1937年，上海的托派统一组织知道陈独秀出狱后，派人来到南京，要求陈重回上海参与托派组织活动。陈深感托派组织内部的人际关系之复杂，而其与彭述之、刘家良关系不睦，故拒绝回到上海。
罗汉想让陈独秀与中共合作，托派得知后大为震怒，发表声明撇清与陈独秀、罗汉的关系：“以前或今后，如有与此类似的任何个人行动，皆与本同盟全体无关，合并声明。”对于托派的声明，陈独秀说：“我只注重我自己独立的思想，不迁就任何人的意见，我在此所发表的言论，已向人广泛声明过，只是我一个人的意见，不代表任何人。我已不隶属任何党派了，不受任何人的命令指使，自作主张自负责任，将来谁是朋友，现在完全不知道。我绝不怕孤立。”
一次，陈独秀对包惠僧表示，自己已经不是托派，他听包说有谈得来的记者朋友，便打算以记者访谈的方式发表自己不是托派的声明。包向他介绍了《中央日报》社总编辑程苍波。但陈、程的交谈不算投机，陈独秀仅写了个条子，上书：“陈独秀，字仲甫，亦号实庵，安徽怀宁人。中国有无托派我不知道，我不是托派。”程表现得十分冷淡，临走的时候没有带走条子。包惠僧在送程苍波时说，这个老先生想声明自己不是托派，打算借记者的口说出来。程只淡淡表示“试试看”。陈的声明最终没能刊出。
晚年避居江津时，陈独秀发表的言论受到了托派临委的批判，但陈或直接给临委写信，或请人代转，与托派展开一场书面论战。此时，陈已经没有一个拥护者，连与他私人友谊很深的郑超麟、王文元、陈其昌等人也说：“我们，非但不曾拥护陈独秀的主张，而且与他进行了最不含糊的争辩，以致最后，这位‘老人’发了脾气，与我们绝交了。”
包惠僧也回忆，陈独秀私下表示自己不会与中共联系：“老干们（指王明等‘干部派’）不会欢迎我，我也犯不着找他们。”
1937年12月，中共中央开会讨论与陈独秀合作抗日之事，王明声色俱厉地表示反对，说：“我党可联合任何人，惟托派为例外；我党甚至可以和与蒋介石及其反共特务合作，惟陈独秀为例外。”并说陈独秀每月领取日本三百元津贴而做了“汉奸”。康生表示附和，说陈独秀曾与日本人密约，故为汉奸无疑。对此，陈独秀驳斥道：“你们一向不择手段，顺汝者为战士，逆汝者为汉奸。”
陈独秀为汉奸论的消息见报后，武汉的文化界和政界“群情激愤”。周佛海、陶希圣为使陈独秀在这场政治的寒流中感受到国民党的“温暖”，联合高一涵、王星拱等国民党政要共9人在《大公报》上发表公开信，为陈独秀辩诬。蒋介石亦下达“委座手谕”，指示周佛海道：“凡未实际参加伪组织者，不论谣传如何，均不得称逆。”
陈独秀在南京时，周佛海和陈公博主张对日妥协，他们常召集一批人在周氏官邸讨论对日方针，被称为低调俱乐部。陈独秀碍于情面，也被周拉来参加讨论，但陈总是以沉默来表达自己的不同意见。
蒋介石曾请教育部长朱家骅出面游说陈独秀，希望陈组织一个“新共党”，表示愿意资助10万元经费，同时，在国民参政会上，还为他组织的新共产党保留五个名额。蒋介石还有意请陈独秀出任劳动部长。对此，陈独秀都一一拒绝，他对友人说：“蒋介石想教我装点门面当他的走卒，真是异想天开。”
1938年4月，张国焘说出了自己组织新共产党的想法，并希望得到陈独秀的支持与合作。然而陈独秀对此非常冷淡，一口回绝了张国焘的拉拢。事后，陈独秀向包惠僧提起此事说：“张国焘想拉我，我对他说我没有这个能耐。”
此时，任国民党三民主义青年团筹备委员会委员的谭平山，也找到陈独秀要求共同组织第三党，陈独秀也断然拒绝了。
陈独秀曾发表声明说：“我经过长期入狱和战争中的交通梗塞，中国是否还有托派组织存在，我不甚知道。我在南京和剑英谈话时，曾声明：我的意见，除陈独秀外，不代表任何人。我要为中国大多数人说话，不愿意为任何党派所拘束。”