孙可望逃亡后，黔、滇共归一家。
永历十二年（顺治十五年，公元1658年）正月，永历帝大封剿逆各勋镇，白文选由巩国公晋封巩昌王，马进忠由鄂国公晋封汉阳王，冯双礼由兴国侯晋封庆阳王，马宝由安定伯晋封淮国公，马惟兴由兴山伯晋封叙国公，靳统武由平阳伯晋封平阳侯，祁三升由威宁伯晋封咸宁侯，高文贵由广昌伯晋封广昌侯，其余有功镇将也分别升赏。
驻守楚雄、永昌一带的王自奇、张明志、关有才是孙可望的铁杆粉丝，孙可望虽败，但他们仍然唯孙可望之命是从。
孙可望降清，这些人在孙可望的带领下，俱有降清之意。
为此，李定国不得不费尽心思对这些死硬分子进行讨伐。
也幸亏李定国用兵了得，军至迤西，即阵擒关有才，逐走王自奇，迫降张明志。
而等李定国回到昆明，刘文秀已擒张虎于水西，彻底清除干净了这些内患。
但，就在李定国忙于平定内乱的时候，清廷大举来攻了。
顺治十五年（公元1658年）正月初九日，清廷在去年已经部署了三路大军的基础上，又任命信郡王多尼为安远靖寇大将军，同平郡王罗可铎、贝勒尚善、杜兰、固山额真伊尔德、阿尔津、巴思汉、卓罗等带领大批八旗兵南下，“专取云南”，敕谕中明确规定“如贵州三路大兵有料理未尽者亦并加绥定”，赋予多尼以节制三路清军的指挥权。
而李定国既忙于在平定孙可望旧部王自奇、关有才、张明志等人的叛乱，又考虑到南明贵州守军全是孙可望旧部，如果引清军入境的是孙可望本人，军心很可能有变。
基于这种考虑，他不得不着力对贵州军队进行整顿，甚至把许多久经战阵的领兵大员调回昆明。
这么一来，清军的三路进攻贵州进展得极为顺利，不但攻占了湘西的武冈、新宁、城步、绥宁、沅州（今芷江）、靖州等地，还占领了贵州镇远、黄平、平越州（今福泉）等地。
四月，洪承畴进驻贵州省会贵阳。
同一时间，平西王吴三桂、固山额真李国翰也由陕西汉中统兵南下四川。
云南，已在清军的合围之中。
就在这山雨欲来风满楼的时刻，永历政府的第三号人物刘文秀病倒了。
永历帝和李定国前往探望，再三宽慰，派医调治，但都无济于事。
四月二十五日刘文秀病卒。临终前，刘文秀上遗表云：“北兵日逼，国势日危，请入蜀以就十三家之兵。臣有窖金一十六万，可以充饷。臣之妻子族属皆当执鞭弭以从王事。然后出营陕、洛，庶几转败为功。此臣区区之心，死而犹视者也。”
因为李定国在进行军队整顿时，为了便于区分，把原先孙可望的部下称为“秦兵”，而把云南旧兵称为“晋兵”，使得孙可望的旧部心灰意懒，刘文秀在病危之时仍以国事为重，不但委婉地批评了李定国分“秦兵”、“晋兵”的做法，还主张应该同以原大顺军为主体的夔东十三家兵马紧密团结，共赴国难，可谓襟怀坦荡，利利落落。
李定国虽然认识到了错误，但也为时已晚。
七月，独山又陷，战情紧急。
李定国亲到前线，部署迎敌。
李定国到达关岭（贵州关岭），在一座破祠前，杀牲畜祭祀誓师，喝血酒发誓说：“李定国奉命出师，不以身殉社稷佐中兴者，神威当截其头！”
针对清军三路挺进的云南的来势，李定国便分三路大军进行踞守，其中，冯双礼、祁三升据贵阳附近鸡公背；李承爵据普安黄草坝；白文选据遵义之孙家坝。
但清军来势太猛，白文选等三路大军相继败北，明军的防守体系全盘崩溃。
李定国本来还想压住阵脚顶上，但眼看北线吴三桂军已经越过七星关，南线赵布泰军已占领安龙、贞丰、黄草坝（今兴义县），自己不仅无法阻止清军入滇，很可能后路还被清军切断，那样，全军就有性命之虞。
于是，只得含恨下令放火烧毁北盘江上的铁索桥，由冯双礼断后，全军撤回云南。
此次惨败，兵民死难者不下三四十万，明军精锐损失殆尽。
败退路上，李定国已经感到昆明难于保卫，便派使者向星火飞报永历帝，陈说清军势大难敌，奏请永历赶紧移跸以避清军之锋锐。
永历政权自诞生以来，一如浮萍，随风而转、遇水而漂，始终不得片刻安宁。是昆明，让永历政权找到了些朝廷的感觉，六部各衙门能正常运转，各种政事的施行有条不紊，日子是那样的安定、祥和。可是现在，结束了，这一切，都结束了。
接到李定国的报告，文武大臣无不放声大哭。
哭归哭，现实还得面对。
移跸，又是移跸，该往哪儿移呢？
很多大臣子认为：“如今正是蜀中全盛之期，勋镇如云，而巩昌王白文选的全师驻扎在遵义，与之遥相呼应，入蜀谋取中兴，乃是万全之策。”
而刘文秀在临终前也曾考虑过这个问题，建议永历帝，事若有急，可移驾蜀地，开荒屯练，“以十三家（指袁宗第、郝永忠等部）之兵出营陕、洛，庶也转败为功也。”
力持幸蜀之议的还有翰林院讲官刘茞，他向永历帝面奏：“如今云南四面都是夷地，皇上如果流亡外国，文武军吏一定不肯相从。如此一来，就算皇上奔驰得脱，避难于外国，但羽毛已失，最终不过坐毙异国瘴厉之乡。依微臣看来，四川建昌近年来连获丰收，粮草堆积如山。如果取道象岭，直入嘉定，可在建昌养精蓄锐、等待时机，一旦敌军兵势猖逼嘉阳，我们从嘉定集募战船、商船即可顺流下重庆，抵夔关。夔东十三镇勋臣闻圣驾到来，必定夹江上迎。乘此威灵，下捣荆襄之虚，唾手可得！”建议移跸于蜀地建昌。
永历首肯了这一方案，让刘茞依据地图细致标出移跸路途，又派锦衣卫飞马征询李定国的意见——这时的李定国还在撤军路上。
十二月十三日，李定国回到了昆明，他赞成移跸建昌的，但却有一个担心：“这个时候移跸建昌，就必然经过武定。但武定荒凉，就必须取道走宾州，以便于车驾取粮。”
永历帝于是传旨命户部尚书龚彝、工部尚书王应龙备办粮草，派广昌侯高文贵扈驾，并预定于十五日启程。
在撤离昆明前，李定国发出布告，通知城内外百姓躲避兵祸：“本藩在滇多年，与尔人民，情均父子，今国事颠危，朝廷移跸，势难同尔等偕行。恐清兵一至，杀掠淫污，猝难逃避，尔等宜乘本藩未行之时，各速远遁，毋致自误！”
百姓从布告中才知道局势危急，清兵不久即将入城，无不惊慌失措，城内外哭声鼎沸，都在收拾东西逃命。
时秋粮已征收入库，李定国同白文选商量，准备将这些粮食一股脑烧掉，以免资敌。
永历帝却以“恐清师至此无粮，徒苦我百姓”为理由，传出旨意不要烧毁。
但永历帝万没想到，正是自己这种妇人之仁害了自己。
要知道，贵州地瘠民贫，清军沿途筹粮已极为困难，如果没有充足的粮食作为供应，他们很难在云贵立足。正是因为留下这昆明的粮食未烧，结果供应了入滇清军半年以上的食用。
十二月十五日，庆阳王冯双礼、广平伯陈建、武功伯王会、延安王（艾能奇）长子艾承业率部先行，向四川建昌转移。
次日，永历在百官扈从、诸将护卫下撤离昆明。
永历帝离城时，竟然有成千上万的百姓携老幼相追随。
这样一支庞大的队伍进行转移，行动速度必然迟缓。这是李定国早就预料到的，所以，他才在布告里特别提醒“朝廷移跸，势难同尔等偕行”，命他们自行逃难，不要伴驾同行。
但在此时此刻，面对此情此景，无论是永历帝还是李定国，都不忍心去驱散这些百姓，只好任由他们跟着。
就这样，这支军民混杂的队伍，人数高达几十万，孩子哭，妇女喊，拥塞道路，日行不过三十余里。
而这时清兵已逼近交水。
永历帝一行好不容易走到碧鸡关，路窄，人马愈加拥挤，因饥饿与疾病，不少人跌倒在路上，哭声震地。
永历帝忍不住吩咐停车，站起身来，手扶黔国公沐天波，回头眺望昆明宫阙，哽咽着声音说：“朕还没走远，军民已经困苦到了这个地步，因为朕一人而连累万家百姓，还不如回昆明一死以谢社稷，免使生灵惨遭如此荼毒！”
沐天波也因此对移跸建昌之举产生了怀疑，因为，谁都知道，蜀道不但远，而且难行，按照这种前进速度，什么时候才能到达呀！
于是，他提出新的看法，说：“从迤西到缅甸，沿途都可以筹措到粮草，一旦走出边境则荒远无际，万一鞑子兵追势放缓，我可以据玉龙关之险而扼守大理，仍不失做个大理王。”建议暂时逃往滇西永昌（云南保山）。
大臣马吉翔、李国泰等人纷纷赞成沐天波的意见。
金维新等一干云南籍的官员乡土难离，内心到流离入蜀之举非常抵触，听了沐天波之议，全都一边倒地附和。
他们说：“坚走永昌，事不可为，则幸缅国；若可为，返滇更易。”
有人看李定国不置可否，就从旁危言耸听地对李定国说：“四川境内各勋臣军镇林立，如今殿下你在新败之余，投入袁宗第、郝永忠诸勋臣的地盘，能保证诸勋臣能听殿下你的命令吗？日后恢复了荆襄，能保皇上不再封郝永忠等人为亲王与殿下同列并坐吗？”
此刻的李定国已心乱如麻，惶惑无计，只好点点头，对沐天波说：“公其努力，愿无生后悔而终忆余言也。”
就这样，移跸地点临时改变了。
这一改，最大的恶果就是永历政府永远失去了冯双礼、陈建、王会、艾承业等人所率领的部队了——这些军队，已早于十二月十四日北入四川了。
另外，不少以复兴明室为己任的文官武将听说朝廷临时变更了方针，由入川改为西撤，大感前途渺茫，纷纷脱离朝廷，或隐或遁，自寻避难藏身之所去了。
其中，吏部尚书张佐宸与少詹事汪蛟逃入大理府山中；兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、左佥都御史钱邦芑等行至永平县时改名换号躲入山中。
另外，诚中之前的刘茞所说，永历朝廷如果辗转进入四川，则李定国所领云南、川西军队可与川东鄂西夔东十三家合兵一处，东面福建沿海又有郑成功、张煌言等部遥相呼应，尚有回旋的空间。而向西撤入人口稀少、生产不发达的滇西南，不但兵饷来源匮乏，而且与夔东、闽海抗清武装声息隔绝，只能是加快衰亡的脚步了。
永历十三年（顺治十六年，公元1659年），正月初一，颠沛流离的永历帝一行堪堪到达云南的西部永平，在新年的钟声中，他们看不到未来的路，每一个人的心情都异常沉重，默默地请求着上天的保佑。
正月初三日，清三路大军相继开进昆明城。
沿路未遇任何抵抗的清军入城后即大肆抄掠降众和明逃亡士兵，无所不至，滇民处于水深火热中。
明卫国公胡一青、提学道徐心箴、光禄寺卿黄复生、提督刘之扶、土司总兵龙世荣等一批将吏纷纷向清军投降。
清三路军统帅通过商议，决定帝不给永历以喘息之机，很快制订了下一步方案：由信郡王多尼驻守昆明，征南将军赵布泰领中路人马，继续追剿，吴三桂移师罗次县（昆明西北的金水河，今称绿汁江之东侧）实施包抄。
永历君臣不敢在永平过多停留，他们沿着崎岖的山间小路上继续西逃，初四日，终于到达永昌（云南保山）。
按照原计划，朝廷暂时在这里安顿下来，白文选引军负责镇守大理北面的玉龙关。
惊魂甫定的永历君臣总结这段时间来施政措施的得失，翰林刘茞和吏科给事中胡显等奏道：“陛下之前在云南已经决定了入蜀，不幸中途改变了主意，西走永昌，已大失海内万民之望，如今已经到了边境，一旦离开永昌，便是蛮夷之地了。外面又哄传皇上准备遁入缅甸。缅甸为外国番境，时叛时服，顺逆无常，就算其忠顺我国，派使者前来迎驾，我君臣在这患难之时，狼狈入其境，也断不能召号中外。如若其要对我不利，举兵相向，彼时，皇上进退失据，一无所依。想想看，如今‘中兴’二字不过是臣子爱君之言，其实已绝无机会了。不如尝胆卧薪，闭关休养。外则派遣守将固守关隘，内则带领百姓大力发展农业，艰苦奋斗上一两年，静待形势转变。如果有幸能苟全存活，四方必定有勤王之师。若果敌兵继续进逼，仍应当取道走蜀，犹自可以保全。”
说着说着，刘茞放声大哭，左右侍臣也随之掉泪。
永历帝低头无语，随即命刘茞起草《罪己诏》，自责己之过失。
李定国也引咎自责，奏请奉还黄钺，削去官职，戴罪视事。
永历帝不同意，说：“是国之祸，王何罪焉！”只是给以降三级的名义处分，其他官员大抵降职署事。
二月初九日，清征南将军赵布泰和吴三桂会兵于镇南州（云南南华），十五日，进至玉龙关，一番激战过后，大败白文选，斩杀明兵四千余人，获象三只、马一百四十匹。
败退之中的白文选慌不择路，由河木和（澜沧江东岸，永平南），经右甸（昌宁），又退至镇康州（镇康北），进入缅甸境内的木邦。
李定国惊悉玉龙关失守，急派总兵靳统武率四千兵马保护永历迅速撤离永昌，自己率军断后。同时，又命人前往川东联络夔东十三家，要他们火速西上，进攻重庆，以牵制清军。
在一片混乱中，又有一批官员逃散，如大学士扶纲、户部尚书龚彝、礼部侍郎郑逢元、兵科给事中胡显、御史陈起相、吏部文选司主事姜之琏等。
工部尚书王应龙感觉自己年纪大了，逃不动了，对儿子说：“我本草莽微贱，蒙恩授职，官至司空。先不能匡扶社稷，今不能患难从君，尚可觍颜求活人世乎？”言毕，自缢殉国。
儿子看父亲这样，就哭着说：“父殉国难，子成父忠。”也跟着上吊自杀了。
二十八日，吴三桂、赵布泰等部进入永昌，而永历君臣已经逃至腾越（今腾冲）。
吴三桂、赵布泰等部没在永昌作任何停留，率部紧追不舍，追至澜沧江，铁索桥已被明军烧毁，不过，这根本难不住吴三桂等人，他们下令士兵扎筏过江。