段祺瑞与黎元洪的搭配是一段双方都不太满意的“政治婚姻”。段祺瑞有足够的理由瞧不上黎元洪——
讲资历，段在清末时就出任提督、军统，还署理过地方上的总督，而黎原来不过是个小小的协统。以现代军制而言，军统相当于军长，协统才不过是旅长，整整差了两级。
论实力，袁世凯当政时期，段长期担任陆军总长，手中握有实权。黎虽然是副总统兼湖北都督，表面看上去很有地位，但在中央，他不过是总统府的一个政治花瓶；在地方，部下们居然都能挟之以为傀儡。
段祺瑞不仅在资历、实力上远胜于黎元洪，而且其魄力、意志方面亦有人所不及之处。这跟他少时的家境变化有很大关系。段祺瑞的父亲是一个老实巴交的农民，祖父是家里的主要靠山，段祺瑞十五岁那年，祖父病死军营，家道随即中落。
段祺瑞将祖父的灵柩送至合肥归葬后，仍旧回到他和祖父原在的宿迁军营。这时他私塾也念不起了，只好暂时留营做了一段时间的杂役。
第二年，段祺瑞深感在兵营打杂并非长久之计，也违背祖父对自己的期望，于是告别宿迁，只身跋涉两千里，前往山东威海投奔在那里任管带的族叔。族叔见他有七年的私塾底子，便安排他在营中当了一名文书。
此后，更大的不幸接踵而至：段父在家乡遇害。虽然后来案子破了，凶手也被擒伏法，但段母因哀痛过度，亦追随段父而去。
段祺瑞是家中长子，以下尚有三个弟妹，在家庭迭遭变故之后，养家糊口的重担完全落在了他一个人身上。为了解决收入微薄、进身无门的窘境，这位早熟的少年在二十岁时基本上靠步行去天津，并考取了武备学堂，从此命运得到改变。当时段祺瑞赴津，随身仅带一块银元，所以段家人常说，段家是“一块钱起家”的。
少年时代家境的陡然中落，以及作为长子不得不过早挑起家庭重担的艰难经历，使得段祺瑞逐渐养成了冷峻、刚毅、敢任事的性格。
同为武人，黎元洪则要逊色许多。他有一个绰号叫“黎菩萨”，在湖北方言中，“黎”与“泥”同音，故也有人叫他“泥菩萨”。黎元洪有此绰号，固然是因为他脾气好、待人宽厚，但也不经意间暴露出他性格中软弱的一面。
事实上，在觉得形势不利时，黎元洪确实常常露出怯意。当年辛亥革命，冯国璋攻下汉阳，第二天一名与黎元洪相熟的北洋军将领隔江偷偷给他打电话，探听其虚实。黎元洪人都哆嗦了，他说：“我是一个老实人，你是知道的。这哪里是我搞的事，都是他们（指革命党人）利用我们的名义瞎搞一通……我是一个完全的傀儡，今天你把这笔账算在我头上，那真是冤枉极了。”
到快当总统了，大抵还是如此。袁世凯去世那晚，得知北洋军可能要闹事时，黎元洪的表现近乎失态。忙于对军官们进行劝说的段祺瑞也被弄得不胜其烦。当张国淦受黎元洪之命一再向他打听情况时，他忍不住握起拳头朝桌上敲了一下，狠狠地说：“他（指黎元洪）要管，就让他管！”
张国淦当然没有把这句话报告给黎元洪。其后段祺瑞平息了事端，又把一张已经拟好的通电出示给张国淦看，上面写着：“黎公优柔寡断，群小包围。东海（徐世昌的号）颇孚人望，但‘约法’（民四约法）规定大总统出缺时，应由副总统继任。”
段祺瑞这封通电显然是为了安抚北洋系，但“优柔寡断”也未尝不是段祺瑞对黎元洪的真实看法。
张国淦看过电报，赶紧劝段祺瑞：“这何苦来呢？做人情就索性做到底，总统都奉送了，何必让受人情的人不痛快呢？”
段祺瑞想了一会儿，觉得有理，这才提笔删去了这段难听的话。
黎元洪继任总统后，出于政治利益的考量，在许多重大问题上都与段祺瑞存在重大分歧。比如段一再找借口推迟国会的重开，而黎则认识到国会可以限制段的势力，扩大自身权限，所以对恢复国会持支持和促成的态度。又如在敲定帝制祸首的名单时，黎和段也都有各自的主张。
尽管瞧不上黎元洪的能力，又存在诸多分歧，但段祺瑞初期在表面上还是与黎元洪合作的。这主要是由于他们有互补的一面——段祺瑞需要用黎元洪来维持“中央是团结的”这样的国家形象，以便对付南方的各党各派，而黎元洪虽为名义上的国家元首，可是手中无兵，缺了段祺瑞，场面也撑不下去。
就这样，大家你让一步，我让一步，用利益交换的办法解决了一些分歧。在此之后，他们又合作裁撤了帝制时期的机构和职官，取消了部分专制独裁的法律条例，同时放开报禁，撤销政治犯通缉案，使自“二次革命”失败以来遭受重创的民主共和制度得到了局部的恢复和发展。
可惜好景不长，黎段配很快就出现了维持不住的迹象。