其实，四月初二日史可法从南京城郊的燕子矶返还扬州之时，左良玉部已经发生了天翻地覆的巨变。
且说，四月初一日，左良玉兵至九江，盛情邀请驻节于九江的“总督江楚应皖等处剿寇事务”袁继咸到舟中相见。
左良玉这么做的目的，是想说服这位朝廷大员和自己一起前往南京，使自己的行动更具正义性。
见了袁继咸，他便从衣袖中取出“皇太子密谕”，大谈特谈“清君侧，救太子”的必要性。
袁继咸对那份“密谕”看都不看，直言“皇太子”真伪未定，“密谕”“不知何人传来”，恳请左良玉说：“先帝之旧德不可忘，当今圣上之新恩不可负。”
同时，又向诸将下拜，请求他们“爱惜百姓”。
左良玉为自己的行为辩护说：“谋陷太子，臣下所为，与当今圣上无关。若爱惜百姓，大家本心，先生何必过虑？”又拿出之前的“誓文、檄文”给袁继咸看。
袁继咸看过二文，不置可否，等回到九江城，即令部将加强防守，誓死不许左兵进城。
可是，九江城守将张世勋贪生怕死，看见左军势大，竟在夜间纵火焚城，劈门而出。
左良玉部得以呼啸而入，四下杀掳淫掠。
被左军抓获的袁继咸心如死灰，多次从左良玉部张应元的舟中跳入冰冷的江水，却均被救起。
左良玉被袁继咸的忠国之心所动，一再辩白自己并没有叛朝廷的意思，要袁继咸和自己一道东下调护兵将。
黄澍看左良玉要改变主意，慌了，指责袁继咸说：“宁南侯（即左良玉）无异图，公以死激之，大事去矣。”
监军李犹龙和副将李士春也力劝说袁继咸不要就此枉死，不如留下一条性命以观时变。
看左良玉有望回心转意，袁继咸便不再求死，要求左良玉及其麾下诸将不得烧杀抢掠、伤及无辜。
这时的左良玉已患病多日，身体并不好，听说自己的士兵在屠杀九江城百姓，不由得浑身战栗，颤声道：“此我兵耳，我负袁临侯也。”呕血数升，病遂革。
左良玉死后，部下诸将推其子左梦庚为留后，把袁继咸拘禁在船中，继续引兵东下，先后占领彭泽、东流、建德、安庆，直逼太平府。
左军虽然势大，但黄得功部已经调至太平府。
黄得功主动引军于灰河、荻港向左军邀战，二战皆捷，打得左军落花流水。
左军的势头已经被杀下来了，但四月十四日，弘光帝朝武英殿大学士王铎竟然认为马、阮组织抵御左兵不力，请求率军抵御左兵。
马士英当然不肯就此放下兵权。
这样，过了两天，王铎又上疏说：“臣通过侦察查知我军安置在紫金山至龙潭一带的兵力不足七百人，枢臣马士英却虚报有数十万之众，这都什么时候了，还用这种谎话来欺骗君王以邀宠称功？”接着说：“这种情况恐怕不能持久，如若左良玉的乱兵得乘胜顺流而下，你我君臣将死无葬身之地。现在请皇上将兵部尚书的印纛正式授予老臣，老臣愿意竭尽全力向西迎敌，以当其来势，以报答朝廷。”
王铎这么急不可耐，这么积极主动，显然是感觉到南京难守，急于取兵权以自保了。
王铎能有这样的预感，马士英当然也能觉察到死亡即将到来的气息，表面上自欺欺人地说：“清兵虽然屯驻在河北，但李自成的兵威尚在，他们还有后顾之忧，岂敢南下投鞭问渡？并且，强弱之势，也不是固定不变的，当年孙吴在赤壁之战中仅有兵三万，东晋在淝水之战中仅有兵八千，一战安江左；何况我国家全盛，兵力万倍于前朝，堪可荡绦宇内、痛饮黄龙，愿众位大臣共勉共励。”
马士英嘴里说得漂亮，暗中却做了拥兵出逃的准备，事先任命其次子马銮为京营总兵，牢牢掌握了兵权。
不日，扬州失守、江北的高杰余部在其子高元照、提督李本深、徐州总兵李成栋带领下降清，刘良佐在其弟策反下降清，刘泽清率部乘船逃往海上的种种不利消息传入南京，弘光朝廷顿时陷入一片惊慌失措之中。
五月初五日，清军进抵长江北岸，初八日，军驻瓜州，排列江岸，沿江窥渡。
在江岸京口（今江苏丹徒）一带负责江防的是海盗出身的总兵官郑鸿逵、郑彩，手下的福建水师有近三万余人，但他们守江并不尽责，只是时不时派巡哨船游弋江中。
另外，黄斌卿、杨文骢兵列南岸，每天只是应付似的向江北开几炮，仅此而已。
初八日夜，西北大风正紧，大清众兵掠民间案桌及扫帚，将帚系缚桌腿上，沃油燃火，昏夜乘风放入江中，顺流而下，火光彻天。
明军见了，以为清军乘夜渡江，黑暗中不敢迎战，只从江岸发大炮阻截。
不过，风顺水急，这些燃烧着火把的桌子还是在炮火中迅速地向下流漂去。
炮火就更加密集了。
炮轰了一夜，南明驻军的炮弹几乎用尽。
初九凌晨，大雾横江，多铎命梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄、杨承祖等部自备大小船一百余只在瓜州以西十五里开闸放行，蔽江而南。
郑鸿逵、郑彩一下子就慌了手脚，不战而逃，各扬帆往东而遁。
在郑鸿逵、郑彩的带头之下，江南之师，一时皆溃，武弁各抱头鼠窜。
长江天险就此丢失。
清军自金山登上南岸占领镇江。
杨文骢带领二百五十余名贵州兵逃窜南京，嘴里惊呼：“清人已经渡江！清人已经渡江！”
南京城里，瞬间炸了锅。
保国公朱国弼屏人密奏，建议弘光出狩。
弘光慨然道：“太祖陵寝在此，走安往？惟死守耳！”
司礼监韩赞周眼看火烧眉毛，同样劝弘光道：“南京兵单力弱，现在守是守不住的，议和也和不成，陛下只有亲征（出逃的代名词），济则可以保社稷，不济亦可以全身。”
韩赞周的话，弘光总算听了进去。
初十凌晨，弘光在马士英等人的护卫下弃城出逃。
弘光一走，群龙无首，文武百官心乱如麻，一时惶惑无为。
而挟破扬州之威的清军已兵临城下。
多铎扬扬自得，四发文告，称：“此前我大清天兵抵达扬州，扬州官员军民婴城固守。本王痛惜百姓性命，不忍心攻城，事先将负隅顽抗的恶果全都说清楚了，一连等待了好几天，无奈扬州官员终于抗命不遵。我大清军只好被迫攻城。屠戮并不是本王的本意，乃是不得已而行。以后，我大清兵所到之处，若有官员军民抗拒不降，一律按屠戮扬州的方式进行。”
也无怪多铎得意，正是扬州血屠的震慑作用，江北江南的明朝官军非逃即降，高杰部官军及刘良佐部镇兵纷纷投降，降清的总兵多达二十三员、副将四十七员，马步兵共计二十三万八千三百名。
这近二十四万人的军队，在人数上远远超过了受降一方多铎、阿济格两路兵力的总和。
此外，左良玉之子左梦庚带领麾下十五员总兵全军降清，清军人数陡然猛增，累然已有五六十万兵力！
重兵摧城，南京守备勋臣忻城伯赵之龙为首的众多勋戚大臣心惊胆战，力排众议，献城降清。
赵之龙说：“扬州已破，若不迎之、又不能守，徒杀百姓耳！唯竖了降旗，方可保全。”
形势不由人，众人大多默认了此议。
十五日，清军兵不血刃，耀武扬威地从洪武门进入大明故都南京。
十六日清晨，豫王多铎受南明百官朝贺。
一时间，往多铎营中递职名参谒的南明官员密繁如蚁。
时人张怡慨叹道：“清兵入城，百官争投职名求用，前定北来诸臣之罪喙长三尺者，至是膝软于绵，面厚于铁，不自觉矣。”
在这大是大非、忠佞之分、生死之间的关头，作为东林党领袖的礼部尚书钱谦益会做出怎么样的选择，是时人所关注的焦点。
坊间传闻，钱谦益原拟效法屈原投水殉国，然而到了湖边，却以“水冷”退缩。
还有人揶揄记述说：“豫王下江南，下令剃头，众皆汹汹。钱牧斋忽曰：‘头皮痒甚。’遽起，人犹谓其篦头也。须臾，则髡辫而人矣！”
比较真实可靠的情形却是弘光朝兵科右给事中吴适所记，据吴适所记，他在五月十三日晚往少司马梁云构家商议应对当前形势的策略时，知文武大臣已修降表赴清营投降了。十四日大雨，两人一同拜访钱谦益，没能见到，但钱谦益派人递话，说：“你们两人应该赶紧逃往浙中另择明主拥戴，以图兴复大明。”这说明钱谦益虽已附众降清，却仍寄希望于兴复明朝。
为使江南免遭屠杀，钱谦益违心地“称北兵为夏商周三代之师，谆谆劝邑中归顺”，他以赵之龙的名义发檄四方，谕命降顺，云：“自辽、金、元以来，由沙漠入主中国者，即使以有道代替无道，国人无不拒绝友好而兴兵敌对。试想想，自古以来，可有以讨贼兴师、以拯救援助奋义逐我中国不共天之贼，报我先帝不瞑目之仇，雪耻除凶，高出千古如大清者乎？可有肃清京阙盗贼、修治山陵，安先帝地下之英魂、臣子狱中之哀痛如大清者乎？又可有护持我累朝陵寝、修复我十朝宗庙，恤怜大明诸藩、安顿大明残民、重用大明遗臣、施行大明旧政，恩深谊重、仁至义尽如大清者乎？堪叹我大明权奸当国，大权旁落，大清派遣陈洪范回来传达通好之意，陈洪范却隐而不报，使得大清不得不兴师问罪。但大清兵到了淮、泗，犹自屯兵不进，其意不过要等待一名两国通好的使者。自古未有以仁礼雍容揖让如大清者也。所谓助信佑顺，天与人归。现在大清渡长江而风伯效灵，入金陵而天日开朗。千军万马寂无人声，白叟黄童聚于朝市。夏商周三代仁义之师，不过如此。凡我大明藩镇督抚，谁非忠臣？谁非孝子？现在当识天命之有归，知大事之已去；投诚归命，以保亿万百姓性命。此乃仁人志士之所为，大丈夫以之自决。请诸位三思而尽快行动！所言不虚，有如皎日。”
虽然绝大多数臣民迫于形势选择了降清，但仍然涌现出了一些舍生死取大义的英雄好汉。
这其中，南京镇守太监韩赞周就以自己一介刑余之躯为“男子汉”三个字做出了诠释！
他得知清军入城，当即上吊自杀，以身殉国。
说起来，弘光朝对韩赞周是很不公的。
弘光登位，为了报答自己的恩人“胎里红”卢九德，就把韩赞周的地位夺下交给了卢九德。
而卢九德小人早已剃头投降了清朝。
在这次南都失陷中死节最早者当为钦天监挈壶官陈于阶，其看见国势已经堕地，早于五月十二日自缢。
刑部尚书高倬是六部中殉国的最高级官员，忠州人，服毒自杀。
户部郎中刘成治字广如，汉阳人，崇祯朝进士，他看见赵之龙入户部封库以迎降大清，愤怒至极，对赵之龙伺以老拳，但赵之龙挣脱，逃了。刘成治看着赵之龙远去的身影，索笔题壁：“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳。”从容自缢。
吴可箕，字豹生，南京人，国子监生，其眼望清军如流入城，自投鸡鸣山关帝庙缢死。
中书舍人陈爊及和他的举人儿子陈伯俞也自尽报国，数日后才被家人发现。
户部主事吴嘉胤起初曾到方孝孺祠投缳，为家人所阻，后冠带谒孝陵、登雨花台，自绝于宋杨忠襄墓松树下。留书上清豫王多铎：一请善待故君，一请禁伐孝陵木，一请封太祖后人。
王赞明，邳州人，国子生，亲自到相山挖掘自己的墓穴，与亲友作别，说：“此地当往来之冲，吾不死于家而死于此，使过而见者有动心焉！天下事未可知也！”
中书龚廷祥，南都陷，廷祥具衣冠，别文庙；登武定桥，睹秦淮河叹：“大丈夫当洁白光明，置身天壤；勿泛若水中凫，与波上下。”慷慨投水死。
秦淮河百川桥下行乞的一个不知名乞儿，也悲愤于国亡，在桥上题诗：“三百年来养士朝，如何文武尽皆逃。纲常留在卑田院，乞丐羞存命一条。”也投淮河自杀。
相较赵之龙之类高官的贪生怕死，时人叹息道：“嗟夫！国家无事，公卿大臣享其尊荣；不幸有变，儒生小臣奋其义烈。时势使然，曷足怪哉！”
死难忠臣烈士中，最值后人敬仰的是建昌新城人黄端伯。
黄端伯，字元公，别号海岸，崇祯朝进士，初授宁波推官，后改任杭州，曾有一段弃官遁入庐山雪桥为僧的经历，因朝廷一再促请，才不得已束发复出。
弘光在南京登位，黄端伯授主事。清兵渡江之日，弘光出走、廷臣潜遁，黄端伯端坐府门，岿然不动。
赵之龙和朱国弼等人召集群僚开会讨论应对之计，人怀异心，日中不决。黄端伯抗声道：“今日之事，从驾为轻，保国为重，吾辈当图其重。”众皆默然。
次日，赵之龙等人率群臣大开洪武门伏谒迎多铎入宫。黄端伯大怒，提笔在自己家门书一行大字，云：“大明礼部仪制司主事黄端伯不降！”
多铎大感惊奇，派人前来邀见，黄端伯坚卧不起，来人便来横的，将黄端伯捆送多铎。
见了多铎，黄端伯死活不跪，面南趺坐。
多铎责问道：“尔以弘光为何如主，而欲为之死？”
黄端伯头也不回，傲然答道：“天王明圣。”
多铎冷笑，又问：“马士英何如？”
黄端伯语气不变，答：“马士英忠臣也。”
多铎大笑，说：“士英何得为忠臣？”
黄端伯大声答道：“不降而护太后入浙，何谓不忠？”一句话说完，扭头指着站在多铎身边的赵之龙等人说：“此则不忠之大者。”
多铎耸然动容，说：“素闻先生耿介、孤直，今欲相荐何如？”
黄端伯哼了一声，将头扭回不答。
多铎又说：“闻尔好佛，若以善知识礼相待何如？”
黄端伯闭上双眼，再不说话。
多铎赞道：“南来硬汉，仅见此人。”吩咐收入狱中。
黄端伯在狱中言笑如平常。
有门生入狱探望、劝降，黄端伯怒骂，掷之以砚。
在狱中禁闭一月，多铎派人问：“先生降与不降，决于今日。”
黄端伯笑道：“吾志遂矣！”
清兵押他出通济门，到了水草庵，黄端伯整肃冠履，昂首引颈受刃，说：“愿毕命于此！”
从容就死的神态让行刑的刽子手心惊得手颤刀坠。
黄端伯哈哈大笑，教他说：“何不直刺吾心？！”
随而观者千百人，皆持香哭拜。