地形
日本是一个多山的岛国，山地成脊状分布于日本的中央，将日本的国土分割为太平洋一侧和日本海一侧，山地和丘陵占总面积的71%，大多数山为火山。国土森林覆盖率高达67%。富士山是日本的最高山，海拔3776米，富士山峰是日本最高峰，被日本人尊称为：圣岳。
日本群岛地处位于亚欧板块和太平洋板块的交界地带，即环太平洋火山地震带，火山、地震活动频繁，危害较大的地震平均3年就要发生1次。
日本的平原主要分布在河流的下游近海一带，多为冲积平原，规模较小，较大的平原有石狩平原、越后平原、浓尾平原、十胜平原等，其中面积最大的平原为关东平原。日本平原面积狭小，耕地十分有限，人口生理密度高达2924人\/平方公里，为世界第26位。
地质
日本位于亚欧板块和太平洋板块的消亡边界，为西太平洋岛弧-海岸山脉-海沟组合的一部分。全国68%的地域是山地。日本最高的山是著名的富士山，海拔3776米。日本位于环太平洋火山地震带，全球有十分之一的火山位在日本，在全国都时常会发生火山活动。据统计，世界全部里氏规模6级以上的地震中，超过二成都发生在日本。
河流
日本河流密布。绝大多数河流水流湍急，河水在流出山谷和盆地之后不久即汇入大海。黑部川便是河川径流“湍急”的极好证明，该河从其源头—海拔2900米高的日本阿尔卑斯山奔流而下，仅流经85千米便汇入日本海。
日本最长的河流是信浓川，它从中部地区的山地出发，穿过新潟县，一路奔腾367千米，到达日本海。利根川是第二大河流，它流经关东平原融入太平洋。第三大河流是北海道的石狩川，全长约268千米。
日本的湖泊数量不是很多。日本面积最大的湖泊是位于滋贺县的琵琶湖，其面积达670.3平方千米。琵琶湖属于构造湖，其历史相当长，生态系统多样，也是关西地区重要的水源。而最深的湖泊是秋田县的田泽湖，最大水深423.4米。海拔最高的湖泊是栃木县的中禅寺湖，湖面海拔1269米。因日本火山活动频繁，日本的湖泊中火山口湖和断层湖较多，如屈斜路湖、支笏湖、洞爷湖、十和田湖等。沿海地区则有一些湖泊是海迹湖，如八郎潟、霞浦、滨名湖、中海等。为实现发电和河流开发等目的，日本也兴建有很多水库规模较大的有黑部水库和德山水库等。
海洋
日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国，因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁，港口稀少，东部太平洋一侧多入海口，形成许多天然良港。
在东部太平洋一侧自南向北均被日本暖流（黑潮）环绕、东北部形成千岛寒流（亲潮），西部日本海一侧是对马暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交汇处，鱼类资源丰富，成为天然渔场。由于地处海洋的包围之中，终年温和湿润，冬无严寒，夏无酷暑。夏秋两季多台风，6月份多梅雨。1月平均气温北部-6℃，南部16℃；7月北部17℃，南部28℃。年降水量700毫米至3500毫米，最高达4000毫米以上。
自然灾害
2016年5月16日，日本关东地区16日晚发生5.6级地震，东京震感明显。
据日本气象厅发布的信息，此次地震发生在当地时间21点23分左右，震源地在茨城县的南部区域，目前推定震级为里氏5.6级，震源深度约40公里。此次地震没有引发海啸的危险。
自然资源
日本自然资源贫乏，除煤炭、天然气、硫磺等极少量矿产资源外，其他工业生产所需的主要原料、燃料等都要从海外进口。
森林资源
森林覆盖率占陆地面积的67.7%，是世界上森林覆盖率最高国家之一，但木材自给率仅为20%左右，是世界上进口木材最多国家。林业在日本的国土保护和涵养水资源方面的效益极为显著。日本的森林覆盖率居世界前列，但每年进口木材占总需求量的75％左右。日本南北温差大，树种丰富，其中，针叶林占2\/3，阔叶林占1\/3。日本的房屋和家具大量使用木材，“木”文化在日本人的生活中占有重要地位。但由于林业经营收入低，加之林业就业人口老龄化，日本的林业生产进展缓慢。日本主要木材进口地为美国、俄罗斯、加拿大、马来西亚、新西兰、巴布亚新几内亚、瑞典、智利、芬兰、印尼、中国。
渔业资源
日本专属经济区面积约相当于国土10倍，渔业资源丰富。北海道和日本海是世界著名的大渔场，盛产700多种鱼类。
植物资源
日本的植物种类繁多。在日本本土生长着约5560种植物（4720种被子植物，40种裸子植物，800种蕨类植物）。约有1950种被子植物和裸子植物为日本本土原生植物，约占日本所有被子植物和裸子植物的35％。这表明日本具有比其他国家更高比例的本土植物。约有1600种被子植物和高裸子植物为日本当地的原生植物。