清廷的这些动作，当然逃不过华东政府在北京布置的情报网络。在这几年的时间里，华东政府己在北京布置了庞大而严密的情报网络，可以说在北京城里发生的一切事情，也包括皇宫里的事情，都逃不过华东政府的耳目。而且清廷的保密水平太低太差，仅仅是被华东政府北京办事处收买的太监就不少于20人，因此清延的一切事务，几乎是完全对华东政府透明。可以说清廷的任何决策刚一作出，最多两个小时以后，青岛方面就能够收到了。
而清廷所做的逃跑的准备，包括在皇宫里准备好的马车，在颐和园布置接应的军队等等事情，也早就传到了青岛，对华东政府来说，如果慈禧、光绪逃到南方，是肯定对自己最不利的结果，因为慈禧、光绪代表着清廷的正统，一但逃到南方，加上又有各国的支持，很有可能会在短时间内整合好南方的地方势力，和华东政府相抗衡。虽然就算是整个南方统一起来，也不可能是华东政府的对手，但也比一盘散沙，各自为战的南方要难以对付得多，需要华东政府消耗更多的精力、人力、物力、财力。于是行政院也指令军委和安全部合作，全力阻止慈禧、光绪南逃，哪怕是在战场上击毙两人，也比放他们逃到南方要好。
接到了行政院的命令之后，军委和安全部也立刻着手开始制定相应计划，安全部主要负责监视皇宫的动态，提供情报支持，而阻止慈禧、光绪南逃，还是要靠军队。
华东政府在北京东的火车站有驻军，驻守了1个营的军队，加上后勤人员，大约900人左右，虽然在建立这个营地时，留出了较大的余地，但最多也只能再增加1个营的军队。可用的军队数量大约在1500人左右。因此军委决定，起用特种部队来执行这个任务。
人民军成立特种部队，是在远东战争之前开始，在远东战争中也参战了。不过在大规模战争中，特种部队能发挥的作用有限，而且当时特种部队刚成立不久，训练不足，实战经验也有限，因此没有派遣特种部队执行突袭、斩首，敌后作战等难度较大的作战任务，而是从事侦察、探路，收集战场情报等相对比较简单的工作，当然如果条件合适，也会进行一些小规模的战斗，以实战来煅练队伍，并积累经验。而在远东战争之后，特种部队也根据战场的实际情兄，进行针对性的训练。
而这一次阻止慈禧、光绪南逃任务，而且只能依靠北京驻军的情况下，显然是特种部队是最适合执行的部队，早在天津谈判之前，两个特种部队大队，共计约840余人，己分批进驻北京驻军的营地里，并且开始熟悉地形，道路等前期准备工作，而且特种部队使用的武器弹药也都陆续运入。
军委也制定了三个作战计划：
计划一是在战争时期，抢在慈禧、光绪撤出北京之前，由特种部队发动进攻，抢占皇宫，抓捕慈禧、光绪，然后在皇宫中固守待援，等着主力部队攻入北京支援。
这个计划的优点在于战斗的突然性，也就是以迅雷不及掩耳之势，直捣皇宫，抓捕慈禧、光绪，有很大的成功机率；而缺点在于，北京城内外的驻守军队大约有6-7万左右，北京城内的驻军约在3万左右，特种部队的战斗力虽强，但只靠800多名战士，也难以敌挡得了这么多清军，如果主力部队不能极时的赶到，并攻入北京，特种部队将会陷入苦战，甚致是伤亡重大，另外在北京城内，由其是在皇宫里作战，对平民和北京的古建筑的伤害都很大。
计划二是在慈禧、光绪撤出北京之后，进入颐和园之前，在中途设伏拦截，抓捕或在击毙慈禧、光绪之后，可以迅速的撤出战场，利用特种部队擅长野外作战的优势，和清军周旋。
这个计划的优点是特种部队的作战空间、回旋余地都变大了，可打就打，不能打就跑，这样的作战方式更能发挥特种部队的作战优势，而且在北京城外作战，也不必担心对平民和北京的古建筑的伤害，可以放开手脚来打；而缺点在于对情报的要求更高，因为从慈禧、光绪撤出北京，到进入颐和园之间，时间不会太长，如果不能极时的得到情报，很有可能会错过拦截的时机。
计划三是在慈禧、光绪进入颐和园之后，出兵攻击颐和园，就在颐和园抓捕或在击毙慈禧、光绪，或者是围困颐和园，等着大部队赶到。
这个计划的优点仍然是在城外作战，作战空间、回旋余地大，而且颐和园的驻军远比北京要少，以特种部队的战斗力，还是有相当大的把握；但缺点也十分明显，首先是颐和园也是极具价值的皇家园林，一但受战火损伤，也是极大损失，而且颐和园的范围太大，只靠800多人的特种部队，基本不可能完全围困，只能守住几个关建节点，但这样一来，就给清军留下了不小的空间，有一定的机率是能够突围成功的。
在这三个作战计划之中，参谋部和特种部队的指挥部进行了反复研究和比较，还组织了几次推演，最终确定优先选择第二计划，第三计划做为备选，而放弃第一计划，同时又和安全部协商，对第二计划进行了一定的修订，即可以在从北京到颐和园之前准备几个临时据点，让部队先进驻临时据点，这样也可以增加拦截的成功率。
当然除了阻止慈禧、光绪出逃之外，在正面战场上，华东政府也完全做好了战斗的准备。这次作战，将投入3个野战军，共计约13万兵力，分别从东、南、西三个方向，对北京城区进行合围。
东面由中部军区第11野战军负责，从天津出击，沿津京铁路前进，直捣北京；南面由西南军区第12野战军负责，由河北顺德府出击，沿正定府、保定府、涿州一线，一路北进，在北京与11野战军汇合，对北京形成合击之势；西面由西北军区第5野战军负责，由潞安府出击，沿太行山一东麓进击，攻占宣化府，切断北京与山西之间的联系，阻止从北京向山西逃撤。
东北军区按兵不动，负责监视俄军的动向，因为这时间俄国显得十分活跃，因此有必要防着俄国一手。
另外在南方，华东政府也有军事行动，这条战线将由海军陆战队和东南军区第9野战军负责，沿长江逆游而上，进攻武昌府，并进而占领湖北省的长江以南地区。海军陆战队负责进攻武昌府的登陆作战，第9野战军负责随后攻占湖北省的长江以南地区的任务。
现在华东政府和清廷的东南地方势力是以长江为界，华东政府占据长江以北及太仓州和松江府两地，清廷的东南地方势力占据长江以南的地区。而且这一次作战的目标是攻占北京，灭亡清廷，统一北方，南方地区并不在这一次的作战计划之中。
但南方迟早也是要占领的，华东政府不可能接受以长江为界的南北分治，因此军委认为，这一次作战，在南方也应搞点动静出来，至少在长江以南的地区占据几个要点，一是打破清廷的东南地方大员们南北分治的幻想；二是为将来华东政府向南方进军时，在江南地区有几个可靠的支点，不必再进行渡江作战。
军委选择的目标是武昌和南京，这是长江沿线上两个最重要的城市，一但华东政府控制了这两个城市，再加上己在华东政府手里的太仓州、松江府，三点联成一线，华东政府将可以彻底控制长江的中下游江段。
军委将这个作战计划提交给行政院，而经过慎重的考虑之后，行政院基本认同这个计划，但认为南京是袁世凯的地盘，现在华东政府和袁世凯的关系还不错，暂时也没有必要破坏，因此将南京从这次的作战的目标中删除，只留下武昌府，同时决定将作战范围扩大到湖北省的长江以南地区。
因为这次作战的主要目地是在长江以南的地区占据几个要点，为将来华东政府向南方进军作准备，占领了湖北省的长江以南地区，也基本达到这个目标，占不占领南京，作用并不是太大，而且湖北省位于长江中段，东邻安徽，西连四川，西北与陕西接壤，南接江西、湖南，北与河南毗邻。自古以来就是东西南北的折冲要路，战略重地，因此占领了湖北省全境，可以作为华东政府将来向南方进军的总基地。
另外在张之洞任总督的时候，曾兴建了一大批近代工矿企业及学校，虽然在华东政府看来，水平十分落后，但在整个中国来说，己算是很先进，至少也能算有一定的近代工业、教育基础，还是有很大的价值。
现任的湖广总督是赵尔巽，湖北巡抚是端方，华东政府和他们可没什么交情，因此攻占湖北省也完全没有什么顾忌的，可以放手去做。