当尚可义他们抵达的时候，所有的流寇都在拼命往里走，只有少数的流寇发现了城外来的军队。然后他们企图仰仗城墙阻截这些队伍，但是显然三千人是挡不住将近万人的队伍的。大概就是在李自成的命令刚下达的时候第2军第3师就占据了南城门，并且就此展开布防。
三千负责城门的农民军被打散之后到处寻找李自成。而城内的其他农民军并不知道各处发生的情况。就像一群放了暑假的野孩子，根本就不听指挥了。
就在李自成气不打一处来的时候，有人来报告说毛钰的军队在长江登陆了，冲着西门而来。现在的西门还一直在官兵手中。农民军进城之后所有人都忘记了西门，被满城的财富和迷花了双眼。
等到有人发现西门的毛钰军再告诉李自成，李自成想组织人手去拦住毛承府已经不可能！
李自成突然意识到不好，毛钰的目标是他的这十几万人马。这个毛钰也是够狠辣的，用南京城百姓的性命换他的十万手下！
不是李自成多么聪明，现在这样混乱的呃情况下，想要聚集两三万人并不难，更多就不现实了，但是现在城内的两个点已经表明毛钰在城内也埋伏了至少上万军队。而且是上万人都攻不下来，如果毛钰从西城门开过来两万军队，李自成不认为自己现在集结的这人能够抵挡得住。
还有南门迟迟得不到消息，说明南门的三千人也已经被彻底积极。毛钰这是准备瓮中捉鳖！
撤退，李自成没有犹豫，他能在历任三边总督和五省总督的围剿下活下来，依靠的就是危机感。他明显嗅到了阴谋的味道。不然毛钰为什么会突然撤军？现在自己的队伍刚进城又出现了。
李自成想到就去做，他迅速地带着攻打皇城的人吗朝着北门而去，以为那里看守渡口的是罗汝才的人，走了几百步又觉得不对，毛的战舰已经封锁长江，此路不通！
想到这里李自成的冷汗已经打湿了衣服。北门出去是长江，南门最先被抢夺，现在毛钰的军队从西门入城……如果在不快一点他真的就可能成为瓮中之鳖!
不过李自成是幸运的，他带着精锐急匆匆从东门逃出南京的时候，毛钰并没有在东门设置埋伏，不是毛钰不想，也不是毛钰要放走李自成。事实上，现在的南门就很吃力。如果不是有西门的毛承福吸引了火力他可能受不住。而陈继盛和孔有德才刚刚接待命令朝着南京方向集结。他们基本上是步兵，行进速度是跟不上传令兵的。
毛承福率军队进城之后，严格执行毛钰的命令，其中一个师控制东门和北门，一个师负责在主干道上开辟战场，将城内的流寇切割，另外一个师负责保护毛钰点名的一些地方。做完这一切花费了大约小半个时辰。此时的李自成也是刚刚带着队伍回到了南京南门外的营地。简单地收拾一下就派遣斥候往南、东面搜索，一边派人去通知城内的农民军准备撤退。
此刻的张献忠也是十分焦急，因为他在长江对岸看到了毛钰的东海舰队。想着几轮火炮齐射干掉农民军一万多人的战绩，他忍不住下令军队拔营后撤十几里，他按已经不指望对面的手下还能有人活着出来。他只是希望李自成和罗汝才能够带着老营精锐成功逃脱，否则今后的造反事业就寸步难行了。
南京城的骚乱还在继续，农民军被李自成带出南京的大概两万五千人，剩下的还不知道南京城四门已经被毛钰军队接管了四门。
一直到许多人抢够了，也爽够了，带着战利品想要回到城外的营地的时候才发现守城门的不是自己人！在他们不知所措的时候城墙上的火枪开始了齐射！四门的枪声让南京城的百姓看到了一丝希望，却让那些得意忘形的农民军知道情况不妙。因为现在的主干道上也枪声不断。当李自成得知南京城寺门关闭，全部城门被毛钰军队控制的时候还想组织人手接应一下，结果每个城门都陷入了苦战。而这些守军比皇城内的守军更凶残，因为他们动用了手雷，在城墙内外隔离出了一真空带。
李自成没有犹豫带着队伍朝着南京的西南方向而去。他知道去南边劫掠浙江已经不可能，现在唯一要祈祷的就是不会遇上那些坚守在浙江的军队。
当陈继盛赶到南京的时候已经华灯初上，毛钰的命令是让他接替毛承福驻守四门，毛承福的军队则联合尚可义开始绞杀城内继续作恶的农民军。其实在好几拨试图出城的农民军被狙杀之后，城内大部分的流寇都得到了消息，只是他们中一部分人认为是毛钰抢了先机，但己方人多等集结一下还是能够冲出去的。于是在晚上这些农民军居然向各个城门发起绝死冲锋，很多人还在继续劫掠，少数人则进入了早就相中的小姐的闺房。但是毛钰军却没有停下来，其中尚可义的第2军以师为单位从损失最小的城西开始驱赶作乱的农民军。等到天亮的时候皇城往西已经恢复了平静。而往东几万农民军则被逐渐压缩。
反抗月激烈的地方迎来的镇压就也就越震撼，已经有城墙上安置了步兵炮，对付安歇密密麻麻的农民军简直就是收割韭菜一样。而手雷也被允许有限制地使用，唯一的限制就是不允许朝着有百姓的建筑物内扔手雷。
那些企图冲击府衙和官仓的是死的最早的，两个军四万人在南京城内以丁字型队伍推进，主干道从西到东城门全部被占领，然后开始笑方位切割、包围、绞杀，然后继续下一个区域。这就是后世所谓的网格化管理。随着队伍的推进，丁字变成了土子，然后是王子，刘抠门被分割得越来越细，等待他们的只能是杀戮。