段祺瑞之所以能够顶替冯国璋，成为袁世凯走马换将的最适当人选，自然是因为他在和与战、共和与君主立宪等问题的看法上与冯国璋有着很大的区别。
段祺瑞不仅缺乏“忠于清”的牢固思想基础，在北洋系遭遇整肃的那段黑暗时期里，还被载沣、良弼等人穿过小鞋，这导致他对满洲亲贵十分不满。同时，他也有充分理由认为，大清江山弄到现在这种样子，全是这些无才无德却又嫉贤妒能的“小爷们”一手造成的。
以后袁世凯拟就了一个未发电稿，里面有一句话切中要害，可谓是对段祺瑞等人心声的直接反映：“三年以来，皇族之败坏大局，罪难发数！”
有人夸说段祺瑞：“段氏本主张革新之人，自居江北，又久吸南方之空气，所辖军队……无不富有革命思想。”这纯粹就是事后诸葛亮的说法。从段祺瑞当时所处环境、地位及其个人性格、从小接受的教育等因素上来分析，实在找不到他已有共和思想的明确证据。至于称段和段的军队“富有革命思想”，那就更是往泥菩萨脸上搽金粉了——“段氏”、“段家军”什么时候成革命党人了？
应该说，段祺瑞原先对“立宪”、“共和”这些舶来品都不是很感兴趣，也没有太深研究。不过他后来逐渐发现，无论是立宪还是共和，有一点是一致的，那就是一旦施行，君权将被削尽，满族权贵们也必须靠边站。这是最符合他心意的，由此段祺瑞才开始对政体变革表现出一定的好感和热情。
在冯国璋被调走之前，南北双方在武汉已达成局部停战协议，基本未发生过大规模的武装冲突，但手下将领仍有跃跃欲试之心，前线士兵寻衅滋事、破坏停战协定的情况也时有发生。
段祺瑞到任后恃其旧日声势，数日之间不与各将领见面。此举莫测高深，将领们没人敢主动跑来搞什么请战。与此同时，他又令徐树铮组织执法队，上街维持秩序。
徐树铮自信阳整饬军纪开始，在士兵们中就有了狠辣绝情之名。他所率领的执法队一律佩大刀、军棍，发现不良行为立即制止，情节严重的就地正法、枭首示众。
冯国璋在进攻革命军的过程中曾经纵火烧城，汉口许多地方都被烧成了一片瓦砾。段祺瑞为此电奏朝廷，请求拨款赈救和赔偿损失，这也使得他大得人心，一时间外界都盛传段祺瑞颇具“儒将之风”。
一俟稳住局面，段祺瑞即考虑如何同南方进行谈判。袁世凯、段祺瑞最希望的谈判对象是黎元洪，毕竟曾在北洋一个炕头上吃过饭，比较容易打交道。此前袁世凯派往湖北的朱芾煌找的就是黎元洪。当时朱芾煌带去了汪精卫致黎元洪的信件，内容是约定南北联合，逼迫清室退位，而后举袁世凯为总统。黎元洪对此已表示同意。
可是自汉阳失守，黄兴以及追随者返回上海后，武汉“首义之区”的地位和影响力下降，上海转而成为革命党人的活动中心，和谈地点也由武汉移往上海，事情要解决起来就没有那么容易了。
1911年12月18日，南北谈判代表团在上海正式展开和谈，结果谈判一开始，双方就产生了重大的原则性分歧：北方代表坚持立宪，南方代表主张共和。
北方代表秉承的是袁世凯之意。其实袁世凯并不是真的想立宪，共和对他来说更好，当然前提是必须让他当总统。问题是现在谈判对象变了，原先答应让他当总统的黎元洪已经插不上手，能够插上手的是上海方面，而上海方面却从没有做出过类似的承诺。
设想一下，万一他袁世凯顶着清廷的压力，同意改建共和了，可自己却当不上总统，那岂不是白忙一场，成了为他人作嫁衣裳？
袁世凯精明过人，在感到时机尚不成熟的情况下，他不得不一再告诫北方代表：“只有维持君宪到底，不知有他。”
谈判陷入僵局。作为武汉前线的北方最高指挥官，段祺瑞的态度成了社会关注的焦点。为此，各方面的势力纷至沓来，有的要摸清他的思想倾向，有的要对他进行游说。不管是接待哪方面的代表，段祺瑞翻来覆去总是一句话：“国家大事应由民众来决定，我等军人，将尊重民众的意见。”
在拿模棱两可的套话敷衍外界的同时，段祺瑞也在积极寻求破局之法。这时，他得到了帐下另一名幕僚靳云鹏的鼎力相助。