1917年7月14日，段祺瑞以“三造共和”的英雄姿态凯旋回京。他在请愿团事件中受损的社会声誉及其威望大幅反弹，许多人都对他歌功颂德，就连段公馆内部对这位他们熟悉其实又不太熟悉的老段也开始刮目相看。有的家人说：“还是老头儿有办法，上次一个电报，就叫清室让了位。这回又是一个电报，撵走了张勋，取消了复辟。”
段祺瑞入京后正式组阁。在陆续发表的阁员名单中，除他继续自兼陆军总长外，主要由段派、研究系、交通系成员组成，可以说是三派的联合内阁。
在讨逆一役中，梁启超功劳不小，加上对其学识人品的赏识，段祺瑞在酝酿内阁名单时即力邀其共事。梁启超半是谦虚半是认真地说：“我只能给总理当个书记，写个稿子，别的事恐怕我担当不下来。”
最终梁启超被任命为财政总长，研究系的另一个领袖汤化龙出任内务总长。在新内阁里，研究系占有很大份额，一共九个阁员，研究系便独占五席。这既标志着研究系进入了它的极盛时期，同时也预示着段祺瑞在重新执掌中央政权后，暂时不会再像以往那样受到来自院方自身的羁绊。
段祺瑞入京的当天，便与黎元洪会面并向对方表示慰问。复辟期间，黎元洪先欲到法国医院藏身，遭拒后又以平民身份转往日本使馆避难。直到张勋逃往荷兰使馆，他才敢从东交民巷里出来活动，犹如是在换防，一国元首的脸面扫地以尽。
尽管段祺瑞仍请黎元洪回总统府就职，但经此劫难，黎元洪在羞愧难当的同时，也已心力交瘁，不愿再当总统。他向段祺瑞表示：“我已打定了辞职的主意，今天决不能再回公府。”返回私宅后，他又连发两通电报，以“心肝俱在，面目何施”的沉痛措辞，声明自己决不再复任总统。
就段祺瑞来说，黎元洪当初毫不留情的免职之举，无疑给他造成了刻骨铭心的精神伤害，即便讨逆成功，这种心理阴影也不可能完全消退。现在他之所以出面挽留黎元洪，很大程度上只是为了体现一个获胜者的宽宏大量和既往不咎，但既然黎元洪退意已决，他也就不再勉强了。
黎元洪不做总统，就轮到了冯国璋。冯国璋在讨逆期间以副总统代行大总统职权，通电还是黎元洪一手草拟的，由冯国璋继任总统可谓合情合理合法。
段祺瑞随后接二连三发电报邀冯国璋北上，还派人到南京劝驾，但冯国璋却迟迟未动身。
冯国璋本人对继任总统自然是求之不得，问题是他的部下幕僚已经分成了两派意见。一派主张接受段祺瑞的邀请，由代理大总统转正。他们认为，黎元洪既不肯复职，冯国璋就应到北京正式继任，如果长期在南京代行下去，不但影响国际观感，而且妨碍政令的推行，就算以代理大总统的责任来衡量，也说不过去。
北上派还有着自己个人的小九九，用他们私下的话来说：“我们好不容易盼得有这么一天。现在我们要捧着老头子（指冯国璋）去当大总统了。这个机会，怎么可以错过呢？”
为了能够攀龙附凤、鸡犬升天，北上派便竭力怂恿冯国璋北上，并且强调目前中央无主，元首虚悬，正是他扩大权势、摆脱土皇帝身份的好机会。
相对于北上派，另外一派可称为留宁派，也就是建议冯国璋留在南京，将大总统继续“代”下去。他们提到的反证，就是先前人尽皆知的府院之争，由此引申出：做正式的大总统，只有像袁世凯那样完全执掌大权，才有可能做得好，其他人都不行。“像那黎大总统（黎元洪），由于他手里没有实权，所以就让人给端下来了。”
有人这样给冯国璋分析利害：“古人云，猛虎在山，藜藿不采。不要看总统（指冯国璋）在这儿威震八方，可是一到北京，人家处处拿法律限制你，就什么事也办不通啦！”
冯国璋曾亲眼见识过府院之争的激烈程度，对黎段二人是如何相互把对方逼到绝境的整个过程也知之甚详，所以对这一派的意见很听得进去。当时冯国璋的夫人、女婿也都劝他不应离开经营多年的地盘和军队去北京，以免轻者做个空头总统，重者沦为黎元洪第二。
如果能够像留宁派所说的那样，继续留在南京做代理大总统，而由段祺瑞在北京处理政务，对冯国璋而言，无疑是最好的结果。可是毕竟鱼与熊掌不可兼得，而且这时西南方面又通电拥黎元洪复任，冯国璋便觉得还是应该慎重从事，再观望一下，于是便发表通电，宣布停止代行总统职务，仍以副总统身份兼领江苏督军。