靠提高资源利用效率带动转变。
——立足增强自主创新能力推动发展，把增强自主创新能力作为国家战略，促使经济增长由主要依靠资金和物质要素投入带动向主要依靠科技进步和人力资本带动转变。
——立足深化改革开放推动发展，把改革开放作为动力，促使经济增长由某些领域相当程度上依靠行政干预推动向在国家宏观调控下更大程度发挥市场配置资源基础性作用转变。
——立足以人为本推动发展，把提高人民生活水平作为根本出发点和落脚点，促使发展由偏重于增加物质财富向更加注重促进人的全面发展和经济社会的协调发展转变。
虽然“转变经济增长方式”（2007年10月举行的“十七大”将“转变增长方式”的提法改为“转变经济发展方式”）、“优化产业结构”、“走新型工业化道路”等口号都写入了党和政府的文件，但是吴敬琏对此并不盲目乐观。正像他在2003~2005年的讨论中多次说过的，从第九个五年计划起，中国领导就要求“转变经济增长方式”，但是一直收效甚微。其原因盖在于现行体制：一方面，增长方式的转变存在着“体制性障碍”另一方面，能够支持和鼓励创新创业活动的政经体制和经营环境还没有建起来。
因此，中共中央所提出的“以转变政府职能和深化企业、财税、金融等改革为重点，加快完善社会主义市场经济体制”的任务，就成为能否顺利转变经济发展方式的关键点。
在《中国增长模式抉择》一书的最后一节，他一如多年所坚持的那样认为：“转变经济增长模式最终取决于政府自身改革的成效……关键中的关键，乃是转变政府职能，建设法治下的有限政府和有效政府。”他写道：“由于政府改革的实质是政府的自我革命，而自我革命往往是比较困难的，对于在旧体制中有种种权力和利益的人来说就更困难。但是，我们只能坚定不移地推进政府自身的改革，因为这一任务能否完成，将最终决定市场化改革和经济增长方式转变的关键。”
接着我们将会看到，事态的发展仍然曲折坎坷。