冯段之间越闹越僵，冯国璋也开始像他的前任黎元洪那样，频频对院方动用否决权。
刘建藩等人宣布独立后，段祺瑞以国务院的名义下令予以讨伐。可是命令送到总统府盖印时，冯国璋却以大事化小、小事化了为由拒绝盖印。
冯国璋不盖印，段祺瑞也没办法，结果湖南那边已经打得昏天黑地，这边北京政府的讨伐令仍未颁布，段内阁也因此被外界讥刺为“对外宣而不战，对内战而不宣”。
及至南北战争爆发，段内阁下令罢免以两广巡阅使陆荣廷为首的西南三军头，冯国璋又拒绝盖印，理由还是原来大事化小的那一套。
冯国璋闹起别扭，比黎元洪更麻烦，因为“泥菩萨”其实没有什么强硬资本，冯国璋却有着不小的本钱，这就是从北洋系中逐渐分化出来的直系。
北洋系形成于小站练兵时期，还在其发展扩张过程中，内部就因权力之争而初步形成派系，只是在袁世凯的统驭下，派系现象受到了压制。后来袁氏称帝，尽管北洋系中的相当一部分军人已不完全听命于袁，但仍不至于公开分裂。
北洋系的加速分化是从袁世凯暴毙以后开始的，最终形成了直皖两大系统——冯国璋出生于直隶省（今河北省），以他为首的北洋军人集团称为直系；段祺瑞出生于安徽省，以他为首的北洋军人集团便称为皖系。
当时的江苏督军李纯、江西督军陈光远、湖北督军王占元号称“长江三督”，三人皆为直系的骨干分子，他们在长江下游联成一气，成为冯国璋在京的有力后盾。
南方联军誓师出征的当天，“长江三督”就联合提出解决南北问题的四项意见，不仅主张停止湖南战争、撤换傅良佐，而且还要求改组内阁、整理皖系倪嗣冲等部。
“长江三督”的意见一发表，即遭到皖系的强烈反弹。一部分皖系激进派以硬对硬，甚至酝酿要发动政变，以对付站在幕后的冯国璋。从1917年10月下旬起，北京谣言四起，都说在京的北洋军人要软禁总统。
毕竟自己身处京城，这样的迹象和谣言不免令冯国璋感到害怕。他这才做出让步，勉强同意罢免广东督军陈炳焜，但仍将罢免陆荣廷等其他二人的命令留下不发。
罢免陆荣廷本是段内阁罢免令的重点，冯国璋却来了个避重就轻，段祺瑞对此很不满。他又重新拟令，将陆荣廷调职来京，并催促冯国璋盖印。
见段祺瑞紧盯不放，冯国璋只好将命令交印铸局盖印后予以发表。可是到了晚上，他又后悔做出了这一决定，派人把命令从印铸局追了回来。
第二天，段祺瑞未见到总统命令发表，一问才知道冯国璋居然将命令追了回去，不由大为光火，当即声色俱厉地对冯国璋进行质问：为什么讲好发表的命令还要变卦？总统岂能出尔反尔？
冯国璋被问得理屈词穷，哑口无言，待段祺瑞走后，就无可奈何地把命令重新送至印铸局。
此时南北两军正在湘南交战，北军略占优势，已先后攻下衡山等地；而在四川境内，川军刘存厚部也在段祺瑞的支持下，击败了入川的黔军、滇军。段祺瑞不断收到捷报，自认为拿下西南已指日可待，于是便决定接受梁启超的建议，援引“临时约法”中的有关条例成立临时参议院。
临时参议院为代立法机关，有权修改“国会组织法”及“两院议员选举法”，并根据新法召集新国会。冯国璋是旧国会选举出来的总统，如果是新国会进行选举，变数就增大了许多。
亲段势力本身也有要推倒冯国璋的意图，他们内部有两种意见，“政变倒冯”是其中之一，但段祺瑞并不同意这么做。除了“政变倒冯”，另一种意见就是“合法驱冯”，成立临时参议院无疑为“合法驱冯”提供了一条便捷之路，这让冯国璋大感威胁。
俗语说得好，狗急了就要跳墙。冯国璋在北洋三杰中又被喻为“狗”，在此内外交困之际，他也想到了一招。