明末三案之所由发生，追本溯源，实由于明神宗万历帝在立储问题上犹豫不决，因而引起了宫廷内外发生了很多问题，以致造成三案，扰乱纠结，时达三朝之久。
万历的大婚，是于万历六年（1578），他年及十六岁时来举行的。他的皇后姓王，原籍是浙江余姚，但人却生长在北京。这位皇后知书习礼，淑静端庄，很得万历的生母李太后的喜爱，但万历和她却并不相投，对她一直很是冷淡，加之她又从来没有生育过儿女，所以虽说是正位中宫，其实却很被漠视，她之所以未被废弃，实在全靠着李太后的庇护。与皇后同日册封的，还有个刘昭妃，这个人也并不为万历所喜，而且与皇后一样，她也没有生育过子女。最先给万历生下他的皇长子来的，是宫女出身的王恭妃。这个王恭妃，原是在慈宁宫服侍李太后的一个宫女，在万历到慈宁宫向他的生母请安时，无意间得幸，并且怀上了孩子。万历在和王恭妃发生了关系之后，早已忘记了这事，但李太后却在暗中极为注意，在这个还没有任何名号的宫女已经显出身怀有孕时，便把万历叫来，要他承认这事，并给这怀有子息的宫女以相当的名号。万历最初矢口否认和这个宫女有过什么瓜葛，最后太后命人从敬事房取了起居注来，把上面的记载指给他看时，万历才无言答对，承认了他和这个宫女确曾有过关系。原来宫廷之中对于皇帝曾临幸过某人某人，是否赐过什么信物等等都是极注意的，但凡有过此类事件，无论对方系属何人，自皇后、妃嫔以至宫女，都要把时间地点等等详细记载入起居注中，以备日后被幸者有身之时，可以查对。万历在慈宁宫里和这个宫女发生了关系，在他虽然觉得是极其偶然的事，以为不会有人知道，但实际却已全被记入起居注中，使他想赖也赖不掉。李太后从万历矢口否认这一点上，已经有点感到万历对这个已经怀有他的孩子的宫女并不怎么重视，因此特意开导他道：“她怀上了孩子，这是天大的好事，我早就盼着能有个孙子了。她如果真能生下个皇子，也就有了皇位的继承人。你不要以为她是个宫女，不够体面，其实‘母以子贵’，你可以加封她呀。”万历被李太后说着，只好一切照办，先把那个宫女封为才人，后来真生下了皇长子，于是又得晋位，由才人又封为恭妃。
以封建礼法而言，皇位的继承人，首先应是嫡子。所谓嫡子，便是由皇后所生的皇子。如果皇后无出，没能生下孩子，则就又有“无嫡立长”这么一项规定。万历的这个皇长子，恰好处于皇后无出的情况之下，所以他的出生，自太后以至诸臣，便已都认定了他应是法定的皇位继承人，对之极为看重。
在皇长子朱常洛出生后的最初几年里，他的地位是极稳定的，虽然不久又有个皇次子，也与他并无影响。这个皇次子只活了一岁的样子就夭亡了，对他自然更说不上会有什么威胁。但是，他的这个稳固的地位，到了万历十四年，皇三子朱常洵出生后，却发生了动摇。
这个皇三子朱常洵的生母，是最受万历宠爱的郑贵妃，由于“爱屋及乌”，万历对这个皇三子也极为看重，不但为他大办喜筵，远远超过了为皇长子或皇次子所办的，并且还要把郑贵妃晋封为皇贵妃。原来这个郑贵妃在万历所有的妃嫔中长得最好，又最能迎合他的心意，所以入宫之后便后来居上，被封为贵妃，位分在已生有皇长子的王恭妃之上。这种情况，从王恭妃方面来说，倒也没有什么不平之处，她出身低微，久受抑压，即便更为屈辱，也不敢有什么表示。但习于正统礼法的众多朝臣，对此却极为不然，他们认为，社会之能井然有序，全靠着历代相传的礼法加以维持，皇室居位最高，为天下人所仰视，对于各种礼法尤应特别遵奉。按照礼法，母以子贵，生有皇长子的王恭妃，地位仅能略次于皇后，其他妃嫔，没有一个可以位居其上的。郑贵妃入宫见宠，并非盛世应有之事，实应尽快纠正，最少也应将王恭妃也晋位为贵妃，才算合乎礼法。他们不仅私下议论，凡属可以言事的，还纷纷上疏，论及此事，很使万历感到烦恼。但那时他已经学会了不闻不问听其阴消的一招，所以对于这些疏本虽很气恼，却都一概留中，不予理会，渐渐倒也平静下来，很少有人再提到这些使人不快的事了。
然而，在郑贵妃生下了三皇子朱常洵，郑贵妃又晋封为皇贵妃后，上疏论争的人便又哄然而来。这一是由于郑贵妃又晋封为皇贵妃，在位分上便已高出于王恭妃两级，真是只比皇后仅低一级了。另外则是忽然有一传说，说是万历与郑贵妃之间曾有金合密约，已经应许了她，把她所生的皇三子立为太子，赐给她的那个金合，便是密约的信物。这个传说，一时甚嚣尘上，因此朝臣们纷纷猜测，大都认为特别又把郑贵妃晋封为皇贵妃，便是废长立爱的先声。因为“母以子贵”，也可以是“子以母贵”，皇后所生的儿子称为“嫡子”，是当然该被立为太子的，皇贵妃与皇后相去已然很微，比王恭妃已经高出了许多，她的儿子，“子以母贵”，将来被立为太子也就有了根据。这种猜测，很快便在朝臣之间形成了这样一种意念，便是万历之要晋封郑贵妃为皇贵妃，实际上是为立皇三子为太子的一步试探，非给予迎头顶住不可。
首先为此事上疏切论的是户科给事中姜应麟。他在疏中，首先还是从郑贵妃的晋封不当说起，他说：“……礼贵别嫌，事当慎始，贵妃所生陛下第三子犹亚位中宫，恭妃诞育元嗣，翻令居下：揆之伦理则不顺，质之人心则不安，传之天下万世则不正，非所以重储贰，定众志也。伏请俯察舆情，收还成命。其或情不容已，请先封恭妃为皇贵妃，而后及于郑妃，则礼既不违，情亦不废。然臣所议者末，未及其本也。陛下诚欲正名定分，别嫌明微，莫若俯从阁臣之请，册立元嗣为东宫，以定天下之本，则臣民之望慰，宗社之庆长矣。”此疏一上，引起了很大的震动，斗争长达十多年的建储之争，也就由姜应麟拉开了战幕。
这长期的建储之争，把明末的统治阶级分成了三派。其中人数最多、声势最大的，是那些习于传统的礼治，站在为皇长子争取合法利益的群臣。这些人也可以称为正统派。另一派是与第一派相反的，他们有的是郑贵妃一家的亲友，有的是钻头觅缝，一心想以向皇帝讨好求取好处的一些投机分子。他们的人数不多，而且由于做贼心虚，很少敢于公开出面表示什么，但是由于他们这一边里有个现任的皇上，所以搞些阴谋花样却很出色。第三派的人数极少，但影响却大，他们大多是握有实权的重臣，如曾为首辅将近十年的申时行，便是其中最显著的一个。这一类人，他们为了合乎舆情，表面上常常显得与第一类人没有什么两样，但在关键时刻却又摇摆不定，有时倒向这边，有时却又站在那边。
姜应麟出手的这第一仗，从表面上看，他是给打败了，因为万历看过了疏文后，立即大怒，很发了一阵脾气之后，立即亲自降旨道：“贵妃敬奉勤劳，特加殊封。立储自有长幼，姜应麟疑君卖直，可降极边杂职。”这道御旨一出，姜应麟便被贬往大同境内，成了个位置极其微末的典史了，得到的惩罚实属不轻。然而按诸实际，姜应麟虽然被贬降到了外方，他其实倒是赢得了这一回合；万历以贬斥惩罚了姜应麟，这头一回合，他倒是全输掉了。因为姜应麟在他的疏文里虽然首先便为王恭妃打抱不平，实则这不过是个陪衬，而其主要之点，则是意在确定皇长子得以册立为东宫这一点上。万历没能分清他那疏文里的主次之点，着重在为郑贵妃晋封号以解释，却反说出“立储自有长幼”的话，责怪姜应麟疑君卖直，实际上却是已在立储一点上，做出了肯定的回答。所以他的这道旨意一下，不但守正的朝臣人人高兴，就是被贬了官的姜应麟也非常满意，以为以他的一个微官，竟换得了“立储自有长幼”这么一句明确的话，实在是太值得了！万历初时还没有感到有此一失，等到守正诸臣的疏本接连而来，都着重地提到他的“立储自有长幼”的话，并且要求迅即付诸实现时，他才感到自己真是大为失策，实在太被动了。为此他更恨透了那个使他有此一失的姜应麟，直至多年以后，吏部推举建言诸臣时，每一提到了姜应麟，便都会受到重谴。姜应麟被废竟达二十余年。
姜应麟的疏文，很快便掀起了一阵请立皇长子为东宫太子的狂潮，言官们纷纷上言，所论的都是此事，而且在疏文中还都提到了万历所说的。“立储自有长幼”，要求他尽速予以实现。万历对此，先是极力镇压，最先上疏的沈璟、孙如法等人，都被严旨切责，并都以此获罪。万历原想，似此严加罪责，总可刹住这股浪潮。但实际却并不然，尽管一再严加罪责，论疏仍如雪片飞来，接连不断。那时朝中竟自形成了一种风气，便是以是否主张立储，作为忠奸正邪的辨别，以致阁臣、九卿等人，为了表明自己也是顺乎舆情的，不免也要上疏论及此事。不谈立储一事的，只有那些与郑皇亲一家交好的，以及随时都以逢迎为事的那一些人。但这类人为数极少，并且又都只敢在暗中活动，竟没有一个敢站出来和那些持正的朝臣来对抗。对付那些讨厌的疏本，竟然只得由他本人首当其冲。
万历给这些讨厌的本章实在弄得很苦。本来他还有个不予阅看便即“留中”的一个办法，可以取得安闲的。但是对于这类本章他又不便应用。因为这事关系着郑贵妃和她的家人，他很担心他们会因此受到攻击，所以又不能不看。万般无奈，他只好又使出他所惯用的，拖的办法来对付。因此他遂推说，皇长子年纪还小，此时便谈立储，实非所宜，总得等上几年再谈此事才见合宜。他原以为，皇长子确实年纪还小，而且要拖的时限也不算多，这一来，总可以让他有个喘息的时间，然后再行设法了。但是这个拖的办法，竟也无效，请求立储的疏本仍然不断飞来。有些疏本，竟然还敢驳论他的说法，说是立储一事，关系国本，应该越早越好，而且按诸实际，皇长子的年龄也已不能算小了。有的疏本，甚至就以他本人为例，来驳倒他。他们说，他本人便是在六岁上便被立为皇太子的，如今皇长子已然年逾六岁，如何反说是太早呢。这些话，都使万历无言以对，但他仍自忍着，尽拖下去。这样拖了两三年，要求他履行诺言，见信于天下的疏本也是一直不断，总来扰乱着他。最后万历只好自己定出限期，让首辅申时行传谕诸臣，说是立储一事应到万历二十年才能议行，要诸臣安心等着，不要再来啰唆。但因他屡次失信于人，这次自定限期竟也无济于事，而且他最担心的事，也终于发生了。那时在诸臣的论疏中不但已多次提到了郑贵妃，而且也已有人疏劾郑贵妃的父亲郑承宪和她的哥哥郑国泰，说他们是“怀祸藏奸，窥觊储贰”。万历至此，觉得软拖已经不行，只好另来一手，硬行耍赖了。于是他又把首辅申时行找来，要他出去传谕他的诏书，说是“朕不喜激聒，近诸臣章奏概行留中，恶其离间朕父子。若明岁廷臣不复渎扰，当以后年册立，否则俟皇长子十五岁举行”。诏中所谓的“后年”，便是万历二十年（1592），那年皇长子年及十一岁，若等长到十五岁，则当在万历二十四年（1596）了。申时行因怕真会又拖，便告诫诸臣别再激扰，以免又生枝节。但因万历多次失信，廷臣都不放心，又怕他会忘了或是装作忘了，所以将到预定的年限时，工部主事张有德放心不下，便上疏请求把册立太子的仪注先行订出，以此作为试探。没有这样的一探，万历也许会真个装作忘了，加以拖延；但有此一探，却又使他有了借口，立即大怒，说是他已有话在先，如若渎扰，便要延期，现在又来渎扰了，只有延期一年，以昭大信。如再渎扰，还要再延。
在这展延册立的期间，对立的两方斗争得更见激烈。双方斗争的焦点，都集中在皇长子的身份这一点上。持正诸臣，总要千方百计，在各方面都要使得皇长子的地位显得突出，以见他之应被立为太子乃是当然之事。他们在疏奏中总要把皇长子与其他皇子截然分开，他们称皇长子为元子，或者竟直称为“元嗣”，而对其他皇子，则以众子称之。在这期间，皇长子已然年逾十岁，诸臣为此便纷纷疏请预教，以便因此显出皇长子的身份特殊。原来皇子如果已被立为太子，便要别居一宫，称为东宫，并且还要为他配备一套东宫官属，教他读书，还随时要把诸般如何为君之道为之讲授。皇长子虽说并未被立为太子，但持正诸臣为了要在各样事情上显出他的与众不同，所以便有预教之请，希望能把预教的仪式办得有如太子“出阁”一样，造成他即是将来的太子的声势。太子别居一宫，并配上东宫官属，便称为“出阁”，诸臣便是想把预教办成犹如出阁那样的有声势。
皇子应予教育，这个帽子很大，反对皇长子的诸人无法加以阻止，于是挖空心思，想出了一个“待嫡”之说，要万历加以宣谕。他们这样强调立嫡之说，实是专门用来对抗那些夸重皇长子的一些人的。因为抬出了嫡子，则所有的皇子便都成为一样，都并不是嫡子，也都没有什么当立的特权。但是这个待嫡之说，很快就为众议驳倒，因为立嗣虽应以嫡子居先，却无必授嫡子之说，而是“有嫡立嫡，无嫡立长”，皇长子之所以不同于诸子，正由他是合于“无嫡立长”这一条的。这时私下已经有人议论，说是待嫡之说实在不通，就是当今的万历皇帝，他就并非嫡子。这种议论一在私下传开，倡为待嫡之说的人们便都不敢再过坚持，因为他们很怕这种说法会被人用入疏文，那样便不好看了。不过这些人的长技便是在暗中捣鬼，一计不成，又生一计，很快便又想出了“三王并封”一招，要郑贵妃请求万历，予以施行。
所谓“三王并封”，便是想在册立太子之前，先把皇长子朱常洛、皇三子朱常洵和另一皇子朱常浩三人都先封王。三人同日封王，这样便都无二致，下一步就好另做手脚了。那时首辅申时行已经致仕回家，代替他位居首辅的是王锡爵，于是万历便把王锡爵召来，命他尽快拟出谕旨，昭示三王并封之意。这个王锡爵和申时行本是同年，他们都是嘉靖四十一年（1562）壬戌科的进士。申时行是那一科的一甲一名的状元，而王锡爵则是一甲二名的榜眼。王锡爵廷试虽仅次于申时行，会试时却是当时的会元，名次还在申时行之前，在应试为文虽与申时行不相上下，但实际上却远不及申时行的干练精明，不过是个唯唯诺诺，诸事仅能如命照办的人。他被召奉命之后，回来便已把三王并封的旨意拟就，并未悟出其中还有什么别的道理。但是，就在他拟旨之时，此事却已在外面传开。于是其他阁员以及很多坚主立储的头面人物，便都赶来看他，向他说明这是压低皇长子的一个陷阱，这道谕旨可是万万拟不得的。王锡爵本人也是个守正之士，至此方始大悟，因而不但停止了拟旨，并向万历表明了“三王并封”不宜实行的道理。于是，这另外的一招，便又胎死腹中了。
“待嫡”和“三王并封”，最终的用意虽在争持立储，切近的作用却在扰乱施行皇长子的预教。这两者都已失败，预教之事便已不能再延，终于在皇长子十三岁时，还是只得如议照办了，并且一切仪注也都与东宫出阁无异。这样，维护皇长子的利益的守正诸臣，便又赢得了第二个回合。
万历采用拖的办法，虽然给他赢得了不少时间，但反过来，时间又给了他越来越多的压力。因为拖而又拖，皇长子不觉已达到了冠婚的年龄，应该让他冠带成人，举行婚事了。在这件事上，相互对立的两方，都又摩拳擦掌，再作一番斗争。站在郑贵妃方面的人，为了不使皇长子与诸子有异，都主张不待册立，先行冠婚，这样在婚礼上，便与诸子不会有何差异。而站在皇长子一方的守正群臣，却觉得冠婚是件大事，实在马虎不得，因而坚持必须先行册立，让皇长子以太子的身份举行婚礼才行。依照明代的宫廷惯例，不论太子还是诸王，年到十五六岁，便已到了冠婚之年，不能再延迟了。但是皇长子的婚期，却因两方相持不下之故，给推迟了很久。这时，时间的压力便更显现出来了。因皇长子既然不得冠婚，他下面的弟弟们自然也就没有抢在他的前面，先行冠婚之理。这样首受其害的，便是皇三子朱常洵，这事拖到万历二十九年（1601），皇长子年已二十，朱常洵也已年至十六，他们都还没能成婚，这让举国上下都已感到实在是件奇事。熬到此刻，万历自己也觉得实在熬不下去了，无可奈何，只得勉从众议，就在那年把皇长子朱常洛册立为皇太子，并于次年二月，又为他举行了婚礼。这样，万历一方可算是一败涂地，守正诸臣终于取得了完全的胜利。
皇长子虽然已被册立，但斗争却并没有完结。在拥护诸臣方面，虽说目的已达到，似已无事可干，但又都还感到，太子虽立，而根基欠稳，最怕会有什么变化，所以都在时刻注意着。在另外一方，主动的力量却也有了变化。在储位未定之时，万历实也极想立爱，所以常常起着主力作用。但因一再失败，而且立长之局终已无可变易，他的疏懒本性便又显现出来，变得听之任之，安于现状了。反之郑贵妃和她的父亲郑承宪、伯父郑承恩、哥哥郑国泰，以前都只在暗中煽惑、鼓动，如今却更鼓起劲来，想方设法，组织人力鼓吹，并谋划把已被册立的太子加以废弃了。他们突然这样尽力，也是势在必行，因为他们知道，他们已经深深地得罪了太子。一旦太子登基，等待着他们的将是什么，实已不问可知。只有废了太子，他们才能得救。为了鼓起已经冷下来的万历的劲儿，他们一面在外使人拼命鼓吹废立，一面便又重新煽起“妖书”一案来，扩大影响。所谓“妖书”一案，那是还在太子册立之前就发生了的一个案子。原来那时身为刑部左侍郎的吕坤，在他尚任按察使出巡山西时，写过一本名为《闺范图说》的小书，书中所载是历代一些贤德女人的图说。那时内监陈矩恰好奉诏在外收书，这本小书也便被他收进。万历因见那是本讲妇德的书，便把它赐给了郑贵妃。郑贵妃看过那书以后，自己又另外加上了十二个人的图说，并且为之作序，交由她的伯父郑承恩拿去刻板成书，又印了一些散放出去。这事原很平常，但那时的言官动辄假公济私、乱肆攻击的风习已成，给事中戴士衡因与吕坤有仇，便借此事疏劾吕坤假手郑承恩向郑贵妃进书，结纳宫掖，包藏祸心。这时忽又有人给《闺范图说》作了个名为《忧危竑议》的跋，说是吕坤撰《闺范》一书，以汉明德马皇后为首，是由于那马皇后乃是从宫女渐次晋封为后的。他的用意，分明是向郑贵妃献媚。郑贵妃所以要刻这书，也是深知其意，为把自己的儿子常洵立为太子取个先例。跋文还在最后说明了该文的取名之意，它提到吕坤曾上过名为《忧危》的一疏，说他在那疏里无事不谈，唯独不谈建储一事，他的用心，于此也可概见。这篇跋文主要虽是攻击吕坤，却又夹枪带棒，无处不在暗中攻击郑贵妃。因此，郑贵妃及其家人便都认为，作这跋文的人，定是出于疏劾过吕坤的戴士衡，或是曾劾过郑贵妃的全椒县知县樊玉衡这二人之手。于是通过万历，立即贬罚了这两个人，才算罢休。这事原已算是了结，如今忽又旧事重提，则是由于又出了一篇名为《续忧危竑议》引起来的。这篇《续议》用的虽是老套，而意指却已全非，它的要旨是说太子虽然已立，但是不久必然会被废去。因为他的被立便很勉强，皇上是被逼无奈才那么干的。这篇文章是托名为一个叫“郑福成”的人与来客对答的方式而写成的。那时朱常洵已被封为福王，从这取名，一望可知，是说郑贵妃的福王必将成功之意。文中还说，万历忽命朱赓入阁，也含有深意。赓者，更也。这也透露出了要更换太子的用心。大学士朱赓由于文中指名说到了他，便把那篇文章找到，献给万历去看，以明无他。万历看过此文，很是震怒，立即严命锦衣卫，务必严加搜捕，一定要把主犯拿获。
这一搜捕行动，造成了很大的混乱，不但滥捕了很多人，还有些人以此为由诬陷自己的仇人。如那时的锦衣卫都督与他的同僚周嘉庆不和，便声言那是周嘉庆搞的，将他捕入狱中。东厂原也是以缉捕为业的，对此自也不能放过，他们也逮捕了不少人，其中有一名叫皦生光的，据说是个妖人，嫌疑最大。巡城御史也跟着大加捕人，他们所捕的人中有个达观和尚，还有一个叫沈令誉的医生，说这二人的嫌疑最大。滥捕之外，一时纷纷告密者又有多人，一时把个京城闹得真是鸡犬不宁，人人自危。最有趣的是，当时身为首辅的沈一贯，为了想要打击次辅沈鲤和东宫讲官郭正域，竟也在这件事情上插上了一手。原来这个次辅沈鲤，在万历还是太子时，便是教导他的东宫讲官。他为人正直，讲书又极明白，实是万历最为敬重的一个讲官。他之入阁，也是万历一再示意方始成为事实的。沈一贯自始便很忌怕沈鲤，得知他已奉诏入阁时，更极不安。那时他曾写信给李三才道：“归德公（沈鲤是河南归德人）来，必夺吾位，将何以备之？”沈一贯之怀恨郭正域，也牵涉到沈鲤。原来郭正域初被选为庶吉士时，担任教习庶吉士的正是沈一贯。依例他们便算有了师生之谊，应该格外亲近才是。但是郭正域是个耿直人，很看不上沈一贯的为人，不但不执弟子礼，并且总是远着他。更巧的是，郭正域偏又是沈鲤的门生，这师徒二人因为气味相投，往来得倒很亲密。沈一贯又忌又恨，便不断在暗中打整郭正域。那时，他已利用楚王府宗人相讦的事件，把郭正域逼得辞官不干，就要回乡了，却又忽然发现巡城御史为妖书一案所捕到的医生沈令誉还曾是郭正域的门客，于是便又心生一计，想把郭正域也牵入这一案件里面，不但使他在这里面陷身，而且连他的老师沈鲤也逃不脱干系。他迅即动手，一面派人去追业已乘船南去的郭正域，一面又令人把厂卫新近又捕到的一名叫毛尚文的嫌疑犯交来，由他派人审问。原来这个毛尚文也在郭正域那里当过差，并且还和沈令誉相识。受沈一贯委派的锦衣卫陈汝忠，在毛尚文解到后，便取过一张锦衣卫的告身拿给他看道：“看见了么？能说出犯人来，这个就给你。”随后又进一步教他，要他咬住医生沈令誉，还要他把在郭府做过乳母的龚氏的女儿也牵扯进去，说那个年仅十岁的女孩子都知道此事。追赶郭正域的人，在杨村那里赶上了他。当即把所乘的船围住，把郭正域身边的仆人也都拿下，一并带来审问。
会审此案是由东厂太监陈矩来主持的。陈矩问那乳母龚氏的女儿道：“你看到的，那妖书的书板一共有多少？”那女孩子答道：“有满满一屋子！”陈矩不觉笑了，他说：“妖书一共只有两三页，书板会有一屋子么？”他又问毛尚文：“沈令誉说的那个书，是哪一天印的？”毛尚文接口便说：“是十一月十六那一天印的。”陪审的戌政尚书王世扬道：“妖书初十那天就搜到了，十六日又印，是有两本妖书么？”这些供词，简直都对不上号，只好赶走他们，不了了之。
后来又把皦生光和他的一妻一妾都带上来拷问，想让他们牵扯上郭正域。但是他们都与郭正域素不相识，问来问去，也没个头绪。
案子正在罗织之中时，太子的另一个讲官唐文献曾极力为郭正域排解，他找到了沈一贯，曾和他力争，并说太子已多次向他的近侍传话，要他们打探明白：为什么要杀他的好讲官。这时沈一贯感到倾陷郭正域怕难了，才示意不再向这方面深究。然而这事又是奉有“务获元凶”的严旨的，总得有个着落，于是主审人的算盘便落在了皦生光的身上。这个皦生光，据说原是个无赖，他伪造过一首诗，说是富商包继志所作，诗中有“郑主乘黄屋”这么一句，他便用来向郑国泰和包继志二人讹诈。由于这句诗与妖书多少总算沾着点儿边，所以如果用他搪塞交差，实在倒是很合适。主审人陈矩觉得，这个皦生光即便是冤枉，但他伪造逆诗，用来敲诈，也够得上个死罪了，就拿他来作为正凶，倒也没有什么。这样计议已定，真个便将皦生光当作正凶报了上去，并把他凌迟处死，算结了此案。
再说郭正域于中途被围时，围船的人把他看守得实在很紧，昼夜都有兵卒不断地巡逻，仿佛怕他跑掉。那时还不断地有人来劝他自杀，说是他的被捕不过是指顾间的事了。君子义不受辱，先期自杀一死，倒反是个好事。这些人，很多都是沈一贯派出来的。因为他如一死，很多事都可以算到他的头上。那时死无对证，由此扳倒沈鲤也更容易。然而郭正域却是个毫无所畏的硬汉。他说：“我是大臣，有罪应该明正典刑，陈尸法场，如何能躲向僻野，悄悄自杀呢？”他堂正无畏，不但抵住了暗算，同时也使沈鲤免去了不少麻烦。
盼着废掉太子的人，另外也还有个异想天开的打算，那便是希望身居正宫的王皇后早早死掉。如果天从人愿，王皇后真个死了，正宫一席自然是非郑贵妃莫属，那时“子以母贵”，母亲正位中宫，儿子也就成了嫡子，皇长子的东宫太子也就当不成了。这个王皇后，身体并不算好，而且由于不为万历所喜，各项供应也都很差，盼她早死，实在也并非全然无因。不过她为人端谨，安静无为，又得太后的关心庇护，所以供应虽差，在中宫服役的人数虽少，却也困不住她。他们虽然不住盼她早死，却一直都没能够如愿。事实上王皇后和万历竟是同一年死的，他们都是活到万历四十八年（1620）才死，王皇后死后只有几个月，万历便也随之而去了。
王皇后总不肯死，郑贵妃等人早已失去耐心，想要采取非常手段的念头怀谋很久了。但是，有李太后在，还使他们胆怯，总是不敢轻动。万历四十二年（1614）二月，李太后终于死去，最后的障碍已无，因此便在次年发生了梃击一案。