坤宁宫作为皇后的正宫，历史久远，相沿不变。宫殿的设计与建造，都是围绕皇后正宫这个基本功能的。但是，清朝迁都北京后，将满洲的宗教传统、民族习俗，也带到北京紫禁城里的坤宁宫。为适应宫廷萨满祭祀的需要，对原明坤宁宫进行了重大的改建。
顺治十二年（1655年），清朝按照盛京（沈阳）皇宫清宁宫的功能与格局，对原明坤宁宫加以改建，使其既适用于宫廷萨满祭祀，又具有皇后正宫的双重功能。具体说，有六点。
第一，正门东移一间。坤宁宫共有9个（实际11个）开间，其正门由明代居中而改在偏东一间。大家参观故宫，到交泰殿后、坤宁宫前，首先看到的是巨大条石铺设的甬道，在坤宁宫门前的正中。原坤宁宫的门有所变动，在偏东一间另开一个门。所以这个实际开关的门已不在正中，就是不在子午线即中轴线上。我们知道，永乐朝建紫禁城时，南北向主要宫殿殿门，都坐落在子午线即中轴线上。但现在看到的，只有坤宁宫的门不在子午线即中轴线上。
第二，祭祀活动场所。坤宁宫正门开在偏东一间，在宫内这个空间东北角隔出一小间，安设煮肉的三口大锅，用作煮祭肉；外设包锡大桌二张，用作杀猪、切肉，并设做供品打糕时的用具等；当中空地，为萨满祭祀时用。经测量：灶台长602.5厘米，宽222厘米，高43厘米；灶台上三口大锅——西锅内径103.5厘米、深33.5厘米，中锅内径132.5厘米、深78厘米，东锅内径110.5厘米、深77厘米；包锡大案长140.5厘米，宽86.5厘米，高73厘米。
第三，三面连通长炕。正门迤西三间，铺设西、北、南三面连通大炕，俗称“万字炕”。满洲习俗，西为上，北其次，南再次。关外时期，西炕不住人，墙上奉“祖宗板子”，供祭祀用。北炕为大，长辈睡北炕。这种连通大炕的烟道是连通的。关外冬天寒冷，为节省能源，用这种节能型连通火炕。朝祭在西炕，夕祭在北炕。祭毕，帝后召集满洲王公大臣等在南炕吃胙肉（祭神后的猪肉）。
第四，宫前设置神杆。坤宁宫门前东南向，安放石座（有孔），石座上插满洲祭神祭天的神杆。
第五，改变窗户装饰。按照关外习俗，窗纸糊在窗外。有句东北民谚：“关外有三怪——窗户纸糊在外，十八岁的姑娘叼着大烟袋，生下孩子房梁吊起来。”可见坤宁宫的窗户纸糊在窗外是关外的习俗。同时坤宁宫后墙靠西，矗立烟囱，为宫内祭祀煮肉时走烟用。
第六，帝后大婚喜房。坤宁宫东边两间暖阁，称作东暖阁，为双层，是皇帝和皇后结婚的喜房，也就是民间所说的洞房。
总之，坤宁宫的内部，按其使用功能，分为三个区间：（1）东区，为皇后正宫，又作为帝后大婚喜房；（2）中区，为萨满祭祀杀猪、煮肉、打糕的操作间和萨满祭祀场所；（3）西区，为皇家吃祚肉的宴会厅等。因此，上述建筑改造，都具清代皇家宫廷特色：坤宁宫既是爱新觉罗氏皇家祭神祭天的场所，又是帝后大婚的喜房。