民主共和党领袖
托马斯·杰斐逊就任美国第一任国务卿，杰斐逊敏锐地预感到现在的政府行为在某种程度上是对民主的挑战，他和麦迪逊站在同一立场上，开始了与财政部部长汉密尔顿针锋相对的斗争，这使得政府内部开始形成民主共和党和联邦党两大政治派系，杰斐逊和麦迪逊成了民主共和党的领袖。他们创办了一份报纸--《国民公报》，来消除亲联邦党人的《合众国公报》的影响，这份报纸的目的主要是揭批汉密尔顿的"君主制阴谋"，几乎所有汉密尔顿的财政政策都被该报指责。这份报纸的出现，奠定了杰斐逊在民主共和党的领导地位。
通过专利法
1790年，华盛顿就任总统的第二年，他就让托马斯·杰斐逊尽快确立专利保护制度。就在华盛顿总统任内，杰斐逊一手操办，美国通过了保护创新和发明的专利法，从此美国成为世界上保护创新最严格的地方。
《议会实施手册》
1796年，杰斐逊被选为副总统。在此任间，杰斐逊写了《议会实施手册》，阐明了许多有关议会的规则，直到现在仍在美国国会两院实施。
起草《肯塔基决议案》
1798年7月，联邦党人多数派通过了《外国侨民法》和《镇压叛乱法》，等于取消了保障人民自由和权利的宪法的前10条修正案。因此，这两个法津遭到了杰斐逊的坚决反对，同年，他起草了《肯塔基决议案》，严厉谴责了联邦政府摧残民主权利的行为，重申州权理论，并鼓舞民主共和党人要坚持斗争，迎接1800年的大选。
教育成就
起草教育法案
托马斯·杰斐逊强调教育是国家的事务，要通过立法来办教育，并且主张把帮助学校办教育写进宪法。作为一名教育实践家，他先后起草了《关于更普遍地传播知识的法案》《关于改革威廉与玛丽学院宪章和法案》《建立公立小学制度的法案》《关于建立弗吉尼亚大学的法案》《弗吉尼亚大学章程》《弗吉尼亚大学的目标与课程规程》《弗吉尼亚宗教自由法案》和《公共图书馆法案》等与教育有关的近10部法案和其他法规文件。其中，他于1779年在弗吉尼亚州提出的《关于更普遍地传播知识的法案》，通过呼吁建立广泛的公立学校制度来教育人民。不仅为美国各州和欧洲各国提供了一个周密而完善，合理而可行的公共教育制度的法制蓝图，而且作为"美国公共教育的第一个宪章"载入史册。
创建弗吉尼亚大学
托马斯·杰斐逊十分重视教育的价值，他试图将威廉与玛丽学院改造成为州立大学，并为之努力多年，但最终归于失败。他认为，教育是防止暴政、维持和巩固共和主义实验并使其变得强大的手段。然而，他无法在弗吉尼亚州找到培养共和主义理念的爱国者和不受教派限制、充分传授全部有用的学科知识的大学。
弗吉尼亚大学的创建最早源于阿尔伯马尔县的中心学院。因为弗吉尼亚州夏洛茨维尔镇附近地区缺少足够的学校，当地居民很早就提出了建立阿尔伯马尔学院的要求，并最终于1803年获得了建校特许状。但是直到1814年3月25日，学院董事会才召开第一次会议，杰斐逊建议选举补充空缺的董事职位以达到法定人数，会议最终选出了18人组成的新董事会，并任命了董事会zhuxi和秘书。会议决定成立"筹资委员会"，着手发行彩票、募集捐赠、争取州的拨款等措施为学院筹措资金，同时成立校址委员会以确定校址。杰斐逊应董事会请求撰写了组建大学计划的报告并提交给州议会。州议会拒绝了"每年将文化基金的全部利息拨付学院"的请求。但是同意将出售荒地所得及利息拨付给学院，对申请中提出的"减少董事会人数，明确其职权责，改学院名为中心学院"等要求予以批准。
1816年2月14日，州议会批准了《在阿尔伯马尔县建立学院的法案》。由阿尔伯马尔学院开始的建校努力在改名为"中心学院"的条件下得以延续。杰斐逊向州长尼古拉斯提议，改组原有董事会，按照"代表广泛性"的原则，在全州范围内选择最具代表性的人担任董事。尼古拉斯州长采纳了这个建议，最终任命杰斐逊、詹姆斯·麦迪逊、詹姆斯·门罗等人组成新一届的董事会。1817年5月，中心学院第一次董事会会议在夏洛茨维尔召开，通过了此前由杰斐逊等人选定的校址，同时任命了学监兼财务主管。经过清查学院资产状况发现，学院的资金仅有捐赠的44115.33美元，根本无法支撑杰斐逊宏大的建校计划。为此，杰斐逊试图争取州文化基金的支持。然而，弗吉尼亚州议会对公共教育的兴趣主要在针对穷人的初级学校上，他们主张将文化基金用于初级学校。而杰斐逊关注的是一所教授最高程度科学的州立大学，并提出了详细的建设计划和原则。此次争取文化基金正是迈向大学的必要步骤。杰斐逊的建校计划在州议会上引发了激烈的讨论。一些议员反对政府支持公共教育，即便支持，也应支持学院而不是大学。
1817年10月，杰斐逊起草了《建立公共教育体系的法案》，提出"不花文化基金一分钱"来实施初级教育的计划，以及建立地方学院和一所大学的提议。1818年2月，参议院以14:3的票数通过法案，规定每年拨给初级学校45000美元的资金，拨给"弗吉尼亚大学"15000美元的资金。
1818年2月，经过多方努力，建立一所大学的议案最终获得了州议会的通过。杰斐逊通过搜集本州各县的距离、人口、道路交通等信息，以此来论证中心学院所在地乃是州的地理中心和人口中心。随后，他又统计了阿尔伯马尔县超过80岁老人的数量，以证明其气候有益健康。中心学院最终成功被确定为大学的校址。此后，杰斐逊就立法议会提出的其他要求起草报告，形成了《关于弗吉尼亚大学选址委员会的报告》，又称《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》。该报告是杰斐逊按照弗吉尼亚州议会的要求为弗吉尼亚大学建校构想撰写的报告，详细阐述了杰斐逊的州立高等教育理想，被称为"大学的蓝图""对大学设置与面貌起了决定性的作用"，是"美国教育史上发布的这类文件中最有意义和最富启发性的"。杰斐逊为这所大学设想的目标包括:
1.培养政治家、议员和法官，他们乃民众繁荣昌盛之所依，个人幸福快乐之所系;
2.阐述讲解政府的原则与架构，指导国家之间交往的法律、我们自身所赖以治理国家的法律，宣扬一种合乎理性的立法精神，在杜绝一切对个人行为所强加的不合理和多余的限制的同时，使我们在不侵犯他人相同权力的情况下享有行动自由;
3.协调、促进农业、制造业、商业的利益，并通过形成广闻博见的政治经济见解，为公共工业营造一个自由空间;
4.发展青年人的理性思维能力，丰富其思想，培养其德行，发展其美德与秩序之精神;
5.教授数学和物理科学知识，促进艺术的发展，增进人类生活的健康、生机与舒适;使之养成思考及正确行动的习惯，成为他人的道德典范、同侪幸福的表率。
为实现这些目标，杰斐逊设计了一个包含古典课程和现代实用课程的广博课程体系。杰斐逊排除了神学课程，把讲授与道德有关的规范与责任划归到伦理学教授讲授的范围，从而第一次在大学实践了宗教自由原则。
1818年12月8日，《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》正式提交到议会。1819年1月18日，众议院进行表决，中心学院以114:69的多数票赢得了决定性胜利，最终确立为大学校址。五天后，参议院以22:1的票数通过并批准了《建立弗吉尼亚大学的法案》，给予大学法律地位的建校特许状，正式确立了中心学院所在地夏洛茨维尔作为弗吉尼亚大学的校址，并将中心学院与弗吉尼亚大学合并，其资产转移给弗吉尼亚大学，弗吉尼亚大学成为了具备合法性的法人团体，弗吉尼亚大学正式诞生。
弗吉尼亚大学课程设置的基本原则主要体现在《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》中。报告将开设的课程分为10大门类，分别是古代语言、现代语言、纯数学、物理数学、自然哲学、植物学和动物学、解剖学和医学、政治学、法学和道德哲学。除了正式规定的课程之外，还有三类非正式课程:身体锻炼和军事演习;手工训练;舞蹈、音乐和绘画。这些占据娱乐时间用来丰富生活的活动交给辅助的教师负责，由学生自费完成，大学可以提供场地。杰斐逊以"实用"为标准的课程选择原则影响了南部和西部一大批新兴州立大学的课程设置，代表了实用主义高等教育哲学在美国的最初发展。
1824年，弗吉尼亚大学董事会接受了选修制，在章程中明确规定"每位学生都有且只有参加自己选择的学院的自由"。与今天的选修制不同的是，这种选择自由是选择学院的自由而不是选择具体科目的自由。由于当时知识专业化程度较低，许多学科尚未分化，在实际意义上，这种选修是一种学科大类的选修，而且一旦选定就要跟随教授学习固定的课程。选修制度的实施是杰斐逊学术自由原则在学习自由上的具体体现。与此前教派学院中单一的必修课程截然不同，它给予学生选择学院和修学年限的自由，从而在整个美国高等教育中开创了一种新的课程管理制度。
在学生管理上，杰斐逊认为，建立在恐惧之上的管理不会带来良好的品行，相反，用荣誉和自尊引导充满生气的年轻人才不会使他们做出丧失体面的轻率举动。为此，他将维持纪律的责任更多地留给了学生，建立了由6人组成的学生自治团体，他们"由教师从最正直的学生中选出，其职责是成自治团体、调查真相、提出惩罚建议。"董事会建议，被指控犯有轻罪的学生由他们的同龄人来处理，让他们从中学会自我管理与合作;重罪则要受到教师的详细审查。
建筑成就
托马斯·杰斐逊不仅是政治家，更是一个建筑师。他亲自设计建造了蒙蒂塞洛庄园。这座庄园的主建筑兼具古希腊和罗马建筑风格，在采光、通风、节能、实用等方面多有创意，采用多利安式的门廊，白色的圆顶以及低矮的红砖为主体的搭配。
杰斐逊对弗吉尼亚州议会山庄的建筑设计亦有贡献，该建筑以法国南部尼姆(N?s)的古罗马式庙宇--方堂(MaisonCarrée)为原型。杰斐逊的建案开启了美国后续的联邦式建筑风潮。
杰斐逊还亲自规划了弗吉尼亚大学校园的建筑风格。他大量使用古罗马风格的建筑，并在其中有所革新，认为这才能体现美国人民主与创新的精神。与牛津、剑桥、哈佛等大学截然不同，弗吉尼亚大学拒绝哥特式的尖顶，而以雪白小巧的亭楼为主。楼与楼之间的间距很大，给人一种开放自由之感。亭楼之间大都有白色圆柱连成一条条走廊，与开阔的绿地相辅相成。校园主楼TheRotunda模仿古罗马的万神庙，是整个学校的核心。1976年，美国建筑学会将其评为美国建国200年中最让人骄傲的建筑。
政治理念
1.威胁来自强权政府
杰斐逊认为自治是人的天赋权利。杰斐逊在信中写道:"我确信，如果天意没有注定人永远不得自由(相信这点是亵渎上帝的)，秘诀就在于使他自己保管有关他自己的权力"，而且世界上每一个人和每一个集体都有自治的权利。他们的这种权利是与生俱来的。什么样的政体可以让人民实现自治呢?杰斐逊在写给詹姆斯·麦迪逊的信中写道:
人类社会存在于三种大相径庭的形式下。1.存在于没有政府的状态下，例如在我们的印第安人中间。2.存在于有政府的状态下，其中每个人的意志都有一定影响，例如较小程度在英国，较大程度在我们的州。3.存在于强权政府下，例如在其他一切君主国以及大多数共和国。要了解生活在最后一种形式下的痛苦，就必须把它们予以揭露。这是狼对羊的统治。我不知道第一种形式是不是最好的，但是我认为它和较多的人口是不相容的。第二种形式有很多好处。在那种形式下，多数人享受很大程度的自由和幸福。它也有弊端，其中最大的弊端是容易发生骚乱。但是拿它来同君主国的压迫相比就微不足道了。我宁愿有危险的自由也不愿自由自在地做奴隶。就连这个弊病也有好处。它能防止政府蜕化堕落，促进人民对国家大事的关心。我认为时不时发生一次小规模的叛乱是件好事，它在政治界就像暴风雨在自然界一样地必不可少……造反是对于政府的健康必不可少的良药。
由此可见，杰斐逊非常痛恨君主政体、贵族制政体。
2.建立自下而上的共和政体
杰斐逊想要的政府是一个自下而上的共和政体。杰斐逊反对权力的集中。他说:"破坏世界上曾经有过的每一个政府的人民的自由和权利的是什么?是把全部责任和权力合并起来，集中在一人或一批人手里……让全国政府处理国防以及对外关系和联邦关系;州政府处理公民权利、法律治安以及与州有关的事务;县政府处理县的地方性事务，区政府处理区的事务。把这些共和国从全国性的大共和国到其所有从属机构一分再分，直到每个人都管理自己的农场，每个人自己的眼睛能监督的都由他自己监督，这样一切事情就能办得最好……"。在联邦政府与州政府之间，杰斐逊主张"支持州政府的一切权利，把州政府当作管理内部事务最有效的行政机关以及抵制fangong和倾向的最牢靠保障"。
为此，杰斐逊提出了"百户邑"的方案，这个方案就将共和政体与对人民的教育结合起来了。杰斐逊叙述"把每个县划分为五六英里见方的小区，称为百户邑，每个百户邑都设立一所学校，教学生读、写和算术。教师由百户邑供养，百户邑内每个人都可以送子女免费入学三年，以后只要出钱，愿意读多少年都可以……这个法案的所有观点中，最重要、最合理的一个观点是使人民成为他们本身自由的可靠的、而且是最终的保卫者"。通过这个方案，人民可以接受教育，可以阅读报纸，可以运用自己的理智独立思考。百户邑还是最低一级的人民自治组织，杰斐逊设想"每个百户邑的邑长可以召集全体居民开会，让居民投票表决，把投票结果上报县行政委员会，县行政委员会把所有百户邑的投票结果集中起来，当作总的权威，这样，全体人民的意见就能公正地、充分地、和平地表达出来，经过讨论，由全社会共同以理智做出决定"。
杰斐逊还主张用民兵代替常备军。他说:"我承认，我对一个军事力量非常强大的政府没有好感。它总是压迫性的。它使统治者逍遥自在，而人们却饱受苦难。"杰斐逊反对行政官连选连任。他说:"我从封建历史中，也认识到终身官职是多么容易逐渐发展成为世袭。"他也反对法官终身任职。他说:"一个从属于国王意志的司法系统业已证明是国王手中最富有压迫性的工具。"
3.农民观、经济观
在杰斐逊的观念里，农民是最好的公民，他认为农民有着维持共和政体所必需的美德。这一思想可能是基于"对经济上自食其力与政治上独立自主的对应关系的理论以及对自由劳动的价值的重视。"当然，这也同美国当时的国情有关，"人口90%以上是乡野村夫，大多数是土地保有者，没有贫穷的两极分化，没有严密的阶级组织"。如果按照杰斐逊所说"共和主义的首要原则是'多数裁决'"，那么毫无疑问，杰斐逊是站在农民的立场上的。更重要的是，杰斐逊对维持共和政体和捍卫人民的自由有着近乎疯狂的执着，政治上的考虑主导了他在经济上的思考。为了实现政治理想中的自由，他曾写道:"我宁愿看到半个世界人口灭绝，也不愿这个事业失败;即使每个国家只剩下一个亚当和一个夏娃，只要他们是自由的，也胜于目前的状况"。
杰斐逊希望美国如果不是永远，那么，至少应该在相当长的时间里是一个农业国。
在1785年，杰斐逊给约翰·杰伊的信中写道:"耕种者是最有价值的公民。他们是最活跃、最独立、最道德高尚的，他们被最耐久的纽带同他们的国家连接在一起，并且与国家的自由和利益融为一体。因此，只要他们能在农业中找到工作，我就不会把他们变成海员、工匠或任何其他人……我认为工匠是助长罪恶的人，是被用来全面颠覆国家一切自由的工具"。在1804年杰斐逊仍然在信中写道:"让我们所有的劳动力都从事农业劳动岂不是更好吗?……我们应该承认农业工人在精神上和物质上对从事制造的工人占有优势"。其实，杰斐逊坚持这样的想法，也跟美国地广人稀的国情有关，以及基于"为了消除尽可能多的战争起因，我们最好把海洋完全放弃"的中立国思想有关。但是，最主要的还是由于杰斐逊对维持共和政体、保障人民的自由有着近乎疯狂的执着。
司法观点
杰斐逊认为法官应为技术性专家，不能设定政策。他谴责最高法院于1801年马伯里诉麦迪逊案一案中的判决为违反民主，但无法在国会中取得足额支持以提出宪法修正案来驳回该判决。他在《对最高法院马伯里诉麦迪逊案判决的批评》中指出:以法官为一切宪政疑义之最高仲裁者之说法十分危险，任何释宪的法官皆可置我等于寡头独裁之下。我们的法官既与常人一般正直，亦无逾常人。法官们对党派、权力与自身特权之偏好，亦无异于人。他们的权力最是危险，因其为终身职，且不如其他部门一般对选民负责。"一切有权力的人都容易滥用权力，这是万古不易的一条经验。有权力的人们使用权力一直到遇有界限的地方才休止。"
新闻思想
杰斐逊坚决拥护新闻自由，他的一生都在阐释和践行着其新闻理想。杰斐逊的新闻自由思想和实践涵盖内容十分广泛，缔造了一个开放的"至上论新闻观"。具体来说，就是新闻立法、第四权力观、新闻事业教育功能。
(一)新闻立法
杰斐逊坚持新闻立法，是其新闻目的观的体现。他秉承弥尔顿等人的新闻自由思想，认为新闻自由是被"造物主赋予的不可让渡的权利"，必须得到充分的保障。而法律是维护这种权利最为有效和神圣的手段，所以他坚持认为新闻自由权必须被纳入法律的范畴。终于，在他的宣传鼓动和共和派的压力之下，1789年，国会补充了宪法的10条修正案。该法案在第一条明确规定:"国会将不得制定任何法律……剥夺言论或新闻出版自由。"至此，言论和新闻出版自由才得到美国宪法的根本保障，新闻自由的原则宣告确立。自他开始，新闻自由不再只是一种理想，更成为法律保障的民主内容。从新闻自由的角度来说，他促成了美国新闻自由思想法制化的第一步。
(二)新闻自由的"第四权力"观
杰斐逊秉承洛克分权制衡思想，将新闻提升为与立法、行政、司法三种权利并驾齐驱的"第四种权力。"在他看来，新闻自由具有反映民意、监督政府的功能，是防止专制和暴政的有效手段。
杰斐逊的"第四权力"观，实际上是一种手段观，是用新闻的监督功能来防止政府蜕化变质甚至滑向专制的境地。从新闻史的角度来看，杰斐逊的"第四权力"观在理论上具有开创性，他从权力这一角度出发，使新闻媒体一跃有了新的社会地位，大大丰富了美国自由主义新闻观的内容，并使其获得了政治上的实践能力。
(三)新闻事业的教育功能
杰斐逊坚持新闻自由另一个重要的原因就是他认为新闻有教化民众的作用，能够提高国民的政治水平、治理水平。杰斐逊和弥尔顿一样，认为真理有能够战胜谬误的无可比拟的力量。在新闻自由的社会下，谬误必然会原形毕露，不堪一击，而真理留存万世。新闻自由就是带领人们走向真理的桥梁。他认为报刊和出版事业是新闻自由的重要阵地，也是文明能够得以传播的先决条件。如果没有进步的报刊和出版事业，那么人类文明将在很长一段时间内都蒙受愚昧欺辱。
宗教思想
独立前后的北美，是一个宗教的社会。当时，北美十三个殖民地的教派多达26个，宗教组织竟有3105个，居民几乎人人信教，即使很多人不是正式教徒，但名义上十之有九是教徒。当时，公理会派教会和圣公会分属于北、南各州的官方教会。官方教会一般都压迫和歧视其它教派。
北美殖民地的这些严酷现实，促使杰斐逊从青年时期开始就走上反对宗教压迫，提倡宗教信仰自由的斗争道路。他充分认识到压迫非国教派法律的存在，将还会在有机会的情况下肆虐，因此，他认为有必要利用修改法典的机会制订一项宗教自由的法律，以求实现在法律上的宗教自由。
杰斐逊为争取宗教自由，经历了漫长的斗争历程，发表了大量的关于教会和宗教问题的言论来表达他的宗教自由思想。他还在青年时期就在头脑中形成了宗教自由的思想，他在一篇短文中写道:"宗教是一种内存的、个人的信仰，是人和他的上帝之间的私事，……不容外界力量，甚至教堂，更不用说政府干预。"他认为教会是自由的敌人，是愚昧的朋友，反对教会与政府结合。他说:"宗教在它成为国家的工具时，就成为对于自由的威胁。……在每一个国家和每一个时代，教士总是敌视自由，他始终与暴君联盟，支持暴君的肆虐，以报答暴君对自己的保护。"
杰斐逊特别强调宗教信仰自由的重要性，他曾写道:"我们从来没有放弃过信仰的权利，而且也不可能放弃。我们对于这个权利只向上帝负责。"他在任弗吉尼亚议员的时候，就公开提出了宗教自由的主张。1776年10月7日，杰斐逊被任命为处理宗教问题的19人委员会成员之一，他同宗教界顽固势力展开了坚决斗争，利用各种场合发表意见。他主张一切人应享有发表宗教见解的自由，任何人不得受强迫参加或维护某个宗教组织，还提出政府应当保护人民的宗教信仰自由。1776年11月，杰斐逊等人起草了一项法案，废除了宗教上有不同意见和不到教会作礼拜的人为罪犯的法律，议会通过了这个法案，这是迈向宗教自由的一大步。
1779年初，杰斐逊向议会提出了著名的"宗教自由法案"，目的在于"把犹太教和非犹太教、基督教和穆罕默德教、印度教及各式各样的不信教者，都置于它的保护之下。"
"法案"指出:精神自由是人的自然权利，因为上帝在创造人类的同时赋予了人以精神自由，而且这种自由权是上帝给予人的权利中最重要的权利。在杰斐逊看来，信仰自由是人的自然权利之一，是不能被剥夺和转让的。
杰斐逊提出的"宗教自由法案"，由于他的离任和或保守分子的反对，几经周折才干1786年在两院通过成为法律。这样，许多因宗教主张和活动而犯罪的法律被废除了;不信官方教会的人也不必再捐款了;无论什么种族的公民都可自由信仰宗教了;政教终于分离了。"法案"在美国历史上"开辟了一个新的自由的时代"，"在人类进步方面是个里程碑"。
杰斐逊的宗教自由思想，包含有两层意思:一是任何人都有信仰或不信仰任何宗教的自由;二是任何信教的人有履行其所信教教义和教仪的自由，国家不得强迫任何人履行任何宗教仪节。杰斐逊要求的是取消任何占统治地位的宗教，实现各教派的完全平等和信仰的完全自由，而不是以某种宗教为主而容忍其它教派的存在。
杰斐逊的宗教自由思想，是美国社会政治和意识形态领域里的一次大变革，是法国启蒙思想家"自然权利学说""社会契约论"等启蒙思想在北美的发展。杰斐逊以社会契约论为理论根据，指出组织政府的目的就是为了保障人民的一系列权利自由，否则政府就无存在的基础和必要了。以此说明并强调政府应当保护人们的宗教信仰自由，这符合美国资本主义经济发展和自由贸易的需要，也反映了资产阶级共和政体的原则要求。因而杰斐逊的宗教自由思想对于揭开当时民族压迫和阶级压迫表现形式的宗教压迫的神秘面纱，唤起民族意识的觉醒，顺应历史潮流是有积极意义的。
历史评价
美国第二任总统约翰·亚当斯:他在文学和科学上享有盛名，在写作上独具禀赋。他的作品因其在遣词造句方面的独具匠心而广为流传，为人瞩目。
美国政治家亚历山大·汉密尔顿:说杰斐逊极端狂热，将不惜一切以推行他的原则，终将和他的声望或利益不相容。实则这个人同我所知之任何人一样能够顺时应势一一斟酌如何有利自己的声名或利益;这种气质的可能结果是使体制得以维持，这一体制原来虽然遭到反对，但既已确立，要想推翻势必危及推翻者。我认为，观杰斐逊先生的品性，保证可望有一顺时应势的体制，并无生成狂暴体制的可能……况且并无充分理由推断他有堕落的可能，故可断定他必不致有越轨妄为。
美国第16任总统亚伯拉罕·林肯:这位伟人在一个民族争取独立斗争的巨大压力之下，尚能冷静沉着，有预见有能力在一份充满革命气息的文件中加入抽象的真理，这真理适用于任何时代的所有人类。
历史学家亨利·亚当斯:寥寥几笔就能勾勒出美国早期所有总统的形象，唯有杰斐逊是个例外，只能用笔尖一笔一画地画，画像是否逼真取决于能否画出变幻、飘忽的阴影。
英国历史学家保罗·约翰逊:就学识全面、天赋才华、领悟能力和成就造诣而言，从未有过哪个美国人可以跟他相媲美，几代受过教育的美国人都把他看得比华盛顿和林肯更高。
美国学者戈登·伍德:无论我们将民主视为个人所拥有的生命、自由和追求幸福的权利，还是视为多数人自我统治的权利，杰斐逊都是民主的最著名、最善表达的代言人。
普利策奖得主乔恩·米查姆《权力的艺术:托马斯·杰斐逊传》:①杰斐逊的天才之处就在于，他既是哲学家又是政治家，而且常常能同时扮演好两种角色。②杰斐逊在整顿思想、打动人心方面的能力超群，激情澎湃的同时又不失踏实务实。为实现构想，他妥协退让，也相机变通。③他代表了一种永恒的戏剧情节:在复杂的乱世当中，通过争夺国家的领导权实现伟大的变革。
《中华读书报》:①在美国历任总统中，托马斯·杰斐逊是最难以捉摸的一位。他的思想与性格既单纯又复杂--博学多才却又过分天真，洞悉人心却又自欺欺人，高擎理想的火炬却又放纵不羁。②同时代的华盛顿、富兰克林以及后辈的林肯、罗斯福等人大都归档于历史，唯杰斐逊一直属于当下，并以巨大的存在感参与到宪制、废奴、堕胎、医改、环保、平权运动乃至全球治理等美国各个时期内政外交的重大议题之中，成为检验各种信念、原则、真理成色的试金石。杰斐逊的"当下性"让历史研究者难以对其盖棺论定，只好称他为"多变之人"或"美国伟大的凡人"，认为其真正的遗产是"对遗产的否定"。
轶事典故：
桃色丑闻
21岁时，托马斯·杰斐逊曾向一位朋友的妻子求爱，此事在他任总统期间被作为丑闻曝光，备受诘难。
喜爱葡萄酒
1787年，托马斯·杰斐逊对法国和意大利进行外交访问，这段旅行使其成为欧洲葡萄酒的忠实爱好者。杰斐逊最喜欢的酒款是来自波尔多、勃艮第(Burgundy)和苏玳(Sauternes)产区的顶级年份葡萄酒。此外，他也十分欣赏法国北罗讷河谷(RhoneValley)埃米塔日(Heritage)的白葡萄酒、匈牙利的白葡萄酒以及葡萄牙的马德拉酒(Madeira)。
多才多艺
托马斯·杰斐逊好学多才，兴趣广泛。他是土地测量师、建筑师、古生物学家、哲学家、音韵学家和作家。他懂得拉丁语、希腊语、法语、西班牙语和意大利语，还对数学、农艺学和建筑学，甚至提琴等感兴趣。人们称他是天资最高、最多才多艺的美国总统。
大奴隶主
被称为"民主之父"的托马斯·杰斐逊也是个大奴隶主，毕生坚守蓄奴生活，至死拒绝解放自己的奴隶。
人际关系
托马斯·杰斐逊的双亲皆为世居维吉尼亚的移民家庭。
父亲
彼得·杰斐逊，为农民兼测量员。
母亲
简·伦道夫·杰斐逊(1719年-1776年)，为艾夏姆·伦道夫(IshaRandolph)与简·罗杰斯(JaneRogers)之女，彼得·杰斐逊之表亲。
妻子
玛莎·威利斯·斯凯尔顿(1748年-1782年9月)，与托马斯·杰斐逊于1772年1月1日结婚。
子女
玛莎·华盛顿·杰斐逊(1772年9月-1836年)，托马斯·杰斐逊的长女。
简·伦道夫·杰斐逊(1774年4月-1775年)，托马斯·杰斐逊的二女儿。
未命名(1777年5月)，托马斯·杰斐逊唯一的儿子，出生不久即夭折。
玛莉·杰斐逊(1778年8月-1804年)，托马斯·杰斐逊的三女儿。
露西·伊丽莎白·杰斐逊(1780年11月-1781年)，托马斯·杰斐逊的四女儿。
露西·伊丽莎白·杰斐逊(1782年5月-1785年)，托马斯·杰斐逊的五女儿。
后世纪念
故居、墓地
托马斯·杰斐逊的故居位于美国首都华盛顿西南约160公里的夏洛茨维尔附近的蒙蒂塞洛。蒙蒂塞洛不仅是杰斐逊的故居，也是其墓地所在。1987年，蒙蒂塞洛入选联合国教科文组织世界遗产名录。
纪念邮票
1857年-1861年，美国发行了托马斯·杰斐逊像5美分邮票，邮票分Ⅰ型和Ⅱ型两个大类以及红、棕不同的颜色。
纸币
1869年，美国2美元纸币的肖像人物替换成托马斯·杰斐逊，直至1966年2美元纸币因为使用率不高而停产。
国会图书馆
1897年，美国国会图书馆建造了一座新楼储藏图书，被命名为杰斐逊大楼。国会图书馆网站上的联邦立法资讯名为托马斯，以表彰其在国会图书馆遭英军焚毁后，将个人藏书提供给图书馆。
纪念公园
1925年3月，美国国会批准建设拉什莫尔山国家纪念公园，公园的花岗岩山体上雕刻着乔治·华盛顿、托马斯·杰斐逊、西奥多·罗斯福和亚伯拉罕·林肯的头像，其中托马斯·杰斐逊的头像于1936年完工。
纪念馆
杰斐逊纪念堂位于美国华盛顿国家广场。1938年在罗斯福主持下开工，1943年，在托马斯·杰斐逊诞辰200周年时竣工落成。纪念堂的设计很大程度上吸收了杰斐逊生前的建筑理念，其整体风格和罗马万神殿相仿。纪念堂大厅中央矗立着杰斐逊立身铜像，铜像眺望着白宫。纪念馆墙壁上有杰斐逊宣读《独立宣言》情形的雕刻画，他的部分著作也被雕刻在馆壁上。
纪念碑
杰斐逊纪念碑位于美国密苏里州圣路易斯市，又称"圣路易斯拱门"，由英籍芬兰建筑师伊罗·沙里宁设计。1962年开建，1966年完工，是为了纪念托马斯·杰斐逊于1803年决定购买法属路易斯安那地区而建。纪念碑外形是一道银光闪闪的彩虹，高210米，两脚相距210米，建在18.7米高的三角基座上，总重16678吨，由142块尺度不同的双层三角形中空不锈钢构件组成。
纪念活动
2017年4月13日，在美国首都华盛顿，仪仗队士兵参加杰斐逊诞辰274周年纪念活动。