万历三大征之后，天下太平，朱翊钧开始沉湎于酒色之中，他的身体虚弱，每况愈下。
这也是朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝的原因。
他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。
“万历三大征”期间，边疆大事的处理，就已经是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。
在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。
同年，礼部主事卢洪春奏曰：“陛下日夜纵饮作乐”。
此后，大臣们为争立皇太子，朝廷上演了旷日持久的“国本之争”。
明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。
东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。
在东林党争无休无止之时，由于朱翊钧私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。
福王之国洛阳，刚刚过了一年，万历四十三年，公元1615年五月初四日酉时，又发生了晚明历史上著名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称“梃击案”。
过程很简单，就是张差拿着木棍，冲进宫里去打皇太子。
他的行为，当然是不能得逞的，问题是，他是怎么冲进皇宫的？
这是一个严肃的问题。
皇太子以为“必有主使”，奏请严查。
他所说的主使之人，矛头指向了郑贵妃。
郑贵妃一再指天发誓，自明无他。
朱翊钧见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人，并特地为此于同月二十八日，一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场 。
万历二十五年，公元1597年，右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样。”
朱翊钧完全不理会。
朱翊钧统治的后期，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间。
万历四十年，公元1612年，南京各道御史上疏：“台省空虚，那些致力于废除掉，皇上深居二十多年，从来没有一个接见大臣，天下将要沦陷的忧虑。”
首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。
万历四十五年，公元1617年十一月，“部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人。”
不过，我们可以肯定的是，朱翊钧虽然不上朝，但是不上朝之后，并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局。
只是，到了后期，这才显示出了他不上朝的弊端。
就在朱翊钧宗晏处深宫，“万事不理”，导致从内廷到外廷闹得不可开交之际，辽东后金迅速崛起，不断出兵南犯，向明军发动进攻，辽东战争爆发。
万历四十四年，公元1616年正月初一日，后金政权正式建国，终于成为明朝的主要威胁。
这是朱翊钧最大的犯错，就是坐由后金，也就是后来大清的强大。
他要是亲理朝政，发现后金的崛起，马上去压制的话，那么，就没有后来大清的强大，从而导致明朝的灭亡。
后金的崛起后，明朝辽东的形势也随之每况愈下。尤其是经过东征援朝战争和矿税使高淮乱辽以后，辽东边防空虚，军民困甚，供应艰难，加上朱翊钧用人不当，明军屡屡败北。
万历四十七年，公元1619年三月，萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成，这也是明朝由盛转衰的转折点。
后金是居住在中国长白山一带的建州女真在晚明时建立的政权。
北宋末期，女真完颜等部建立金国，从东北进入黄河流域，另一些部落仍留居东北。
明初，这些留居东北的女真部落主要分为建州、海西、东海三大部。
公元1583年至公元1588年，建州女真首领努尔哈赤统一建州各部，又合并了海西与东海诸部，控制了东临大海、西界明朝辽东都司辖区、南到鸭绿江、北至黑龙江以北外兴安岭等广大地区。
努尔哈赤在统一女真各部过程中，确立了兼有军事、行政、生产三方面职能的八旗军制。
八旗士兵出则为兵，入则为民。八旗初建的时候，只分黄、白、红、蓝四色旗帜。公元1614年又增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，共为八旗。
女真人分编在八旗中，每旗可出兵七千五百人，共有兵力六万余人，其中主要为重步兵。
此外，还修筑了赫图阿拉等城堡，补充马匹和战具，屯田积粮，积极备战。
公元1616年，努尔哈赤建立后金，年号天命，称金国汗，以赫图阿拉为都城。
明朝自然意识到后金的威胁，所以，在东北设官置治，建卫设防。
万历期间，从鸭绿江至嘉峪关设置“九边”即九个重镇，其中辽东辖今辽宁大部地区。
明朝对女真各部的统治，一面以羁糜政策笼络其首领，封官晋爵赏赐财物；一面分化女真各部，使其互相对立，以便分而治之。
在明与后金对抗中，居于开原附近的女真族叶赫部，为避免被努尔哈赤吞并，依附明朝，反对后金。
鸭绿江以东的朝鲜李氏王朝，也倾向于明朝。
蒙古察哈尔部，住在归化城与承德之间，与后金对立，但同明的关系也好坏无常。
住在大兴安岭南部的蒙古科尔沁部与住在大凌河以北的蒙古喀尔喀部，倾向并依附后金，常与后金配合，袭扰辽东。