移宫一案是三案中的最后一案，它有前后两起，前一起还发生在红丸案之前，但波澜不大，只可算是个前奏。后一起则与红丸案相接很近，牵扯得也更重大，所以算是正案。
所谓移宫，就是一些不应占据乾清宫的人占据了那里，有人为了体制，要让他们迁出，因此而生出许多事来，这便成了移宫一案。
这个乾清宫，依照左光斗的话来说，那便是：“内廷有乾清宫，犹外廷有皇极殿，惟天子御天得居之，惟皇后配天得共居之，其他妃嫔虽以次进御，不得恒居，非但避嫌，亦以别尊卑也。”乾清宫既有如此显重的地位，所以常是很多妃嫔一心向往的所在，入宫之后，最大的愿望便是能定居在那里。万历四十八年，王皇后去世以后，万历也已有病，郑贵妃以侍疾为名，便也住进了那里。到七月十九日，万历已经去世，她却仍自住在那里，连一点搬出来的意思也没有。她很清楚，那里是象征帝权，应由皇帝进居的所在，她之赖在那里，是想做一笔交易，从中再捞取点好处。那时她与最得皇长子宠爱的李选侍已来往很密，常有勾结，所以与她合伙打算一同做好这笔生意。皇长子已经拟定了要在八月初一即位为帝，但是却还是住在他的慈庆宫里，没能搬进乾清宫去。新天子而不能入居乾清宫，这在封建皇朝实是件不可容忍的大事，群臣们都很急切，但是郑贵妃却仍然不肯迁出，却教人放出话来，要新天子答应封她为太后，封李选侍为皇后，才肯迁出。首辅方从哲是看重郑贵妃的意见的，露出一些无可奈何，只好且答应她的想法。但被众人一语驳倒：欲为太后，得先是皇后，哪有天子既崩而立后者？为此事最急切的是吏部尚书周嘉谟、兵科给事中杨涟和御史左光斗，他们直接向郑贵妃的家人施加了压力。那时郑贵妃的兄弟郑国泰已经去世，周嘉谟派人把她的侄儿郑养性叫来，向他晓以利害，要他去告诉郑贵妃，赶快迁出乾清宫才是知趣，否则惹出麻烦，后悔可就晚了。郑贵妃给吓住了，只好移居慈宁宫。这样，这位已经即位了好几天的新天子，才得住进了乾清宫。周嘉谟的这一手，有人说倒像是移宫一案的前奏。
这位在位只有一个月的皇帝迁入乾清宫时，却还没有皇后，他为太子时作为太子妃的郭氏已于万历四十一年（1613）去世，所以跟随他入居乾清宫的，乃是他最宠爱的李选侍。当时原有两个李选侍，由于居处是一东一西，所以被人称为东李、西李。东李人老实，也不得宠；西李又美貌又精灵，才作为选侍就是皇长子最宠爱的人。人们所称说的李选侍，指的就只是西李。李选侍究于何时入宫，已难确知，给事中惠世扬在劾“方从哲有十大罪、三可杀”一疏中，称“李选侍乃郑氏私人”，因此有人认为她大概就是郑贵妃送给皇太子的八美之一。她和郑贵妃很有些勾连，彼此相互捧抬，说她是郑氏私人，大概相去不远。李选侍不但和郑贵妃彼此勾结，并且作风也极相似，而且泼辣剽悍尤远过之。朱常洛的长子朱由校的生母王选侍，便是由于受到她的殴打，因而得病死去的。这朱由校便是后来做了七年皇帝，年号是天启的明熹宗，李选侍打了他的生母，因此后来疏论李选侍的人，便把“殴毙圣母”作为她的一条罪状。
李选侍为了给自己夺取权力，确也费尽了心机。她跟随朱常洛住进乾清宫后，已经晓得这个才即位的皇帝已将不久于世，那个皇长孙朱由校不久即将被立为帝。为此她首先便把这个孩子紧紧扣住，带在身边，想把他完全掌握在手里。另外她对朱常洛召见大臣谈些什么极为留心，总要躲在近处偷偷窃听。这位皇帝即位不久就卧病不起，倒给她干这一手准备了条件。那时她已封为康妃，自然于心未足，一心想着要当皇后，已经多次向新天子说过，要他赶快封她。原来依照惯例，皇太子的妻妾，只有正妻得称为太子妃，其他诸人都无称妃的资格，只可称为“选侍”。一旦太子即位，太子妃很自然地便成为皇后，仪式也较简单，新天子依例赐以册宝便算成了。选侍们成为一般的皇妃也可依例晋位，如想成为贵妃、皇贵妃都要由阁臣议过拟旨，才能册立，手续也便多了。朱常洛的太子妃郭氏已在他即位之前很久便已去世，在他即位为帝时，中宫皇后实已无人，但选后在封建社会中是件大事，人品、家世都很要讲求，李选侍的要求实在很难达到。但是李选侍却不管这些，总是极力要求。一天，皇帝卧在暖阁里召见大臣，说着了她的事，说是想把她封为皇贵妃。李选侍躲在通联暖阁的房里偷听到了，忙把带在身边的朱由校推入暖阁，要他到那里去代她声明：“不是要封皇贵妃，是要封皇后！”可是礼部侍郎孙如游把封皇贵妃的事都给推开了，他说目前连两位太后和元妃的谥号都还无暇议及，晋封皇贵妃的事只有缓办了。此后不久，新天子一命呜呼，李选侍不但没能当成皇后，就连个皇贵妃的称号也没有捞着。
移宫一案，是在朱常洛去世后就开始了的。依照正规，朱常洛一去世，没有资格在乾清宫居住的李选侍便该迁出宫去，由继位为君的新皇帝入内居住。但李选侍却学会了郑贵妃的那一手，她也坚持不迁，想借此再捞点好处。为此，她和也是顾命诸臣之一的兵科给事中杨涟很争持了一阵，由此并发生了很多变故。这件事的前后始末，便被人称为“移宫案”。
杨涟的官位不高，照说他是没有资格成为顾命之臣的。但他在疏论郑贵妃请封太后时就提到了李选侍和崔文升，说得很是切直。他说：“外廷流言，谓陛下兴居无节，侍御蛊惑。必文升藉口以掩其用药之奸，文升之党煽布，以预杜外廷之口。既损圣躬，又亏圣德，罪不容死。至贵妃封号，尤乖常典。尊以嫡母，若大行皇后何？尊以生母，若本生太后何？请亟寝前命。”这疏里有些语言，曾被人认为是过于冒犯天威，指斥乘舆之处。但卧病的皇帝看过后却觉得很好。三日后，他召见大臣，便特命把杨涟也列入其内。以杨涟的职位而言，离着被召入见还差得很远，因此，很多人都认为，怕是他那疏文出了毛病，会被召去面斥，甚至怕还要受廷杖。大家都去请求首辅方从哲设法解救，方从哲认为最好还是赶快上疏谢罪，也许还能有救。但是杨涟却不想谢罪，他说：“顶多不过一死，我并不怕。我自觉无罪，谢什么罪呢。”他就这么坦然地去入见了，结果真也没有什么。朱常洛只是要人见诸臣传话给外廷，要他们不要听外面的那些流言。郑贵妃请封太后，他也认为以不办为是，还应许了驱逐崔文升。他说话时，频频注视着杨涟，对他像极有好感。从此，他每次召见大臣都要把杨涟也列入数内，所以杨涟也成了受了顾命的诸臣之一。
明光宗朱常洛是在他即位为帝后的第三十天晨间去世的，由于死得有点突然，死时并没有什么大臣守在近处。李选侍想到不久廷臣们便要前来哭临（即向遗体告别），便先将大概即会被立为帝的朱由校扣留在自己的身边，又命几名内侍持梃拦住宫门，阻拦有人进入。她摆好了阵式，以便可以讨价还价，满足她的欲望。
廷臣们最先赶向乾清宫的，有吏部尚书周嘉谟、左都御史张问达，以及李汝华、杨涟、左光斗等人。为了等候首辅方从哲和其他阁臣，他们款步徐行，并且议论着目前的事务。他们说到朱由校并未经册立，又已无生母、嫡母，孤单无依，不知将由谁来扶持。有人以为可以托给李选侍，由她来照料。杨涟立即反对这个想法。他说，天子如何可以托于妇人之手？况且李选侍对这个皇孙又太粗暴。他提起了那次强行讨封的事，说他眼看着李选侍把皇长孙拉入推出，很不像样，如何可以由她来照料。他建议，未经册立并不要紧，反正如今他已是当然的储皇，大家应该尽快地去见他，群呼“万岁”，然后拥护出宫，暂往慈庆宫居住，摆脱开李选侍，才是上策。
汇齐了方从哲、刘一燝、韩爌等阁臣后，大家才都来到乾清宫门，在那里，他们却被持梃的内监拦住，不容进入。此时杨涟奋勇当先，他大喝一声：“奴才！我们是皇帝召来的。皇帝已经晏驾，你们拦在这里，想干什么！”一下喝退了内侍，大家才得进入。
哭临已毕，群臣方始发现，并没有见到皇储。次辅刘一燝忙问近旁的内监，“圣上殡天，皇储便该在灵前即泣，如何却不在此？”内监们都避而不答，只有曾为明光宗伴读的内监王安近前来悄声道：“是让李选侍给藏起来了。”刘一燝大声喊道：“哪个大胆的，敢把新天子给藏起来！”王安又赶忙道：“别急，列位在此稍候，等我进去看看。”
王安到里面去见到李选侍，向她说了须得群臣拥立的重要，皇储出见群臣是必不可免的。李选侍一时被他说动了，即将朱由校交给了王安。但是忽而又觉有些不妥，又忙想去拉他。王安牵住朱由校，闪过了这一拉，便忙奔向外面。外间守候着的诸臣，一见便都高呼“万岁”，并由刘一燝在左，英国公张惟贤在右拉住皇储的双手，把他扶着登上了停在宫外的御辇。这时宫内不断传出“哥儿回来，哥儿回来”的高呼，还有几批内侍追赶出来，想把人再抢回去。刘一燝靠紧了御辇疾行，一连挡回去了三批追来的内侍。他把皇储护送到文华殿后，等候在那里的群臣便都拜呼“万岁”，并立即把皇储先行立为东宫太子。至此，在群臣和李选侍的争夺中，群臣一方先胜了一局。
东宫册立完毕，李选侍还不断派人来催，要叫新册立的皇太子回乾清宫去。刘一燝向众人宣说：“乾清宫不能去，殿下暂时先在慈庆宫居住。”才被立为太子的朱由校，很怕李选侍，对这一宣示也极满意。刘一燝又向王安道：“主上年幼，又没有母后，外廷有事，都由我们承当，宫中的起居，都要偏劳你们了。”王安一向便看不过李选侍的举止，对她殴辱王选侍致死更是极为愤恨，因而也就欣然表示同意，愿以全力扶助新立的皇太子。
皇太子已立，下一步便是议定登基的日期。对此，意见颇为不一，有的主张尽快办理，就在当日午时便可举行登基大典；有的主张稍迟一点，等到九月初三再办；也有人主张不应过急，总要诸事就绪方好。杨涟便是个主张缓办的人，他以为父丧未敛，就忙着要衮冕临朝，于礼似有未合。他的这种主张，以当时的情势而言，自然并不妥善。因为，虽说太子已立，但那是采用非常手段由群臣拥立的，与正规礼法有所未合，根基也就并不牢固，所以从速登基，才是上策。不然，夜长梦多，会有意外的变故也很难说。杨涟显然没想到这些。左光斗甚至气得啐着他骂道：“事脱不济，汝死，肉足食乎！”最后，大家议定，应于初六日登基，但必须把李选侍先期从乾清宫里赶开，才更显得光辉堂正。这样一场驱赶李选侍的举动便开始起来，诸臣纷纷递出笺奏，要李选侍应顺众议，从速离宫。诸臣也都上疏论述李选侍必须迁出乾清宫的道理。这些疏中，以御史左光斗的疏文说得最为切至。他说：“选侍既非嫡母，又非生母，俨然尊居正宫，而殿下乃退处慈庆，不得守几筵，行大礼，名分谓何？选侍事先皇无脱簪戒旦之德，于殿下无拊摩养育之恩，此其人，岂可以托圣躬者？且殿下春秋十六龄矣，内辅以忠直老诚，外辅以公孤卿贰，何虑乏人，尚须乳哺而襁负之哉！况睿哲初开，正宜不见可欲，何必托于妇人女子之手？及今不早断决，将借抚养之名，行专制之实，武氏之祸再见于今，将来有不忍言者。”
这时李选侍在乾清宫里也正与她的左右谋划对策。她的亲信内侍李进忠认为，总要设法仍旧把皇太子掌握在手里。他还说，李选侍可以传谕出去，凡有奏本，一律先送乾清宫，然后再由这里转往慈庆宫去。这样也就抓住要害了。这个李进忠，就是后来不可一世的魏忠贤，他初入宫时，用的原是“李进忠”这个名字。在追抢朱由校的几批内监里，李进忠也是最出力的一个。由于看到了左光斗直斥之为武后的疏文，李选侍极为气恨，李进忠便又献策，要她把左光斗召来，然后把他杀了，做个样子，杀一儆百。但是他们如何召唤得动左光斗，左光斗断然拒绝，说：“我天子法官也，非天子召不赴。若辈何为者！”此计不成，李进忠又策划把朱由校骗入乾清宫，能把他控制在身边，不但左光斗可杀，垂帘听政也就不在话下了。这些策谋他们都曾力谋实现，但是不但都失败了，而且逼他们迅速迁出乾清宫的申谕却不断传来，对方反而逼到头上来了。
对付要她移宫的事，李选侍用的是“拖”的办法。她不说不迁，却又总是赖着，还不断叫人散出必须缓期的说法，希望日久生变。首辅方从哲是她寄予希望的人。方从哲在表面上也是坚主移宫的，却又主张不可逼得太紧，不妨稍缓。拖到九月初五，已经到了最后关头，明天新天子就要即位，可是乾清宫还是没有让出。至此，群臣积愤已极，纷纷涌到乾清宫外，喧叫着要李选侍赶快离开。这时方从哲仍在劝说众人，认为就迟一点，也没什么。次辅刘一燝可按捺不住了，他引用万历时的故事说：“仁圣，嫡母也，移慈庆；慈圣，生母也，移慈宁。今何日，可姑缓耶？”杨涟也说：“昨以皇长子就太子宫犹可，明日为天子，乃反居太子宫以避宫人乎？即两宫圣母如在，夫死亦当从子。选侍何人，敢欺藐如此！”这时李选侍也不断派出人来探听情况，还命人散布一个说法，说是李选侍也是顾命者之一，把新天子就交给她，也并非无据。杨涟厉声斥责了说这话的人，并问他们：“你们吃的是李家禄么？除非你们杀了我，否则，今日不移，死也不去！”刘一燝、周嘉谟等人也纷纷斥责那些人，喧声直达宫内深处。李选侍被这势头吓住了，只好认可移宫，匆匆忙忙，当日便离了乾清宫，迁往仁寿殿中暂住。新天子因而也就可以如期即位，并且住进这个所在。本来移宫之事，至此已可了结，但由搬迁的时间太紧，竟又生出许多枝节，遂使移宫一事终又成为移宫一案。
由于搬迁的时间太过匆迫，情势非常混乱，有些内侍便趁机盗取内府秘藏，据为己有。有人因怀里暗藏的金宝过于沉重，竟在乾清宫外跌倒，把金宝撒了满地，泄露了偷盗之事。当时被捉获的便有内侍刘逊、刘朝、田诏等人，后来又陆续捉有王永福、姚进忠、姜升、郑稳山、刘尚理等多人，都是李选侍的近侍。
新天子朱由校也禀赋了乃祖乃父贪财的习性，对于诸人乘乱盗宝，极为愤怒，立即传谕把这些人交由刑部严办。这些内侍都已财多势大，奥援很多，到了刑部，上下打点，倒也无事，还散出一种流言来，说是新皇帝待先朝的妃嫔太薄，作为反击。李选侍的宫人、内监由于忽然失势，也极不满，对此也就加意宣扬，一时倒闹得宫里、宫外，怨声不绝。加之在移宫一事中出力最多的杨涟也有些愚执不化，他在李选侍迁离后便曾宣说：“选侍不移宫，非所以尊天子；既移宫，又当有以安选侍。是在诸公调护，无使中官取快私仇。”他的这番话，更加重了薄待先朝妃嫔的流言，甚至传出了李选侍投缳自缢，皇八妹（朱由校同父异母的妹妹）投井自杀的传闻。御史贾继春觉得这倒是个机会，便上书内阁，责怪他们于新君即位伊始，便导以违忤先皇，逼逐庶母。他还列举明孝宗不罪万贵妃、明光宗宽容郑贵妃两事，要阁臣辅佐新君，取法于此。他在结尾时更切实地说，“而玉体未寒，爱妾莫保，忝为臣子，夫独何心！”贾继春之上书内阁，暗中也有迎合主张移宫稍缓的首辅方从哲的用意，想借此取悦于首辅方从哲，日后可以有些好处。但是那时的门户之见已深，凡是敢为李选侍说话的，便都被目为奸邪，方从哲自己都已不敢出声了，如今忽然半路里又杀出个贾继春来，那还了得！为此，给事中周朝瑞等便迎头给了贾继春一阵痛骂，彰明较著地把他说成了奸党。贾继春岂肯示弱，便又上书反攻，书中有“伶仃之皇八妹，入井谁怜；孀寡之未亡人，雉经莫诉”等句，把外间的传言，以骈句加以宣扬。他这两句，一时倒成了名句，一时举朝内外都在传诵，连刑部尚书黄克缵也很受其影响，对此加以探问，事情竟然闹到才即位的新君不得不亲自出面，降下谕来，说明此事。他在谕内列举了李选侍的种种罪行，例如殴辱他的生母，要挟要封皇后，妄图垂帘听政，等等。并说，“大小臣工，惟私李党，责备朕躬”。谕文降入内阁，要阁臣拟旨公布。首辅方从哲认为不妥，说是“迹或涉于彰父之过”，运用他作为首辅的封驳权，封还了这道上谕，没有把它发出。这时杨涟也觉得贾继春的前后两书影响很大，不能不把内情向外说明，澄清那些流言。于是他也上了《敬述移宫始末疏》一文，说明情况。他在疏中还说，“选侍自裁，皇八妹入井，蜚语何自，臣安敢无言。臣宁使今日忤选侍，无宁使移宫不速，不幸而成女后独览文书，称制垂帘之事”。新君下诏奖誉了杨链志安社稷，并也降谕证明杨涟所说的都是实情。那道敕文把事情说得也很详细，大致是这样的：
九月一日，皇考宾天，大臣入宫哭临毕，因请朝见。选侍阻朕暖阁，司礼监官固请，乃得出。既许复悔，又使李进忠等再三趣回。及朕至乾清宫丹陛，进忠等犹牵朕衣不释。甫至前宫门，又数数遣人令朕还，毋御文华殿也。此诸臣所目睹。察选侍行事，明欲要挟朕躬，垂帘听政。朕蒙皇考令选侍抚视，饮膳衣服皆皇祖、皇考赐也，选侍侮慢凌虐，朕昼夜涕泣，皇考自知其悮，时加劝慰。若避宫不早，则爪牙成列，朕且不知若何矣，选侍因殴崩圣母，自忖有罪，每使宫人窃伺，不令朕与圣母旧侍言，有辄捕去。朕之苦衷，外廷岂能尽悉。乃诸臣不念圣母，惟党选侍，妄生谤议，轻重失伦，理法焉在！朕今停选侍封号，以慰圣母在天之灵；厚养选侍及皇八妹，以敬遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣。
这道敕谕支持了杨涟，却也使贾继春和另一些人忌恨。贾继春借出巡江西之便躲出去了，暗中却指使同伙散布流言，说杨涟结纳内监王安，想被任为阁臣。杨涟是个烈性人，哪里受得了这个？一面抗章申辩、请退，一面便去往城外候命，以示请退的决心。朱由校又褒奖了杨涟的忠直，而以流言确也太多，便准许杨涟暂且回籍。
次年春季，贾继春才从江西回来。那时已经改元“天启”，杨涟也回家了。贾继春在路上打探得知，杨涟虽去，他的事却没完。于是他便先不回京，且先绕道回家，并先驰递一疏，说明他要上疏给阁臣的缘故。他在疏中有“威福大权，莫听中涓旁落”一语，内监王安便以此激使天启发怒，严旨切责，要贾继春明白回奏，他这样说用心何在？贾继春慌了手脚，忙上疏认罪，说是凡他所说各事，都是道听途说，实该万死。但哀恳也并无用，连上疏为他求免的人，都也几乎得罪。
贾继春受到了“除名永锢”的处分。这实是很重的处罚，一般说来，受到这样的处分，便与仕途绝缘了。但他却并未如此，四年以后，他忽被魏忠贤以中旨召复原官，并和杨涟为了移宫一案，又大干了一场。魏忠贤倒台后，他也以交结近侍的罪名，被判处徒罪三年。这时他才愁恨而死。