汉阳复失，武昌告急，曾国藩哀呼：“两载戎马，付之一炬。诸位将军辛苦，此过此失，皆记国藩名下。吾即请旨交部严加议处。胡林翼、李孟群二部，即刻返鄂，声援武昌。李元度，投笔从戎，速至平江募勇。萧捷三，进驻康山，即于鄱阳湖里，添造大船，添募水勇，各小舟有所依附，乃能自成一军，外防大江之贼驶船入湖，内防饶州之贼掳船出湖，相机拊湖口、梅家洲之背，应援九江战事。塔齐布、罗泽南复攻九江，长蛇之腰，务必切断。彭玉麟督率水师，上驶沔阳新堤修复；兼及援鄂。杨载福即赴岳阳，洞庭湖上，再造水师。吾即至南昌，执邀抚臣，筹措粮资，造船募勇。”
是夜，国藩上疏：奏为内河水师三获胜仗，恭摺驰奏，仰慰圣怀事。
窃水师于十二日焚烧湖口卡内贼船，乘胜冲入内河。萧捷三、段莹器等及各营长龙、三板百二十余号，挂帆上驶，行至大姑塘，尚无贼艨，即行宿泊。十三日，上至平风地方，见贼战船、民船共二百余号，图起击之。该逆自恃在湖口卡内百里，不虞我军之猝至也，大炮、群枪抵死抗拒。我军先烧其民船，贼阵既乱，及焚其战舟。凡焚船二百余号，夺获三十五号，夺炮七十余位。各三板自先日出队，小艇不便宿食，至是始得一餐。
十四日，该逆以前夕所抢我军之船，冒为官兵，自湖口驶上袭我内河之师，辅以小划百余号。时萧捷三、段莹器等已闻十二日夜老营被烧之信矣。因约各哨，寂静以待。逆船扑近，众炮齐发，群子喷飞。该逆立刻败下，纷纷凫水，击沉、烧去小划、三板共五十余号。追至湖口，见该逆搭浮桥二道，旧卡一道，关锁牢固，势难冲出，收队回泊大姑塘以上。各营官以十三所抢民船，恐其累重，为贼所乘，至是尽数焚之。外既与九江大营隔绝，内又与江省远离，银两、子药，俱无所出，不得已就取于南康。
十九日入至吴城镇，探悉逆匪由彭泽湖口而来者，约有数千人。窃据都昌县城，筑城挖壕，掳有大小船只四百余号，停泊县河，装载辎重。二十六日，水军各营官在罐子口熟商，以都昌既有逆船窃踞，倘我军一出，仍复滋扰，转不能一律肃清，不如趁此时烧尽。因派定三板、划船四十余只，营官萧捷三、孙昌国、段莹器、贺虎臣、邓冀升亲督之，于二十七日五更即开行，并派熟悉河道之翟秉茂前往指引。是晨，烟雾迷漫，严戒各船不准放一炮，出其不意，突而袭之。巳刻，抵都昌县，见逆船排于河面，大小数百号，黄旗飘拂，该逆尚未惊觉。各营蜂拥而前，枪炮齐放，火球、火箭并发，时值东南风，顷刻之间，火光贯日，将逆匪辎重船只数百号烧毁清净。贼匪击死者、扑水死者不计其数，生擒五十一名，即时正法，余匪奔入县城。因无陆兵，不敢上岸穷追，师还路过鸡公湖，有小划船三百余号，各营官带勇下水，概行烧尽，免为贼有。此搜剿都昌河内，大获全胜之实在情形也。
伏查水师自冲入内河，日夜辛勤，三获全胜，搜洗鄱湖支河，劳勤可嘉。然冒险冲入，与外江水师相隔，疏失实甚。目下外江苦乏小船，即拟赶添民划。内河水师，饬令决战冲出，两面会剿，务期力破湖口一关。所有内河水师屡胜缘由，谨会同江西抚臣陈启迈恭摺由驿驰奏，伏乞皇上圣鉴，训示施行。谨奏。
报喜折子呈上，曾国藩寝食难安，遂又奏道：水师三胜两挫外江老营被袭文案全失自请严处摺。
奏为水师三次获胜，两次败挫，恭摺驰奏，仰祈圣鉴事。
窃水师攻破贼排，陆军在梅家洲获胜，业经驰奏在案。初十日，胡林翼、罗泽南等锐意欲攻破梅家洲贼垒，负布袋囊土，人持火包，一拥而前，冲突于贼炮攒簇之间。前者虽伤，后者犹进，逼近贼墙，超跃而入。已入数十人矣，抛掷火包，误伤同入之侣，以数人负送而出。在外者误认为败退，适南头一垒贼队冲出，西路官军相率退奔，入垒者恐外队挫失，亦即退出；奔溃至三四里之遥，始行卓旗驻立，回军与战。该逆亦反奔，我军追之更急，杀贼三十余人，该逆遁入坚垒，固匿不出。
水师自初六攻破贼排后，该逆连夜将大船凿沉江心，实以砂石，仅西岸留一隘口，拦以篾缆。初十日陆军攻垒之时，约水师同攻此卡，彭玉麟、孙昌国、萧捷三等督三板各船，斩缆冲入，焚其战船三十余号，民船三百余号，毙贼约百名。我军受其隘口三面之炮，伤亡亦数十人。
十二日，陆军复攻贼垒，功逼终日，以炮多垒坚，卒不能破。水师复冲卡内，燔贼战舟三十余号，民船约五十号。自是，贼所夺江西战舟焚烧略尽，仅余夹洲内十余船。自湖口至姑塘四十里，贼艨肃清矣。此初十、十二日陆军攻垒、水师战胜之实在情形也。
营官萧捷三、段莹器、孙昌国等，欲速清鄱湖以内，遂乘胜追至大姑塘以上，从之者各营长龙、三板百二十余号，皆轻便之舟，勇锐之士，扬帆内驶，日暮不归。讵料该逆窥我军小船冲入内河，即出小划二十余号突出卡外，围我军快蟹大船，保升都司史久立首当其冲，被围良久，船只延烧，力战死亡。
是夜三更，该逆复用小划三四十号攒入老营，烧我船只，两岸贼匪数千，火箭喷筒，迷乱施放，呼声震天。
我军以内河百余小船未归，无以御之，被焚大战船九号，小者数号，杂色坐船十三号。各勇狃于屡胜之余，变起仓猝，快蟹、长龙等船挂帆上驶，李孟群、彭玉麟不能禁止。次日，悉回九江大营。
臣国藩闻信之下，不胜愤懑，战船焚失虽属无多，而百余轻捷之船，二千精健之卒，陷入鄱湖内河，业被贼卡隔绝，外江所存多笨重船只，运棹不灵，如鸟去翼，如虫去足，实觉无以自立。
副将杨载福自攻破田家镇后，即在武穴养病，因飞调来营，十七日力疾往下游进剿。行抵浔城十五里之张家洲头，贼船已分两路上犯。杨载福派哨官张荣贵、陈金鏖等由新河下击，自率各哨由老河下击，澄海营官何敦五亦由老河随剿。鏖战良久，该逆败退下窜。追至老湾，其快蟹船贴靠北岸，陆贼护之，不能夺取。炮毙贼数十名，我军哨官沈光荣阵亡。
张荣贵等自新河下者，遇贼三板及小划约三十只，我军九船胜之，追至湖口县，绕出老河，与杨载福会合。两路凡焚船二十六号，夺船五号，四更收队。此十二夜水师败挫、十七日进剿获胜之实在情形也。
自十二夜水师失利后，贼之凶焰顿长。梅家洲之贼，夜夜往扑胡林翼、罗泽南等营，赖并力坚守，得搓凶锋。湖口之贼，渡江上犯，扎营九江对岸之小池口。二十一日，臣等派副将周凤山渡江击之。四更渡毕，黎明开仗，该逆猝不及防，踏平贼营一座，杀贼百余。江边一支，追出街外；堤内一支，因抢夺马匹、衣物，为贼所乘，先胜后挫，被迫七八里之遥。
臣等酌商，以水师既陷内河，陆军复挫小池口，遂调胡林翼、罗泽南三军由湖口回剿九江。
二十五日驻扎南岸官牌夹。是夜三更，浔城与小池口两岸之贼，各抬小划数十只入江，乘月夜迷漫，攒入我军船夹内，火蛋、喷筒、百支齐放，右营被烧战船一只，各哨慌乱，挂帆上驶，臣国藩坐三板督阵，禁黑夜不许开船。江阔船多，莫能禁止。该逆已用小划数十，将臣坐船围住。管驾官广东把总刘盛槐、李子成，监印官安乡县典吏潘兆奎，文生葛荣册阵亡，文案全失。臣国藩遂饬各战船与罗泽南陆营紧相依护，而遣人四出追回上驶之船。黎明陆续归队，复将贼船追击，夺回船三只。此二十一日陆军先胜后挫，二十五夜水军复挫之实在情形也。
伏查水师自岳州以来，屡获大捷，武汉、田镇，声威尤震。自至湖口，苦战经月。破排焚船，费尽力气，贼舟所存无几。讵意各营长龙、三板过于勇鸷，冲入内河，竟夜不归；而外江老营，两次为该逆所偷袭，实堪愤恨。皆臣国藩调度无方所致。应请旨饬部将国藩交部严加议处。
广东保升蓝翎把总刘盛槐、保升把总李子成、典吏潘兆奎，请交部照例议恤。哨官保升都司史久立，奋勇忠直，为合营所推服，请照都司从优议恤。候补把总李允升、李选众，或中炮阵亡，或烧伤殒命，均请交部议恤。蓝翎军功沈光云，田镇案内拟保把总，尚未出奏。文生葛荣册，襄办劳勘，田镇案内拟保主簿，尚未出奏。吁垦天恩，沈光云即照把总例赐恤，葛荣册即照主簿例赐恤，其余查明案例办理。除内河水师屡获胜仗，另摺奏报外，所有水师三胜两挫缘由，谨会同湖广总督臣杨霈、江西巡抚臣陈启迈恭摺由驿具奏，伏乞皇上圣鉴，训示施行。谨奏。
咸丰帝谕曰：曾臣自出兵衡阳后，与塔齐布等协力同心，扫除群丑，劳苦功高；此次水师锐气过甚，由湖口驶至大姑塘以上，长龙、舢板各船与外江师船隔绝，以致逆氛顿炽，两次被贼袭营，办理未为得手。实属偶遇小挫，尚于大局无损；自请严议之处，着加恩宽免。联攻九江两月，贼已至疲，竭力再攻，定能克复。朕阅前摺，曾臣屡曰：能保武昌，则能扼金陵之上游，能固荆襄之门户，能通两广、四川之饷道；若武昌不保，则恐成割据之势。今武昌岌岌复危，曾臣亟应分兵再援！江南向荣，再不宜怠，即刻督饬吴全美水师上驶，联通九江曾国藩部。庐州福济、和春，围庐之际，务必分击舒城、巢县、庐江等城，拱卫沿江航道，应援吴全美水师。
和春领旨，即令秦定三再攻舒城，李鸿章袭扰含山。
向荣接旨，疏曰：现在红单等船攻上，料可牵制芜湖之贼，不敢复乘内犯。一俟邓绍良回抵黄池，即统率兵勇出取芜湖。并抽兵驰会高淳防兵，出剿天平、金柱关之贼，并上芜湖，就彼水陆屯扼，则苏常门户以固，江皖贼援以断。再分舟师、陆兵上剿安庆，迎合九江楚师，下扫沿江，合围金陵巢穴。
曾国藩接旨又叹：“三月以内，吾固于长江、执于九江，意一蹴而就，一劳永逸。无奈时势骤转、圣意难却。速传吾令：王国才督率本部人马，再援武昌。”
一日，常州人士周藤虎求见。
曾国藩道：“林公则徐曾曰：弢甫我辈中人也，未可以平常幕客蓄也。快快备茶。”
周藤虎进见，道：“自古成事，皆用心人。周某遍历下游无一人知此，必致溃败后已。公虽暂息，然成事者必公也。”
曾国藩道：“水师新败，周公可有力挽狂澜之策。”
周藤虎道：“舍弟赵烈文，青年才俊，略有雕虫小技。”
曾国藩道：“吾即咨文叩请。”
周藤虎笑曰：“曾公客套，黄口小子，何须用叩！吾已书信嘱之，不日即至。兵者，近研甚少；况曾公属下之胡、塔、罗、杨、彭等人，皆是旷世难逢之将才。粮饷经济者，有王来取法，无佛处称尊。征商税，纳者以厘金，饷大裕，数十年间海内踵之，虽名臣巨公勿能变也。刑部侍郎雷以諴于扬州首创纳厘金以充饷银，曾公试行否？”
曾国藩喜，遂请周藤虎随郭嵩焘筹饷。