出了国务院的大门，徐树铮的霸道作风丝毫未变。按照责任内阁制，总理总揽一切军国大计，但是其决定得用大总统命令的形式发表，也就是说，必须经过总统府盖印这道手续，否则无法生效。在段祺瑞、徐树铮的心目中，总统就是一架盖印机器，没有对命令内容置喙的余地。
问题是，黎元洪本人不会这么认为，他把掌握总统府印信看成一件大事。当时总统府的监印官叫作辑瑞室主任，为了表示慎重，黎元洪特地命他的亲家、长子的岳父唐某担任。
一般情况下，段祺瑞不会自己拿着公文去盖印，这事主要由徐树铮负责。有一次，徐树铮拿着一道命令来到总统府请唐某盖印。唐某把全文看了一遍，然后嘴里习惯性地嘟囔道：“这样的措词合适吗？恐怕还要斟酌斟酌吧……”
“老兄，请放心，你只管盖你的印好了。责任内阁制嘛，一切由总理负责。”徐树铮不等他说完，就很不客气地说，“你要说他（指段祺瑞）的命令不妥，明白的人知道你在文字上推敲，力求工整，不知道的人，不是说你胡乱干涉国政吗？”
徐树铮说这番话是项庄舞剑，意在沛公，明着说唐某，其实是暗示黎元洪不应该在盖印环节上加塞。唐某没听出来，仍然嗫嚅着说：“这事儿总统要找……”
徐树铮见他不知趣，便故意半开玩笑半认真地说：“总统要是对老兄还不放心，那就只好请他自己盖印了！”
唐某无法，只好在命令上盖了“大总统印”。徐树铮回到国务院，一见到段祺瑞及秘书们就不由放声大笑，说：“我今天给菩萨念了一遍天地咒。”
自从被徐树铮教训了一顿后，唐某尝到厉害，真的不敢再多管用印的事了。黎元洪见状，便把印信带到自己办公的地方，交给时任总统府秘书长的张国淦保管，这样徐树铮要盖印，就必须直接找黎元洪办理。
管印的换成了总统，徐树铮一样不买账。有一次，黎元洪看了命令，也觉得有些地方不妥，就拿起笔准备在文字方面稍作修改，不料徐树铮立刻拉着他执笔的手说：“总统，这万不能随便改……”
尽管徐树铮和颜悦色，用的似乎还是恳求语气，可是黎元洪还是被气得半天都说不出话来。
徐树铮的过分之处还在于，总统对国务院有所指示，国务院秘书长照例应在国务会议上进行报告，徐树铮则是愿意报告就说两句，不愿报告就撂到一边，当黎元洪完全没说过一样。对黎元洪交办的事也是如此，他愿办就办，不愿办就高高挂起。
某日，国务院在一天内更调了山西省的三个厅长。徐树铮拿着相关命令去盖印，黎元洪见了自然要问问原因，徐树铮却不耐烦地说：“总统只管在后页年月上盖印，何必管前面写什么，我还忙着呢！”黎元洪被弄得十分难堪。
这类事情多了，即便黎元洪是有名的泥菩萨也忍受不了，他气愤地说：“现在哪里是责任内阁制，简直是责任院秘书长制。”
在徐树铮的影响下，国务院的许多办事人员都只知有段总理而不知有黎大总统，就连内阁中的一般办事人员都敢挖苦顶撞黎元洪。
当初吴光新得知徐树铮要出任国务院秘书长，就对曾毓隽断言：“这样一来，国务院从此多事，你若不信，拭目以待。”如今果然弄成了一个多事的局面，幸亏张国淦一直从中周旋调停，冲突才没有进一步激化开来。
黎元洪和徐树铮的矛盾，其实就是他和段祺瑞之间的矛盾。自那一年到北京后，袁世凯虽然也不给黎元洪任何政治实权，可是大面上还过得去，平时礼尚往来，嘘寒问暖，起码把他当个佛一样地供着。
袁世凯会的一套，段祺瑞不会，他为人一向非常严肃，无论对谁，都是板着面孔，很少露出笑容，更不会说什么玩笑话。跟黎元洪在一起也是如此，不会故意装出推重尊崇的样子，这让黎元洪内心里很不舒服。
在段祺瑞看来，大总统职位本来非他姓段的莫属，只是由于国内外的种种压力，才把黎元洪扶上了“马”，而对于扶黎上“马”，他也是很认真很花力气的。可是有与段祺瑞关系不睦的人为了挑拨离间，却向黎府吹风，说：“我们在项城的灵前讨论总统问题时，老段反对黄陂（黎元洪）继任，是东海（徐世昌）竭力促成的。”
黎元洪听后信以为真，对段祺瑞更加不满，现在再加上一个徐树铮，那股怨气已到了难以化解的程度。
限于自身力量过于薄弱，黎元洪虽然满腹怨尤，但在大部分时间里也只能忍气吞声。他敢于和段祺瑞唱对台戏，乃是发现国会和议员倾向于自己以后的事。