以上各章，已将梃击、红丸、移宫三案的始末和结果都作了叙说。严格说来，三案都应属于宫廷案件，在元凶已获，罪人斯得，原已可算了结。但由每一案件自发生以至暂结，都牵扯到很多复杂的关系，盘根错节，很难了断，以至每案虽结，却都不能彻底，总都留有一些重新爆发的隐患，使当时的有识之士仍暗暗担心，觉得矛盾未消，祸乱堪虞。所以如此，这是由于明代自始便是以各个部门之间相互制约来增重帝权的，随之而来的便是诸臣之间相互勾结，渐成门户。到了明末，门户更多，争斗益烈，而且内外相结，自后妃、诸王、内监、外戚、阁臣、九卿、言官、外吏，以至去官乡居的名人、学士，无不涉及门户之争，各有一派。但是派别虽多，小的争论固然各自有异，遇到大的论争，声气相通者又常相互依附，与相异者共争。这样，就又常成为相互对立的两派。万历、天启间的御史焦源溥在论及两派互争的一疏中，把这两派称为“忠”与“非忠”的两派。他认为，在万历时，为着要使皇长子得立而出力的人，便属于忠派；站在郑贵妃那一边的人，便是属于非忠的。到了明光宗已即位为帝以后，为维护太子妃郭氏和天启的生母王氏的名号而力争的，便属于忠派；为李选侍而争的人，便属于非忠。焦源溥所说的“忠”与“非忠”，是疏文中的用语，其实外廷以至民间常是直以忠奸为称，区别二者。被认为是忠党的人，一是由于他们的主张合乎公论，循于正统；二是这类人中，为官清正、廉洁自持的人也较多，于是便被赞为忠党。另一派人，很多都是趋炎附势之徒，所为都要图谋私利，其中廉洁的人极少，所为又常有悖于公论，所以人们便常骂他们为奸臣，派为奸党。这两党之间，虽然也有些自以为是不偏不倚的中间派，但在人们的心目中，却总是非此即彼，不容有所中立。想要居中的人，弄到两头挨骂的时候，也是很常见的。譬如那时的刑部尚书黄克缵，便是想要持平居中，两不相附的人，但东林党人却把他目为奸党，他上疏和焦源溥相驳，认为焦的忠与非忠之说并不全对，甚至身居帝位的天启也卷入了派系之中，他为此便曾怒责黄克缵“轻肆无忌，不谙忠孝”。直到黄克缵惶恐谢罪才罢。
这位天启皇帝朱由校，即位之初原与忠党的观点一致。他之怒责黄克缵，一是由于太子妃郭氏是他的嫡母，而王氏是他的生母，另外也由于他是被王安、刘一燝、杨涟等人奋力从李选侍手中夺了出来，才得以登上帝位的，自然对于很多事情的看法也与他们一样。但他虽已年逾一十六岁，由于缺乏定见，所以极易改变，仍然像个孩子，过后不久，突然变得判若两人，虽然不为无因，但当时在他左右的人，都是很难想到的。
在天启改元前夕，首辅方从哲已因多方被劾，自请去官，前首辅叶向高又被召回，重为首辅。天启改元后，辅臣共有八人：首辅叶向高、次辅刘一燝，以下依次是韩爌、史继偕、沈氵隺、朱国祚、何宗彦、孙如游。叶向高是在方从哲之前的首辅，为人正派，威望很高。刘一燝是抢护天启出力最多的人，方从哲去后，叶向高未到之时，他曾有一段时期暂为首辅。他们以下的六个人，除了沈氵隺是方从哲所荐，后来又与魏忠贤暗有勾结外，别的人都很正派，因此一时颇有内阁得人之称，有人甚至以为，可以由此望治。但在万历时代积久的腐朽混乱之后，君臣都是精干有为，望治也已不易，像天启这样的人坐了江山，如何会有望治的希望呢？
说来，这位天启乃是明光宗的皇长子、万历帝的皇长孙，在封建帝室中，他的地位是无与伦比的，原该受到很好的照料和教育。不过，实际说来，他所受到的教育却是极少，在明代一十六帝中，他可算最差的一个了。这也是环境特殊所致。因为，他的父亲朱常洛半生都是在危惧飘零之中，地位总是极难巩固。他自顾不暇，哪里还能顾及到自己的儿子。他的母亲，就是那个被李选侍殴打致死的王选侍，她更自顾不暇了。所以，老实说来，这位皇长孙，地位虽优，却缺少人理会。教导、照管他的人，没有专门配给。从小便是由他的乳母客氏带着，躲在太子宫的一个角落里，凄凉孤苦地悄悄长大起来的。他对他的乳母感情特别深厚，几乎离不开她，这也由于多少年来，客氏不单是他的乳母，也是一个可以为他解除孤独、给予安慰的庇护者。由于生长在动荡危乱的环境中，天启很胆小，好哭。李选侍派人追他回去时，追到他的人向刘一燝说，“哥儿胆小，怕见生人”，说的确是实话。他传谕诸臣时，自己也说，“六七日来，朕无日不在涕泣之中”，说的也是实话。他自即位以来，外廷依靠刘一燝、周嘉谟、杨涟、左光斗等人，内廷则全靠王安。他之依靠这些人，并非出于认识或是信赖，而是有如儿童依靠成人那样，只是一种依赖。他所深信的，真心以为依靠的，却只有客氏。因此，魏忠贤掌握住了客氏，天启便很自然地也落入了他们掌握之中。
天启对于客氏，实在爱之有如生母，在他初即位时，正是红丸、移宫两案一时俱发，举朝上下都极纷乱，而他却什么也都不顾，首先便是，立刻迫不及待地将客氏封为奉圣夫人，把客氏的儿子侯国兴、弟弟客光先，也都封了官。次年改元，他已年及十七，四月间大婚，已册立了皇后郭氏，但他仍然舍不得离开客氏。依例，皇帝已婚之后，便是嫡母、生母也要离开他，迁出宫去，乳母自然更不消说了。因此，就在天启婚后，御史毕佐周和刘兰便都上疏请令客氏迁出，大学士刘一燝提到了这一件事。天启极为不舍，仍想留她住在宫里。他说：“皇后年幼，全靠乳媪保护，等皇祖（万历）下葬后再说吧。”后来谏疏纷至，他迫于众议，才只好让客氏离去。但他每日思念，常至流涕，有时甚至想得饭也吃不下去，最后还是传出特旨，仍把客氏召回，才算了事。
魏忠贤之所以得势，也是由于他和客氏建立下了特殊的关系而造成的。他原本姓魏，入宫为太监时，却改名为李进忠。在得侍奉天启后，恢复了原姓，天启又赐名为忠贤，所以此后他便又以魏忠贤为名。他初入宫时，原本拜在大太监魏朝的名下。这个魏朝，那时便和客氏有“对食”的关系。所谓“对食”，便是宫中有权势的太监，虽并不能人道，却还要在宫中找个宫女或别样的女人共同居处，俨然有如夫妻。宫中称这种关系叫“对食”。有时也称这一类的女人为××的“菜户”。魏忠贤师事魏朝，和他的“菜户”客氏也混得很熟，并且更得其欢心，渐渐他竟挤开了魏朝，使客氏倒成了他的“菜户”了。关于魏忠贤和客氏，一时有很多小说都提到了他们，有的还描写得极为不堪，有的甚至于说，魏忠贤并不是个完全不能人道的太监，所以客氏才那么离不了他。这些都是流行于当时市间的夸张之词，我们且不管它。但他们二人，当时人称“客、魏”，关系之密，却也不在话下。他们所以亲密至此，性情相投，彼此又相互利用，大概是最主要的原因。
客氏实在是把魏忠贤送上台去的主要力量。最主要的当然是由她而使得天启信任和依靠了魏忠贤。还有魏忠贤能从惜薪司调往司礼监为秉笔太监，后来又得到了提督东厂事务的任命，也都是由客氏为他营办的。更稀奇的却是，位分原在魏忠贤之上的，司礼监掌印太监王体乾，竟心甘情愿反居于魏忠贤之下，一切都听他的指挥、调度，也是由客氏给他安排下来的。而她之所以能得如此，则与她们曾帮王体乾登上了司礼监掌印太监位置有关。原来天启初立之时，升任司礼监掌印太监原是王安分内的事，王安也自觉别无对手，便依例一再推辞，认为辞而后得，这才体面。那时王体乾也想谋取这个位置，又得知客氏和魏忠贤都很怕王安得任此职，便托他们代为谋取，条件则是，事成之后，他甘愿在魏忠贤之下，一切都听他的调度、指挥。由于掌印太监要有批硃、拟旨等项工作，魏忠贤识字有限，不能胜任，所以客氏便答应在这种条件之下，帮他谋取。事成之后，王体乾果然事事都总让着魏忠贤一头，因他们既能代他谋到，便也可以又行取去，不低他们一头，也办不到。
这魏忠贤虽说识字不多，但手段却并不少。他早已看透了天启，不过是个无知的孩子，并且发现，他与其父其祖一样，也是贪财好酒、耽于女色。这些弱点，魏忠贤立即加以利用，还诱使这个孩子过早地服上了春药。他使人进献一种名为“灵露饮”的药，天启初服之后，觉得既能助兴，又提精神，很是高兴。但服得久了，却渐变得周身浮肿，精神委顿。明代的皇帝，除去朱元璋和朱棣活得较长之外，寿数都不算高，大多是才过中年便下世了，但其中享年最不久的，还要数到天启。他才只二十三岁便去世了，可以说是夭亡。所以竟会如此，魏忠贤极力诱导着他恣情纵欲，春药服用得太多，不能不说是一个主要的原因。
魏忠贤还发现了天启有个特别的癖好，便也加以利用。原来天启自幼孤零无依，便躲在一边，自己找点材料，以做些小房子来自乐。久后技巧日进，成品日精，每日劈削刨锯，油漆彩画，竟自成了癖好。当上了皇帝，他的这种癖好更有所发展。环境变了，工具、材料样样方便，他更乐此不疲，哪里还会想到成为国君应该勤劳国事，日理万机。魏忠贤利用他的这一点，就是每逢他做到最为高兴时便来奏事。天启这时最怕有人前来打扰，总是忙着让他走开。“你都看着办吧，怎么办都行！”他老是这么说着让他快走。魏忠贤要的正是这个，于是立即便以天启的名义来办他的事了。魏忠贤后来称为“九千岁”，被人认为是站着的皇上，所靠的便是，他把这个孩子已可玩弄于掌股之上。明代自始至终便是在官僚机构内部安排矛盾，使能彼此牵制，以便增重帝权，一切都由皇帝说了算。明代诸帝中，虽有很多幼主和倦于理事的人在位，却仍能把皇位坐得牢牢的，这是他们所建立的机构的成功之处。但从万历以至天启，诸事不理还要乱搞了几十年，把国事搞到凋敝腐朽之至也无法挽救，只有坐待其亡，却又是他们苦心经营这些制度时所没想到的了。
魏忠贤控制住了天启，更向各方面扩充他的势力。他不但把内监二十四衙门都完全控制在手内，进一步更把手伸向了外廷。在阁臣中，沈氵隺是方从哲那一系的，和他早就有勾结，但并不以此为足，还更设法把依附了他的顾秉谦和魏广微都塞入阁中，替他办事。这顾秉谦，便是杨涟在劾魏忠贤一疏中，讥之为“门生宰相”的那个人。魏广微的父亲魏元贞倒是个正直人，在朝时名声很好。魏忠贤因为和他们是同姓，且又是同乡，很愿意和他们拉拢。魏广微也觉得这条路是个好门径，因而一拍即合，就此成为一党。继二人之后，因依附魏忠贤而入阁的，又有黄立极、施凤来、张瑞图等几个人，内阁也就控制在魏忠贤的手中了。但是，在投靠他的人里面，被认为最得力的，却是并没能入阁的崔呈秀。这崔呈秀，是个善于钻营、到处伸手的御史，他的贪污案发，都御史高攀龙和吏部尚书赵南星要来办他。崔呈秀为了解救自己，便到魏忠贤处去乞怜，叩头哀哭，并认魏忠贤为父。魏忠贤运用自己的力量包庇了他，从此崔呈秀便成为魏忠贤的死党。他这人极为狡诈，极会出坏主意，因而成了魏忠贤的第一个谋主。魏忠贤的党羽极多，最出名的，以势位而言，有“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等等名目。作恶最多的“五虎”中，便是以崔呈秀为首，以下的四人则是田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕。这五个人都是文臣，是专给魏忠贤出谋划策的。在“五虎”之下的“五彪”是：田尔耕、许显纯、孙去鹤、杨寰和崔应元。这五个人都是武臣，又都在锦衣卫镇抚司、东厂等类处所任事，是专替魏忠贤捕杀异己的人物。“十狗”比不上“五虎”和“五彪”，但也都是些专出坏点子的人。他们之中，有名的有吏部尚书周应秋、太仆寺少卿曹钦程，还有那个最先向天启进“灵露饮”的霍维华。“十孩儿”中出名的有李蕃和李鲁生，他们比“十狗”又要差些了，但他们却也和崔呈秀一样，是魏忠贤的干儿。至于“四十孙”，那可就连干儿也当不成，只好当孙子，喊魏忠贤为爷爷了。
由于人以类聚，物以群分，以前被称为奸党的那些人，差不多都聚集到魏忠贤手下来了。在三案中，他们都吃了败仗，确实都极不甘心，眼见得魏忠贤的势力越来越大，已都跃跃欲试，想重新翻案，把那些自称忠党的人再打下去。魏忠贤也是在移宫一案中吃过败仗的，他的属下又屡受那些人的攻击，天启二年，杨涟还上疏劾他，说他共有二十四条大罪。这些他都记在心里，只因当时阁臣之中正人尚多，他没有左右阁臣的力量，所以暂时先搁下了。天启四年七月首辅叶向高已致仕回家，次辅刘一燝在更前些的时候便已离去，在内阁中，他安置下来的人也已多了一些，所以他便认为，借三案来打击那些反对他的人的时机已到，还要进一步将那些人除尽，把自己的势力更扩大一些。他们为了翻案，事先也做了不少准备，先在暗中修成了《三朝要典》一书，把翻案的要点都先已定好。继而又做出了些类如《东林点将录》、《缙绅便览》、《东林同志录》等黑名单式的小册子，以便“按图索骥”，一个也不让漏网。
翻案最先还是从梃击一案开始。这倒并不是以时间先后为序，而是因为从这一案可以用得罪先帝为名，最易找到借口。原来，自从王之寀用非常的手段查出了实情，虽然得到了胜利，但因显然危及了郑贵妃及其一家，使万历本人都陷入了困境，不知费了多少心力，才得勉强告一段落。为此，万历对王之寀实已怀恨在心，当时虽然无从下手，但总想找个机会来惩治他。皇帝有这种意图，迎合他的心思的人自然很多。果然只过了两年，到万历四十五年（1617）京察（对官吏按期考核，名为“京察”）之时，给事中徐绍吉、御史韩浚便对王之寀加以罗织，说他贪污有据，给了他一个削去官籍的处分。王之寀被削籍回家后，直到天启改元才有人为他讼冤，又得入京为官，并做到了刑部侍郎。由于他一直在刑部为官，提到三案情况的时候较多，他又常常矜夸自己，时常讥讽那些说张差是疯子的人，所以初审此案的人，如刘廷元、胡士相等人，便都恨之入骨。等到翻案之风初起，王之寀便以“捏造案情，用以敲诈”的罪名受到了围攻，先被给以“除名”的处分还不算够，终至说他借此向郑国泰逼索过赃银两万两，把他抓入狱中，要勒索赃银八千两，按期追比，竟把他逼死在狱中。
先把主要的人物攻倒，然后说他得了若干赃银，抓入狱中，令其赔退。赔退不出，便要按期追比。所谓追比，便是按期用刑逼索。很多的人，都是被这么按期加以折磨而死在狱中的。
在《三朝要典》里，梃击一案的罪魁被认定是王之寀，所以对他也逼得最紧，折磨最甚。别的一些人，只要是附和过王之寀的，或者是攻击过方从哲的，也都被作为从犯，都没有放过。魏忠贤一伙，很想把方从哲再请出来，让他重任首辅。他们已敦请过他多次。方从哲为人并不正派，并且也极贪财好势，但他看事终较魏广微等要高一筹，他觉得魏忠贤他们所搞的那一套，实在太过险恶，为了保住自己，所以坚决不干。他这一手倒很高明，所以魏忠贤倒台后，他倒保持住了自己安全，没有丽名逆案。
在《三朝要典》里，红丸案的祸首是孙慎行。最先向他发动进攻的是张纳，孙慎行受到了“削夺”的处分。所谓“削夺”，便是不但削去了他在官的籍名，还把他所有的官阶、所得的封号，都加以夺除的意思。但这样也还没完，因为有个刘志选不肯甘心，连上两疏，论述其罪，终于把他定了个流戍之罪，要遣戍宁夏。好在那时文书往来极慢，定罪之后，还未成行，便赶上了天启死去、崇祯继立，孙慎行才得到了赦免。
翻红丸一案，主要在于报复那些疏论崔文升和李可灼二人罪行的人。东林党人所上的论疏最多，所以这一翻案也以东林党人所受的牵连最大。东林党的重要人物，如邹元标、高攀龙、李三才等人，都受到了追论。邹元标和李三才那时都已去世，但是还都受到了削夺的处分。高攀龙曾要严治崔呈秀的贪污罪，如今翻了过来，崔呈秀如何饶得了他，早已派出缇骑要把他逮进京去论罪。高攀龙是在缇骑将到时自沉于池而死的，但就这样也还是不能逃过崔呈秀的报复，缇骑硬是把他的儿子高世儒也锁拿进京，最后问了个徒罪。
移宫的罪魁并指为是杨涟和左光斗两个人。和另外两案比起来，杨、左二人所受的折磨可就比那两案中的人，要惨得多了。魏忠贤最恨杨涟和左光斗，因为这两个人都极力攻击过他。杨涟疏劾魏忠贤有二十四条大罪。左光斗疏劾过魏忠贤和魏广微，说他们有可斩之罪三十二条。为了要重新挑起移宫案的旧事，魏忠贤想到了被“除名永锢”的贾继春，这个人就是一直和杨涟与左光斗互争的，把他找来，一定有用。但是“除名永锢”的人不能离家一步，要调回他来又很麻烦，只有径以中旨召他入京复官才最方便。所谓中旨，便是略去票拟、批硃等类程序，直接以皇帝的名义颁发的旨意。按照明朝的规例，这种中旨是不合法的，阁臣有权加以阻驳，九卿也都可以拒不奉行。但在封建皇朝，所有的规例等等，在要它发挥作用时，倒像是铁的定则，不可或违；在不需要用它时，那些规例就又成了具文。明代诸帝中没有出过中旨要这、要那的，实在很少。天启在这方面是最突出的一个，他在位的时间虽短，发出的中旨却多。其实这些中旨都是魏忠贤打着他的旗号代发的，他自己常是什么都不知道。
贾继春原是被天启处以“除名永锢”的，如今又被以中旨召回复官了。他当然明白，何以又会把他召回复官，所以回京之后，首先便是疏论移宫，攻击杨涟和左光斗。他说：“涟与光斗目无先皇，罪不容死。且涟因傅櫆发汪文言事，知祸及，故上劾内疏、先发制人。天地祖宗所必殛，而止坐纳贿结党，则涟等当死之罪未大暴天下。宜速定爰书，布中外，昭史册，使后世知朝廷之罪涟等以不道无人臣礼也。”这是一篇精心策划、暗藏毒计的疏文。疏中“劾内”一语是贾继春生编硬造的，所谓“劾内疏”，便是指杨涟劾魏忠贤有二十四条大罪的那个疏文。贾继春不敢触及魏忠贤的名讳，才造出了“劾内”一语。内者，内监也，魏忠贤是内监，所以劾他便成了“劾内”。疏中提到汪文言，是为了要把杨涟等纳入汪文言的一案，才便于用刑逼赃。所谓定爰书，是说《三朝要典》要尽快公布，以定是非。这一疏本，有如事件进行的方案，后来的事情，都是按照他的说法来进行的，有些做得还更彻底，譬如为了要使对三案的记载相互一致，他们甚至连《神宗实录》、《光宗实录》也都改写过了。
所谓汪文言案，倒是很复杂的。汪文言这人倒可算得是个怪人，他读书很多，可以说是满腹经纶，但却从未经过科考，所以只能以县吏开始走入官场。作为县吏，由于他仗义任侠、多智数、善权变，很快便已声名远扬，被人当作是有如及时雨宋公明那样的人物。万历末年，刑部郎中于玉立告病回乡，需要有个人能为他探听京中的各样消息，便找到了汪文言，于是汪便捐了个监生，进入太学读书，借以探听消息。他这个人极善交游，很快便结识了很多朋友，并且还结识了在东宫为当时的太子朱常洛伴读的内监王安。王安维护东宫很出了些力，其中有很多事便是由汪文言在暗中为他策划的。万历死后，内廷全由王安主持，汪文言更受到了倚靠，简直成了王安的智囊。通过王安，他和外廷诸人，如刘一燝、韩爌、杨涟、左光斗等也结识了，并很受到他们的看重。叶向高重为首辅后，也极看重汪文言，荐他做了内阁中书。这内阁中书品位并不算高，但汪文言做来却极煊赫显耀，他和内阁九卿都有往来，户外常是车马盈门，极为热闹。
汪文言所相与的都是一些与魏忠贤对立的人，所以他与魏忠贤之间的关系就很紧张。魏忠贤不断地给他以打击，褫去监生，逮入监狱，褫职、廷杖……很多麻烦都落到了汪文言的头上。但汪文言却也不凡，虽然有魏忠贤和他作对，还是诸事都能化解，仍旧活跃在京里。辽东经略熊廷弼因边事受诬，似将论死，竟也还是恳托汪文言代他设法。汪文言辗转托人，最后竟把门路走上了魏忠贤那里。在魏忠贤那里，已经谈妥，孝敬四万银子，保管无事。不巧的是，款难凑出，最后竟成了空话。魏忠贤既心疼即将到手的银子，又晓得了最初的牵线人竟是他所恨的汪文言，更是大怒，便立将汪文言捕入狱中，交由许显纯来审问，并要他把赵南星、杨涟、左光斗、魏大中、王之寀等人都牵扯进去。汪文言备受酷刑，始终不屈，但这实则无用，许显纯拷问不出他想要的口供，并不着急，他已惯于弄虚作假，叫来了文案，叫他们伪造出一份汪文言的供词，造得尽合其意，把想牵扯入案的人，全都纳入了供词里面。
杨涟和左光斗，最终都以“党同伐异，招权纳贿”被定罪追赃。和他们同罪的，还有魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等人。各人应须追缴的金额各有不同，杨涟和左光斗都是两万，魏大中则只有三千，周朝瑞是一万，袁化中六千，顾大章的数目最多，竟达四万。以另案被逮的赵南星和王之寀，也要追比赃银，赵南星坐赃一万五千，王之寀则是八千。这些人大都清廉为官，哪里交得出那么些银子？但这倒也正合人意，因为他们的用意便不在收银而在“追比”。你拿不出银子来，我可要拷比用刑了。杨涟和左光斗，都是被五日一“追比”、五日一“追比”地，给打得体无完肤，最后都死在狱中。赵南星因曾身为阁臣，究竟要不同些，他虽没有受过刑辱，但是亲自来逮捕他的巡抚郭南友和巡按马逢皋，还是用当着他的面来笞打他的儿子赵清衡、外孙王钟庞来羞辱他。他被诬的那一万五千两赃银，虽由亲友们凑集着代他交足了，但是赵南星和他的儿子与外孙，还是没能躲过遣戍的罪名。
三案的主要人物，在天启五年秋大都已被定了罪。这些人虽然或死或戍都已就绪，但在魏忠贤一帮人看来，案子离着完结还远，因他们所修的《三朝要典》，直到天启六年（1626）才告完成，那里面还有很多的从属人物，也得一一逮捕归案。然而他们的愿望终归没能完全达成。次年，即天启七年（1627）八月，年仅二十三岁的天启皇帝终以亏损过度而御驾殡天，遗诏以他的五弟、信王朱由检嗣位，内廷、外廷都有了变化，魏忠贤等人的鸿运，为日已经不多了。