海地占领时期（1821-1844年）
圣多明哥回归西班牙统治后，当地人民逐渐产生了独立建国的共识。1821年11月30日，前任圣多明哥总督JoséNú?ezdeCáceres将军领导下宣告建国，命名为西班牙海地，并期望合并在南美洲玻利瓦尔总统所领导的大哥伦比亚国之下。
但是在九周后的1822年2月，海地的总统让-皮埃尔·布瓦耶率军占领了西班牙海地，再次完成了全岛统一。布瓦耶占领了东部的西班牙海地国后，解放了当地所有的奴隶，布瓦耶命令没收白人地主的土地，并且把全国的农地完全归公。布瓦耶同时关闭了所有的大学，把18-25岁的多国（多米尼加共和国简称）男人全部纳入军队，并开始对多国人采取高压政策，许多上层社会的白人离开了岛上逃往古巴、波多黎各和其他地区。
布瓦耶开始在岛上广种经济作物，进行赋税改革政策并开放跟国外通商。这些政策虽然让多米尼加的甘蔗和咖啡产量大为增加，但并未广为农民所接受。布瓦耶认为解放多国是他带给多国人的恩惠，于是对军队里的多米尼加军人时常没有发给任何薪饷，许多军人便开始到处抢夺当地居民。这种恶性循环最后造成了经济停滞，财政赋税越来越重，导致各地多国人民甚至是当初被解放的奴隶开始结合串联反抗布瓦耶的统治，于1843年推翻了布瓦耶政权。
第一次独立（1844-1861年）
1838年7月16日，胡安·巴勃罗·杜瓦特与他的同事建立了一个秘密社会组织三位一体会（LaTritaria），目的是摆脱海地的统治而独立。不久之后马蒂亚斯·拉蒙·梅利亚和弗朗西斯科·德尔·罗萨里奥·桑切斯也加入了三位一体会。上述这三位后来皆被称为多米尼加共和国开国的国父。1844年2月27日，多米尼加共和国人民对海地展开了独立战争并同时宣告多米尼加共和国独立。多米尼加共和国的草创的宪法仿效于美国宪章，于1844年11月6日完成宣布。多米尼加共和国在独立成功后的数十年间，国内的经政起起伏伏，对外从1844年到1856年间不断的遭到邻国海地的侵袭，这段期间可以说是内忧外患不断。同时期佩德罗·桑塔纳（为抗战创国初期的军队统帅，后来成为首任，第四届，第八届总统）、布埃纳文图拉·巴埃斯曾参与独立战争，曾五次当选多国总统）两人在掌握政权时各都刚愎自用而互不相让，桑塔纳坚信多米尼加必须依附在西班牙帝国的保护伞之下才能免于海地的侵略，巴埃斯在期望法国来保卫多米尼加的计划不成后，转向希望多米尼加能并入美国，最后也功败垂成。
西班牙第三次殖民（1861-1865年）
佩德罗·桑塔纳继承了一个处于崩溃的边缘即将破产的政府。他开始与西班牙的伊莎贝拉二世女王和古巴总督谈判，将多米尼加变成西班牙的属国。在1861年3月，桑塔纳正式恢复多米尼加共和国归为西班牙。但是反对者的声浪一直不断，并于1863年掀起了复国战争，其中以罗里盖兹、孟席欧和格雷戈里奥·鲁佩隆将军为领导人物。当时位处西边的海地政权担心西班牙返回多米尼加后将会威胁到海地，于是积极的支援反抗军。正处于南北战争状态的美国也强烈抗议西班牙重返多米尼加进行殖民政策。复国战争持续不到三年，西班牙军队于1865年完全从岛上撤离。
第二次独立（1865-1916年）
自西班牙人的离去，几大城市处于大面积废墟状态，而岛上分割为几大割据。何塞·玛丽亚·卡布拉尔控制了巴拉奥纳的大部分以及在西南得到红木出口商贝兹的支持，而牧场主吉列尔莫与东南部的一些前将军结成了联盟。格雷戈里奥·鲁佩隆控制了北部海岸。从西班牙离开到1879年，政府有21次变更以及至少五十多次起义。
在这些冲突的过程中，两大政党开始形成。代表南部牧场主利益的红党和烟草种植主和商人利益的蓝党。红党主要寻求与大国合并而蓝党主要为寻求自由以及是民族主义者。
1869年当时的多国总统巴埃斯（Báez）征求美国尤里西斯·辛普森·格兰特总统的同意，期望能让多米尼加并入美国联邦，并让美国偿还多国当时150万美元的外债。葛兰特总统认为此举可以让在南方已解除奴隶制度的黑人能有一个自由居住地，不再受南方白人的威胁，但是最后仍遭到美国参议院投票反对，功败垂成。
巴埃斯政权于1874年被推翻，但在两年后又被选为总统，最后于1878年下台。尤里塞斯·厄鲁将军于1882年掌握政权后，让多米尼加多年来不安的政局也逐渐的稳定下来。厄鲁总统在位期间政局稳定，使得多国经济得到喘息的机会，蔗糖产业技术不断的改良，造成许多欧洲和美洲移民进入多国寻找工作。但是，厄鲁私底下却将国家经费用于私欲，并且建立起自己的御用警卫队，这使得国家的外债逐渐增高。这些引起了人民对他行为的不满，在使用高压政策无效后，厄鲁于1899年遭到谋杀。多米尼加1902年后又回复了群雄割据的时代，各地草莽独霸一方，使得当时多国的国库已完全掏空。使得法国和欧洲等债权国开始对多米尼加虎视眈眈。