清理完了阵地上的残存日军之后，人民军向最后三栋主要的建筑：关东都督府陆军部大楼、华俄道胜银行大楼、将校集会所发动进攻，正好这三栋建筑分别是3层、2层、1层。
这时躲进这3栋建筑的日军各有数百人，纷纷的在各建筑的窗口，大门口等处架起步枪，进行着最后的抵抗。人民军迅速的分派兵力，先包围这三栋建筑，然后架好机枪、迫击炮阵地，对建筑进行猛烈的火力压制，同时还派出部份枪法好的士兵，对窗口的日兵进行狙杀。
时间不长，这3栋建筑的日军都被人民军的火力压制住了，而且大门顿开，因此人民军也立刻组织兵力，对这3栋建筑进行突击。
由于建筑內的地形更为狭窄，因此突击也只能釆用班排级的兵力，每一层将投入一个排的兵力。由于关东都督府陆军部大楼有3层楼，实际投入的兵力是一个连，只是三个排是依次投入。海军陆战队1团2营1连负责突击关东都督府陆军部大楼，首先发动进攻的是1排。
在发动突击之前，排长刘福喜首先下令全排的班长、副班长，放下步枪，并将96式手枪装好手柄，另外每名战士都将手补足。在城市战争训练中，人民军到是进行过一些建筑内部战斗的练习，尽管练得并不多，但基本的要点还是记得的，首先一条就是在建筑内部的战斗，主要的武器是96式手枪和手。
准备好了武器之后，1排的战士立刻在其他部队的火力掩护下，向关东都督府陆军部大楼发动突击，整个过程只有两名战士中弹，而在接近大门时，排长刘福喜首先向门中扔出了一颗手，在硝烟还没有散尽时，就和副排长王力田一起冲进大门中，并且举起96式手枪，不管三七二十一，就是一阵乱射，这也是建筑内部战斗的基本原则，就是手开道，加乱射火力压制。
硝烟散尽之后，1排的战士们也全部都进入到大楼中。关东都督府陆军部大楼是呈中轴左右对称布局，进门和大堂位于大楼的正中位置，楼梯在大堂的对道，大楼内有一条横向的长走廊，房间分布在走廊的两侧。
刘福喜立刻下令1班负责清理大堂左侧的房间，2班负责清理大堂右侧的房间，3班守住大堂，并且策应1班、2班，由其要堵住楼上的日兵。
任务分派之后，各班也立刻分头行动，这时2楼有几名日兵想下楼来参战，结果刚一露面，就被人民军一阵乱枪打死，因此2楼的日兵也不敢再轻易的下楼来。
攻击左右房间的两个班的士兵分成两部份，分别由班长、副班长带领，攻击走廊两侧的房间。
这时所有房间的房门都是紧闭，只看在左侧第一间房的大门前，一班长举好96式手枪站立，一名士兵手执步枪，以半蹲的姿势持枪，两人的位置略偏向门轴的一侧，并与房门呈45度的夹角，而在门把的一侧，亦有一名士兵手持手，倚墙站立。然后由一名士兵抬脚飞踹木门，将门踹开之后，门轴一侧向两名士兵立刻开枪连续射击，压制房间里的曰兵，而门把一侧的士兵则拉断手的弦线，从门边扔进去。
“轰”的一声，手爆炸之后，人民军的士兵们才进入房中，只见房间里躺着4、5名日兵，还两2名日兵尚未断气，但也受伤多处，惨叫不己。人民军也不客气，给每人捅了二刀，彻底了结了这两名日兵的性命，然后退出房间，又向下一个房间攻击。
这一套战术当然是由穿越战士教给人民军的，实际是旧时室里，反恐战术训练项目之一。虽然看似简单，但实际是从无数类似战斗中总结出来的战术，在实战中相当有效。虽然海军陆战队并非是专业的反恐部队，但也会训练一些反恐战术，毕竟反恐战是穿越之前的主要战争形式之一。
当然，人民军接受的已是简化了战术，但在这个时代，已是完全够用了。而相比之下，日军的表现就只能用业余来形容，尽管日军的素质，实战经验都在人民军之上，但对这种建筑内的小范围战斗却是相当附生的，因此在人民军这样在放的战术打击之下，一个房间一个房间的被清剿。
当然，人民军的清剿也不是全部有效，有的房间里并没有日兵，有些房间里则是非作战人员，而有的房间里由于有大量的家具，因此手的效果有限，最终双方还要死拼一场，不过从总体来看，人民军仍然是占有十分明显的优势。
而就在一排对一楼的房间进行清剿的时候，二排也突击进入关东都督府陆军部大楼，并且向二楼发动进攻，战术当然完全是和一楼一样的。紧着三排也突击进来，攻击三楼。
战斗进行了约1个小时，人民军终于清剿了关东都督府陆军部大楼所有的房间，击毙的日兵约有350余人，当然也包括非战斗人员，毕竟在这样的情况下，误伤也是再所难免的，俘虏日兵27人，俘虏非战斗人员200余人，而人民军仅仅只有8人阵亡，另有21人受伤。
而关东都督府陆军部大楼的战斗已在此之前结束，人民军均使用相同的战术，成功的攻占了华俄道胜银行大楼、将校集会所，消灭了这两栋建筑里的大部份日兵，并且俘虏了不少非作战人员。
到这时为止，人民军己彻底攻破这个日军设在旅顺新城区的主阵地，并且己基本控制了旅顺新城区，日军在新城区里已经没有成规模的阵地，只剩下一些零星的抵抗。
不过相比于旅顺新城区里的顺利作战，人民军在旅顺老城区里却遇到了一些不大不小的麻烦。
在罗岳下达了进攻的命令之后，进攻旅顺老城区的1师也比较顺利，首先成功的占了俄国旅顺关东州总督府和北洋医院阵地，而对旅顺监狱的进攻也十分顺利，己经攻破了日军的防线，杀入监狱里，和日军展开白刃战，并且己取得了明显的优势。
旅顺监狱原是俄国旅顺时修建，主要是用来关押反抗俄国统治的中国人。日本占领旅顺之后，则用来关押在战场上俘虏的俄军士兵。
在前期的日俄战争中，日军共计俘虏了约79万俄兵，其中大部份都送到日本国内去关押，留在中国的约有7千余人，全部都安置在旅顺监狱里。
应该说日本对俄国俘虏的待遇是相当好的，对受伤的俄国俘虏都进行良好的治疗，而且给俄国俘虏安排的饮食也相当丰富，还为了照顾俄国人的口味，不仅提供了大量的肉类食物，还专门供应了西式糕点、巧克力和酒，吃得甚致比日兵都要好。另外还给了俘虏们相当大的自由度，不仅在监狱里可以自由活动，每天上午、下午还各有1个时间的休闲时间，可以走出监狱，在旅顺城区内闲逛，因为俄国人的相貌与亚洲人有明显的区别，语言也不通，又身无分文，因此到也不怕他们趁机逃走；而且还会定期举行一些如体育比赛、舞台剧、交响乐等等活动。
日本之所以善待俄国俘虏的原因不外乎两点：第一，争取到列强的首肯，日本是不同于其他亚洲国家的文明人；第二，日军遵守国际法，军纪严格，是值得尊敬的军队。
现在的日本在列强俱乐部中只是一个新成员，而且还没有得到欧美各国的广泛认同，由其是在10年的甲午战争中，由于日军制造了旅顺惨案，引起了欧美各国舆论的一致批判，美国的《世界报》的战争特派记者克里曼批判“日本为蒙文明皮肤，具野蛮筋骨之怪兽”，其后李鸿章赴日谈判议和，被日本激进人士刺杀，都一度令日本政府十分被动，因此以后日本在对外战争中就比效注重自己的国际形像，力图努力做出一付自己是文明人的样子来。
在八国联军侵华战争中，日军就是八国军队中军纪最好的，而这次面对的俄国是欧洲的老牌强国，尽管有英国支持，但大部份欧洲舆论在开战前还是偏向俄国的，日本就更是在这些方面十分注意，因此才对俄国俘虏十分优待，甚致引起了国内的不满。
人民军对旅顺监狱的进攻令日军无瑕顾及俄国俘虏，因此监狱的看押已呈现出一个真空状态，而且俄国俘虏可以在监狱中自由活动，这时大部份俄国俘虏都本能的觉得有机会，于是都纷纷走出自己的房间，有少数人还捡到了一些武器，一些军官还乘机组织起来。
攻入监狱的人民军也很快和俄国俘虏相遇，由于双方的语言不通，而且又是在战争期间，双方也不可能心平气和的慢慢沟通，另外由于日本对俄国俘虏的优待，也助长了俄国俘虏的优越感和傲曼，在他们看来，虽然自己是俘虏，但也要比黄种人高出一等，因此无论是日本人还是中国人，都会对自己礼敬三分。
而这样的局面、心态，自然是不会有好的结果，在一片混乱的局势当中，也不是那一方首先开枪射，最终引发了双方的激战。