枢密使这一官衔在唐太宗时就设置了，但唐代的枢密使只负责管理军事情报，机密情报之类，由宦官兼任，直至五代时还保留这个官衔。宋太祖为了消除军阀割据的隐患，同时，枢密使的设立又可以削弱宰相的权力，也是强化皇权的重要措施。
所以，元丰改制后，枢密院照样保存下来，但是北宋的枢密使与中书的关系都极不正常。时人曾言：枢密使每朝奏事，与中书先后上，所言两不相知，以故多成疑贰。枢密院官虽曰掌兵，亦未尝不兼任宰相之事。宋神宗的御史滕达道也说，战守安危之所政，中书主打，枢密使主守，这样怎么能取胜呢？明确指出这种互相牵制所造成的殆误军国大政的弊端。
到了南宋高宗接受了这一教训，为了对付经常性的对外战争，不得不实行兵政合一，设立“平章军国重事”这一官衔。在此后的一段时间内，这种兵政合一的措施确实起到了稳定战局的作用，但是随着御前护军的壮大，军将权力过大的弊端又重新显现，甚至发生兵变将高宗赶下台，因而又设法收取领兵军将的权力，并以宰相兼任枢密使。
不过南迁之后战事不断，历代皇帝只能设置督抚镇守前线要地，因此也不得不通过放权、收权，甚至频繁换将来控制军队。但依然未能阻止军事集团的形成和扩张，以致形成尾大不掉之势，他们在各自利益受损后，便不顾国家利益叛降，从而导致整个防线的崩溃，并助纣为虐成为灭宋的主力。
赵昺知道要想彻底解决问题只能通过制度，而不是人治。可也清楚自己只是历史的搬运工，让他做一个好工匠完全没有问题，但是处理这种军国大事还真不在行，且自己前世根本没有这方面的经验，要主持并进行这么大的机构调整还真没有底儿。
不过赵昺也明白若是不能解决这个问题，自己的地位终归不稳。而当前行朝尚处于混乱和初建时期，各派势力相对于较弱，并且要依附自己才能生存，因此也是调整机构的最佳时期，一旦错失这个窗口期将更加困难。所以他决定即便此次革新存在不合理的地方，也要坚决的搞下去，将基本原则定下来再逐渐完善。再说了在中国人民的智慧面前，制度什么时候都是有空儿可钻的……
在赵昺改革后的枢密院的主要职责类似于现代的参谋部，其主要职责用一个词表达就是——打仗。制定国家的最高军事战略；决定战时人力和物力资源的分配使用；向皇帝和中书省提供军事决策方案。作为“最重要的军事顾问“，枢密院有包括制定军事战略、指导国防预算、作战及联合演习计划等，分享兵部的部分职权，并可以直接向皇帝陈述自己的主张。
从职权方面来讲枢密院失去了军政方面的权力，但是从行事权力方面来说，其主官由武人担任，避免了士人的擎肘。且枢密使可以向皇帝直接表述自己的意见，而不必向从前那样局限于文人们的臆想之下，制定些掺了水的作战计划，受制于宰相的权威之下。
提高武人的地位赵昺不仅是从嘴上说说而已，在组织结构上将枢密使的品级定为从一品，要知道大宋朝最高军事主官太尉才是二品官，这样一来枢密使的地位虽然低于左、右相，但是也高于参知政事和一应尚书。为了体现这种地位，枢密院副职都是二品，下属的一级部门主官都是部级待遇从二品，与兵部尚书同级。别的不说起码薪俸高了一截，殿上排班时都要靠前站。
赵昺计划在枢密院设置司令部、军事情报部、军需部及佥事判官厅、职方司、参议司和督抚司。
司令部与兵部军种部相对应，下设步、骑、水、炮四个指挥部，分别负责制定各个军种的作战计划，战斗指挥、整补、核定等事宜；军事情报部便是原来的主管机宜文字和兵部的谍报司，职能未变，换了个现代感的名字；军需部则是负责制定甲仗器械的使用配置计划，新式武器的研发和推广、研究战法和战术应用。另外还在战时指挥辎重军的工程部队，指导筑城和修建工事。
佥事判官厅是常设机构，负责枢密院的日常工作，相当于现代的综合办公室；职方司是从兵部端过来的，仍然负责地图的绘制和地形勘测；参议司就是个储才之地，相当于现代的军事委员会，他们的作用主要是平日协助枢密使制定战略、战策，对作战计划提供意见，战时可从中挑选领兵的将帅；督抚司此时只是空设，是为了指挥管理各战区预备的。
至于战区的重新调整划设，赵昺现在还没有想过，当下只有琼州这点地盘，也没有必要划分。而将来面对的却是整个沦陷区，不仅地理区域广大，且形势复杂。即使是抛开地域概念，按照未来战争可能发生的方向来划分，而面对的战争存在着大宽度、大纵深的特点，一次大规模局部战争爆发可能要动员全国半数地区的军事相关机构，所以还需细细谋划……
军事机关的大脑有了，那接下来身体，这就牵扯到了军队的编制问题。赵昺来到这个世界后，起初对宋朝的官制头疼的很，许多官名与现代不同便罢了，且职能也有的是以原意牛马不相及，让他费了好大的劲儿才搞明白怎么回事。而军队方面虽然简明了一些，可也颠覆了过去很多固有的观念，让他难以适从。
在现代军、师、旅、团、营、连、排、班的编制序列早已在脑子中根深蒂固，成为惯性，不用想就知道编制的大小。来到这个世界却乱了套，其实这些叫法古已有之，但是与现代，甚至当下也完全不是一个概念，而对应的军职也是千变万化，不下点功夫也弄不明白怎么回事。
中国自夏朝初期产生军队编制，由于社会政治制度的变革、生产力水平的提高和长期连绵不断的战争所影响，使得军队制极为丰富。现代军队编制一般都是统一的，在平时和战时的编制基本相同，要调动的话也是成建制的调动。但中国古代军队往往有两种编制，一种是平时组织训练的编制，另一种是战斗部队的编制。当要组建参战部队时需要打破原编制，将士兵重新组织到新的战斗编制中去。
中国古代军队的基本编制单位就是一五一十的“什伍”之制。另外古代展开军队作战时往往会排列成左、右两路或左、中、右三路的阵势，由此影响到军队要采用二进位或三进位，或其倍数的编制。
商代已经有了“什”的士兵编制，十个什由百夫长指挥；十什编为大行，由千夫长指挥；作战时习惯按照左、中、右各一个大行来排列阵势，投入战斗的三个大行就称之为“师”，是商代最基本战略单位。周代仍然以“师”为基本单位，进入春秋战国时期就比较乱套了，各国各自不同，但仍采用什伍制为基数。
汉朝步兵每五人编为伍，由伍长指挥；五个伍编为“两”，由两司马指挥；四个两编为卒，由卒长指挥；五个卒编为旅，由旅帅指挥；五个旅编为师，由师帅指挥；五个师编为军，由军将指挥。隋唐继承了府兵制度，各地遍设折冲府，为组织、训练的编制单位，管辖兵员八百至千人，设折冲都尉，副手为两位果毅都尉；府下辖数个团，每团兵员二百人，设校尉为主官；团下辖二旅，每旅兵员百人，设旅帅为主官；旅下辖二队，每队兵员五十人，设队正为主官；队下辖五火，每火兵员十人，设火长。
到后周时组建基本战斗部队编制：百人为一个都，都有都头；五都组编为一个营，营有指挥；五营即组编为一个军，军有都指挥使或都虞候，或直接称军主；十个军编为一厢，厢有都指挥使，或直接称厢主；左、右两厢编成一个战略方向的总兵力，一般大约为五万人上下，由皇帝派出的节度使统帅。
后周的制度被宋朝全盘沿用，宋军五百人为标准的营，一般直接称“指挥”，作为为基本单位，统计兵力都计算有多少指挥，调动组编也以指挥为单位，一般并不拆散。营下的为百人的都，有都头；都以下的编制是什伍之制，有军头、十将等士官的名目。蕃兵其编制因族而异，或按部族、性、族，或按族、标、队，至神宗时才统一采用指挥、都的编制。所以宋军的编制分为军、指挥、都三级。
后来又有变动，有了‘将’的编制，可还分大、小，兵员数目在八千到一万。南渡后更乱，编制也跟李云龙的独立团似的连都有大有小。如韩世忠为前护军，以楚州为中心组织防御，下辖十一个统制、十三个统领，有六十三将编制，约八万兵马；刘光世为左护军，下辖十军，防御淮北方向，约有五万多兵马；张俊为中护军，有十一个军、九十九将编制，以建康为中心展开，兵力约为八万人；岳飞为后护军以鄂州为中心组织防御，辖十二个军。
到现在赵昺都十分庆幸，当初自己组建帅府军的时候只有几千人，自己充其量只相当于现代的一个乙种师的师长，好歹还能摆弄清楚，若是真一下子给他几万人，别看他是个理科生也弄不明白了。以后也是采用的笨办法，反正我预设的编制就这么多，兵多了也养不起，够五百人就编成一个营，然后再逐步在原有的五个营的基础上扩大编制，从统领，编成统制，再编成都统制，就这么糊弄到琼州。
而到了崖州之后，赵昺很是懵了一段时间，由于行朝的各部来援庞杂，又收拢了各路败军，禁军、厢军、义勇让他傻傻弄不清楚。顶着殿前禁军番号的禁军实际在几万人，少的时候只有两万人；淮军鼎盛时期几十万兵将，但张世杰手里也就数千人而已；还有几十人就号称一个指挥的，也有数千义勇编成一个指挥的。
反正就是一笔糊涂账，说到哪支军队，赵昺都得好好想想，他们有多少人，有多少统制、统领。待迁琼后，他立即就对各部按照自己的笨办法进行了改编，人多的裁撤，人少的补充。但是这个编制结构仍不合理，营以下还好说，伙、队、都编制齐全。
然后一下子就跳到了‘将’一级，由一个统领管理，中间层间隔太大，这在管理上十分不便，战时也暴露出不小的缺陷。在这次琼州保卫战中，其实是最高军事长官张世杰在指挥，而作为都统制的赵孟锦不得不下放到某一个方面去直接指挥，统领更是直接指挥到营，甚至越级到都，关键时刻还要脱离指挥位置到前沿，使指挥体系极度混乱。当然造成这种乱象，赵昺也功不可没，他一个皇帝都直接对敌，底下的人敢不奋勇啊！
水军在指挥体系上虽然没有步军这样混乱，但是编制上也并不完美。当然这也与赵昺脱离不了干系，一个是因为他对古时水战的形式还缺乏直观的了解；二是对战船人员构成也处于茫然不知的状态，只是凭着自己的直觉和刘洙等水军将领的建议分配水手；三是作为水军最高指挥官此前也只是一个寨头，管理着大小十几艘战船，同样缺乏大编队作战的经验。
这就导致三个水寨的设置都是眉毛、胡子一把抓，大小战船都是按功能配置，却没有按照不同的战斗任务实行管理。往往每逢大战都是全军无论大小船只倾巢而出，导致战斗打响后有的人在看热闹，有的人却是忙得脚不沾地，造成兵力的浪费不说，也造成资源的浪费……