虽然顺利完成了重新出山前未完成的两件大事，但段祺瑞也面临着入主中枢以来从未遇到过的一件棘手难题，这就是南方势力的挑战。
张勋复辟前，强迫黎元洪解散了国会，失去饭碗的国民党议员们即纷纷南下，以孙中山为中心发起护法运动。
孙氏“护法”，固然有捍卫民国、维护约法的政治追求，但亦有争夺中央控制权的实际考虑。他的直接诉求是要求北京政府恢复“旧国会”（即被解散的这届国会），因为“旧国会”中国民党议员占绝对优势，控制国会也就控制了中央控制权中的相当一部分。
孙中山有政治声望和影响力，也有国民党作为政治支撑，但自“二次革命”失败后，国民党就失去了自己的武装，必须依赖于西南军人。
这里所说的西南主要包括云南、贵州、四川、广东和广西五省，其中势力最大的是桂系陆荣廷和滇系唐继尧。从袁世凯时代开始，西南军人便与孙中山的国民党系、长江下游的冯国璋系互通声气，形成了一种或明或暗的盟友关系，借以增强本系在中央的分量。
在张勋复辟前后，西南各省一面参与“护法”，一面宣告独立，其目的无非是巩固和扩展自己的势力。应该指出的是，这些西南诸侯不仅反对张勋，也同样反对段祺瑞。当段祺瑞根据黎元洪的命令复任总理，准备举旗讨逆时，唐继尧曾通电反对，其逻辑是复辟乃段祺瑞一手酿成，岂可再安居总理之位。
复辟被平定后，根据唐继尧的这一逻辑，西南各省不仅仍然没有取消独立，而且指段为复辟的罪魁祸首，要予以坚持反对和讨伐。段祺瑞早就看西南军人不顺眼，现在这帮人又要对他进行讨伐，并实际形成了南北分立的局面，他当然不肯示弱。
西南各省的地理位置都较为偏远，中央不宜用兵，这是连袁世凯当政时期都难以解决的一大难题。段祺瑞在总结袁世凯的一些策略办法的基础上，制订全盘的战略计划，即“入川以进攻云贵，攻湘以占有两广”，也就是以四川、湖南为枢纽，逐步削平西南诸侯。
围绕入川，段幕设计了一个周密的方案，即利用川、黔、滇三方面的矛盾，先使其互斗，再寻机取而代之。1917年8月初，川、黔、滇三军果然发生大混战，段祺瑞立即任命吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，率六个旅入川查办四川问题，其目的是首先督促川军驱逐滇黔军，然后再拿下四川和控制滇黔。
与“入川”相比，“攻湘”更为困难和复杂。湖南省长兼督军谭延闿本倾向于西南，对北京政府只是表面敷衍。段祺瑞就以吴光新代之，但谭延闿在湖南甚得民望，湖南人以“湘人治湘”为口号，反对北方势力侵入湖南。
针对这一情势，段祺瑞采取了一个将计就计的办法，他决定派湖南籍的傅良佐去湖南，这样既可以堵住湖南人的嘴，又可以执行自己的计划。
可是段祺瑞的提议却遭到了冯国璋的极力反对。
冯国璋刚来京时，曾经很大度地说现政府既实行责任内阁制，那么他作为总统就应该“人事不参加”。比如陆军次长出缺，幕僚们建议让师景云干一下，他们对冯国璋说：“岚峰（师景云的字）伺候您这么多年了，现在陆军次长出了缺，是否可以提拔他一下？”
师景云乃冯幕首席，深得冯国璋的信任，其地位相当于徐树铮之于段祺瑞，但是冯国璋听后不同意，他对其中的一个幕僚说：“岚峰要去，我看还不如你去。可是我觉得你也不去的好，内阁里，咱们还是不加入为是。”
如果冯国璋能够始终如一地不过问人事和其他政府要务，冯段之间自然就不会有什么不同意见，然而事实上他却做不到这一点。
冯国璋后来追述他在北京当总统的这段经历时，曾经说：“以我老大哥的地位，以段向来对我唯命是听的那样态度，为了北洋的大局，当时我认为，我是可以说服段，做到府院合作的。”
其实仅此一句话，就足以说明冯国璋和他的前任一样，绝不甘心于只做一个责任内阁制下的“盖印总统”。