且说，李自成刚从北京败退入山西，便在山西的娘子关、大同、太原、晋南、长治等地留置了大量兵力，结下了一条看似牢不可破的防守阵线，这才与刘宗敏引兵返回西安。
岂料，李自成才一转身，原本从大明阵营投入大顺的姜瓖和唐通等先后被大清诱降，大同及紧靠大同的晋北五县代州、繁峙、崞县等均落入清军之手。
而唐通袭击大顺方面军大将李过得手，山陕非但九县易主，而且山陕北部门户大开。
六月，清军自晋北而入，直逼山西省会太原。
七月、九月，清朝增派军队驰入晋地。
因大顺军兵力大部分已经撤往西安，且山西所属军队各自为战，太原城岌岌可危。
十月，清军更调来重炮部队对太原城展开连续不断的轰炸，城墙被轰塌了数十丈，清军蜂拥而入，孤立的大顺军抵挡不住清军潮水般的进攻，太原陷落。
清军又乘胜于十月底攻占了永宁州，十一月占领平阳。
这样，李自成防御山西的部署基本流产。
但这还没完，清政府又派出和硕英亲王阿济格为靖远大将军统兵自北而来，随同有尚可喜、吴三桂所部，出陕北榆林向延安和西安进攻。
为了挽回败局，李自成决定对清军还以颜色。
一六四四年十月，李自成放弃曾经许诺“三年不征”的施政纲领，大肆征粮，征军二十五万，向河南怀庆地区的清军发起大规模反攻。
这次出击分由晋南和关中出发，电闪雷鸣，很快攻克济源、孟县，直扑河南怀庆，击毙清怀庆总兵、汉正黄旗将领金玉及其副将常鼎、参将陈国才。
尔后，大顺军乘胜进攻怀庆府沁阳县。
清卫辉总兵连夜领兵进城固守待援。
原本，清政府已经分兵两路，一路由多铎率领南下攻打建立不久的弘光政权，一路由阿济格率领从榆林进兵西安剿杀大顺政权。李自成这一反击使清朝首脑人物多尔衮清醒了——大顺政权才是大清入主中原的真正障碍。
由是，多尔衮临时改变了计划，命令多铎改变进军路线，直取潼关，和阿济格一起合力消灭大顺军。
这就是高杰北伐前夕多铎由南下改为西进的原因。
阿济格部在榆林与大顺军的主力高一功部、李过部已多次激战，互有杀伤。
十二月，多铎军出孟津开至陕州，进攻陕西的门户潼关。
面对清军的两路攻势，李自成考虑再三，最后选定潼关为防御重点。
由于清军所依赖的红衣大炮尚未到达，决战前半阶段，清军以防御为主。而李自成急于打退多铎，以便尽快回援榆林，他与刘宗敏、刘芳亮等将轮番出关主动进击，昼夜不息地攻打清军的兵营，却均为清军所败。
一六四五年元月初九，清军重炮运至，双方的攻防发生了逆转，大顺军数战不利，只好凭关坚守。
可是，时间已不容李自成再有转圜之机了。
在陕北攻打榆林的阿济格留下明降将姜瓖与高一功等人缠斗，自己带着北路清军主力直扑大顺朝的国都西京（今西安）而来。
分身乏术的李自成急红了眼，带大部队匆匆回援西京。
大顺军主力一撤，潼关便落入多铎之手。
多铎和阿济格两路大军即对西京形成合围之势。
西京城内的粮食储备匮乏，难以固守，李自成和刘宗敏、宋献策、牛金星等商议再三，决定放弃西安，自蓝田经商州出武关，挺进河南内乡、湖北襄阳一带。
河南内乡、湖北襄阳一带是大顺政权比较稳固的根据地，崇祯十六年（1643年），李自成在襄阳称新顺王，而且襄阳、承天、德安、荆州等襄京四府尚有大顺将军白旺所领七万守备部队，临撤退前，李自成又如撤离北京前例，下令部将田见秀将西京城烧成白地。只是田见秀心有不忍，只点着了东门楼和南月门楼，百姓房屋、粮仓并未烧毁。
多铎大军在火光中涌入西京，阿济格则马不停蹄，从河南西部咬住逃离的大顺军不放，边追边打，前后共打了八仗，一直打到江西九江。
由于阿济格追得太凶，李自成不得不又一次改变了计划。
李自成原先从西京逃奔湖北，是想驻襄阳而守。然而，到了襄阳，李自成已经彻底被清军打怕，他改变了主意，准备放弃襄阳，抢在清军之前占领弘光政权盘踞的富庶江南。
为保证实现一克而定南京的战略目标，李自成将镇守在襄京的七万守备队与自己所带部队进行了合编，组成了南征军。
可以说，李自成已经是慌不择路，昏诏迭出了。
要知道，陕西既失，襄京就是大顺唯一的根据地了，而且襄京的群众基础好，湖北又是鱼米之乡，供应充足。而退一万步说，就算要夺取江南，也必须坚守襄阳，以免出现后顾之忧。现在尚未染指江南，而襄阳已弃，到头来不免进退失据，难觅立足之地。而且，缺乏接济的孤军，仅凭流动作战，又岂可轻得江南？
可是，李自成心乱如麻，已顾不了那么多了。
一六四五年三月，李自成率领二十万大顺军及三十万家属，共计五十万人的庞大队伍，由襄阳、承天向汉川沔阳推进。
李自成的大动作一下子就把驻守武昌的南明宁南侯左良玉吓傻了。
左良玉手下兵多将广，有八十万之众。可这八十万人鱼龙混杂，什么样的人都有，兵痞、流民、盗贼，那些乱世混战中出现的游兵散勇更是占了大部分，队伍虽然庞大，却参差不齐、纪律松散、人心不奋。
左良玉很清楚，凭借这支规模庞大的队伍，自己可以盘踞一方，吓唬吓唬各路蟊贼，抬高自己的身价，向南京政府呼风唤雨，索粮索饷。但统兵多年且与李自成多次交手的左良玉也深知，凭借这支队伍贸然与席卷而来的大顺军对抗，前景并不美妙。
怎么办？
关键时刻，有人给他支招了。
这人就是湖广巡按御史黄澍。
原先左良玉为了窥探南京政府的虚实，曾授意黄澍前往南京拜谒弘光。
到了南京，黄澍自恃有左良玉撑腰，飞扬跋扈，谁都不放在眼里，并且当着满朝文武的面痛殴马士英。
因为这事，马、黄两人结下了梁子。
马士英挟私报复，暗中使人诬告黄澍，免了黄澍的官职。
丢官弃职的黄澍窝了一肚子火，在左良玉耳边没少说马士英的坏话。
南渡三案被传得沸沸扬扬之时，黄澍更是抓住机会，天天在武昌痛陈南京太子的冤情，力劝左良玉发兵向南京“清君侧”。
现在，大顺军汹涌压境，左良玉束手无策，黄澍旧话重提，趁机大肆撺掇左良玉以“南都太子案”为借口，提兵东下，一则可以避敌兵锋，二则可以树威于朝廷。
听了黄澍的提醒，左良玉茅塞顿开，大声叫好。于是，向外声称“本藩奉太子密旨，率师赴救”，“入诛奸臣马士英”。
为了占据政治舆论制高点，左良玉先向弘光帝上疏给马士英开出八大罪状，然后大发檄文，指责“奸臣马士英，根原赤身，种类蓝面。昔冒九死之罪，业已侨妾作奴、屠发为僧；重荷三代之恩，徒尔狐窟白门、狼吞泗上。”使得“群小充斥于朝端，贤良窜逐于崖谷。”称自己：“愿斩贼臣之首，以复九京；还收阮奴之党，以报四望。”又说：“燃董卓之腹，膏溢三旬；籍元载之厨，椒盈八百：国人尽快，中外甘心！”满满都是正能量。
一六四五年三月二十三日，左良玉派兵把武昌烧掠一空，然后劫持湖南巡抚何腾蛟一起沿长江东下，直趋南京。
攻占了西安的清多铎部经过短时间的休整，将西安交给大清陕西三边总督、汉官孟乔芳打理，自己由潼关潜至河南洛阳附近，集结起从蒙古、满洲发来的兵马，做好了征伐南明的准备。
二月初七，兵马集结完毕、粮草备足，多铎分兵三路，一齐往归德杀来。
与此同时，远在北京的多尔衮又令原驻山东的清军偏师沿大运河水陆并进，直奔徐州而来。
也就是说，左良玉沿江东下之际，南京朝廷也已面临清兵北来的威胁了。
以南明现有兵力，很难同时展开两线作战，怎么办？先防“左”还是先防“清”？
这事儿在马士英看来，根本不用思考：防左！
他让兵部尚书阮大铖会同靖南侯黄得功、广昌伯刘良佐以及池口总兵方国安等人组织堵剿。其中的黄得功部被调到长江以南的太平府（府治在当涂，辖芜湖、繁昌三县），刘良佐军部署于对岸江北。
对此，朝内众多大臣均不同意，他们一致认为：“左良玉的事儿可以缓一缓，从北而来的清军来势凶猛，千万不能撤离江北的兵马，应该固守淮安、扬州，控扼颍州、寿州。”
其实，早在一六四四年十二月，御史沈宸荃就为南京政府明白无误地指出了大顺和大清到底谁才是真正的敌人了。他说：“虽然大清、大顺均是国家的大仇人。但自从辽东开启战事的三十年来，国家兵力、财力全是被清人所耗尽，这才使得李自成贼寇趁势而起。清人等李自成恶贯满盈后，便巧借复仇之名，窃取了我燕齐之地。由此可见，我中国从头到尾都在遭受清人祸害。故目前之策，防清人为急，李自成贼寇为次。”
沈宸荃大力疾呼，要国家一举一动都要为防御清军为根本。
弘光的思想也已经从讨“贼”转换为“防虏为急”，命令兵部重新制定战略方针，将抗清作为当前的首要任务。
弘光帝坚信，即使左良玉闹得再厉害，都还是自己人，危险主要还是来自清军，不同意让江北兵马过多调离汛地，说：“刘良佐兵还宜留江北防守。”
马士英不干。
马士英觉得，左良玉的旗号是“清君侧”，完全是冲自己来的，左良玉来了，自己肯定玩儿完。气急之下，当场发飙，指着众大臣大骂道：“你这些东林党人，不就想以防御清军为借口，故意纵容左贼入南京吗？哼哼，清军来了，我尚可以与议和，左贼来了，你们依旧做高官，我和圣上两人只能赴死了！老夫已经调刘良佐的军队过江了。老夫宁愿死于清军之手，也决不能死于左贼之手！”
不仅如此，马士英还变本加厉，要弘光帝手诏命督师大学士史可法抽调兵马过江拱卫南京。
史可法的想法和弘光相同，他给弘光上疏称：“左良玉不过欲除君侧之奸，原不敢与君父为难。若清兵一至，则大势去矣，不知辅臣马士英为什么这么糊涂！”
弘光由是劝谕马士英道：“左良玉虽不该兴兵以逼南京，然看他本上意思原不曾反叛，如今还该守淮、扬，不可撤江防兵。”
马士英已发狂发昏，满口叫嚷道：“有异议者当斩！”
弘光在马士英歇斯底里的叫嚷下沉默了。
这样，史可法被迫于四月初二日领兵过江，至草鞋峡，已得黄得功等部初战左军捷报。但史可法仍不敢怠慢，请求入朝召对，自陈愿亲至左营与左良玉谈判。
这时，多铎部清军已经抵达归德，形势紧急。
马士英不敢要史可法拱卫南京了，更不敢让史可法去和左良玉谈判，让弘光给史可法下旨：“西面来自清军的威胁危急，爱卿专心料理；待奏凯后见！”
史可法接了诏书，叹道：“奏凯”二字，谈何容易！诚如上所言，面君不知何日矣！
当日，在南京城郊的燕子矶上口占《燕子矶》一诗：
来家不见母，咫尺犹千里。
矶头洒清泪，滴滴沉江底。
向南面拜了八拜，恸哭而返。
因为南明屯驻在江北的部队已大量南移，清军南下极其顺利。三月二十二日，清军攻陷归德城。
归德一失，安徽北部门户大开，且自归德至象山八百里间，南明并无一兵一卒防堵，扬州、泗州、徐州之地，势如鼎沸，人心惊恐。
自南京返回扬州的史可法也方寸大乱，一天之内连发三次令箭：上午令应廷吉率军前往浦口会剿左良玉部叛军；中午令诸军集中扬州听调；下午又说盱眙告急，命令应廷吉率诸军赶赴天长接应。
接到指令的应廷吉大感失望，对诸将说：“史阁部方寸已乱，怎么可以发布这样一日三调的军令！”（应延吉《青磷屑》卷下）
考虑到清军一旦占领了徐州，即会分兵进围盱眙和泗州，盱眙一失，即清军便可自盱眙东南直抵淮安，或由从正南出发，长驱直下扬州，或由从西南出发，径抵浦口。
因此，坐立不安的史可法于四月十一日赶赴盱眙，檄调黄得功、刘泽清等镇兵驰援。
四月十二日，史可法刚刚赶到天长，盱眙已经失守。
怒急攻心的史可法既而想进援泗州，但还没等他抬腿，又传来泗州守将降清的消息。
史可法悲愤莫名，冒雨拖泥，在一日一夜奔入扬州。
四月十三日晚，清军顺利渡过淮河，兵锋直指扬州。