清军占领了浙东，鲁监国遁往舟山一带海岛，鲁监国政权濒于瓦解。
清军的下一个打击目标就是福建的隆武政权。
早在这年三月，郑芝龙就和清廷派来的使者眉来眼去、勾勾搭搭，有意归附清廷。
四月，清兵破抚州，永宁王朱慈炎被杀。
御营右先锋郑彩在援抚战斗中溃败，又丢弃广信（今江西上饶），逃入杉关（在今福建光泽西南境内）。
清兵连克江西铅山、新城（今黎川），进逼赣州。
清朝招抚江南经略洪承畴派人向正式郑芝龙招降，赂以王爵。
郑芝龙很快与清朝方面订下“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师”的肮脏密约。
由是，清兵渡钱塘，于六月连下绍兴、东阳、金华、衢州（今浙江衢县）、严州（在今浙江建德东）等地，鲁监国亡命于海上。
浙东诸郡尽落清军之手，郑鸿逵徒跣而逃，连逃三日三夜，躲进关内浦城。
博洛又派使者持敕书赍送郑芝龙。
郑芝龙降清之意更坚，密令仙霞关守将弃天险不守，自行撤军。
仙霞关乃是清兵入闽所遇的唯一天险，“两崖斗绝，中通鸟道，仰高俯下，因险设关，裁容一夫”。因为郑芝龙的撤防，清军过仙霞关，不过是一场公费观光旅游罢了。
这还不算，郑芝龙为了推掉抗敌责任，又谎报海盗进犯自己的家乡安平（今福建南安安海镇），上疏道：三关（指由浙、赣入闽的三个必经关隘：仙霞关、杉关、分水关）的军饷都来自臣家，臣家则取之海，海面一旦被海盗控制了则臣便无家，非专救不可。
这明显是抛弃隆武帝不管了。
隆武帝派内使持手敕云：“先生稍迟，朕与先生同行。”
郑芝龙为了尽快脱身，置之不答，率兵飞帆回了安平。
群臣见大势已去，纷纷以迎降书暗通清朝。
七月二十五日，巡闽使搜得众臣迎降书二百余封，隆武并不追查，向自己的偶像光武帝刘秀学习，将迎降书全部烧掉，说：“朕本来并没有登位称帝之心，是众勋辅诸臣热情拥戴这才勉为其难在位。朕穿的是粗布衣、吃的是粗食粮，日夜焦心操劳，何尝有过人君之乐？不过，上为祖宗，下为百姓，惶恐不安，急切匆忙，生怕辜负众大臣拥戴的好意。但如今从众位大臣的表现来看，当初拥戴朕的心意已改。昨日关上主事从关内搜得二百余封迎降书，该迎降书全部在这里。朕并不想知道这些信都是谁写的，命锦衣卫检阅查明小部分，捧至午门前当众焚掉。班中诸臣也有写信的，朕俱不追查。曾写过信的，请从今日起改心易虑；没有写过信的，请更加矢志竭力，千万不要改变拥戴的初衷。特谕。”
再说江西那边的局势。
清军前锋已于六月初八日抵赣州城下。
由于赣南地区东连福建，西接湖南，又是广东的屏障，战略地位重要至极，隆武朝廷为挽救危局，将因丁忧离任的江西巡抚李永茂、现任巡抚刘广胤（后来改名刘远生）、武英殿大学士杨廷麟分调入江西，协助江西总督万元吉等加强守御，并命各地出军火速增援。
兵力的调度上，除原有赣州守将吴之蕃、张国祚统领的江西兵外，有御史陈荩从云南征来滇将赵印选、胡一清所部三千云南兵；两广总督丁魁楚派来的童以振、陈课部四千广西兵；大学士苏观生遣发的三千广东兵；湖广总督何腾蛟发来总兵曹志建所领的两千两湖兵，明军在赣州的总兵力即达到四万人以上。
为振作士气，隆武帝特意将赣州更名为忠诚府。
在江西明军强大军威的震慑下，清江西提督金声桓部、总兵柯永盛并不敢对赣州贸然发起进攻。
明江西督师万元吉也持稳重，下令各军扎牢营寨，养精蓄锐，静待时机，予清军以致命一击。
万元吉所等的时机，其实指广东罗明受海军到来之日。
万元吉的意思是：一旦罗明受的海军来到，就可以水陆并举，力创清军。
所以，赣州方面尚处于敌我相持阶段，一时还打不起来。
不过，从双方实力对比上看，明军的赢面比较大。
可是，福州的形势已岌岌可危。
仙霞关既已空无一军，郑芝龙又避敌遁去，隆武帝只得从延平出奔，取道汀州，进入江西。
八月十三日，贝勒博洛率领满、汉大军从衢州出发，恶狠狠地扑向福建。
在这兵荒马乱的日子里，百姓相率逃亡，这就给清军搜刮粮食造成了极大困难。
但每当清将蹙眉不展之际，阮大铖总能挺身而出，像变戏法一样罗列出一桌桌鲜肥美肴，邀军中诸将大快朵颐。
清将清兵惊讶不已。
阮大铖不以为然地笑笑，说：“这算得了什么？！不过是一些日用应酬罢了，我这人最大的优点，是用兵打仗。在排兵布阵上，常人根本无法测度。”
众人耳闻其有《燕子笺》、《春灯谜》等剧本，问能自度曲否？阮大铖二话不说，命人打鼓，自己执板，顿足而唱。
不过，清兵清将多为北人，不省吴音，阮大铖便改唱弋阳腔，以北方戏取悦清兵清将。
果然，一曲唱罢，赢来满堂喝彩：“阮君真才子也！”
钱秉镫在《藏山阁集》一书中作《髯绝篇》诗讽刺其人其事，诗云：
次第度闽峤，所过无草茎。
群酋罕肉食，髯至必大烹。
相顾笑且骇，每夜盘飧盈。
作歌劝酋酒，群酋饮必酲。
争言梨园技，南来平髯名。
髯起顿足唱，仿佛昔家伶。
阮大铖不知自己的丑行丑态已成为别人的谈资笑柄，行事乖张突兀，更胜从前。他每晚精神焕发，蹿入诸将营中拽人剧谈，直谈到人家哈欠连连，甚至睡着了，才悻悻告辞。但次日天尚未明，又复蹿入，聒聒饶舌，让人头痛不已。
众清将不堪其扰，委婉相劝道：“阮先生精神硕健，不同凡响。不过，鞍马劳累，是否也稍稍休息一下，不要太过费神。”
阮大铖愈加得意，掀髯长笑：“吾生平不知倦，六十年来如一日。”
等众清将洗漱完毕，阮大铖又已经罗列了肥肉美酒伺候着。
清兵准备翻越东南天险仙霞岭，阮大铖突然面目浮肿，两目深陷，众人看了害怕，悄悄对阮大铖的仆人说：“阮先生恐怕得什么病了，你们想办法劝他暂住衢州，等我们平定闽地，再派人来迎。”
阮大铖惊恐万状，像疯狗一样狂叫道：“我能有什么病？我虽然已经六十岁了，却还能挽强弓、骑烈马。我能有什么病？我视取福建之举容易如反掌。你们赶快回去给各位军爷禀报，说我有病的，一定是我的仇人。我仇人多，必定是东林党奸人背后散布我坏话，不让我随军！你们去跟众位军大爷说，千万不要听信东林奸人的话。”
众人听了仆人的汇报，忍俊不禁，一齐大笑，说：“此老亦太多心！既如此，仍请同进。”
翻山之日，清军官将虽多青壮年，但为了保持良好体力，都骑马上山，按辔徐行。
阮大铖逞能，弃马不骑，一路雀跃腾跳，精神抖擞。
有人劝他上马，他反倒叉腰大笑，指着一个骑马的年轻将官说：“看，我精力十倍于此少年！”
一句话说完，又鼓勇而先，一溜烟消失在前面回环崎岖的山路中了。
众人在马背上越岭，缓缓而行，到了五通岭，才看见阮大铖倚坐在一块大石上，双眼突出，一动不动。
众人呼之不应，有人以马鞭挑其辫，亦不动，等下马细看，竟已死去多时了。
清军过岭后，随即占领浦城，明巡按御史郑为虹不屈被杀。
时有民谣讽刺郑芝龙，云：
峻峭仙霞路，逍遥军马过。
将军爱百姓，拱手奉山河。
嗜书如命的隆武帝于八月二十一日载着十余簏的书籍匆匆起驾，宫眷随行，文武官员仅有辅臣何吾驺、朱继祚等数人而已。
清兵于二十四日下延平。
而二十四日这日，隆武帝才行抵顺昌。
清贝勒博洛自统大兵取福州，另遣总兵李成栋率轻骑追往顺昌。
隆武在顺昌得侦骑飞报延平消息，赶紧仓皇上道。
沿途，许多随行官员悄悄溜掉，只有忠诚伯周之藩、给事中熊纬及三两个文臣率领五百士兵坚持护驾。
八月二十七日，终于到达汀州（今福建长汀），但长汀知县吴德操接待能力有限，且在清军追杀的精神压力下，汀州百姓忙于逃命，顾不上隆武一行。
八月二十八日（1646年10月6日）五更，李成栋的追兵进城，一齐发声群呼：“谁是隆武？”呼声惊天动地、震撼于夜空。
周之藩为了让隆武帝赢得逃脱时间，应声而答：“我即是也。”
清军随即朝周之藩应答之处涌去，周之藩拔刀而起，从府门中冲出，手杀数人，中箭身亡。熊纬带领二十几个士兵保驾，边战边逃，也不敌身亡。
隆武帝、后逃入汀州府堂，李成栋领兵追到，挥兵齐射，帝、后与诸妃嫔全都惨死。
隆武死时年四十五岁。