然而，无论是盖亚，还是阿赖耶，都没有想到的事，她们原本只是想要守护这个是世界建立的英灵之座，甚至还不惜代价的将之移动到世界外侧，让它从这个世界的时间束缚中解脱出来的这一举动，在更好的守护了这个世界的同时，却也为这个世界带来了更多的麻烦。
首先，因为英灵之座游离于这个世界的时间之外，不受世界的时间线束缚，使得不同的时代人们，都可以沟通英灵之座召唤出英灵，而这些被召唤的英灵们，却又偏偏都来自于不同的时代，如果只是召唤出了古代或者是架空世界的英灵还好说，但是，未来的英灵也可能会被召唤出来，当他们被召唤出来之后，就会在过去留下未来的名号，这就导致了一个个时空悖论的产生，从而引发了时间线的混乱，更有甚至，在远古时代被留下了未来的科技，或者说，一些能够影响人类进程的大人物，知道了自己的历史轨迹之后，并想要将之更改。
这些混乱的时间线被世界记录了下来，从而又导致了许多虚假错乱的历史产生，而这些错乱的历史所引发的动荡，甚至足以更改整个人类文明的进程，这个结果自然也是有好有坏，好的结果可能会让人类变得更加繁荣了，而坏的结果，则可能导致人类在未来被灭绝了，甚至于连星球，都有可能被影响到。
而且，随着这些英灵的乱入和时间线的混乱，使得盖亚对神秘力量的封锁也出现了漏洞，有的人类借助着英灵的力量，成功沟通了他们本不应感知到的根源之地，窃取了被盖亚封印在那里的魔法知识，从而在神秘力量不断消褪的大环境下，再度诞生出了一些拥有超凡之力的人类，这些人类中，甚至于还包括了五个成功领悟出涉及了世界根源法则魔法的，这种超乎常规的不合理存在，而根据这五个人领悟魔法的先后顺序，这五种涉及了世界根源法则的魔法，则被冠以了第一魔法到第五魔法之名。
因为这种根源魔法足以对世界产生巨大的影响，在发现这个情况之后，盖亚和阿赖耶及时出手，制止了根源魔法知识的扩散，具体手法嘛，无非就是通过威逼利诱等手段，和领悟了根源魔法的存在签订锲约，让他们成为这个世界的守护者，将他们的力量和知识用于守护世界，并且不准将这份力量再传授出去，当然，五个人里面也有不同意的，结果自然是被盖亚和阿赖耶给抹消掉了。
虽然盖亚和阿赖耶的行动很果决，没有让根源魔法扩散出去，可是有关根源魔法的消息，还是被传了出去，包括如何沟通根源等等，这自然引起了无数人的觊觎，掌握着根源魔法的几个存在，无一不成了众人追逐的对象，只不过，因为和盖亚以及阿赖耶签订的严密契约，他们也不可能将这力量传授出去。
问题出现在了第三魔法的领悟者上面，所谓的第三魔法，也就是灵魂物质化魔法，换言之，就是可以随时用魔力构筑肉体或者是躯壳，同时又将灵魂化身为永动机一样的存在，拥有着无穷无尽的魔力，可以不停地构筑出各种物质，达到另一种意义上的不死不灭的魔法。
这位第三魔法的领悟者，仗着自己领悟的灵魂物质化魔法，拥有着不死不灭的魔法特性，丝毫不害怕盖亚和阿赖耶的威胁，不仅没同意和她们签订契约，还大张旗鼓的招收弟子，传授关于灵魂物质化魔法的知识，结果她的行为自然引起了盖亚和阿赖耶的怒火，最终被消灭掉了。
讽刺的是，这位第三魔法领悟者，虽然拥有着大量的弟子，却没有一个能真正继承到她的魔法，领悟出灵魂物质化，反而是她生前实验灵魂物质化魔法时，所制造的一具人偶，却意外的继承了一部分关于第三魔法的知识。
只不过，因为当时人偶并没有被激活，还不算是一个生命，所以无论是盖亚，还是阿赖耶，都完全没有注意到那具人偶的特殊性，直到许多年以后，那些在第三魔法领悟者陨落之后，四散到各地的弟子们，心有不甘的重新回到了，他们老师曾经教导他们的地方，在那里找到了那具人偶，并花费了数百年时间，将那具人偶成功激活之后，灵魂物质化魔法才再度出现在了世人的视野之中。
虽然人偶成功被激活了，但是这具人偶本身所继承的第三魔法并不完整，每次使用灵魂物质化魔法，不仅在效果上完全不能和第三魔法的领悟者本人使用的魔法相提并论，而且还要历经数十年的漫长冷却时间，才能再次使用，再加上玩偶也根本没有办法离开，这一片她曾经被制造出来的范围之外，否则就会急速衰老，最终灭亡，这当然也是后来，阿赖耶和盖亚注意到玩偶的存在时，没有过多去理会的原因。
因为当初被第三魔法的领悟者，使用灵魂物质化魔法制造的人偶太过珍贵，只流传下来了这么一具，那些第三魔法领悟者的弟子们，在研究这句人偶的时候，不得不万分谨慎的对待，他们用尽了办法，尝试着想要复制出一批人偶来进行研究，然而数百年间，却没有一次能够成功。
转眼又是百余年的时间，那些第三魔法领悟者的弟子们，渐渐的感到绝望了，他们纷纷选择了放弃，离开了这片伤心之地，只留下了那一具玩偶，和一些在数百年间弟子们不停仿制玩偶时失败的造物，相当数量的人造人们，依旧坚持不懈留在那里，想要重现第三魔法。
时间推演到了无数年之后，也就是在未来的一个时间点上，一个怀揣着复兴魔法时代伟大梦想的年轻魔术师，机缘巧合之下，进入了玩偶所在的那片领地，并且结识了依旧在坚持不懈的尝试着，想要重现第三魔法的玩偶，两者不谋而合的决定，尝试着通过一个仪式，重现第三魔法。