袁、赵都低估了宋教仁的雄心和政治抱负。无论是在野的承诺，还是收受重金，宋教仁都不过是给他们玩了一招障眼法而已。
当然，政治场本身就是权力场，袁世凯在与唐绍仪等人的权力争夺中其实也耍了许多阴谋。归根到底，只要这种权力斗争被限制在民主法制所允许的范围之内，便无太多可指责之处。
宋教仁正是在规则里面玩游戏的高手，他在南方力倡“争内阁不争总统”的理念，并俨然以多数党候补内阁总理自许。这使袁世凯感受到了强烈的危机感，他时刻担心大权旁落，曾对自己的高级幕僚说：“我现在不怕国民党以暴力夺取政权，就怕他们以合法手段夺取政权，把我摆在无权无勇的位置上。”
眼看国会召开在即，形势之紧迫，大大超出了袁世凯及其派系人马的预料。1913年3月20日晚，宋教仁被刺杀于上海北火车站。一般人都认为，宋案系袁世凯、赵秉钧共同密谋，但也有资料称袁世凯并非主谋，宋案乃赵秉钧等人“毁宋酬勋”的独断行为。
宋教仁被刺，为袁世凯在政治上除去了一个大敌，与此同时，袁世凯还初步解决了北京政府所面临的财政危机问题。
最早出现财政危机的其实是南京临时政府。就在南北还处于战时状态时，有一次安徽都督派专使去见孙中山，要求马上接济部分军饷。孙中山批了二十万元，但手下人查了一下金库，却发现仅有十元存洋。
为了这个恼人的“孔方兄”，孙中山、黄兴伤透脑筋。当时每天到南京陆军部索饷的人员不下数十拨，时任陆军总长的黄兴被弄得寝食俱废，甚至急吐了血。
在袁世凯当选临时大总统后刚刚一星期，尚在执行职务的南京政府就提出需银七百万两，其中二百万两为急需。袁世凯也不是财神爷，他能想到的办法就是找外国借款。
袁世凯的法子，南京政府同样想过做过。孙中山在回国前后就多次借款，但外国银行家们多精明，南京政府能存在几天他们都不知道，又怎么肯把钱借给你？在那段日子里，孙中山每天都盼望能得到外国银行的复电，可是一直等到他辞去临时大总统职务，也没有见到钱的影子。
袁世凯出手借就不一样了。这时南北已走到一起，且北京政府就实力和信用而言，更符合外国银行家心目中“能负责任的中国政府”的形象。在此情况下，美英德法四国银行团便接受袁世凯的要求，付银二百万两给南京政府作为军政费用。
除了结束南京政府、遣散南方民军外，北京政府需要用钱的地方还有很多，其中比较大宗的就有整顿在京政府机构、偿付承接自清政府的外债和赔款、履行对逊清皇室的优待条件等。这使北京政府的财政困难程度很快就接近了当初的南京政府，而解决困难最方便最快捷的途径只有继续向外国银行借贷。
4月26日夜至27日凌晨，袁世凯以国务总理赵秉钧等人为全权代表，与英法德日俄五国银行团谈判签署了“善后借款合同”，这就是历史上的“善后大借款”。
据说著名学者辜鸿铭曾应邀在这次借款谈判中担任翻译。他说了一句名言：“所谓的银行家，就是晴天千方百计把伞借给你，雨天又凶巴巴地把伞收回去的那种人。”
辜鸿铭的话很形象地说明了借款合同的苛刻程度。根据合同规定，中国必须以盐税、海关税以及直隶、山东、河南、江苏四省所指定的中央政府税项作为担保，这还不包括其他一些有损国家主权的附加条件。
借款合同签署于第一届国会开幕后不久。依照国会组织法，政府所有法律、财政、国务院同意等案，都须得到参众两院的一致同意，像“善后大借款”这样重大且涉及国家主权的决策更不能例外，但国会却是事后才得知。
宋案和借款案引起了南方革命党人的极大愤怒。两案发生之前，孙中山、黄兴曾先后北上与袁世凯商讨国是，对袁俱有好评。二人还不约而同地做出过乐观估计，认为民国若能由袁世凯执政若干年，必可跻身于强国之列。袁世凯对孙、黄亦不乏好感，与人交谈时，曾称孙中山坦白、黄兴憨直，言下颇有相互提携之意。
两案一起，南北领袖之间这种一度尚算融洽的关系便告完全破裂，双方皆视对方为眼中钉、肉中刺，必欲拔之而后快。孙中山首先力主对袁世凯进行武力讨伐，袁世凯也被激起了怒火，他发出“传语国民党人”的长电，声称：“现在看透孙、黄除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人民托付之重，不能以四万万人民之财产生命听人捣乱。”