1908年，辜鸿铭被任命为外务部员外郎，后升至左丞。辜在外务部任期内，曾给光绪慈禧上过一道长达五千言的奏章，对内政外事进行评论，建言献策。然而，辜的奏章没有得到丝毫回应。更让辜伤心的是，奏章递上的是月，光绪、慈禧接连驾崩，辜的奏章更如石沉大海，杳无音信了。
1913年，辜鸿铭受宗社党人之托，东渡扶桑，游说日本支持复辟。他在这块陌生的土地上找到了文化的认同感，也意外地获得了日本学界的尊敬和推崇。他到处进行演讲，称道日本以汉唐古风立国，极力宣扬东方文明和儒家文化。但他的复辟主张却得不到日本政府的支持，只能扫兴而归。
辜鸿铭对日本很有好感，他说：“自知国人目余为痴汉，不容于中国，惟日人能予以同情。中国汉唐文明，卓立于当世，惜后为夷狄所蹂躏，仅在江浙边域，犹残存宋代文明。然彼退御蒙古之侵袭以全国之日本，却完全继承唐之文化，迄今犹灿烂地保存着，是以极望日本能肩负发扬东方文明之大任。”晚年，他到日本讲学，准备将日本作为复兴东方文化的最后一块阵地。
未到日本之前，辜鸿铭只会日籍夫人教会的几句日语，其中一句为：“我是梅干老头。”（注：意为满脸皱纹的老头）旅日期间，他学习日语十分努力，有时一天将这句话重复许多遍。他很喜欢孩子，外出时，常抓住在街上玩耍的日本小孩，反复说“我是梅干老头”，令人忍俊不禁。他从釜山到东京，船靠岸后见到萨摩雄次，第一句话便是“日本的小孩不爱哭”。看到街上经过的日本修学旅行的小学生，他突然大声叫住萨摩，用日语反复说：“日本的力量！”看到一群女学生，又赞赏说：“日本的未来！”并久久凝望着她们。
辜鸿铭在日本讲学三年，对日本习俗的西化痛心不已。他在日本东北五县讲演期间，一次在列车上看到日本著名的画家和诗人竹久梦二当街和一个女子卿卿我我时，猛然用日语大喝一声：“就是没有治洋气病的药！”举座皆惊。又一次，他在东京上野公园散步，看到一对恋人手挽手走过，又用日语大叫道：“日本危险！”他称呼日本剪时髦短发的女子为“短毛贼”，说：“现在的摩登女郎，日本报纸也有译摩登作‘毛断’的。我认为这译名，可以望文生义，译得异常恰当。因为现在的摩登女郎都流行着剪发，剪发就是毛断，毛断便成摩登。太平天国的兵民，人家都称他做长毛贼，现在的摩登女郎为什么不可以称她为短毛贼呢？”
在日本讲演期间，萨摩雄次一直陪着辜鸿铭。萨摩回忆，尽管辜鸿铭有着种种奇怪的行为和高昂的热情，“但他始终都是个孤寂的人。我就像这位独孤的老学者的影子，每天都陪他坐在护城河边的柳树下，相对无言，只有先生爱抽的‘威斯敏斯特’牌香烟的烟柱渺渺升空。寂寥！这便是形容辜鸿铭先生晚年最恰当的词。”
在日本，辜鸿铭越来越受冷落和白眼。最后，他于1927年一个秋风萧瑟的雨天，从横滨港贫困孤独地离开了日本，回到国内。辜鸿铭去世后，日本一些熟识辜氏的人惋惜地说：“对像他那样的人物，日本要是多一些优遇就好了。”
芥川龙之介去拜访辜鸿铭，辜对他着中国服装很是满意，说：“你不着洋服，难得。可惜没有发辫。”谈话中，芥川有感于辜所论，问他既慨于时事，为什么不愿问时事。辜说了一些话，但芥川并不明白其意，只是说：“再去试试如何？”辜愤愤于纸上书写着什么，说：“老，老，老，老，老……”