这次会攻湖北战役的失败，主要责任在于何腾蛟、章旷没有按原定计划从岳州北上进攻武昌，并且扼守城陵矶一带长江航道，致使清朝勒克德浑部如入无人之境直趋荆州；堵胤锡、李过等人以为岳州一带有何腾蛟指挥的军队，不会有东顾之忧，注意力全集中于荆州，结果遭到清军主力偷袭，一败涂地。
而可怜复可笑的是，何腾蛟败走之时，以为堵胤锡取荆州乃是十拿九稳，为了掩盖自己的无能，先一步向隆武朝廷上疏表功，称自己已经“收复”了荆州。
被蒙在鼓里的隆武帝因此于隆武元年正月初二日喜形于色地对群臣说：“昨据楚督何腾蛟有荆州恢复之报。”
在隆武帝看来，何腾蛟既然忠心耿耿，又英勇善战，现在又新建大功，该是自己脱离郑芝龙的时候了。
于是，隆武帝一而再、再而三地向何腾蛟呼救。
可惜，何腾蛟只想利用隆武帝的信任来提高自己的声望，内心却万不愿意隆武帝来到自己的防区。
原因很简单，他何腾蛟并不是曹操那样可以挟天子令诸侯的枭雄，而隆武帝也不是汉献帝那样可以随意拿捏的主。
早先，何腾蛟曾任南阳知县，而隆武帝的封藩地就在河南南阳，何腾蛟对隆武帝的果敢作风是深有了解的。
所以，隆武帝登上皇帝宝座时，何腾蛟虽然对湖南地方官员吹嘘说：“新皇是我的南阳故人，所谓鱼水之合，真是有缘分啊。”但他是不会迎隆武帝入江西的，那样的话，自己在湖广就再也做不成“土皇帝”了。
既然不肯迎隆武帝入赣，何腾蛟就必须给自己的部下一个合理的解释。
何腾蛟的解释是：“皇上来了，就会将鞑子的攻击火力全都吸引过来，只怕咱们难以抵挡。”
不过，这个解释太过牵强，以致很多人一眼看穿。
王夫之就直言不讳地指出：“何腾蛟此人，利用手中有自主封官的权力控制了楚地，楚地的文武将吏全都是他一手提拔起来的，他是不甘心失掉现在的权力。”
迫于隆武帝的坚持，腾蛟不得不派郝永忠、张先璧二将领兵“迎驾”，但却私下叮嘱他们绝对不可以把隆武帝迎入江西。
这样，郝永忠一军磨磨蹭蹭，好不容易到达了郴州，就停留该地，观望不前。张先璧部则在到达与江西接境的攸县后就屯师不进。
隆武帝的移跸之举，既没有郑芝龙的军队护送，又得不到何腾蛟迎驾军的护迎，而江西又在这个时候遭受清军的大举进攻，基本是一个不可能完成的任务。
而且，隆武帝虽然到了建宁（今福建建瓯），但郑芝龙并不想就此失去手中的傀儡，千方百计地阻扰他离闽。
另外，对清朝而言，因为鲁监国、隆武两大政权的存在，也因为东南沿海的浙闽等省是重要的产粮区，多尔衮一直把浙闽两省锁定为重点打击对象，纵使湖广方面已经开打，隆武二年（顺治三年，公元1646年）的新年刚过，多尔衮还是集结起在北方休整了大半年的满汉八旗，对浙闽两省展开大型军事行动。
多尔衮以自己的侄子贝勒博洛为征南大将军，固山额真图赖为副手，沿运河南下，直抵南京。
到了南京，为确保毕其功于一役，博洛调集了江南一批明朝降兵降将如李成栋、曹存性、李应宗、于永绶、张应梦、贺胤昌、范绍祖、王之纲、苏见乐、冯用等共二万多人随军南征。另外，为了牵制江西方面的明军，他还命清江西提督金声桓部、清总兵柯永盛部合兵向赣南推进。
明督师万元吉虽在皂口据险扼守，然而兵无固志，纷纷南逃。
为了声援万元吉，隆武帝准备出汀州（今福建长汀）入江西，与湖广为声援。
郑芝龙看隆武帝去意坚决，急了，暗中指使数万军民拦道呼号，假借百姓拥戴盼名义，请隆武回驾福州。
由于军民的阻拦，隆武的亲征队伍无法前进，同时，隆武也不想和郑芝龙彻底闹掰，不得已，回驻延平（今福建南平市）。
而随着博洛的大举南征，浙闽两地很快变成危地了。
博洛的刀锋首先对准的是鲁监国政权设置在钱塘江岸的防线。
隆武二年（顺治三年，公元1646年）五月十五日，博洛大军经苏州进抵杭州。
这年春夏两季浙江出现了罕见的旱情，钱塘江水位大降，水深不过马腹。
博洛掌握到这个情况，连连暗呼“老天助我！”
五月二十五日，博洛毫不犹豫，分兵两路，一路由主力马步兵组成，从杭州六和塔、富阳、严州一线涉水过江；另一路由水师组成，从鳖子门沿海而进。
这两路清军从东西两面同时出击，明军猝不及防，很快陷入混乱之中。
清军如潮涌上，乱砍滥杀，明军毫无招架之功，四下逃窜。
没费多少工夫，钱塘江防线宣告瓦解。
钱塘江防线一失，自杭州到绍兴已经无险可守。
鲁监国看势头不好，赶紧在张名振等将领的护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。
六月初一日，清军占领绍兴。
鲁监国政权大学士谢三宾率众投降。
谢三宾的投降之举并不奇怪，意外的是，鲁监国所封越国公方国安居然也投降了。
遥想一年前，方国安曾在杭州城下痛骂潞王朱常淓没有骨气，现在，他手下尚马兵五百名、步兵七千名，然而，现在才看到清军的身影，他就体若筛糠，跪地求降。
先后跟随降清的还有新建伯王业泰、内阁大学士方逢年、宋之普、吏部尚书商周祚、兵部尚书邵辅忠、刑部尚书苏壮，依附于方国安的弘光朝兵部尚书阮大铖、太仆寺卿姜一洪等，武将有总兵陈学贯等十八人，副将以下不计其数。
与方国安形成鲜明对比的是兴国公王之仁。
王之仁是直隶保定人，直隶保定多有人入宫为太监。王之仁的哥哥王之心就是崇祯朝的大太监。
出身低微的王之仁能成功混迹明朝官场，哥哥王之心的帮助不可或缺。
潞王献杭州降清时，王之仁任定海总兵，跟着降清了。
可以说，他是一个过去变节有污点的人。
可是，现在听说方国安投敌，他大声痛骂道：“坏天下事者，方国安也。敌兵数万屯北岸，倏然而渡。我孤军何以迎敌，唯一死而已。”准备率领自己残余部队与清军拼个你死我活。后经部将劝说，乘船数百艘，携带大批辎重由蛟门航海到舟山，准备同隆武帝所封的肃虏伯黄斌卿会师共举。
黄斌卿却是个人面兽心的东西，他接收了王之仁携来的辎重，却出其不意地向王之仁的舟师发起铺天盖地的炮轰。
王之仁气得钢牙咬碎，却又无可奈何，为了留下抗清力量，他下令部下放弃抵抗，全部归附黄斌卿，却将自己家属乘坐的海船凿沉，让家里的九十三人为国殉难，仅留下一条大船。
王之仁目送全家老小已经赴死，这才擦干眼泪，乘坐在仅留下的大船上，吩咐竖立旗帜，鼓吹张盖，驶往已被清军占领的吴淞江口。
吴淞总兵李成栋以为他是要来投降，便将他转送南京。
招抚江南大学士洪承畴见了王之仁，正为多一个同类而高兴，但王之仁却板起面孔教训起他来，说他不应该贪生怕死、投降清狗，骂他：“认贼作父，先帝赠你高官厚禄，给你建立庙祠、以国礼祭拜你，抚恤你的妻儿老小；你忘恩负义，引狼入室，毁我大明诸帝陵寝，焚我大明宗庙，滔天之罪，远过于历史上的叛将李陵、卫律。”
数落了洪承畴一番，王之仁这才亮出自己此来的目的，他说：“我乃是大明王朝的方面军元帅，国家已亡，理应身死，只是担心丧身大海，后世史家难以取证，所以特来南京，堂堂皇皇殉国。”
洪承畴恼羞成怒，下令将他杀害。
清军进占浙东府县，大学士张国维、督师兵部尚书余煌、礼部尚书陈函辉、大理寺少卿陈潜夫等先后自杀。
张国维和王之仁一样，也是有过变节污点的人。但他的变节不是投降清廷，而是在北京失陷时投降过大顺军。
这次，他和王之仁一样，不再考虑投降，而是慷慨赴死。
张国维殉国之前，一身明臣朝服，向南而拜，口中长呼：“臣力竭矣！”从容作绝命词三首。
其一云：
艰难百战戴吾君，拒敌辞唐气励云；
时去仍为朱氏鬼，精灵当傍孝陵坟。
其二云：
一瞑纤尘不挂胸，惟哀耋母暮途穷！
仁人锡类能无意，存殁衔恩结草同。
其三云：
夙训诗书暂鼓钲，而今绝口莫谈兵！
苍苍若肯施存恤，秉耒全身答所生。
王之仁和张国维没能在自己殉国之前给敌人以更大的杀伤，未免死得可惜。
和他们相比，另一个也有污点的人，就死得比较有价值了。