沈士奎、毛承作等上层将领的纵容，登莱新军自然更加肆无忌惮。吴桥在内附近的乡镇更多的妇女遭了殃，一些不肯舍弃家财的乡绅也成为了这些乱兵的刀下亡魂。逃得快的自然也不甘心自己的家业就此被人毁了，于是弹章如同雪片一样飞向京城。
眼看着事情一发不可收拾，沈士奎、毛承作等人也知道想回头也不可能了。于是聚集在一起商量怎么办？毛承作首先想到的是逃回东江去，但是要付出的代价就是丢官罢职。而沈士奎却提醒他，东江现在是毛钰的东江，毛钰当初皮岛事情之后就不待见这两位，毛钰结婚不但没有邀请两人，沈士奎亲自到杭州拜访毛文龙和毛钰却被拒之门外，这个时候去东江十有八九会被毛钰派人送到京城请功。
毛承作又提出带兵去舟山，他毛钰不是野心勃勃，不将朝廷放在眼里吗？那么现在有这么多的等莱新军来投靠，他总不能装清高看不见吧。可是翁婿俩仔细一盘算，这一万多人，其中两千人是骑兵，估计他们两能够带走一半，但是没船能够装在这么多的战马。而且从吴桥到大海边需经过登州。
本来是奉命去辽东助战的，在吴桥闹了事就想着逃到还上去，除非登州城的孙元化闭上眼睛不管他们。
最后李九成说服沈士奎发动吴桥兵变，辽东自然不能去了，京城也攻不下，一商量回军登州是最好的，人头熟悉，还有东江作为呼应。就算万一失败还能撤退到东江甚至投靠东虏。控制了登州就有水师出海的便利。
于是他们先派遣毛承作回到登州假装洗心革面地陈诉自己和沈士奎管束不严给军门大人带来麻烦，不过保证今后不会在发生类似的事情，还希望军门能够出面催促粮草。沈士奎则带着新军加速赶往登州，一路上的县城基本上没有防备，他们都得到了孙元化给出征将士筹措粮草的命令，被沈士奎率领乱兵里应外合攻破登州数座先城，控制了大量的将士和百姓。
为了名正言顺，沈士奎自号都元帅，毛承作和为登州总兵。李九成为登州水师副将。考虑到孙元化对两人还算不错，沈士奎就想拉他入伙。
登莱巡抚衙门，孙元化气急败坏地看着眼前的两人派来的使者，沈士奎和毛承作，他太熟悉这恋人了，平日里碍于毛文龙和毛钰的面子真的是没有亏待两位。现在这两位居然起兵造反，更可笑的是居然小看他孙元化，想要让他出面做造反军的首领。
气愤归气愤，孙元化还是脱不了读书人的做派，洋洋洒洒地写了一封书信给沈士奎等三人，规劝他们立即悬崖勒马，他愿意从中调停。
沈士奎没能顺利进入登州城内，没有孙元化这杆大旗，手底下的将士还是有点难以控制的，加上粮草本来就不多，于是三人经过商量决定冒险利用孙元化的仁慈先攻下登州再做打算。于是裹挟沿途百姓加入乱军，等到登州城下，沈士奎的队伍已经发展到了三万人！
崇祯五年正月，沈士奎率部东进围困登州，登州告急，而在孙元化仍相信自己能招抚沈士奎，疏于防范。沈士奎乘机让部下300余人诈降，混入登州城，与在城里的两人的老部下东江兵等密谋策划，并趁夜间人们熟睡之时，里外夹攻，占领了登州城，活捉了孙元化及明守备宋光兰、分巡道王梅等官员。总兵张可大坚守水城数日，终因寡不敌众，水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽于太平楼。
沈士奎、毛承作等人自然没想到如此顺利就拿下了了登州。要知道登州城墙上可是安置了几十门的红夷大炮，城内更是有一千多火枪手其中大量的还是来自香山澳的教官。
这些都是孙元化这些年辛苦打造的，火器专家就是活期专家，终归不是政治家和军事家，白白便宜了沈士奎和毛承作。占据了登州之后，困扰沈士奎的粮草问题解决了，占领登州水城之后也让沈士奎解决了后顾之忧，他一面派人前往东江联络，一面积极准备应对朝廷即将派来的大军。
而对于孙元化，沈士奎没有做绝，而是将他请来再次当面游说。
孙元化心有不甘，他的红夷大炮都没有开一炮就被俘虏了。不过孙元化并不后悔，他的登莱新军和红夷大炮本来就不是为明人准备的，是为东虏准备的。
不过他还是忍不住对着沈士奎破口大骂：“粗鄙武夫，本官带你如何？朝廷待你如如何？怎么就能做出此等事来，一个小小登州尔等占了又能如何，不如尽快放下武器，本官还能帮你从中说和一二。与否则朝廷大军一刀尔等片刻之间就灰飞烟灭。”
沈士奎苦笑：“军门，事到如今还有回头路吗？下官可是记得毛帅在东江可是忠心耿耿，结果如何？你们这些吃人的读书人啊，是你们毁了大明。不是下官任性，是没下官和手下弟兄的活路没了啊。军门你也也别吓唬下官。下官以为这登州城在我等手里牢不可破，朝廷不管派谁来我等都有信心坚守。军门还是操心一下自己吧，你不肯加入我等，朝廷也不会饶了你的。破城失地敖钊那些读书人的尿性军门怎么也是个弃市，说不得有些跟军门不对付的御史再拱拱火，那就是连家小都不能安宁。”
孙元化虽然嘴上不肯承认，但他内心里是认可沈士奎这番话的，目前放眼大明境内能够与登莱新军抗衡的额就关宁军和大同镇等寥寥几个边军，连一向以勇猛著称的东江自称毛文龙去职之后也是每况愈下，这也是说明这些年他的努力没有白费。但如今登莱新军战斗力越强朝廷想平定登州就越麻烦。
沈士奎似乎看穿了孙元化的心思笑道：“军门别想着浇灭我们了，等到朝廷送来足够的兵元我们就可以考虑占领莱州然后是整个山东。军门敢不敢跟我打赌？”